R/Shiny/app.R
In camilogs1/Margaret_package: Scientometric Analysis Minciencias
Defines functions
server
shiny_busy
get_data
library(shiny)
library(shinythemes)
library(datasets)
library(tidyverse)
library(here)
library(DT)
library(plotly)
library(readxl)
library(openxlsx)
library(stringi)
library(stringr)
library(shinydashboard)
library(writexl)
library(margaret)
#-----------------------------------------------------------------------------------------------------#
get_data <- function(data){
new_data <- getting_data(data)
return(new_data)
}
#Prueba cargando
shiny_busy <- function() {
HTML(" ", paste0(
'<span data-display-if="',
'$('html').attr('class')=='shiny-busy'',
'">',
'<i class="fa fa-spinner fa-pulse fa-fw" style="color:orange"></i>',
'</span>'
))
}
#-----------------------------------------------------------------------------------------------------#
# grupos = read.csv("C:\\Users\\bryan\\Desktop\\Cienciometria\\prueba\\UCLA.csv", header=T, sep=",")
# #inves_UCLA = read.csv("C:\\Users\\bryan\\Desktop\\Cienciometria\\prueba\\inves.csv", header=T, sep=",")
# #UCLA = read.csv("C:\\Users\\User\\Downloads\\UCLA.csv", header=T, sep=",")
#
# margaret = getting_data(grupos)
#-----------------------------------------------------------------------------------------------------#
#dataframe filtros
#filtro grupo
# grupos <- grupos_general |>
# select(grupo) |>
# unique()
#
# general_grupos <- list(grupos$grupo)
#-----------------------------------------------------------------------------------------------------#
#Inicio
# filterside <- selectInput("grupos_input","Grupos:",
# c('General'= FALSE, margaret()$grupo),
# selectize = FALSE)
#butonside <- actionButton("aplicar_input", "Aplicar")
sliderside <- sliderInput("fechas_input", "Años:", min = 2014, max = 2022, value = c(2016,2022), sep = "")
sidebar <- dashboardSidebar(
#filterside,
sliderside,
#butonside,
sidebarMenu(
menuItem("Importar datos", tabName = "importar_datos", icon = icon("upload")),
menuItem("Datos", tabName = "general_datos", icon = icon("atlas")),
menuItem("Producción cientifica", icon = icon("book"), tabName = ("produccion")),
menuItem("Grupos en cifras", icon = icon("bar-chart-o"),
menuSubItem("Clasificación grupos", tabName = "clasi_grupos"),
menuSubItem("Clasificación investigadores", tabName = "clasi_inves"),
menuSubItem("Categoría revistas", tabName = "cate_revista"),
menuSubItem("Evolución temporal", tabName = "evolu_articulos"),
menuSubItem("Formación investigadores", tabName = "forma_inves")
),
#download
menuItem("Descargar",icon = icon("fas fa-download"), downloadButton("download", "Download full results"))
),
mainPanel(
textOutput("grupos_input")
)
)
setup <- dashboardBody(
tabItems(
tabItem(tabName = "importar_datos",
fluidPage(br(), h2("Importar grupos y direcciones URL para ejecutar Margaret"), fileInput("upload", "Choose csv or excel file", accept = c(".xlsx", ".csv"), width = '500px')),
actionButton("go", "Subir"),br(),h2("Estructura del archivo"),br(),h4('El archivo debe contener los siguientes titulos de columna. "grupo, url" (En minuscula)'),
column(1, align="left", offset = 1,
a(img(src="ejemplo3.png", height=200, width=530),
target="_blank")
)),
tabItem(tabName = "general_datos",
tabsetPanel(type = "tabs",
tabPanel("Grupos", fluidPage(br(),h3(textOutput("carga")),(DT::dataTableOutput('ex1'))
),),
tabPanel("Investigadores", fluidPage(br(),(DT::dataTableOutput('ex2'))
),),
# tabPanel("Paises", fluidPage(br(),(DT::dataTableOutput('ex3'))
# ),),
# tabPanel("Revistas", fluidPage(br(),(DT::dataTableOutput('ex4'))
# ))
)),
tabItem(tabName = "produccion",
tabsetPanel(type = "tabs",
tabPanel("Articulos", fluidPage(br(),(DT::dataTableOutput('articulo'))
)),
tabPanel("Capitulos", fluidPage(br(),(DT::dataTableOutput('capitulo'))
)),
tabPanel("Libros", fluidPage(br(),(DT::dataTableOutput('libro'))
)),
tabPanel("Software", fluidPage(br(),(DT::dataTableOutput('software'))
)),
tabPanel("Innovaciones", fluidPage(br(),(DT::dataTableOutput('innovaciones'))
)),
tabPanel("Trabajos dirigidos/Tutorías",
fluidPage(br(),(DT::dataTableOutput('trabajosd'))
)))),
tabItem(tabName = "clasi_grupos",
fluidPage(plotlyOutput("graf1"))),
tabItem(tabName = "clasi_inves",
fluidPage(plotlyOutput("graf2"))),
tabItem(tabName = "cate_revista",
fluidPage(
fluidRow(box(
title = "PUBLINDEX",width = 8, status = "warning", solidHeader = TRUE,
collapsible = TRUE, collapsed = T,
plotlyOutput("graf3", height = 300)
)),
fluidRow(box(
title = "SCIMAGO", width = 8, status = "warning", solidHeader = TRUE,
collapsible = TRUE,collapsed = T,
plotlyOutput("graf3_1", height = 300)
))
)),
tabItem(tabName = "evolu_articulos",
fluidPage(plotlyOutput("graf4"))),
tabItem(tabName = "forma_inves",
fluidPage(plotlyOutput("graf5")))
)
)
ui <- dashboardPage(
skin = "red",
dashboardHeader(title = "Margaret",
dropdownMenu(type = "notifications", icon = shiny::icon("code"),
badgeStatus = "info", headerText = "Desarrolladores",
tags$li(a(href = "https://github.com/srobledog",
target = "_blank",
tagAppendAttributes(icon("github")),
"Sebastian Robledo")),
tags$li(a(href = "https://github.com/bryanariasq02",
target = "_blank",
tagAppendAttributes(icon("github")),
"Bryan Arias")),
tags$li(a(href = "https://github.com/camilogs1",
target = "_blank",
tagAppendAttributes(icon("github")),
"Camilo García"))
)),
sidebar,
setup
)
server <- function(input, output) {
filtro <- reactive(input$grupos_input)
filtro_fecha_min <- reactive({input$fechas_input[1]})
filtro_fecha_max <- reactive({input$fechas_input[2]})
margaret <- reactive({
req(input$upload)
ext <- input$upload$datapath
ext <- str_remove(ext, ".*/0.")
