R/s4_aantal.R

In inbo/LSVI: Rekenmodule Lokale Staat Van Instandhouding van habitattypen

#' S4-klasse die aantal soorten met een bepaalde bedekking berekent
#'
#' Deze klasse Aantal staat in voor de berekening van waarden voor
#' TypeVariabele Aantal op basis van opgegeven kenmerken.  Ze is een nakomeling
#' van de klasse AnalyseVariabele.
#'
#' @slot Kenmerken dataframe met alle opgegeven kenmerken, met velden
#' Vegetatielaag, Kenmerk, TypeKenmerk, WaardeMin en WaardeMax
#'
#' @importFrom methods setClass setMethod
#' @importFrom dplyr %>% mutate row_number filter
#'
#' @noRd
#'
#' @include s4_AnalyseVariabele.R
setClass(
  Class = "aantal",
  representation =
    representation(),
  contains = "AnalyseVariabele"
)

setMethod(
  f = "berekenWaarde",
  signature = "aantal",
  definition = function(object) {

    Kenmerken <- object@Kenmerken
    #Als er meer NA's zijn in WaardeMax dan in WaardeMin, wil dit zeggen dat
    #er aan-/afwezigheden opgegeven zijn in plaats van bedekkingen
    #Als er in dat geval een subvoorwaarde opgegeven is, zijn we niet
    #zeker of aan de subvoorwaarde voldaan is, dus we berekenen beide opties
    #en geven een warning als de opties niet hetzelfde resultaat opleveren
    if (
      (sum(is.na(Kenmerken$WaardeMin)) < sum(is.na(Kenmerken$WaardeMax))) &
      !identical(object@SubAnalyseVariabele, character(0))
    ) {
      Kenmerken <-
        Kenmerken %>%
        mutate(
          WaardeMax =
            ifelse(
              is.na(.data$WaardeMax) & .data$WaardeMin == 0,
              0,
              .data$WaardeMax
            )
        )
      Problemen <-
        (Kenmerken %>%
           mutate(
             Rijnummers = row_number(.data$ID)
           ) %>%
           filter(
             is.na(.data$WaardeMax) & .data$WaardeMin == 1
           )
        )$Rijnummers

      KenmerkenMax <- Kenmerken
      if (length(Problemen) > 0) {
        KenmerkenMax[Problemen, ]$WaardeMin <- 1
        KenmerkenMax[Problemen, ]$WaardeMax <- 1
      }
      ResultaatMax <-
        selecteerKenmerkenInOpname(
          KenmerkenMax,
          object@Soortengroep,
          object@Studiegroep,
          object@SubAnalyseVariabele,
          object@SubRefMin,
          object@SubRefMax,
          object@SubOperator
        )
      if (length(ResultaatMax) == 1 & all(is.na(ResultaatMax))) {
        return(NA)
      }
      AantalMax <- nrow(ResultaatMax)

      KenmerkenMin <- Kenmerken
      if (length(Problemen) > 0) {
        KenmerkenMin[Problemen, ]$WaardeMin <- 0
        KenmerkenMin[Problemen, ]$WaardeMax <- 0
      }
      ResultaatMin <-
        selecteerKenmerkenInOpname(
          KenmerkenMin,
          object@Soortengroep,
          object@Studiegroep,
          object@SubAnalyseVariabele,
          object@SubRefMin,
          object@SubRefMax,
          object@SubOperator
        )
      if (length(ResultaatMin) == 1 & all(is.na(ResultaatMin))) {
        AantalMin <- 0
      }
      AantalMin <- nrow(ResultaatMin)

      Aantal <- c(AantalMin, AantalMax)
      if (AantalMin != AantalMax) {
        warning("aan- of afwezigheid aantal")
      }
    } else {
      Resultaat <-
        selecteerKenmerkenInOpname(
          object@Kenmerken,
          object@Soortengroep,
          object@Studiegroep,
          object@SubAnalyseVariabele,
          object@SubRefMin,
          object@SubRefMax,
          object@SubOperator
        )

      if (length(Resultaat) == 1 & all(is.na(Resultaat))) {
        return(NA)
      }

      Aantal <- nrow(Resultaat)
    }

    return(Aantal)
  }
)