prepComp: A prepComp Function

Description Usage Arguments Value Author(s) Examples

View source: R/prepareComparison.R

Description

Prepara los datos de un comparación de m niveles para usar en las funciones prepLearnSets i createClassif.

Usage

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prepComp(BD, cond, Y, appLog = FALSE)

Arguments

BD

data.frame donde las filas son las muestras y las columnas los features además de una columna con el grupo o condición experimental

cond

vector de strings que indique las diferentes condiciones experimentales en el orden que se desee. (p.e. c("bb","a"))

Y

nombre de la columna en formato string donde se indica la condición experimental

appLog

valor lógico que indica si se aplica logaritmo en base 2 a los datos.

Value

data.comp: data.frame original, donde las filas son las muestras (de las condiciones experimentales indicadas) y las columnas los "features". IMPORTANTE: no son necesariamente en formato númerico.

X: matriz numérica, donde las filas son las muestras (de las condiciones experimentales indicadas) y las columnas los "features"

Y: vector "factor", donde se indica la condición experimental correspondiente a cada una de las muestras

Author(s)

Miriam Mota [email protected]

Examples

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dat.prov <- data.frame(matrix(rnorm(1000),ncol=20))
colnames(dat.prov) <- paste0("gen",1:dim(dat.prov)[2])
rownames(dat.prov) <- paste0("sample",1:dim(dat.prov)[1])
dim(dat.prov)
dat.prov$condition <- c(rep("at.3",20),rep("b",20),rep("cc.4",10))
BvsA <- prepComp(BD = dat.prov, cond = c("b","a"), Y = "condition")

miriamMota/biom documentation built on April 13, 2018, 7:32 p.m.