certedata: Tools for Data Analysis at Certe

Description Usage Arguments Details See Also Examples

Gegevens van Certe Medische Microbiologie uit de Certe-database downloaden. De benodigde tabellen worden als LEFT JOIN automatisch toegevoegd op basis van de input bij where en select. Nadien kan met qry de query bekeken worden, die als eigenschap bij het object opgeslagen wordt.

certedb_getmmb haalt orders en resultaten op, met uitslagen.
certedb_getmmb_tat haalt van deze orders de doorlooptijden op (TAT = Turn Around Time).

certedb_getmmb(dates = NULL, where = NULL, select_preset = "mmb",
  preset = "mmb", select = NULL, add_cols = NULL, limit = 1e+07,
  con = NULL, dbname = "certemmb", info = TRUE,
  first_isolates = FALSE, eucast_rules = "all", MIC = FALSE,
  zipcodes = FALSE, ziplength = 3, tat_hours = FALSE,
  only_real_patients = TRUE, only_conducted_tests = TRUE,
  only_show_query = FALSE,
  review_where = as.logical(min(c(getOption("review_where", TRUE), info,
  interactive()))), ...)

certedb_getmmb_tat(dates = NULL, where = NULL, add_cols = NULL,
  limit = 1e+07, con = NULL, dbname = "certemmb", info = TRUE,
  only_real_patients = TRUE, only_conducted_tests = TRUE,
  only_show_query = FALSE, ...)

`dates`	Standaard is dit hele jaar. Geldige opties zijn: leeg (selecteert dit hele jaar) of een vector met 2 datums (bestaande uit oudste en nieuwste datum) of een enkele datum (einddatum wordt laatste dag van dat jaar).
`where`	Standaard is leeg. Syntax om toe te voegen aan de WHERE-clausule. R-syntax wordt omgezet naar SQL-syntax, zie Examples. Deze syntax wordt geëvalueerd, dus gebruik van variabelen is ook mogelijk, zoals `certedb_getmmb(where = where(o.jaar == mijnjaar))`. NB. Wanneer tabelvelden in meerdere brontabellen voorkomen, moet de tabelreferentie opgegeven worden. Zie Details voor de tabelreferenties en Examples voor voorbeelden.
`select_preset, preset`	Standaard is `"mmb"` of `"tat"` bij doorlooptijden. Variabelen om te selecteren volgens de voorgedefinieerde lijst met variabelen, zie `preset.list`. Kan ook een vector met meerdere presets zijn. Voor het selecteren van de eerste preset uit de huidige map (bestandsnaam moet beginnen met `"preset"`), gebruik `select_preset = preset.thisfolder()`.
`select`	Standaard is leeg. Variabelen om handmatig te selecteren. Deze kunnen het best geselecteerd worden met `db` en dit overschrijft `select_preset`.
`add_cols`	Standaard is leeg. Variabelen in een vector of `list` om extra te selecteren. Deze kunnen het best geselecteerd worden met `db`. Gebruik `add_cols = c("naam" = db$t.kolom)` voor `"t.kolom AS naam"`.
`limit`	Standaard is 10.000.000. Het aantal rijen dat maximaal opgehaald moet worden.
`con`	Standaard is leeg, waarmee de verbinding gemaakt wordt op basis van de omgevingsvariabelen van de huidige gebruiker: `"DB_HOST"`, `"DB_PORT"`, `"DB_USERNAME"` en `"DB_PASSWORD"`.
`dbname`	Standaard is `"certemmb"`. Naam van de database die geselecteerd moet worden. Wordt genegeerd als `con` al een bestaande verbinding is.
`info`	Standaard is `TRUE`. Printen van voortgang en het uiteindelijke aantal rijen en kolommen dat gedownload is.
`first_isolates`	Standaard is `FALSE`. Bepaling van eerste isolaten toevoegen.
`eucast_rules`	Standaard is `"all"`. EUCAST expert rules toepassen, zie `eucast_rules`.
`MIC`	Standaard is `FALSE`. Toevoegen van MIC's aan alle RSI-kolommen van de de standaard query (i.e. zonder dat `select` gebruikt wordt).
`zipcodes`	Standaard is `FALSE`. Toevoegen van postcodes van de patiënt, als `p.postcode`. Met name voor gebruik met `get_map` en `plot2.map`.
`ziplength`	Standaard is `3`. De gewenste lengte van de postcode.
`tat_hours`	Standaard is `TRUE`. Turn-around-times toevoegen in uren (alleen voor doorlooptijden).
`only_real_patients`	Standaard is `TRUE`. Hiermee worden alleen daadwerkelijke patiënten gedownload (geen rondzendingen en testorders). Dit voegt automatisch `AND u.is_echte_patient = TRUE` toe aan de `WHERE`.
`only_conducted_tests`	Standaard is `TRUE`. Hiermee worden alleen verrichte testen gedownload (geen testen die niet verricht zijn). Dit voegt automatisch `AND u.is_verricht = TRUE` toe aan de `WHERE`.
`only_show_query`	Standaard is `FALSE`. Draait de query niet, maar toont hem alleen.
`review_where`	Standaard is `FALSE` als `info = FALSE` of de sessie in niet-interactief (RMarkdown). Bij een interactieve sessie (d.w.z. niet in RMarkdown) wordt de WHERE weergegeven die de gebruiker moet accorderen. Dit kan standaard op `FALSE` gezet worden met `getOption("review_where")`.
`...`	Overige parameters die doorgegeven worden aan `certedb_query`, zoals `auto_transform` en `timezone`.