if(ext == "xlsx")
{
data <- read.xlsx(input$upload$datapath)
}else{
data <- read.csv(input$upload$datapath, header = TRUE)
}
showModal(modalDialog("Exportanto información a Margaret espere un momento",
shiny_busy(), easyClose = FALSE))
new_data <- get_data(data)
if(is.null(input$upload)){
showModal(modalDialog("Hubo un problema, intentelo de nuevo"))
}else{
showModal(modalDialog("Margaret se ejecutó correctamente"))
}
return(new_data)
})
observeEvent(input$go, {
margaret()
})
output$download <- downloadHandler(
filename = "Margaret.xlsx",
content = function(file) {
write_xlsx(margaret(), file)
}
)
getstatus <- reactive(
if(is.null(input$upload)){
"Por favor Importar archivo para visualizar la información"
}
)
output$carga <- renderText({
getstatus()
})
# output$imagen <- renderImage({
#
# outfile <- tempfile(fileext = 'img/prueba.png')
#
# png(outfile, width = 400, height = 300)
# hist(rnorm(input$obs), main = "Generated in renderImage()")
# dev.off()
#
# list(src = outfile,
# width = 400,
# height = 300,
# alt = "Imagen ejemplo")
# }, deleteFile = TRUE)
output$ex1 <- DT::renderDataTable(server = FALSE,{
grupos_general <- margaret()
grupos_general2 <- as.data.frame(grupos_general[1]) |>
select(grupo_main_cleaned.grupo, grupo_main_cleaned.clasificacion,
grupo_main_cleaned.web, grupo_main_cleaned.sum_papers,
grupo_main_cleaned.departamento, grupo_main_cleaned.url.x,
grupo_main_cleaned.fecha_creacion, grupo_main_cleaned.lider,
grupo_main_cleaned.email, grupo_main_cleaned.area_conocimiento_1) |>
mutate(grupo_main_cleaned.url.x= str_c('<a href="',grupo_main_cleaned.url.x,
'" target="_blank">Link</a>'),
grupo_main_cleaned.web = str_c('<a href="',grupo_main_cleaned.web,
'" target="_blank">Link</a>')) |>
datatable(filter = 'top',extensions = c('Scroller','Buttons'),
options = list(dom = 'Bfrtip',
buttons =
list('copy', list(
extend = 'collection',
buttons = c('csv', 'excel', 'pdf'),
text = 'Download'
)),
deferRender = TRUE,
scrollY = 420,
scroller = TRUE,
scrollX = TRUE),
escape = FALSE,
rownames = FALSE,
colnames = c("Grupo", "Clasificación", "Pagina web", "Cantidad artículos",
"Departamento","GrupLAC",
"Fecha Creación", "Líder", "Email",
"Área de Conocimiento"),
class = 'cell-border stripe')
})
output$ex2 <- DT::renderDataTable(server = FALSE,{
investigadores_general <- as.data.frame(margaret()[["grupo_researcher_cleaned"]])
investigadores_general <- investigadores_general |>
mutate(url = str_c('<a href="',
url,
'" target="_blank">Link</a>')) |>
select(-vinculacion,
-fin_vinculacion) |>
rename(Investigador = integrantes,
Horas = horas_dedicacion,
CvLAC = url,
Grupo = grupo,
Inicio = inicio_vinculacion,
Formacion = posgrade,
) |>
select(Investigador,
Grupo,
articulos,
capitulos,
libros,
softwares,
trabajos_dirigidos,
innovaciones,
clasification,
Formacion,
Inicio,
CvLAC)
datatable(investigadores_general,filter = 'top',extensions = c('Scroller','Buttons'),
options = list(dom = 'Bfrtip',
buttons =
list('copy', list(
extend = 'collection',
buttons = c('csv', 'excel', 'pdf'),
text = 'Download'
)),
deferRender = TRUE,
scrollY = 420,
scroller = TRUE,
scrollX = TRUE),
escape = FALSE,
rownames = FALSE,
colnames = c("Investigador", "Grupo", "Artículos", "Capítulos",
"Libros", "Softwares", "Trabajos Dirigidos",
"Innovaciones", "Categoría",
"Formación","Inicio", "CvLAC"),
class = 'cell-border stripe')
})
# output$ex3 <- DT::renderDataTable(server = FALSE,{
#
# paises_general <- paises_general |>
# mutate(porcentaje = str_c(porcentaje," %"),
# pais_revista = if_else(is.na(pais_revista), "No registra", pais_revista)) |>
# datatable(extensions = c('Scroller','Buttons'),
# options = list(dom = 'Bfrtip',
# buttons =
# list('copy', list(
# extend = 'collection',
# buttons = c('csv', 'excel', 'pdf'),
# text = 'Download'
# )),
# deferRender = TRUE,
# scrollY = 420,
# scroller = TRUE,
# scrollX = TRUE),
# escape = FALSE,
# rownames = FALSE,
# colnames = c("País", "Cantidad", "Porcentaje"),
# class = 'cell-border stripe')
#
# })
# output$ex4 <- DT::renderDataTable(server = FALSE,{
#
# revistas_actuales <- revistas_actuales |>
# mutate(porcentaje = str_c(porcentaje," %")) |>
# datatable(filter = 'top',extensions = c('Scroller','Buttons'),
# options = list(dom = 'Bfrtip',
# buttons =
# list('copy', list(
# extend = 'collection',
# buttons = c('csv', 'excel', 'pdf'),
# text = 'Download'
# )),
# deferRender = TRUE,
# scrollY = 420,
# scroller = TRUE,
# scrollX = TRUE),
# rownames = FALSE,
# colnames = c('Revista', 'ISSN', 'Categoría Publindex',
# 'Categoría Scimago','Cantidad', 'Porcentaje'),
# class = 'cell-border stripe')
# })
output$articulo <- DT::renderDataTable(server = FALSE,{
