R/read_file_srv.R

In d4t4tur/herramientas: Conjunto de funciones para el procesamiento de datos en la DNMyE

#' Leer archivos del server:
#' @description
#' Hace una conexión a la ruta indicada dentro de /srv/DataDNMYE/ y lee el archivo con una función acorde a la extensión del mismo.
#'
#' @param ruta Texto con la ruta específica del archivo a leer con su extensión (acepta los siguientes formatos: "rds", "csv", "sav", "txt", ".parquet", "xlsx", "xls", "gpkg", "geojson" y "kml") . Ej.: "aerocomercial/anac/base_anac_agrupada.rds".
#'
#' @param ... Parámetros para pasarle a la función de lectura subyacente:
#' - csv/txt: readr::read_delim
#' - rds: base::readRDS
#' - sav: readr::read_sav
#' - xlsx/xls: readxl::read_excel
#' - parquet: arrow::read_parquet
#' - gpkg/geojson/kml: sf::read_sf
#'
#'@export

read_file_srv <- function(ruta, ...) {


  ruta <- gsub(x = ruta, pattern = ".*/DataDNMYE/", replacement = "")

  ruta <- gsub(x = ruta, pattern = "//", replacement = "/")

  ext <- tools::file_ext(ruta)

  if (ext %in% c("csv", "rds", "xlsx", "xls", "txt", "sav", "parquet", "gpkg", "geojson", "kml")) {

    if(Sys.info()["nodename"] != "dev-rstudio-vra-ubuntu") {

      ruta <- stringr::str_replace_all(ruta, " ", "%20")

      con <- RCurl::getBinaryURL(url = paste0("sftp://", Sys.getenv("SRV_USER"),"@",Sys.getenv("SRV_IP"),
                                              "/DataDNMYE/", ruta),
                                 userpwd = paste0(Sys.getenv("SRV_USER"),":", Sys.getenv("SRV_CLAVE")),
                                 dirlistonly = FALSE)

      if (ext %in% c("csv","txt")) {

        readr::read_delim(con, ...)

      } else if (ext == "rds") {

        con <- gzcon(rawConnection(con))

        on.exit(close(con))

        base::readRDS(con, ...)

      } else if (ext == "sav") {

        con <- gzcon(rawConnection(con))

        on.exit(close(con))

        haven::read_sav(con, ...)

      } else if (ext %in% c("xlsx","xls"))  {

        tf <-  tempfile()

        writeBin(con, con = tf)

        readxl::read_excel(tf, ...)

      } else if (ext == "parquet") {

        arrow::read_parquet(con, ...)

      } else if (ext %in% c("gpkg","geojson","kml")) {

        tf <-  tempfile()

        writeBin(con, con = tf)

        suppressWarnings(sf::read_sf(tf, ...))

      }

    } else {

      con <- paste0("/srv/DataDNMYE/", ruta)

      if (ext %in% c("csv","txt")) {

        readr::read_delim(con, ...)

      } else if (ext == "rds") {

        base::readRDS(con, ...)

      } else if (ext == "sav") {

        haven::read_sav(con, ...)

      } else if (ext %in% c("xlsx","xls"))  {

        readxl::read_excel(con, ...)

      } else if (ext == "parquet") {

        arrow::read_parquet(con, ...)

      } else if (ext %in% c("gpkg","geojson","kml")) {

        sf::read_sf(con, ...)

      }
    }
  } else {

    message("Formato de archivo invalido")

  }

}