R/CodonTable.R

In hase62/Neoantimon: Neoantimon: A multifunctional R package for identification of tumor-specific neoantigens

codon <- tolower(c("TTT","TTC","TTA","TTG","TCT","TCC","TCA","TCG","TAT","TAC","TAA",
                   "TAG","TGT","TGC","TGA","TGG","CTT","CTC","CTA","CTG","CCT","CCC","CCA","CCG",
                   "CAT","CAC","CAA","CAG","CGT","CGC","CGA","CGG","ATT","ATC","ATA","ATG","ACT",
                   "ACC","ACA","ACG","AAT","AAC","AAA","AAG","AGT","AGC","AGA","AGG","GTT","GTC",
                   "GTA","GTG","GCT","GCC","GCA","GCG","GAT","GAC","GAA","GAG","GGT","GGC","GGA","GGG",
                   "UUU","UUC","UUA","UUG","UCU","UCC","UCA","UCG","UAU","UAC","UAA",
                   "UAG","UGU","UGC","UGA","UGG","CUU","CUC","CUA","CUG","CCU","CCC","CCA","CCG",
                   "CAU","CAC","CAA","CAG","CGU","CGC","CGA","CGG","AUU","AUC","AUA","AUG","ACU",
                   "ACC","ACA","ACG","AAU","AAC","AAA","AAG","AGU","AGC","AGA","AGG","GUU","GUC",
                   "GUA","GUG","GCU","GCC","GCA","GCG","GAU","GAC","GAA","GAG","GGU","GGC","GGA","GGG"))

amino <- c("F","F","L","L","S","S","S","S","Y","Y","X","X","C","C","X","W",
           "L","L","L","L","P","P","P","P","H","H","Q","Q","R","R","R","R","I","I","I","M",
           "T","T","T","T","N","N","K","K","S","S","R","R","V","V","V","V","A","A","A","A",
           "D","D","E","E","G","G","G","G",
           "F","F","L","L","S","S","S","S","Y","Y","X","X","C","C","X","W",
           "L","L","L","L","P","P","P","P","H","H","Q","Q","R","R","R","R","I","I","I","M",
           "T","T","T","T","N","N","K","K","S","S","R","R","V","V","V","V","A","A","A","A",
           "D","D","E","E","G","G","G","G")

trans_from <- c("a", "t", "g", "c", "u")

trans_to   <- c("t", "a", "c", "g", "a")