articulos_2016_2020 <- as.data.frame(margaret()[["articulos"]])
articulos_2016_2020 <- articulos_2016_2020 |>
filter(ano >= filtro_fecha_min(),
ano <=filtro_fecha_max()) |>
select(-id) |>
mutate(DOI = str_extract(DOI, "\\d.*")) |>
mutate(DOI = str_c("<a href=","\"",
"https://doi.org/",
DOI,
"\"",
'" target="_blank">Link</a>'))
datatable(articulos_2016_2020 ,filter = 'top',extensions = c('Scroller','Buttons'),
options = list(dom = 'Bfrtip',
buttons =
list('copy', list(
extend = 'collection',
buttons = c('csv', 'excel', 'pdf'),
text = 'Download'
)),
deferRender = TRUE,
scrollY = 420,
scroller = TRUE,
scrollX = TRUE),
escape = FALSE,
class = ('cell-border stripe'),
colnames = c("Grupo", "Categoría", "Tipo producto",
"Título", "País revista", "Revista",
"ISSN","Categoría Publindex", "Categoría Scimago", "Año", "Volumen",
"Fasc","Paginas", "Enlace artículo", "Autores"))
})
output$capitulo <- DT::renderDataTable(server = FALSE,{
capitulos_2016_2020 <- as.data.frame(margaret()[["capitulos"]])
capitulos_2016_2020 <- capitulos_2016_2020 |>
filter(ano >= filtro_fecha_min(),
ano <=filtro_fecha_max()) |>
select(-vol, -tipo_producto)
datatable(capitulos_2016_2020 ,filter = 'top',extensions = c('Scroller','Buttons'),
options = list(dom = 'Bfrtip',
buttons =
list('copy', list(
extend = 'collection',
buttons = c('csv', 'excel', 'pdf'),
text = 'Download'
)),
deferRender = TRUE,
scrollY = 420,
scroller = TRUE,
scrollX = TRUE),
escape = FALSE,
rownames = FALSE,
colnames = c("Grupo", "Categoría",
"Título capitulo", "País", "Año",
"Titulo libro","ISBN", "Paginas", "Editorial",
"Autores"),
class = 'cell-border stripe')
})
output$libro <- DT::renderDataTable(server = FALSE,{
libros_2016_2020 <- as.data.frame(margaret()[["libros"]])
libros_2016_2020 <- libros_2016_2020 |>
filter(Ano >= filtro_fecha_min(),
Ano <=filtro_fecha_max()) |>
select(-Tipo_producto)
datatable(libros_2016_2020 ,filter = 'top', extensions = c('Scroller','Buttons'),
options = list(dom = 'Bfrtip',
buttons =
list('copy', list(
extend = 'collection',
buttons = c('csv', 'excel', 'pdf'),
text = 'Download'
)),
deferRender = TRUE,
scrollY = 420,
scroller = TRUE,
scrollX = TRUE),
escape = FALSE,
rownames = FALSE,
colnames = c("Grupo", "Categoría",
"Título libro", "País", "Año",
"ISBN","Editorial", "Autores"),
class = 'cell-border stripe')
})
output$software <- DT::renderDataTable(server = FALSE,{
software_2016_2020 <- as.data.frame(margaret()[["softwares"]])
software_2016_2020 <- software_2016_2020 |>
filter(ano >= filtro_fecha_min(),
ano <=filtro_fecha_max()) |>
select(-nombre_proyecto, -tipo_producto) |>
mutate(sitio_web= str_c("<a href=",
sitio_web,
'" target="_blank">Link</a>'))
datatable(software_2016_2020 ,filter = 'top', extensions = c('Scroller','Buttons'),
options = list(dom = 'Bfrtip',
buttons =
list('copy', list(
extend = 'collection',
buttons = c('csv', 'excel', 'pdf'),
text = 'Download'
)),
deferRender = TRUE,
scrollY = 420,
scroller = TRUE,
scrollX = TRUE),
escape = FALSE,
rownames = FALSE,
colnames = c("Grupo", "Categoría",
"Título", "País", "Año",
"Disponibilidad","Sitio web", "Nombre comercial", "Institución financiadora",
"Autores"),
class = 'cell-border stripe')
})
output$innovaciones <- DT::renderDataTable(server = FALSE,{
innovacion_2016_2020 <- as.data.frame(margaret()[["innovaciones_procesos"]])
innovacion_2016_2020 <- innovacion_2016_2020 |>
filter(ano >= filtro_fecha_min(),
ano <=filtro_fecha_max())
