R/poissons.histogramme.R

In jbfagotfede39/aquatools: Tools for freshwater managers

#' Affichage d'histogrammes taille-effectif
#'
#' Cette fonction permet de réaliser des histogrammes taille-effectif de poissons
#' @name poissons.histogramme
#' @param Captures Dataframe contenant les captures
#' @keywords poissons
#' @import tidyverse
#' @export
#' @examples
#' poissons.histogramme(Captures)

##### TODO LIST #####
# 
#####################

poissons.histogramme <- function(
  Captures = Captures,
  Titre = "",
  format = ".png",
  export = F
)
{
  
  #### Palette de couleurs ####
  data(PalettePoissons) # Pour charger la liste complète des espèces
  
  #### Contexte ####
  Contexte <- Captures %>% dplyr::select(nom) %>% distinct() %>% ungroup()
  Contexte$nbannees <- Captures %>% dplyr::select(datedebut) %>% mutate(Annee = year(datedebut)) %>% n_distinct()
  if(Contexte$nbannees == 1) Contexte <- Captures %>% dplyr::select(datedebut) %>% mutate(Annee = year(datedebut)) %>% distinct() %>% ungroup() %>% bind_cols(Contexte)
  Contexte$nbespeces <- Captures %>% dplyr::select(codeespece) %>% n_distinct()
  if(Contexte$nbespeces == 1) Contexte <- Captures %>% dplyr::select(codeespece) %>% distinct() %>% ungroup() %>% bind_cols(Contexte)
  
  #### Calcul des classes de taille ####
  if("classetaille" %in% colnames(Captures) == FALSE){
    Captures <- poissons.classes(Captures)
  }
  
  #### Dénombrement par classes de taille ####
  CapturesV2 <-
    Captures %>% 
    group_by(nom, datedebut, codeespece, classetaille) %>% 
    summarise(nombre = sum(nombre)) %>% 
    ungroup()
  
  #### Mono-date mono-station mono-espece classe sans ####
  if(nrow(distinct(Captures, nom, datedebut, codeespece)) == 1){
    MdMsMeCs <- ggplot(Captures, aes(x=taillemoy)) + geom_bar(aes(weight = nombre), width=1.5, fill="steelblue")
    MdMsMeCs <- MdMsMeCs + labs(y = "Nombre d'individus", x = "Taille moyenne (mm)",title = paste0(Contexte$nom," - ",Contexte$Annee, " - ", Contexte$codeespece )) 
    MdMsMeCs <- MdMsMeCs + theme_linedraw() 
    MdMsMeCs <- MdMsMeCs + theme(strip.text = element_text(size = rel(1)))
    MdMsMeCs <-  MdMsMeCs + theme (axis.text.x = element_text(face="bold", size=8))
    if(max(CapturesV2$nombre) < 5){MdMsMeCs <-  MdMsMeCs + ylim(0,5)}
    if(max(CapturesV2$nombre) < 5){MdMsMeCs <- MdMsMeCs + xlim (0,300)}
    MdMsMeCs <- MdMsMeCs + theme(legend.position='none')
    MdMsMeCs
    
    # Exportation/sortie #
    if(export==T){ggsave(paste0("./", Contexte$nom,"/PoissonsHistogramme/Annee/SansClasse/","PoissonsHistogramme-SansClasse-", Contexte$nom, "_", Contexte$Annee, "_", Contexte$codeespece, format , sep=""))}
    if(export==F){return(MdMsMeCs)}
    
    
    #if(nrow(Captures %>% filter(nombre == 1) %>% distinct()) == 1){warning("Il y a plusieurs espèces")}
    
  }
  #### Traitement mono-date mono-station ####
  if(nrow(distinct(Captures, nom, datedebut)) == 1){
    
