Description Usage Arguments Value Author(s) Examples
View source: R/prepareComparison.R
Prepara los datos de un comparaci<c3><b3>n de m niveles para usar en las funciones prepLearnSets i createClassif.
1 |
BD |
data.frame donde las filas son las muestras y las columnas los features adem<c3><a1>s de una columna con el grupo o condici<c3><b3>n experimental |
cond |
vector de strings que indique las diferentes condiciones experimentales en el orden que se desee. (p.e. c("bb","a")) |
Y |
nombre de la columna en formato string donde se indica la condici<c3><b3>n experimental |
appLog |
valor l<c3><b3>gico que indica si se aplica logaritmo en base 2 a los datos. |
data.comp: data.frame original, donde las filas son las muestras (de las condiciones experimentales indicadas) y las columnas los "features". IMPORTANTE: no son necesariamente en formato n<c3><ba>merico.
X: matriz num<c3><a9>rica, donde las filas son las muestras (de las condiciones experimentales indicadas) y las columnas los "features"
Y: vector "factor", donde se indica la condici<c3><b3>n experimental correspondiente a cada una de las muestras
Miriam Mota mmota.foix@gmail.com
1 2 3 4 5 6 | dat.prov <- data.frame(matrix(rnorm(1000),ncol=20))
colnames(dat.prov) <- paste0("gen",1:dim(dat.prov)[2])
rownames(dat.prov) <- paste0("sample",1:dim(dat.prov)[1])
dim(dat.prov)
dat.prov$condition <- c(rep("at.3",20),rep("b",20),rep("cc.4",10))
BvsA <- prepComp(BD = dat.prov, cond = c("b","a"), Y = "condition")
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