datatable(innovacion_2016_2020 ,filter = 'top',extensions = c('Scroller','Buttons'),
options = list(dom = 'Bfrtip',
buttons =
list('copy', list(
extend = 'collection',
buttons = c('csv', 'excel', 'pdf'),
text = 'Download'
)),
deferRender = TRUE,
scrollY = 420,
scroller = TRUE,
scrollX = TRUE),
escape = FALSE,
rownames = FALSE,
colnames = c("Grupo", "Categoría", "Tipo Producto",
"Título", "país", "Año",
"Disponibilidad","Institución financiadora", "Autores"),
class = 'cell-border stripe')
})
output$trabajosd <- DT::renderDataTable(server = FALSE,{
trabajo_2016_2020 <- as.data.frame(margaret()[["trabajos_dirigidos"]])
trabajo_2016_2020 <- trabajo_2016_2020 |>
mutate(hasta = str_remove(hasta, ".* "),
hasta = str_trim(hasta),
desde = str_remove(desde, "\\d.* "),
desde = str_trim(desde)) |>
filter(desde >= filtro_fecha_min(),
hasta <= filtro_fecha_max())
datatable(trabajo_2016_2020 ,filter = 'top', extensions = c('Scroller','Buttons'),
options = list(dom = 'Bfrtip',
buttons =
list('copy', list(
extend = 'collection',
buttons = c('csv', 'excel', 'pdf'),
text = 'Download'
)),
deferRender = TRUE,
scrollY = 420,
scroller = TRUE,
scrollX = TRUE),
escape = FALSE,
rownames = FALSE,
colnames = c("Grupo", "Categoría", "Tipo Producto",
"Título", "Desde", "Hasta",
"Tipo de Orientación","Estudiante", "Programa académico",
"Páginas", "Valoración", "Institución", "Tutor Coautor"),
class = 'cell-border stripe')
})
output$graf1 <- renderPlotly({
grupos_general2 <- as.data.frame(margaret()[["grupo_main_cleaned"]])
datos_clasi1 <- grupos_general2 |>
count(clasificacion) |>
arrange(desc(clasificacion)) |>
plot_ly(x = ~clasificacion, y = ~n, type = 'bar') |>
layout(title = 'Clasificación Grupos de investigación',
xaxis = list(title = ""),
yaxis = list(title = ""))
})
output$graf2 <- renderPlotly ({
datos_clasificacion <- as.data.frame(margaret()[["grupo_researcher_cleaned"]]) |>
count(grupo ,clasification) |>
arrange(desc(clasification))
plot_ly(datos_clasificacion ,labels= ~clasification, values=~n, type = 'pie') |>
layout(title = 'Categorías investigadores',
xaxis = list(showgrid = FALSE, zeroline = FALSE, showticklabels = FALSE),
yaxis = list(showgrid = FALSE, zeroline = FALSE, showticklabels = FALSE))
})
output$graf3 <- renderPlotly({
datos_revista <- as.data.frame(margaret()[["articulos"]]) |>
count(grupo ,categoria_revista) |>
arrange(desc(categoria_revista)) |>
mutate(categoria_revista = ifelse(is.na(categoria_revista),"N/A",categoria_revista))
plot_ly(datos_revista, labels= ~categoria_revista, values=~n, type = 'pie') |>
layout(title = 'Categorías revistas',
xaxis = list(showgrid = FALSE, zeroline = FALSE, showticklabels = FALSE),
yaxis = list(showgrid = FALSE, zeroline = FALSE, showticklabels = FALSE))
})
output$graf3_1 <- renderPlotly({
datos_revista <- as.data.frame(margaret()[["articulos"]]) |>
count(grupo ,SJR_Q) |>
arrange(desc(SJR_Q)) |>
mutate(SJR_Q = ifelse(is.na(SJR_Q),"N/A",SJR_Q))
plot_ly(datos_revista, labels= ~SJR_Q, values=~n, type = 'pie') |>
layout(title = 'Categorías revistas',
xaxis = list(showgrid = FALSE, zeroline = FALSE, showticklabels = FALSE),
yaxis = list(showgrid = FALSE, zeroline = FALSE, showticklabels = FALSE))
})
output$graf4 <- renderPlotly({
datos_produccion1 <- as.data.frame(margaret()[["articulos"]]) |>
select(categoria, ano, grupo) |>
count(ano, sort = FALSE, name = "producciones") |>
plot_ly(x = ~ano, y = ~producciones, type = 'scatter', mode = 'lines') |>
layout(title = "Producción articulos",
xaxis = list(title = "Año"),
yaxis = list(title = "Producción"))
})
output$graf5 <- renderPlotly({
datos_formacion <- as.data.frame(margaret()[["grupo_researcher_cleaned"]]) |>
count(grupo, posgrade) |>
arrange(desc(posgrade))
plot_ly(datos_formacion, labels= ~posgrade, values=~n, type = 'pie') |>
layout(title = 'Formación investigadores',
xaxis = list(showgrid = FALSE, zeroline = FALSE, showticklabels = FALSE),
yaxis = list(showgrid = FALSE, zeroline = FALSE, showticklabels = FALSE))
})
}
shinyApp(ui = ui , server = server)
camilogs1/Margaret_package documentation built on April 27, 2022, 3:25 a.m.