    ### Mono-date mono-station multi-espece classe avec ###
    MdMsMUeCa <- ggplot(Captures, aes(x = classetaille, y=nombre, fill = codeespece)) + geom_bar(stat="identity", position=position_dodge())
    MdMsMUeCa <- MdMsMUeCa + scale_fill_manual(values = PalettePoissons)
    MdMsMUeCa <- MdMsMUeCa + labs(y = "Nombre d'individus", x = "Taille moyenne (mm)", title = paste0(Contexte$nom," - ",Contexte$Annee, " - ", Contexte$codeespece)) 
    MdMsMUeCa <- MdMsMUeCa + labs(fill = "Espèce")
    MdMsMUeCa <- MdMsMUeCa + theme_linedraw() 
    MdMsMUeCa <- MdMsMUeCa + theme(strip.text = element_text(size = rel(1)))
    MdMsMUeCa <- MdMsMUeCa + theme (axis.text.x = element_text(face="bold", size=8, angle=45))
    if(max(Captures$nombre) < 5){ MdMsMUeCa <- MdMsMUeCa + ylim(0,5)}
    MdMsMUeCa <- MdMsMUeCa + theme(legend.position='none')
    MdMsMUeCa
    # Exportation/sortie #
    if(export==T){ggsave(paste0("./", Contexte$nom,"/PoissonsHistogramme/Annee/Classe/","PoissonsHistogramme-Classe-", Contexte$nom, "_", Contexte$Annee, "_", Contexte$codeespece, format , sep=""))}
    if(export==F){return(MdMsMUeCa)}
  }
  
  #### Traitement multi-date mono-station ####
    ### Multi-dates mono-station multi-espece classe sans ###
  if(nrow(distinct(Captures, nom, datedebut, codeespece)) != 1){
    MUdMsMUeCs <- ggplot(Captures, aes(x=taillemoy)) + geom_bar(aes(weight = nombre), width=1.5, fill="steelblue")
    MUdMsMUeCs <- MUdMsMUeCs + labs(y = "Nombre d'individus", x = "Taille moyenne (mm)",title = paste0(Contexte$nom, " - ", Contexte$codeespece )) 
    MUdMsMUeCs <- MUdMsMUeCs + theme_linedraw() 
    MUdMsMUeCs <- MUdMsMUeCs + facet_wrap(datedebut~.,scales='fixed')
    MUdMsMUeCs <- MUdMsMUeCs + theme(strip.text = element_text(size = rel(1)))
    MUdMsMUeCs <-  MUdMsMUeCs + theme (axis.text.x = element_text(face="bold", size=8))
    if(max(CapturesV2$nombre) < 5){MUdMsMUeCs <-  MUdMsMUeCs + ylim(0,5)}
    if(max(CapturesV2$nombre) < 5){MUdMsMUeCs <- MUdMsMUeCs + xlim (0,300)}
    MUdMsMUeCs <- MUdMsMUeCs + theme(legend.position='none')
    MUdMsMUeCs
    
    # Exportation/sortie #
    if(export==T){ggsave(paste0("./", Contexte$nom,"/PoissonsHistogramme/Interannuelle/SansClasse/","PoissonsHistogramme-Interannuelle-SansClasse-", Contexte$nom, "_", Contexte$codeespece, format , sep=""))}
    if(export==F){return(MUdMsMUeCs)}
  }
    
    ### Multi-dates mono-station multi-espece classe avec ###
  if(nrow(distinct(Captures, nom, datedebut)) != 1){
    warning("Attention il y a plusieurs couples nom, datedebut, dans le jeu de données : représentations mono-date mono-station impossibles")
    MUdMsMUeCa <- ggplot(Captures, aes(x = classetaille, y=nombre, fill = codeespece)) + geom_bar(stat="identity", position=position_dodge())
    MUdMsMUeCa <- MUdMsMUeCa + scale_fill_manual(values = PalettePoissons)
    MUdMsMUeCa <- MUdMsMUeCa + labs(y = "Nombre d'individus", x = "Taille moyenne (mm)", title = paste0(Contexte$nom," - ",Contexte$codeespece))
    MUdMsMUeCa <- MUdMsMUeCa + labs(fill = "Espèce")
    MUdMsMUeCa <- MUdMsMUeCa + theme_linedraw() 
    MUdMsMUeCa <- MUdMsMUeCa + theme(strip.text = element_text(size = rel(1)))
    MUdMsMUeCa <- MUdMsMUeCa + facet_wrap(datedebut~.,scales='fixed')
    MUdMsMUeCa <- MUdMsMUeCa + theme (axis.text.x = element_text(face="bold", size=5, angle=45))
    MUdMsMUeCa <- MUdMsMUeCa + theme(legend.position='none')
    MUdMsMUeCa
    
    # Exportation/sortie #
    if(export==T){ggsave(paste0("./",Contexte$nom,"/PoissonsHistogramme/Interannuelle/Classe/","PoissonsHistogramme-Interannuelle-",Contexte$nom,"_",Contexte$codeespece,format , sep=""))}
    if(export==F){return(MUdMsMUeCa)}
  }
  
} # Fin de la fonction