Nothing
par(ask=TRUE)
#######################################################################
# calling the K functions directly
#######################################################################
K1 <- K_CO2(30, 15)
K2 <- K_HCO3(30, 15)
K1
K2
#######################################################################
# Minimal aquaenv definition
#######################################################################
ae <- aquaenv(S=30, t=15)
ae$K_CO2
ae$Ksp_calcite
ae$Ksp_aragonite
ae <- aquaenv(S=30, t=15, p=10)
ae <- aquaenv(S=30, t=15, P=11)
ae <- aquaenv(S=30, t=15, d=100)
ae <- aquaenv(S=30, t=15, d=100, Pa=0.5)
ae$K_CO2
ae$Ksp_calcite
ae$Ksp_aragonite
ae
#######################################################################
# Defining the complete aquaenv system in different ways
#######################################################################
S <- 30
t <- 15
p <- gauge_p(d=10) # ~ p <- 0.1*10*1.01325
SumCO2 <- 0.0020
pH <- 8
TA <- 0.002140798
fCO2 <- 0.0005326744
CO2 <- 2.051946e-05
ae <- aquaenv(S, t, p, SumCO2=SumCO2, pH=pH)
ae$TA
ae <- aquaenv(S, t, p, SumCO2=SumCO2, TA=TA)
ae$pH
ae <- aquaenv(S, t, p, SumCO2=SumCO2, CO2=CO2)
ae$pH
ae <- aquaenv(S, t, p, SumCO2=SumCO2, fCO2=fCO2)
ae$pH
ae <- aquaenv(S, t, p, SumCO2=SumCO2, CO2=CO2, fCO2=fCO2)
ae <- aquaenv(S, t, p, SumCO2=SumCO2, pH=pH, TA=TA)
ae <- aquaenv(S, t, p, SumCO2=SumCO2, pH=pH, CO2=CO2)
ae <- aquaenv(S, t, p, SumCO2=SumCO2, pH=pH, fCO2=fCO2)
ae <- aquaenv(S, t, p, SumCO2=SumCO2, TA=TA, CO2=CO2)
ae <- aquaenv(S, t, p, SumCO2=SumCO2, TA=TA, fCO2=fCO2)
###########################################################################################
# having "aquaenv" calculated all properties that are needed to use the DSA for pH modelling
############################################################################################
S <- 30
t <- 15
p <- gauge_p(10) # ~ p <- 0.1*10*1.01325
SumCO2 <- 0.0020
pH <- 8
ae <- aquaenv(S=S, t=t, p=p, SumCO2=SumCO2, pH=pH, dsa=TRUE, revelle=TRUE)
#the buffer factor and auxilary buffer factors
ae$dTAdH
ae$dTAdSumCO2
ae$dTAdSumBOH3
ae$dTAdSumH2SO4
ae$dTAdSumHF
#the buffer factors concerning changes in the K's
ae$dTAdKdKdS
ae$dTAdKdKdT
ae$dTAdKdKdp
ae$dTAdKdKdSumH2SO4
ae$dTAdKdKdSumHF
#the partitioning coefficients
ae$c1
ae$c2
ae$c3
ae$b1
ae$b2
ae$so1
ae$so2
ae$so3
ae$f1
ae$f2
#not really DSA relevant: the revelle factor
ae$revelle
#######################################################################
# Cloning the aquaenv system: 1 to 1 and with different pH or TA
#######################################################################
S <- 30
t <- 15
SumCO2 <- 0.0020
TA <- 0.00214
ae <- aquaenv(S, t, SumCO2=SumCO2, TA=TA)
aeclone1 <- aquaenv(ae=ae)
pH <- 9
aeclone2 <- aquaenv(ae=ae, pH=pH)
TA <- 0.002
aeclone3 <- aquaenv(ae=ae, TA=TA)
ae$pH
aeclone1$pH
aeclone2$TA
aeclone3$pH
#######################################################################
#preparing input variables
#######################################################################
S <- 10
t <- 15
pH_NBS <- 8.142777
SumCO2molar <- 0.002016803
pH_free <- convert(pH_NBS, "pHscale", "nbs2free", S=S, t=t)