R Package Documentation
Browse R Packages
We want your feedback!
Note that we can't provide technical support on individual packages. You should contact the package authors for that.
Defines functions server shiny_busy get_data
library(shiny)
library(shinythemes)
library(datasets)
library(tidyverse)
library(here)
library(DT)
library(plotly)
library(readxl)
library(openxlsx)
library(stringi)
library(stringr)
library(shinydashboard)
library(writexl)
library(margaret)
#-----------------------------------------------------------------------------------------------------#
get_data <- function(data){
new_data <- getting_data(data)
return(new_data)
}
#Prueba cargando
shiny_busy <- function() {
HTML(" ", paste0(
'<span data-display-if="',
'$('html').attr('class')=='shiny-busy'',
'">',
'<i class="fa fa-spinner fa-pulse fa-fw" style="color:orange"></i>',
'</span>'
))
}
#-----------------------------------------------------------------------------------------------------#
# grupos = read.csv("C:\\Users\\bryan\\Desktop\\Cienciometria\\prueba\\UCLA.csv", header=T, sep=",")
# #inves_UCLA = read.csv("C:\\Users\\bryan\\Desktop\\Cienciometria\\prueba\\inves.csv", header=T, sep=",")
# #UCLA = read.csv("C:\\Users\\User\\Downloads\\UCLA.csv", header=T, sep=",")
#
# margaret = getting_data(grupos)
#-----------------------------------------------------------------------------------------------------#
#dataframe filtros
#filtro grupo
# grupos <- grupos_general |>
# select(grupo) |>
# unique()
#
# general_grupos <- list(grupos$grupo)
#-----------------------------------------------------------------------------------------------------#
#Inicio
# filterside <- selectInput("grupos_input","Grupos:",
# c('General'= FALSE, margaret()$grupo),
# selectize = FALSE)
#butonside <- actionButton("aplicar_input", "Aplicar")
sliderside <- sliderInput("fechas_input", "Años:", min = 2014, max = 2022, value = c(2016,2022), sep = "")
sidebar <- dashboardSidebar(
#filterside,
sliderside,
#butonside,
sidebarMenu(
menuItem("Importar datos", tabName = "importar_datos", icon = icon("upload")),
menuItem("Datos", tabName = "general_datos", icon = icon("atlas")),
menuItem("Producción cientifica", icon = icon("book"), tabName = ("produccion")),
menuItem("Grupos en cifras", icon = icon("bar-chart-o"),
menuSubItem("Clasificación grupos", tabName = "clasi_grupos"),
menuSubItem("Clasificación investigadores", tabName = "clasi_inves"),
menuSubItem("Categoría revistas", tabName = "cate_revista"),
menuSubItem("Evolución temporal", tabName = "evolu_articulos"),
menuSubItem("Formación investigadores", tabName = "forma_inves")
),
#download
menuItem("Descargar",icon = icon("fas fa-download"), downloadButton("download", "Download full results"))
),
mainPanel(
textOutput("grupos_input")
)
)
setup <- dashboardBody(
tabItems(
tabItem(tabName = "importar_datos",
fluidPage(br(), h2("Importar grupos y direcciones URL para ejecutar Margaret"), fileInput("upload", "Choose csv or excel file", accept = c(".xlsx", ".csv"), width = '500px')),
actionButton("go", "Subir"),br(),h2("Estructura del archivo"),br(),h4('El archivo debe contener los siguientes titulos de columna. "grupo, url" (En minuscula)'),
column(1, align="left", offset = 1,
a(img(src="ejemplo3.png", height=200, width=530),
target="_blank")
)),
tabItem(tabName = "general_datos",
tabsetPanel(type = "tabs",
tabPanel("Grupos", fluidPage(br(),h3(textOutput("carga")),(DT::dataTableOutput('ex1'))
),),
tabPanel("Investigadores", fluidPage(br(),(DT::dataTableOutput('ex2'))
),),
# tabPanel("Paises", fluidPage(br(),(DT::dataTableOutput('ex3'))
# ),),
# tabPanel("Revistas", fluidPage(br(),(DT::dataTableOutput('ex4'))
# ))
)),
tabItem(tabName = "produccion",
tabsetPanel(type = "tabs",
tabPanel("Articulos", fluidPage(br(),(DT::dataTableOutput('articulo'))
)),
tabPanel("Capitulos", fluidPage(br(),(DT::dataTableOutput('capitulo'))
)),
tabPanel("Libros", fluidPage(br(),(DT::dataTableOutput('libro'))
)),
tabPanel("Software", fluidPage(br(),(DT::dataTableOutput('software'))
)),
tabPanel("Innovaciones", fluidPage(br(),(DT::dataTableOutput('innovaciones'))
)),
tabPanel("Trabajos dirigidos/Tutorías",
fluidPage(br(),(DT::dataTableOutput('trabajosd'))
)))),
tabItem(tabName = "clasi_grupos",
fluidPage(plotlyOutput("graf1"))),
tabItem(tabName = "clasi_inves",
fluidPage(plotlyOutput("graf2"))),
tabItem(tabName = "cate_revista",
fluidPage(
fluidRow(box(
title = "PUBLINDEX",width = 8, status = "warning", solidHeader = TRUE,
collapsible = TRUE, collapsed = T,
plotlyOutput("graf3", height = 300)
)),
fluidRow(box(
title = "SCIMAGO", width = 8, status = "warning", solidHeader = TRUE,
collapsible = TRUE,collapsed = T,
plotlyOutput("graf3_1", height = 300)
))
)),
tabItem(tabName = "evolu_articulos",
fluidPage(plotlyOutput("graf4"))),
tabItem(tabName = "forma_inves",
fluidPage(plotlyOutput("graf5")))
)
)
ui <- dashboardPage(
skin = "red",
dashboardHeader(title = "Margaret",
dropdownMenu(type = "notifications", icon = shiny::icon("code"),
badgeStatus = "info", headerText = "Desarrolladores",
tags$li(a(href = "https://github.com/srobledog",
target = "_blank",
tagAppendAttributes(icon("github")),
"Sebastian Robledo")),
tags$li(a(href = "https://github.com/bryanariasq02",
target = "_blank",
tagAppendAttributes(icon("github")),
"Bryan Arias")),
tags$li(a(href = "https://github.com/camilogs1",
target = "_blank",
tagAppendAttributes(icon("github")),
"Camilo García"))
)),
sidebar,
setup
)
server <- function(input, output) {
filtro <- reactive(input$grupos_input)
filtro_fecha_min <- reactive({input$fechas_input[1]})
filtro_fecha_max <- reactive({input$fechas_input[2]})
margaret <- reactive({
req(input$upload)
ext <- input$upload$datapath
ext <- str_remove(ext, ".*/0.")