Voor gebruik van where staan hieronder de tabelreferenties. Deze zijn ook beschikbaar via de list db:

a
temporary_certemm_aanvragers_praktijken
aanvr
temporary_certemm_aanvragers_praktijken
beh
temporary_certemm_aanvragers_praktijken
b
temporary_certemm_bacterienlijst
d
temporary_certemm_aanmaakdatums
dlt (alleen voor doorlooptijden)
temporary_certemm_doorlooptijden
i
temporary_certemm_isolaten_rsi
i_mic
temporary_certemm_isolaten_mic
l_instelling
temporary_certemm_locaties
l_ontvangst
temporary_certemm_locaties
l_uitvoer
temporary_certemm_locaties
m
temporary_certemm_materiaalgroepen
o
temporary_certemm_orders
p
certemm_pat
pat
temporary_certemm_patienten
t
temporary_certemm_testgroepen
u
temporary_certemm_uitslagen

Locatie wordt dus op drie manieren gekoppeld; als l_instelling (op o.instelling, zoals huisarts), als l_ontvangst (op o.recsitenb, zoals Assen) en als l_uitvoer (op u.uitvafd, zoals Moleculair).

certedb_query voor het direct gebruik van query's.

################
# MMB-gegevens #
################
mmb.2017_Q1 <- certedb_getmmb(dates = c("2017-01-01", "2017-03-31")

mmb.2018 <- certedb_getmmb(2018)


# GEBRUIK VAN PRESETS:

# zoeken naar preset_mmb.sql in de map Sys.getenv("R_REFMAP")
data <- certedb_getmmb(2018,
                       select_preset = "mmb")

# zoeken naar preset_VOLUMES.sql in de map Sys.getenv("R_REFMAP")
data <- certedb_getmmb(2018,
                       select_preset = "VOLUMES")

# zoeken naar eerste preset_*.sql in huidige map
data <- certedb_getmmb(2018,
                       select_preset = preset.thisfolder())


# GEBRUIK VAN WHERE:
# Het object `db` is een lijst met alle tabelvelden.

# Typ de WHERE in gewone SQL-taal:
data <- certedb_getmmb(2018,
                       where = "o.instelling = 'MZ'")

data <- certedb_getmmb(dates = c(2015, 2018),
                       where = "a.zorglijn = 'Eerste lijn'")


# Of in R-syntax; dit wordt vertaald naar SQL-syntax, dus dit werkt hetzelfde:
data <- certedb_getmmb(2018,
                       where = db$a.postcode %in% c("1234AA", "1234BB"))
data <- certedb_getmmb(2018,
                       where = a.postcode %in% c("1234AA", "1234BB"))
data <- certedb_getmmb(2018,
                       where = "a.postcode IN ('1234AA', '1234BB')")
                       
# Specifieke microorganismen:
data <- certedb_getmmb(2018, where(db$b.bacteriecode == mo_certe("T. vaginalis")))

# Wanneer de WHERE gevat wordt in de functie `where`:
data <- certedb_getmmb(2018,
                       where = where(db$a.postcode %in% c("1234AA", "1234BB")))
data <- certedb_getmmb(2018,
                       where(db$a.postcode %in% c("1234AA", "1234BB")))


# Reguliere expressie:
data <- certedb_getmmb(2018,
                       where = db$a.postcode %like% "1234")
data <- certedb_getmmb(2018,
                       where(db$a.postcode %like% "1234"))
data <- certedb_getmmb(2018,
                       where = "a.postcode REGEXP '1234'")

# Logische negatie:
data <- certedb_getmmb(2018,
                       where(!db$a.postcode %like% "1234"))
data <- certedb_getmmb(2018,
                       where = "a.postcode NOT REGEXP '1234'")

# Variabelen uit de Global Environment:
postcodelijst <- c("1234AA", "1234BB")
data <- certedb_getmmb(2018,
                       where(db$a.postcode %in% postcodelijst))
data <- certedb_getmmb(2018,
                       where = "a.postcode IN ('1234AA','1234BB')")

# Getallenbereik:
data <- certedb_getmmb(where = where(db$o.jaar %in% c(2012:2015)
                                     & db$o.kwartaal %in% 1:3))
data <- certedb_getmmb(where = "o.jaar IN (2012, 2013, 2014, 2015)
                               AND o.kwartaal IN (1, 2, 3)")
# (deze laatste overschrijft `dates`)

##################
# Doorlooptijden #
##################
# voorbeelden voor GeneXpert-testen:
data <- certedb_getmmb_tat(2018,
                           where(db$t.testcode %like% "^PX"))

data <- certedb_getmmb_tat(2018,
                           where(db$t.apparaat == "GeneXpert"))

data <- certedb_getmmb_tat(2018,
                           where(db$t.testcode == "PXNORO"))