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In aursiber/DRomics: Dose Response for Omics

TODO list

Top priority

1. [X] Retravailler les test_that (ML)
2. [X] Change the default for log scale in each plot (fit or BMD) AND add a warning (ML and A pour mise en place warning). Dans shiny appels à bmdplot(BMD_log_transfo = TRUE), bmdplotwithgradient(BMD_log_transfo = TRUE), sensitivityplot(BMD_log_transfo = TRUE), plot.drcfit(dose_log_transfo = TRUE), plotfit2pdf(dose_log_transfo = TRUE), targetplot(dose_log_transfo = TRUE), et nouvel argument BMD_log_transfo par défaut à TRUE à gérer dans les appels à plot.bmdcalc() (et plot.bmdboot() mais pas dans shiny).
3. [X] Mettre l'option scaling par défaut à TRUE dans le package (comme c'est déjà fait dans l'appli shiny) et l'indiquer dans la vignette (ML - still to include in the vignette)
4. [X] Mettre un message à l'ouverture du package (startupmessage) pour indiquer les options par défaut changées (ML - sent to Aurélie - A)
5. [X] Retravailler les xlab et ylab notamment mettre scaled signal ou scaled y si scaling dans curvesplot et dans bmdplotwithgradient dans légende scaled_signal (ML)
6. [X] Tenter d'ajouter en optionnel une transparence sur curvesplot(). Was already available. I just added more examples in ?curvesplot
7. [X] Ajouter dans vignette ou FAQ ex. d'utilisation de l'option "median.and.IQR" (ML)
8. [X] Faire un outil de type diag de Venn (ou montrer dans vignette pour ne pas dépendre du package utilisé) qui compare deux résultats de itemselect() (ML)
9. [X] Add an explanation of minBMD in the vignette, in ?bmdcalcl and in the step 4 of Shiny app. 1 (ML)
10. [X] Gérer le souci des décimales dans le sensitivityplot (taille de points) : faire un meilleur choix des valeurs à afficher (sur ech log si effectifs très diff) (ML)
11. [X] Dans les curvesplot, en option, ajouter un point là où la BMD est atteinte (ML - still to add an example in the vignette)
12. [X] Ajouter la publi PCI partout quand elle sera sortie (ML et A)
13. [X] Mettre un bouton d'aide i à côté du keep all experimental levels dans shiny (appli DRomicsInterpreter, step 2, helplabel2step2 dans global.R) (ML, A)
14. [X] Find a way to give an example in the DRomicsInterpreter shiny app of this modification at the launch of the package ? Ajouter un encart en haut de la page step 1, avec le lien vers les 4 fichiers qu'on utilise en formation (qui sont dans le package) et une petite explication (A et ML)
15. [X] Visualisation optionnelle par lignes verticales des doses testées (ajout ex. dans la vignette) (ML)
16. [X] Donnez la possibilité d'ajouter le nom de pathways à côté des points sur les sensitivity pour un seul niv exp plutôt que sur l'axe des y (en alternative) - mettre un code exemple dans la vignette car trop lourd à gérer dans la fonction. (A)
17. [X] Mettre sur le share un fichier de test sur des gros jeux de données, à tester sur une VM de l'IFB de temps en temps, avec fichiers stockés ailleurs, pour le moment sur SeaFile (ML)
18. [X] Ajouter des arguments line.alpha et line.size et point.alpha à sensitivityplot et bmdplot (ML)
19. [X] dans les applis shiny et la vignette enlever les fonds gris avec un +theme_bw() quand le theme n'est pas défini dans la fonction. FAIT dans vignette. FAIT dans DRomics-shiny pour les fonctions plot.continuousanchoringdata(), PCAdataplot() et plot.bmdcalc(). FAIT dans DRomicsInterpreter-shiny pour les fonctions sensitivityplot(), trendplot(), bmdplot() et curvesplot().
20. [X] Ajouter une fonction bmdfilter permettant de filtrer les sorties de DRomics notamment sur la base des résultats du bootstrap (par défaut on ne garde que les items avec BMD et IC de la BMD définis, pour la BMD-zSD par défaut) - penser à faire de la prog défensive si les utilisateurs ne mettent pas le bootstrap, filtre possible sur autre chose.... (ML) Dans la vignette tant que ça ne fonctionne pas j'ai juste ajouté le code pour l'utilisateur (ML). OK dans le curvesplot de l'appli shiny (plotly dans shiny + ggplot2 simple pour la figure téléchargée) (A).
21. [X] Dans DRomicsInterpreter-shiny cocher par défaut la case pour ajouter BMD et BMR values (A)
22. [X] changer les valeurs par défaut des arguments de curvesplot, avec les BMD ajoutées, et une transparence des courbes (ML)
23. [X] Dans DRomics-shiny écrire explicitement comment prendre en compte les données proteomiques. (A) Dans intro ajouter juste avant la phrase sur les données apicales "Proteomics data could also be handled, as metabolomics data when expressed in intensity (continuous variable) or as RNAseq when expressed in spectral counts, after carefully checking the validity of the assumptions made in processing the RNAseq data".
24. [X] Dans DRomics-shiny ajouter une mention à bmdfilter() dans R code to go further (A) Après le dernier commentaire sur les fonctions d'exploration "# Before the biological interpretation of results, one could retain only the items associated to the best estimated BMD values, using the function bmdfilter (see ?bmdfilter for a description of the three proposed filters) subres <- bmdfilter(b$res, BMDtype = "zSD", BMDfilter = "definedCI")"
25. [X] Regarder pourquoi la dernière figure de la partie 3.1.2.2 de la vignette (code fourni) - c'était à cause du + theme_bw() qu'il fallait mettre avant et non après de theme(...), sinon ça écrasait toutes les modifs du theme ne permet plus d'afficher les labels des groupes uniquement sur les points et pas sur l'axe des y (A)
26. [X] Améliorer le texte qui accompagne les fichiers de données exemples dans DRomicsInterpreter-shiny
27. [X] Améliorer les formats de sorties des figures shiny en les regardant sur un portable. Le format par défaut carré ne convient pas toujours (A) Shiny1 step 1 (hauteur = largeur /2), step4 pour le 1er plot (hauteur = largeur /2 et sortie pdf en format paysage), Shiny 2, toujours mettre les figures l'une sous l'autre (hauteur = largeur / 2 ou un peu moins) et trendplot, sensivityplot, bmdplot, bmdplotwithgradient et curves downloadé en format paysage.
28. [X] Vérifier qu'on a bien indiqué partout là où on doit entrer des données que le séparateur de décimales devait être un point (ML ajout dans vignette et.Rd, A ajouter dans l'appli shiny 1).
29. [ ] Vérifier le pb du download depuis chrome / machine biosphere au step 4 de l'appli shiny 1 1.[ ] Voir si on peut ajouter les "sample names" dans le graphe des boxplot par échantillon 1.[ ] ajouter une fonction simple qui fait une procédure d'enrichissement.