if(ext == "xlsx")
{
data <- read.xlsx(input$upload$datapath)
}else{
data <- read.csv(input$upload$datapath, header = TRUE)
}
showModal(modalDialog("Exportanto información a Margaret espere un momento",
shiny_busy(), easyClose = FALSE))
new_data <- get_data(data)
if(is.null(input$upload)){
showModal(modalDialog("Hubo un problema, intentelo de nuevo"))
}else{
showModal(modalDialog("Margaret se ejecutó correctamente"))
}
return(new_data)
})
observeEvent(input$go, {
margaret()
})
output$download <- downloadHandler(
filename = "Margaret.xlsx",
content = function(file) {
write_xlsx(margaret(), file)
}
)
getstatus <- reactive(
if(is.null(input$upload)){
"Por favor Importar archivo para visualizar la información"
}
)
output$carga <- renderText({
getstatus()
})
# output$imagen <- renderImage({
#
# outfile <- tempfile(fileext = 'img/prueba.png')
#
# png(outfile, width = 400, height = 300)
# hist(rnorm(input$obs), main = "Generated in renderImage()")
# dev.off()
#
# list(src = outfile,
# width = 400,
# height = 300,
# alt = "Imagen ejemplo")
# }, deleteFile = TRUE)
output$ex1 <- DT::renderDataTable(server = FALSE,{
grupos_general <- margaret()
grupos_general2 <- as.data.frame(grupos_general[1]) |>
select(grupo_main_cleaned.grupo, grupo_main_cleaned.clasificacion,
grupo_main_cleaned.web, grupo_main_cleaned.sum_papers,
grupo_main_cleaned.departamento, grupo_main_cleaned.url.x,
grupo_main_cleaned.fecha_creacion, grupo_main_cleaned.lider,
grupo_main_cleaned.email, grupo_main_cleaned.area_conocimiento_1) |>
mutate(grupo_main_cleaned.url.x= str_c('<a href="',grupo_main_cleaned.url.x,
'" target="_blank">Link</a>'),
grupo_main_cleaned.web = str_c('<a href="',grupo_main_cleaned.web,
'" target="_blank">Link</a>')) |>
datatable(filter = 'top',extensions = c('Scroller','Buttons'),
options = list(dom = 'Bfrtip',
buttons =
list('copy', list(
extend = 'collection',
buttons = c('csv', 'excel', 'pdf'),
text = 'Download'
)),
deferRender = TRUE,
scrollY = 420,
scroller = TRUE,
scrollX = TRUE),
escape = FALSE,
rownames = FALSE,
colnames = c("Grupo", "Clasificación", "Pagina web", "Cantidad artículos",
"Departamento","GrupLAC",
"Fecha Creación", "Líder", "Email",
"Área de Conocimiento"),
class = 'cell-border stripe')
})
output$ex2 <- DT::renderDataTable(server = FALSE,{
investigadores_general <- as.data.frame(margaret()[["grupo_researcher_cleaned"]])
investigadores_general <- investigadores_general |>
mutate(url = str_c('<a href="',
url,
'" target="_blank">Link</a>')) |>
select(-vinculacion,
-fin_vinculacion) |>
rename(Investigador = integrantes,
Horas = horas_dedicacion,
CvLAC = url,
Grupo = grupo,
Inicio = inicio_vinculacion,
Formacion = posgrade,
) |>
select(Investigador,
Grupo,
articulos,
capitulos,
libros,
softwares,
trabajos_dirigidos,
innovaciones,
clasification,
Formacion,
Inicio,
CvLAC)
datatable(investigadores_general,filter = 'top',extensions = c('Scroller','Buttons'),
options = list(dom = 'Bfrtip',
buttons =
list('copy', list(
extend = 'collection',
buttons = c('csv', 'excel', 'pdf'),
text = 'Download'
)),
deferRender = TRUE,
scrollY = 420,
scroller = TRUE,
scrollX = TRUE),
escape = FALSE,
rownames = FALSE,
colnames = c("Investigador", "Grupo", "Artículos", "Capítulos",
"Libros", "Softwares", "Trabajos Dirigidos",
"Innovaciones", "Categoría",
"Formación","Inicio", "CvLAC"),
class = 'cell-border stripe')
})
# output$ex3 <- DT::renderDataTable(server = FALSE,{
#
# paises_general <- paises_general |>
# mutate(porcentaje = str_c(porcentaje," %"),
# pais_revista = if_else(is.na(pais_revista), "No registra", pais_revista)) |>
# datatable(extensions = c('Scroller','Buttons'),
# options = list(dom = 'Bfrtip',
# buttons =
# list('copy', list(
# extend = 'collection',
# buttons = c('csv', 'excel', 'pdf'),
# text = 'Download'
# )),
# deferRender = TRUE,
# scrollY = 420,
# scroller = TRUE,
# scrollX = TRUE),
# escape = FALSE,
# rownames = FALSE,
# colnames = c("País", "Cantidad", "Porcentaje"),
# class = 'cell-border stripe')
#
# })
# output$ex4 <- DT::renderDataTable(server = FALSE,{
#
# revistas_actuales <- revistas_actuales |>
# mutate(porcentaje = str_c(porcentaje," %")) |>
# datatable(filter = 'top',extensions = c('Scroller','Buttons'),
# options = list(dom = 'Bfrtip',
# buttons =
# list('copy', list(
# extend = 'collection',
# buttons = c('csv', 'excel', 'pdf'),
# text = 'Download'
# )),
# deferRender = TRUE,
# scrollY = 420,
# scroller = TRUE,
# scrollX = TRUE),
# rownames = FALSE,
# colnames = c('Revista', 'ISSN', 'Categoría Publindex',
# 'Categoría Scimago','Cantidad', 'Porcentaje'),
# class = 'cell-border stripe')
# })
output$articulo <- DT::renderDataTable(server = FALSE,{
