inst/unitTests/test_slides.R

In vjcitn/GenomicRangesGHA: Representation and manipulation of genomic intervals; demo with github actions binary generation

   

test_slides = function() {
   ### R code from vignette source 'GRanges_and_GRangesList_slides.Rnw'
   
   ###################################################
   ### code chunk number 1: setup
   ###################################################
   options(width=84)
   plotRanges <- function(x, xlim = x, main = deparse(substitute(x)),
                          col = "black", sep = 0.5, ...)
   {
     height <- 1
     if (is(xlim, "IntegerRanges"))
       xlim <- c(min(start(xlim)), max(end(xlim)))
     bins <- disjointBins(IRanges(start(x), end(x) + 1))
     plot.new()
     par(mai=c(0.5, 0.2, 1.2, 0.2))
     plot.window(xlim, c(0, max(bins)*(height + sep)))
     ybottom <- bins * (sep + height) - height
     rect(start(x)-0.5, ybottom, end(x)+0.5, ybottom + height, col = col, ...)
     title(main, cex.main=2.8, font.main=1)
     axis(1)
   }
   
   
   ###################################################
   ### code chunk number 2: GRanges_constructor
   ###################################################
   library(GenomicRangesGHA)
   gr1 <- GRanges(seqnames=Rle(c("ch1", "chMT"), c(2, 4)),
                  ranges=IRanges(16:21, 20),
                  strand=rep(c("+", "-", "*"), 2))
   gr1
   
   
   ###################################################
   ### code chunk number 3: GRanges_accessors1
   ###################################################
   length(gr1)
   seqnames(gr1)
   ranges(gr1)
   
   
   ###################################################
   ### code chunk number 4: GRanges_accessors2
   ###################################################
   start(gr1)
   end(gr1)
   width(gr1)
   strand(gr1)
   strand(gr1) <- c("-", "-", "+")
   strand(gr1)
   
   
   ###################################################
   ### code chunk number 5: GRanges_accessors3
   ###################################################
   names(gr1) <- LETTERS[1:6]
   gr1
   names(gr1)
   
   
   ###################################################
   ### code chunk number 6: GRanges_accessors4
   ###################################################
   mcols(gr1) <- DataFrame(score=11:16, GC=seq(1, 0, length=6))
   gr1
   mcols(gr1)
   
   
   ###################################################
   ### code chunk number 7: GRanges_accessors5
   ###################################################
   seqinfo(gr1)
   seqlevels(gr1)
   seqlengths(gr1)
   seqlengths(gr1) <- c(50000, 800)
   seqlengths(gr1)
   
   
   ###################################################
   ### code chunk number 8: GRanges_Vector_ops1
   ###################################################
   gr1[c("F", "A")]
   gr1[strand(gr1) == "+"]
   
   
   ###################################################
   ### code chunk number 9: GRanges_Vector_ops2
   ###################################################
   gr1 <- gr1[-5]
   gr1
   
   
   ###################################################
   ### code chunk number 10: GRanges_Vector_ops3
   ###################################################
   gr2 <- GRanges(seqnames="ch2",
                  ranges=IRanges(start=c(2:1,2), width=6),
                  score=15:13,
                  GC=seq(0, 0.4, length=3))
   suppressWarnings({gr12 <- c(gr1, gr2)})
   gr12
   
   
   ###################################################
   ### code chunk number 11: GRanges_Vector_ops4
   ###################################################
   gr12[length(gr12)] == gr12
   duplicated(gr12)
   unique(gr12)
   
   
   ###################################################
   ### code chunk number 12: GRanges_sort
   ###################################################
   sort(gr12)
   
   
   ###################################################
   ### code chunk number 13: GRanges_split
   ###################################################
   split(gr12, seqnames(gr12))
   
   
   ###################################################
   ### code chunk number 14: ranges-ir0-plot
   ###################################################
   library(IRanges)
   ir0 <- IRanges(start=c(7, 9, 12, 14, 22:24),
                  end=c(15, 11, 12, 18, 26, 27, 28))
   
   png("ranges-ir0-plot.png", width=800, height=170)
   plotRanges(ir0, xlim=c(5, 35), main="ir0", col="blue")
   dev.off()
   
   
   ###################################################
   ### code chunk number 15: ranges-shift-ir0-plot
   ###################################################
   png("ranges-shift-ir0-plot.png", width=800, height=170)
   plotRanges(shift(ir0, 5), xlim=c(5, 35), main="shift(ir0, 5)", col="blue")
   dev.off()
   
   
   ###################################################
   ### code chunk number 16: ranges-reduce-ir0-plot
   ###################################################
   png("ranges-reduce-ir0-plot.png", width=800, height=170)
   plotRanges(reduce(ir0), xlim=c(5, 35), main="reduce(ir0)", col="blue")
   dev.off()
   
   
   ###################################################
   ### code chunk number 17: ranges-disjoin-ir0-plot
   ###################################################
   png("ranges-disjoin-ir0-plot.png", width=800, height=170)
   plotRanges(disjoin(ir0), xlim=c(5, 35), main="disjoin(ir0)", col="blue")
   dev.off()
   
   
   ###################################################
   ### code chunk number 18: GRanges_range_based_ops1
   ###################################################
   gr2
   shift(gr2, 50)
   
   
   ###################################################
   ### code chunk number 19: GRanges_range_based_ops2
   ###################################################
   gr1
   resize(gr1, 12)
   
   
   ###################################################
   ### code chunk number 20: GRanges_range_based_ops3
   ###################################################
   gr1
   flank(gr1, 3)
   
   
   ###################################################
   ### code chunk number 21: GRanges_range_based_ops4
   ###################################################
   gr3 <- shift(gr1, c(35000, rep(0, 3), 100))
   width(gr3)[c(3,5)] <- 117
   gr3
   range(gr3)
   
