R/kernel.R

Defines functions getGram transform.sob standard K.sob.prod K.sob k4 k2 k1 K.laplace K.gauss2 K.gauss

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#### kernels ####
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K.gauss <- function(x,y,sigma=1){
  return(exp(-sum((x-y)^2) / sigma^2))
}

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# standardize L2-norm=1
K.gauss2 <- function(x,y,sigma=1){
  return(dnorm( sqrt(sum((x-y)^2)), mean=0, sd=sigma))
}

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K.laplace <- function(x,y,alpha){
  return(exp(-alpha*sum(abs(x-y))))
}


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##### Sobolev RK function ######
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# not optimized

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k1 <- function(t){
  return(t-.5)
}

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k2 <- function(t){
  return( (k1(t)^2-1/12)/2 )
}

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k4 <- function(t){
  return( (k1(t)^4-k1(t)^2/2+7/240)/24 )
}

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K.sob <- function(s,t){
  ans <- 1 + k1(s)*k1(t) + k2(s)*k2(t) - k4(abs(s-t))
  return(ans)
}

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K.sob.prod <- function(x, y){
  p <- length(x)
  out <- 1
  for (j in (1:p)){
    out <- out*K.sob(x[j], y[j])
  }
  return(out)
}

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standard <- function(x){
  return((x-mean(x))/sd(x))
}

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transform.sob <- function(X){
  Xlim <- apply(X, 2, range)
  Xstd <- matrix(nr=nrow(X), nc=ncol(X))
  for (i in (1:ncol(X))){
    Xstd[,i] <- (X[,i]-Xlim[1,i])/diff(Xlim[,i])
  }
  return(list(Xstd=Xstd, Xlim=Xlim))
}


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#### general function to produce Gram matrix #####
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getGram <- function(X, standardize=T, ker="sob", sigma=1, alpha=1){
  # note that sobolev kernel is not compatible with standardize=T, and it requires X to be
  # transformed to [0,1]^p
  if (ker=="sob") standardize <- F
  if (standardize) X <- apply(X, 2, standard)
  N <- nrow(X)
  K <- matrix(nr=N, nc=N)
  for (i in (1:N)){
    for (j in (1:N)){
      if (ker=="gauss"){
        K[i,j] <- K.gauss(X[i,], X[j,], sigma=sigma)
      } else if (ker=="gauss2"){
        K[i,j] <- K.gauss2(X[i,], X[j,], sigma=sigma)
      } else if (ker=="laplace"){
        K[i,j] <- K.laplace(X[i,], X[j,], alpha=alpha)
      } else if (ker=="sob"){
        K[i,j] <- K.sob.prod(X[i,], X[j,])
      }
    }
  }
  return(K)
}
raymondkww/ATE.ncb documentation built on Nov. 5, 2019, 3:02 a.m.