articulos_2016_2020 <- as.data.frame(margaret()[["articulos"]])
articulos_2016_2020 <- articulos_2016_2020 |>
filter(ano >= filtro_fecha_min(),
ano <=filtro_fecha_max()) |>
select(-id) |>
mutate(DOI = str_extract(DOI, "\\d.*")) |>
mutate(DOI = str_c("<a href=","\"",
"https://doi.org/",
DOI,
"\"",
'" target="_blank">Link</a>'))
datatable(articulos_2016_2020 ,filter = 'top',extensions = c('Scroller','Buttons'),
options = list(dom = 'Bfrtip',
buttons =
list('copy', list(
extend = 'collection',
buttons = c('csv', 'excel', 'pdf'),
text = 'Download'
)),
deferRender = TRUE,
scrollY = 420,
scroller = TRUE,
scrollX = TRUE),
escape = FALSE,
class = ('cell-border stripe'),
colnames = c("Grupo", "Categoría", "Tipo producto",
"Título", "País revista", "Revista",
"ISSN","Categoría Publindex", "Categoría Scimago", "Año", "Volumen",
"Fasc","Paginas", "Enlace artículo", "Autores"))
})
output$capitulo <- DT::renderDataTable(server = FALSE,{
capitulos_2016_2020 <- as.data.frame(margaret()[["capitulos"]])
capitulos_2016_2020 <- capitulos_2016_2020 |>
filter(ano >= filtro_fecha_min(),
ano <=filtro_fecha_max()) |>
select(-vol, -tipo_producto)
datatable(capitulos_2016_2020 ,filter = 'top',extensions = c('Scroller','Buttons'),
options = list(dom = 'Bfrtip',
buttons =
list('copy', list(
extend = 'collection',
buttons = c('csv', 'excel', 'pdf'),
text = 'Download'
)),
deferRender = TRUE,
scrollY = 420,
scroller = TRUE,
scrollX = TRUE),
escape = FALSE,
rownames = FALSE,
colnames = c("Grupo", "Categoría",
"Título capitulo", "País", "Año",
"Titulo libro","ISBN", "Paginas", "Editorial",
"Autores"),
class = 'cell-border stripe')
})
output$libro <- DT::renderDataTable(server = FALSE,{
libros_2016_2020 <- as.data.frame(margaret()[["libros"]])
libros_2016_2020 <- libros_2016_2020 |>
filter(Ano >= filtro_fecha_min(),
Ano <=filtro_fecha_max()) |>
select(-Tipo_producto)
datatable(libros_2016_2020 ,filter = 'top', extensions = c('Scroller','Buttons'),
options = list(dom = 'Bfrtip',
buttons =
list('copy', list(
extend = 'collection',
buttons = c('csv', 'excel', 'pdf'),
text = 'Download'
)),
deferRender = TRUE,
scrollY = 420,
scroller = TRUE,
scrollX = TRUE),
escape = FALSE,
rownames = FALSE,
colnames = c("Grupo", "Categoría",
"Título libro", "País", "Año",
"ISBN","Editorial", "Autores"),
class = 'cell-border stripe')
})
output$software <- DT::renderDataTable(server = FALSE,{
software_2016_2020 <- as.data.frame(margaret()[["softwares"]])
software_2016_2020 <- software_2016_2020 |>
filter(ano >= filtro_fecha_min(),
ano <=filtro_fecha_max()) |>
select(-nombre_proyecto, -tipo_producto) |>
mutate(sitio_web= str_c("<a href=",
sitio_web,
'" target="_blank">Link</a>'))
datatable(software_2016_2020 ,filter = 'top', extensions = c('Scroller','Buttons'),
options = list(dom = 'Bfrtip',
buttons =
list('copy', list(
extend = 'collection',
buttons = c('csv', 'excel', 'pdf'),
text = 'Download'
)),
deferRender = TRUE,
scrollY = 420,
scroller = TRUE,
scrollX = TRUE),
escape = FALSE,
rownames = FALSE,
colnames = c("Grupo", "Categoría",
"Título", "País", "Año",
"Disponibilidad","Sitio web", "Nombre comercial", "Institución financiadora",
"Autores"),
class = 'cell-border stripe')
})
output$innovaciones <- DT::renderDataTable(server = FALSE,{
innovacion_2016_2020 <- as.data.frame(margaret()[["innovaciones_procesos"]])
innovacion_2016_2020 <- innovacion_2016_2020 |>
filter(ano >= filtro_fecha_min(),
ano <=filtro_fecha_max())