   
   ###################################################
   ### code chunk number 22: GRanges_reduce
   ###################################################
   gr3
   reduce(gr3)
   
   
   ###################################################
   ### code chunk number 23: GRanges_gaps
   ###################################################
   gr3
   gaps(gr3)
   
   
   ###################################################
   ### code chunk number 24: GRanges_disjoin
   ###################################################
   gr3
   disjoin(gr3)
   
   
   ###################################################
   ### code chunk number 25: GRanges_coverage1
   ###################################################
   cvg12 <- coverage(gr12)
   cvg12
   
   
   ###################################################
   ### code chunk number 26: GRanges_coverage2
   ###################################################
   mean(cvg12)
   max(cvg12)
   
   
   ###################################################
   ### code chunk number 27: slice_coverage
   ###################################################
   sl12 <- slice(cvg12, lower=1)
   sl12
   elementNROWS(sl12)
   sl12$chMT
   mean(sl12$chMT)
   max(sl12$chMT)
   
   
   ###################################################
   ### code chunk number 28: findOverlaps1
   ###################################################
   library(pasillaBamSubset)
   untreated1_chr4()
   library(GenomicAlignments)
   reads <- readGAlignments(untreated1_chr4())
   
   
   ###################################################
   ### code chunk number 29: findOverlaps2
   ###################################################
   reads <- as(reads, "GRanges")
   reads[1:4]
   
   
   ###################################################
   ### code chunk number 30: findOverlaps3
   ###################################################
   library(TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene)
   txdb <- TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene
   dm3_genes <- genes(txdb)
   
   
   ###################################################
   ### code chunk number 31: findOverlaps4
   ###################################################
   hits <- findOverlaps(reads, dm3_genes)
   head(hits)
   
   
   ###################################################
   ### code chunk number 32: GRangesList_constructor
   ###################################################
   grl <- GRangesList(gr3, gr2)
   grl
   
   
   ###################################################
   ### code chunk number 33: GRangesList_accessors1
   ###################################################
   length(grl)
   
   
   ###################################################
   ### code chunk number 34: GRangesList_accessors2
   ###################################################
   seqnames(grl)
   
   
   ###################################################
   ### code chunk number 35: GRangesList_accessors3
   ###################################################
   strand(grl)
   
   
   ###################################################
   ### code chunk number 36: GRangesList_accessors4
   ###################################################
   ranges(grl)
   
   
   ###################################################
   ### code chunk number 37: GRangesList_accessors5
   ###################################################
   start(grl)
   end(grl)
   width(grl)
   
   
   ###################################################
   ### code chunk number 38: GRangesList_accessors6
   ###################################################
   names(grl) <- c("TX1", "TX2")
   grl
   
   
   ###################################################
   ### code chunk number 39: GRangesList_accessors7
   ###################################################
   mcols(grl)$geneid <- c("GENE1", "GENE2") 
   mcols(grl)
   grl
   
   
   ###################################################
   ### code chunk number 40: GRangesList_accessors8
   ###################################################
   seqinfo(grl)
   
   
   ###################################################
   ### code chunk number 41: GRangesList_Vector_ops1
   ###################################################
   grl[c("TX2", "TX1")]
   
   
   ###################################################
   ### code chunk number 42: GRangesList_Vector_ops2
   ###################################################
   c(grl, GRangesList(gr3))
   
   
   ###################################################
   ### code chunk number 43: GRangesList_List_ops1
   ###################################################
   grl[[2]]
   elementNROWS(grl)
   unlisted <- unlist(grl, use.names=FALSE)  # same as c(grl[[1]], grl[[2]])
   unlisted
   
   
   ###################################################
   ### code chunk number 44: GRangesList_List_ops2
   ###################################################
   grl100 <- relist(shift(unlisted, 100), grl)
   grl100
   
   
   ###################################################
   ### code chunk number 45: GRangesList_List_ops3
   ###################################################
   grl100b <- endoapply(grl, shift, 100)
   grl100b
   mcols(grl100)
   mcols(grl100b)
   
   
   ###################################################
   ### code chunk number 46: GRangesList_range_based_ops1
   ###################################################
   grl
   
   
   ###################################################
   ### code chunk number 47: GRangesList_range_based_ops2
   ###################################################
   shift(grl, 100)
   
   
   ###################################################
   ### code chunk number 48: GRangesList_range_based_ops3
   ###################################################
   grl
   
   
   ###################################################
   ### code chunk number 49: GRangesList_range_based_ops4
   ###################################################
   flank(grl, 10)
   
   
   ###################################################
   ### code chunk number 50: GRangesList_range_based_ops5
   ###################################################
   grl
   
   
   ###################################################
   ### code chunk number 51: GRangesList_range_based_ops6
   ###################################################
   range(grl) 
   
   
   ###################################################
   ### code chunk number 52: GRangesList_range_based_ops7
   ###################################################
   grl
   
   
   ###################################################
   ### code chunk number 53: GRangesList_range_based_ops8
   ###################################################
   reduce(grl) 
   
   
   ###################################################
   ### code chunk number 54: GRangesList_range_based_ops9
   ###################################################
   grl2 <- grl
   grl2[[1]] <- grl2[[1]][3]; grl2[[2]] <- grl2[[2]][1]
   grl3 <- unname(grl2)
   grl3[[1]] <- narrow(unname(grl3[[1]]), start=5, end=-5)
   
   
   ###################################################
   ### code chunk number 55: GRangesList_range_based_ops10
   ###################################################
   grl2
   grl3
   
   
   ###################################################
   ### code chunk number 56: GRangesList_range_based_ops11
   ###################################################
#   setdiff(grl2, grl3)

 TRUE
   
}