tests/test-all.R

In wokai/rbamtools: An R package for reading and writing BAM (Binary alignment) files.

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# Load prerequisites
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require(rbamtools)


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## Initialize example data
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bam<- system.file("extdata", "accepted_hits.bam", package="rbamtools")
idx<- system.file("extdata", "accepted_hits.bam.bai", package="rbamtools")
# Open BAM-file for reading
reader<-bamReader(bam,idx=TRUE)


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# Run tests
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source("test_bam_range.r")
source("test_bam_header.r")
source("test_bam_align.r")
source("test_range_seg_count.r")


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# Cleanup
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bamClose(reader)
rm(reader)
gc()

cat("[rbamtools] rest-all.R tests finished.\n")


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# END OF FILE
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