Shorter term

1. [ ] Pour pouvoir faire facielment le curvesplot en log mettre une val par défaut à xmin (ML)
2. [ ] Envisager la sortie de figures en plotly, dans la vignette et dans l'appli shiny.
3. [ ] Refaire la cheat sheet avec les points sur le curvesplot et plus globalement les derniers rendus des différentes figures
4. [ ] Inclure des tests avec le jeu de données d'Emilie pour NA entre autres
5. [ ] Gérer les labels pour les IC sans valeur ponctuelle (cf. ex. Emilie)
6. [ ] Ajouter une option dans le curvesplot qui permettrait d'inverser les U et les dec (par ex.) pour voir comment ils collent en symétrie resp. aux belle et inc (ML après discussion avec tous)
7. [ ] ajouter dans le curvesplot un argument pour changer que le type de point soit guider par le pathway (intéressant en interactif - à discuter !) (ML)
8. [ ] revoir l'argument remove.infinite de plot.bmdboot, sa valeur par défaut et son fonctionnement, pour que ce soit harmonisé avec les valeurs par défaut de bmdfilter (pb avec xfold, vérifier que ça marche bien) ou enlever cette fonctionnalité et considérer que c'est fait avec bmdfilter et quand ce n'est pas fait gérer graphiquement les infinis
9. [ ] Ajouter des options "boxplot" dans BMDsummary de sensitivityplot(A)
10. [ ] Essayer d'optimiser de façon automatique l'écart entre l'axe et les premiers points des doses non nulles pour que les graphes soient plus clairs (A ? pas sûre que ce soit possible)
11. [ ] Add Danio rerio data in the package as another example for the functions for Dromics results interpretation (with or without enrichment and/or with outlier - elimination as in the paper (IRSN) ou un autre ex. (ML)
12. [ ] Ajouter un ou deux sous-niveaux dans la vignette à laquelle on accède depuis GitHub (A) IMPOSSIBLE à cause des configurations de pkgdown ! Restructurer la vignette pour que la navigation soit plus simple - en parallèle de la rédaction de la FAQ dans laquelle basculeront des morceaux de la vignette en faisant attention à maintenir les liens de l'article PCI
13. [ ] Add an example in the vignette where the need is obvious to work on log scale for bmdplot, sensitivity plot ...
14. [ ] Faire en sorte que l'on puisse appliquer plot(f, items = "unseul", BMDoutput = bootstrapfaitjusteaveccetitem) (ML)
15. [ ] Changer le jeu de données exemple RNAseq, mettre un de Gwinn avec plus de concentrations (ML)
16. [ ] Proposer des alternatives à sensitivityplot (moyenne et 2 SD, boxplot, + indice de similarité de forme) (ML)
17. [ ] Transform sensitivityplot to return as an invisible object the numerical summaries and to do other plots (boxplots) - impossible - write a function sensitivitycalc that will be called internally by sensitivityplot (ML)
18. [ ] Ajouter une fonction et calcul de correlation non signée 2 à 2 des courbes fittées DR au sein de chaque groupe et un graphe associé (prototype in the share) (ML)
19. [ ] Ajouter une méthode de clustering type WGCNA basée sur cette pairwise unsigned correlation (ML)
20. [ ] Ajouter des métriques en sortie de DRomics pour utilisation potentielle en interprétation
21. [ ] Réécrire avec plus de fonctions les appels à nls (ML)
22. [ ] Envisager d'utiliser une autre procédure plus performante (cf. pb de port décrit dans la doc de nls) (ML)
23. [ ] Implémenter d'autres modèle d'erreur (données continues censurées et données binaires) (ML)
24. [ ] Démarrer une FAQ (ML et Elise)
25. [ ] Programmation défensive si nb d’items trop petit sur le plot de sensibilité par groupe – mais quoi faire exactement ? Quantile fait de l’interpolation linéaire et sort un résultat quoiqu’il arrive - mettre juste un warning