datatable(innovacion_2016_2020 ,filter = 'top',extensions = c('Scroller','Buttons'),
options = list(dom = 'Bfrtip',
buttons =
list('copy', list(
extend = 'collection',
buttons = c('csv', 'excel', 'pdf'),
text = 'Download'
)),
deferRender = TRUE,
scrollY = 420,
scroller = TRUE,
scrollX = TRUE),
escape = FALSE,
rownames = FALSE,
colnames = c("Grupo", "Categoría", "Tipo Producto",
"Título", "país", "Año",
"Disponibilidad","Institución financiadora", "Autores"),
class = 'cell-border stripe')
})
output$trabajosd <- DT::renderDataTable(server = FALSE,{
trabajo_2016_2020 <- as.data.frame(margaret()[["trabajos_dirigidos"]])
trabajo_2016_2020 <- trabajo_2016_2020 |>
mutate(hasta = str_remove(hasta, ".* "),
hasta = str_trim(hasta),
desde = str_remove(desde, "\\d.* "),
desde = str_trim(desde)) |>
filter(desde >= filtro_fecha_min(),
hasta <= filtro_fecha_max())
datatable(trabajo_2016_2020 ,filter = 'top', extensions = c('Scroller','Buttons'),
options = list(dom = 'Bfrtip',
buttons =
list('copy', list(
extend = 'collection',
buttons = c('csv', 'excel', 'pdf'),
text = 'Download'
)),
deferRender = TRUE,
scrollY = 420,
scroller = TRUE,
scrollX = TRUE),
escape = FALSE,
rownames = FALSE,
colnames = c("Grupo", "Categoría", "Tipo Producto",
"Título", "Desde", "Hasta",
"Tipo de Orientación","Estudiante", "Programa académico",
"Páginas", "Valoración", "Institución", "Tutor Coautor"),
class = 'cell-border stripe')
})
output$graf1 <- renderPlotly({
grupos_general2 <- as.data.frame(margaret()[["grupo_main_cleaned"]])
datos_clasi1 <- grupos_general2 |>
count(clasificacion) |>
arrange(desc(clasificacion)) |>
plot_ly(x = ~clasificacion, y = ~n, type = 'bar') |>
layout(title = 'Clasificación Grupos de investigación',
xaxis = list(title = ""),
yaxis = list(title = ""))
})
output$graf2 <- renderPlotly ({
datos_clasificacion <- as.data.frame(margaret()[["grupo_researcher_cleaned"]]) |>
count(grupo ,clasification) |>
arrange(desc(clasification))
plot_ly(datos_clasificacion ,labels= ~clasification, values=~n, type = 'pie') |>
layout(title = 'Categorías investigadores',
xaxis = list(showgrid = FALSE, zeroline = FALSE, showticklabels = FALSE),
yaxis = list(showgrid = FALSE, zeroline = FALSE, showticklabels = FALSE))
})
output$graf3 <- renderPlotly({
datos_revista <- as.data.frame(margaret()[["articulos"]]) |>
count(grupo ,categoria_revista) |>
arrange(desc(categoria_revista)) |>
mutate(categoria_revista = ifelse(is.na(categoria_revista),"N/A",categoria_revista))
plot_ly(datos_revista, labels= ~categoria_revista, values=~n, type = 'pie') |>
layout(title = 'Categorías revistas',
xaxis = list(showgrid = FALSE, zeroline = FALSE, showticklabels = FALSE),
yaxis = list(showgrid = FALSE, zeroline = FALSE, showticklabels = FALSE))
})
output$graf3_1 <- renderPlotly({
datos_revista <- as.data.frame(margaret()[["articulos"]]) |>
count(grupo ,SJR_Q) |>
arrange(desc(SJR_Q)) |>
mutate(SJR_Q = ifelse(is.na(SJR_Q),"N/A",SJR_Q))
plot_ly(datos_revista, labels= ~SJR_Q, values=~n, type = 'pie') |>
layout(title = 'Categorías revistas',
xaxis = list(showgrid = FALSE, zeroline = FALSE, showticklabels = FALSE),
yaxis = list(showgrid = FALSE, zeroline = FALSE, showticklabels = FALSE))
})
output$graf4 <- renderPlotly({
datos_produccion1 <- as.data.frame(margaret()[["articulos"]]) |>
select(categoria, ano, grupo) |>
count(ano, sort = FALSE, name = "producciones") |>
plot_ly(x = ~ano, y = ~producciones, type = 'scatter', mode = 'lines') |>
layout(title = "Producción articulos",
xaxis = list(title = "Año"),
yaxis = list(title = "Producción"))
})
output$graf5 <- renderPlotly({
datos_formacion <- as.data.frame(margaret()[["grupo_researcher_cleaned"]]) |>
count(grupo, posgrade) |>
arrange(desc(posgrade))
plot_ly(datos_formacion, labels= ~posgrade, values=~n, type = 'pie') |>
layout(title = 'Formación investigadores',
xaxis = list(showgrid = FALSE, zeroline = FALSE, showticklabels = FALSE),
yaxis = list(showgrid = FALSE, zeroline = FALSE, showticklabels = FALSE))
})
}
shinyApp(ui = ui , server = server)
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