R/sykehus_fig2.R

In folkehelseinstituttet/dashboards_noispiah: Prevalensundersokelser av helsetjenesteassosierte infeksjoner og antibiotikabruk, NOIS-PIAH

#' Data_AndelAntibiotikaTilForebyggingOgBehandling
#' @param data a
#' @param arg a
#' @export Data_AndelAntibiotikaTilForebyggingOgBehandling
Data_AndelAntibiotikaTilForebyggingOgBehandling <- function(data, arg) {
  # data <- plan$data_get()
  # arg <- plan$analysis_get("sykehus_fig2")$arg

  temp <- data$da[PrevalensDato == arg$DATE_USE & !is.na(Klassifisering)]

  tab <- temp[, .(n = .N), by = .(Klassifisering)]
  tab[, denom := sum(n)]
  tab[, prop := n / denom]

  tab[, grouping := "Annet/ukjent"]
  tab[ Klassifisering %in% c(
    "Samfunnservervet infeksjon",
    "Helsetjenesteassosiert infeksjon"
  ), grouping := "Behandling"]
  tab[ Klassifisering %in% c(
    "Kirurgisk profylakse 1",
    "Kirurgisk profylakse 2",
    "Kirurgisk profylakse 3",
    "Medisinsk profylakse"
  ), grouping := "Forebygging"]

  return(tab)
}

#' Figure_AndelAntibiotikaTilForebyggingOgBehandling
#' @param data a
#' @param arg a
#' @export
Figure_AndelAntibiotikaTilForebyggingOgBehandling <- function(data, arg) {
  # data <- plan$data_get()
  # arg <- plan$analysis_get("sykehus_fig2")$arg

  tab <- Data_AndelAntibiotikaTilForebyggingOgBehandling(data = data, arg = arg)
  if (nrow(tab) == 0) {
    return(no_data_graph())
  }
  tab[, groupingLab := glue::glue("{grouping} (n={n})", grouping = grouping, n = sum(n)), by = grouping]

  tab[, xLab := sprintf("%s (n=%s)", Klassifisering, n)]
  setorder(tab, prop)
  tab[, xLab := factor(xLab, levels = xLab)]

  fillVals <- unique(tab[, c("grouping", "groupingLab")])
  skeleton <- data.table(
    grouping = c("Annet/ukjent", "Behandling", "Forebygging"),
    colours = c("gray", "green", "yellow")
  )
  fillVals <- merge(fillVals, skeleton, by = "grouping", all.y = T)
  fillVals[is.na(groupingLab), groupingLab := glue::glue("{grouping} (n=0)", grouping = grouping)]
  fillValsVector <- fillVals$colours
  names(fillValsVector) <- fillVals$groupingLab

  tab[, groupingLab := factor(groupingLab, levels = names(fillValsVector))]

  q <- ggplot(tab, aes(x = xLab, y = prop, fill = groupingLab))
  q <- q + geom_col(colour = "black", alpha = 1)
  q <- q + scale_x_discrete("Klassifisering (n=antall forskrivninger)")
  q <- q + scale_y_continuous("Andel (%) forskrivninger av antibiotika\ntil forebygging og behandling",
    labels = scales::percent,
    expand = c(0, 0),
    lim = c(0, max(tab$prop) * 1.1)
  )
  # q <- q + labs(main = "Andel antibiotika til forebygging og behandling")
  q <- q + coord_flip()
  q <- q + scale_fill_manual("", values = fillValsVector, drop = F)
  q <- q + fhiplot::theme_fhi_lines()
  q <- q + theme(legend.position = "bottom")
  # q <- q + theme(axis.title.y = element_text(hjust=0.5))
  lemon::grid_arrange_shared_legend(q)
}