In fmsan51/blvibmjp: Individual Based Model of Bovine Leukemia Virus Spread in a Dairy Herd in Japan

knitr::opts_chunk$set(
  collapse = TRUE,
  comment = "#>",
  fig.path = "man/figures/README-",
  out.width = "100%"
)
options(datatable.print.nrows = 100,
        datatable.print.class = F)

blvibmjp

牛白血病ウイルス（BLV）の農場内での感染の広がり方をシミュレーションするパッケージです。

Installation

R、RStudioおよびRtoolsをインストールしていない場合、まずそちらをインストールする。
インストール方法参考：

• RおよびRStudioのインストール方法(Mac/Windows) - Qiita
• Rtoolsのインストール

次に、RStudioで次のコードを実行することで、このパッケージをインストールする。

# 初回のみ
install.packages("remotes")
remotes::install_github("fmsan51/blvibmjp")

Example

1. 以下のコードを実行すると、フォルダ名が表示される。

file.path(.libPaths()[1], "blvibmjp")

1. フォルダ内の input.xlsx を適当な場所にコピーして、牛・牛舎・移動などのデータを入力する。
   （とりあえず適当なデータでシミュレーションを試したい、という場合は同フォルダ内のテスト用データ（input_test.xlsx）を使ってみてください。）

2. 以下のようなコードを実行する。

# パッケージの読み込み
library(blvibmjp)

# シミュレーションの設定
param$simulation_length <- 60  # シミュレーション期間の長さ（月）
param$n_simulation <- 3  # シミュレーション回数
param$output_dir <- "result"  # シミュレーション結果の保存フォルダ

# 対策の設定
param$control_insects <- 0.3  # 吸血昆虫対策を行っている場合、対策により吸血昆虫がどれだけ減少するか（0.3＝30%に減少（7割減））
param$change_gloves <- TRUE  # 直検手袋を毎回交換するか（TRUE/FALSE）
param$feed_raw_colostrum <- FALSE  # 凍結・加温処理していない初乳を子牛に与えているか
# 他、詳細は help("param") 参照

# データの入力
data <- prepare_data(
  "C:\\Users\\xxx\\Desktop\\input.xlsx",  # データを入力したファイルの場所
  param)

param$output_dir <- "inst/extdata/readme_output"
data <- prepare_data("inst/input_test.xlsx", param)

# シミュレーションの実行（1回ごとに十数秒～数分）
simulate_blv_spread(data, param)

1. 以下のコードで表示されるフォルダ内に、シミュレーション結果（simulationXX.csv）が保存される。

output <- file.path(getwd(), param$output_dir)
output

1. シミュレーション結果をグラフ・表にする。

plot_prev(param, language = "Japanese")  # 陽性率の推移
plot_route(param, language = "Japanese")  # 感染原因別頭数
calc_prev(param, type = "prop")  # 月ごとの感染率
calc_prev(param, type = "count")  # 月ごとの感染牛頭数
calc_prev(param, type = "status")  # 月ごとの感染ステージ別頭数（s=非感染、ial=感染・無症状、ipl=持続性リンパ球増多症、ebl=地方病性牛白血病）

write.csv(calc_prev(param, type = "prop"), file.path(output, "prev.csv"))  # 表をcsvに保存（保存場所は 4. で表示されたフォルダ）

fmsan51/blvibmjp documentation built on Sept. 2, 2020, 9:04 p.m.