vignettes/FACETS.R

In rptashkin/facets2n: Cellular Faction and Copy Numbers from Tumor Sequencing

### R code from vignette source 'FACETS.Rnw'
### Encoding: UTF-8

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### code chunk number 1: FACETS.Rnw:73-75
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datafile = system.file("extdata", "stomach.csv.gz", package="facets2n")
head(read.csv(datafile)[,c(1:2,5:12)])


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### code chunk number 2: FACETS.Rnw:88-89
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library(facets2n)


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### code chunk number 3: FACETS.Rnw:114-118
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set.seed(1234)
datafile = system.file("extdata", "stomach.csv.gz", package="facets2n")
rcmat = readSnpMatrix(datafile)
xx = preProcSample(rcmat)


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### code chunk number 4: FACETS.Rnw:130-131
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oo=procSample(xx,cval=150)


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### code chunk number 5: FACETS.Rnw:143-144
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oo$dipLogR


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### code chunk number 6: FACETS.Rnw:151-152
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fit=emcncf(oo)


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### code chunk number 7: FACETS.Rnw:181-182
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head(fit$cncf)


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### code chunk number 8: FACETS.Rnw:194-195
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fit$purity


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### code chunk number 9: FACETS.Rnw:198-199
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fit$ploidy


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### code chunk number 10: FACETS.Rnw:205-206
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plotSample(x=oo,emfit=fit)


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### code chunk number 11: FACETS.Rnw:219-220
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logRlogORspider(oo$out, oo$dipLogR)


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### code chunk number 12: FACETS.Rnw:247-248
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fit2=emcncf2(oo)


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### code chunk number 13: FACETS.Rnw:253-254
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head(fit2$cncf)