Of less priority

1. [ ] Change the examples of DRomics data results (triclosan) to add the column yatdosemax
2. [X] Ajouter un test sur les outliers pour les cas excessifs cf. transcripto rainettes 2018 (implémenter sur chaque item, dès la vérification des données, sans prendre en compte la dose-réponse, une détection basée sur le Z-score modifié de Iglewicz, B., & Hoaglin, D. C. (1993). How to detect and handle outliers (Vol. 16). Asq Press. (1115 citations google scholar)) - cf. point 84 lié et réglé en partie par choix de la méthode de transfo à vst si nb samples > 30 (cf. Love)
3. [ ] Regarder si rlog et vst laissent les 0 à une valeur commune (ties)
4. [ ] Trouver un sous jeu de données exemple ou on arrive à calculer les IC pour des courbes probit - option enlevée - à vérifier ?
5. [ ] Tester sur de mauvais jeux de données la programmation défensive faite sur les fonctions d’importation des données
6. [ ] Ajouter un jeu de données protéomiques (IRSN) dans le package et en exemple
7. [ ] Retravailler le modèle sigmoide, Lprobit et Gausprobit avec e = 0
8. [ ] Utilisation du vartrend pour alerte : pb avec microarray very small sample data A DISCUTER AVEC ELISE !
9. [ ] Essayer de mettre le filtre sur les résidus meantrend avant la sélection car parfois on doit enlever des items pour lesquels un des modèle allait. A DISCUTER AVCE ELISE !
10. [ ] Donner la possibilité dans selectgroups de sélectionner sur une p(q)value d'enrichissement (ML) - Elise et Sophie trouve cela compliqué à expliquer

Longer term

1. [X] Faire une deuxième appli shiny prenant en entrée l’annotation et une sortie de workflow
2. [ ] Calculer une BMD bis de l’autre côté du contrôle ? PAS SIMPLE NI A FAIRE NI A GERER ET QUELLE UTILITE ? PAS SUR QUE CE SOIT UNE BONNE IDEE
3. [ ] Regarder que faire avec des données de comptages de metabarcoding
4. [ ] Voir ce qu’on peut faire avec des données CT de RTQPCR (2ème phase après screening RNAseq) – mettre commentaire sur échelle (log delta Ct ?) sur sur normalisation avec les gènes de ménage.
5. [ ] Faire un boostrap avec modèle libre pour avoir notamment l'incertitude sur la trend - pas raisonnable - plutôt faire du LOO et donner comme indice le % de fois ou la même trend est donnés on est content si c'est 100% - CA RESTE TRES COMPLIQUE A IMPLEMENTER !!!!!

Evaluation of DRomics

1. [ ] Tester la robustesse des BMD à une dégradation du plan d’expérience
2. [ ] Reprendre un jeu de données de la littérature sur lequel une approche clustering a été utilisée et comparer avec notre approche
3. [ ] Tester FASTBMD et BMDExpress sur des jeux de données sans 0 et sans réplicat (OK sur DRomics)

aursiber/DRomics documentation built on May 1, 2024, 3:16 a.m.