SumCO2molin <- convert(SumCO2molar, "conc", "molar2molin", S=S, t=t)
ae <- aquaenv(S, t, SumCO2=SumCO2molin, pH=pH_free)
ae$pH
ae$SumCO2
ae$TA
#########################################################################
# Vectors as input variables (only ONE input variable may be a vector)
# (with full output: including the Revelle factor and the DSA properties)
#########################################################################
SumCO2 <- 0.0020
pH <- 8
S <- 30
t <- 1:15
p <- gauge_p(10)
ae <- aquaenv(S, t, p, SumCO2=SumCO2, pH=pH, revelle=TRUE, dsa=TRUE)
plot(ae, xval=t, xlab="T/(deg C)", newdevice=FALSE)
S <- 1:30
t <- 15
ae <- aquaenv(S, t, p, SumCO2=SumCO2, pH=pH, revelle=TRUE, dsa=TRUE)
plot(ae, xval=S, xlab="S", newdevice=FALSE)
S <- 30
p <- gauge_p(seq(1,1000, 100))
ae <- aquaenv(S, t, p, SumCO2=SumCO2, pH=pH, revelle=TRUE, dsa=TRUE)
plot(ae, xval=p, xlab="gauge pressure/bar", newdevice=FALSE)
TA <- 0.0023
S <- 30
t <- 1:15
p <- gauge_p(10)
ae <- aquaenv(S, t, p, SumCO2=SumCO2, TA=TA, revelle=TRUE, dsa=TRUE)
plot(ae, xval=t, xlab="T/(deg C)", newdevice=FALSE)
S <- 1:30
t <- 15
ae <- aquaenv(S, t, p, SumCO2=SumCO2, TA=TA, revelle=TRUE, dsa=TRUE)
plot(ae, xval=S, xlab="S", newdevice=FALSE)
S <- 30
p <- gauge_p(seq(1,1000, 100))
ae <- aquaenv(S, t, p, SumCO2=SumCO2, TA=TA, revelle=TRUE, dsa=TRUE)
plot(ae, xval=p, xlab="gauge pressure/bar", newdevice=FALSE)
######################################################################################
# Conversion from and to a dataframe
#(conversion from a dataframe is needed to treat the results of a dynamic run with the
# package deSolve as an object of type "aquaenv")
######################################################################################
aedataframe <- as.data.frame(ae)
aetest <- aquaenv(ae=aedataframe, from.data.frame=TRUE)
######################################################################################
# Calculating SumCO2 by giving a constant pH&CO2, pH&fCO2, pH&TA, TA&CO2, or TA&fCO2
######################################################################################
fCO2 <- 0.0006952296
CO2 <- 2.678137e-05
pH <- 7.888573
TA <- 0.0021
S <- 30
t <- 15
p <- gauge_p(10)
ae <- aquaenv(S, t, p, SumCO2=NULL, pH=pH, CO2=CO2, dsa=TRUE, revelle=TRUE)
ae$SumCO2
ae$revelle
ae$dTAdH
ae <- aquaenv(S, t, p, SumCO2=NULL, pH=pH, fCO2=fCO2)
ae$SumCO2
ae <- aquaenv(S, t, p, SumCO2=NULL, pH=pH, TA=TA)
ae$SumCO2
ae <- aquaenv(S, t, p, SumCO2=NULL, TA=TA, CO2=CO2)
ae$SumCO2
ae <- aquaenv(S, t, p, SumCO2=NULL, TA=TA, fCO2=fCO2)
ae$SumCO2
t <- 1:15
ae <- aquaenv(S, t, p, SumCO2=NULL, pH=pH, CO2=CO2)
plot(ae, xval=t, xlab="T/(deg C)", mfrow=c(9,10), newdevice=FALSE)
ae <- aquaenv(S, t, p, SumCO2=NULL, pH=pH, CO2=CO2, revelle=TRUE, dsa=TRUE)
plot(ae, xval=t, xlab="T/(deg C)", newdevice=FALSE)
S <- 1:30
t <- 15
ae <- aquaenv(S, t, p, SumCO2=NULL, pH=pH, fCO2=fCO2, revelle=TRUE, dsa=TRUE)
plot(ae, xval=S, xlab="S", newdevice=FALSE)
S <- 30
p <- gauge_p(seq(1,1000, 100))
ae <- aquaenv(S, t, p, SumCO2=NULL, pH=pH, TA=TA, revelle=TRUE, dsa=TRUE)
plot(ae, xval=p, xlab="gauge pressure/bar", newdevice=FALSE)
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