haploAccum: Haplotype accumulation curves
In spider: Species Identity and Evolution in R
Description
Usage
Arguments
Details
Value
Note
Author(s)
References
Examples
Description
haploAccum identifies the different haplotypes represented in a set of DNA sequences and performs the calculations for plotting haplotype accumulations curves (see plot.haploAccum).
Usage
1
haploAccum(DNAbin, method = "random", permutations = 100, ...)
Arguments
DNAbin
A set of DNA sequences in an object of class ‘DNAbin’.
method
Method for haplotype accumulation. Method "collector" enters the sequences in the order that they appear in the sequence alignment and "random" adds the sequences in a random order.
permutations
Number of permutations for method "random".
...
Other parameters to functions.
Details
Haplotype accumulation curves can be used to assess haplotype diversity in an area or compare different populations, or to evaluate sampling effort. ``random'' calculates the mean accumulated number of haplotypes and its standard deviation through random permutations (subsampling of sequences), similar to the method to produce rarefaction curves (Gotelli and Colwell 2001).
Value
An object of class ‘haploAccum’ with items:
call
Function call.
method
Method for accumulation.
sequences
Number of analysed sequences.
n.haplotypes
Accumulated number of haplotypes corresponding to each number of sequences.
sd
The standard deviation of the haplotype accumulation curve. Estimated through permutations for method = "random" and NULL for method = "collector".
perm
Results of the permutations for method = "random".
Note
This function is based on the functions haplotype (E. Paradis) from the package 'pegas' and specaccum (R. Kindt) from the package'vegan'. Missing or ambiguous data will be detected and indicated by a warning, as they may cause an overestimation of the number of haplotypes.
Author(s)
Jagoba Malumbres-Olarte <j.malumbres.olarte@gmail.com>.
References
Gotellli, N.J. & Colwell, R.K. (2001). Quantifying biodiversity: procedures and pitfalls in measurement and comparison of species richness. _Ecology Letters_ *4*, 379–391.
Examples
1
2
3
4
5
6
Example output
Registered S3 method overwritten by 'spdep':
method from
plot.mst ape
Registered S3 method overwritten by 'pegas':
method from
print.amova ade4
There are missing or ambiguous data, which may cause an overestimation of the number of haplotypes
$call
haploAccum(DNAbin = doloHaplo, method = "random", permutations = 100)
$method
[1] "random"
$sequences
[1] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18
[19] 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36
[37] 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54
[55] 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72
[73] 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90
[91] 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108
[109] 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126
[127] 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144
[145] 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162
[163] 163 164 165 166 167 168 169 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180
[181] 181 182 183 184 185 186 187 188 189 190 191 192 193 194 195 196 197 198
[199] 199 200
$n.haplotypes
[1] 1.00 1.96 2.93 3.83 4.71 5.49 6.36 7.21 8.05 8.88 9.64 10.33
[13] 11.05 11.71 12.39 13.02 13.66 14.38 14.99 15.53 16.14 16.66 17.22 17.61
[25] 18.09 18.70 19.26 19.79 20.35 20.88 21.31 21.77 22.25 22.67 23.02 23.42
[37] 23.77 24.15 24.62 25.00 25.41 25.70 26.03 26.38 26.63 26.98 27.21 27.48
[49] 27.77 28.13 28.38 28.62 28.85 29.09 29.30 29.50 29.62 29.83 30.09 30.24
[61] 30.44 30.69 30.88 30.97 31.16 31.32 31.44 31.60 31.82 32.01 32.17 32.34
[73] 32.47 32.54 32.77 32.85 32.93 33.01 33.10 33.19 33.30 33.47 33.57 33.68
[85] 33.78 33.85 33.94 34.10 34.15 34.24 34.34 34.43 34.49 34.55 34.63 34.75
[97] 34.89 35.04 35.11 35.18 35.22 35.25 35.26 35.34 35.43 35.51 35.59 35.64
[109] 35.70 35.74 35.79 35.82 35.85 35.88 35.89 35.90 35.93 35.98 36.03 36.06
[121] 36.15 36.15 36.16 36.18 36.26 36.28 36.30 36.32 36.36 36.38 36.42 36.45
[133] 36.48 36.49 36.52 36.52 36.55 36.56 36.57 36.58 36.61 36.63 36.64 36.66
[145] 36.66 36.68 36.70 36.74 36.74 36.74 36.74 36.77 36.79 36.79 36.80 36.81
[157] 36.83 36.86 36.86 36.90 36.90 36.90 36.92 36.92 36.92 36.93 36.94 36.94
[169] 36.94 36.94 36.94 36.94 36.94 36.95 36.96 36.96 36.96 36.96 36.96 36.97
[181] 36.97 36.97 36.97 36.98 36.98 36.99 36.99 36.99 37.00 37.00 37.00 37.00
[193] 37.00 37.00 37.00 37.00 37.00 37.00 37.00 37.00
$sd
[1] 0.0000000 0.1969464 0.2564324 0.3775252 0.5182527 0.6275654 0.7038136
[8] 0.7692972 0.8804843 0.9669279 0.9797959 1.0352865 1.0766108 1.1307904
[15] 1.1625034 1.1632417 1.1566234 1.1701679 1.3295021 1.4031350 1.5440992
[22] 1.5968403 1.5672146 1.5235193 1.5960494 1.6111982 1.6491198 1.7882614
[29] 1.8497884 1.8492696 1.8678297 1.8794745 1.8606776 1.8751700 1.8747660
[36] 1.9497734 1.9635826 1.9611118 1.9477000 1.9069252 1.8699916 1.8504709
[43] 1.8392741 1.8682893 1.8513168 1.7751369 1.7482748 1.8228627 1.8249395
[50] 1.8293621 1.8465365 1.8897918 1.8715035 1.8699916 1.8613561 1.9358395
[57] 1.9734603 2.0203760 2.0205760 1.9904824 2.0366342 2.0185754 2.0064542
[64] 1.9871049 1.9160144 1.8688299 1.9033198 1.9227506 1.8876526 1.9358135
[71] 1.8697755 1.8434706 1.8171740 1.7776389 1.7282852 1.7078251 1.6892710
[78] 1.6847204 1.6236883 1.6434443 1.6111982 1.6046334 1.5651185 1.5626965
[85] 1.5280542 1.5000000 1.4826948 1.4736747 1.4864710 1.4982818 1.4579632
[92] 1.4088824 1.4106020 1.3953386 1.2922066 1.3209654 1.2940813 1.2137262
[99] 1.2382376 1.2008415 1.2025226 1.1752928 1.1601115 1.1478570 1.0941073
[106] 1.0963208 1.0645339 1.0002020 0.9692234 0.9704732 0.9670845 0.9679720
[113] 0.9360890 0.9564243 0.9523496 0.9587450 0.9347932 0.9098784 0.8927882
[120] 0.8740940 0.8333333 0.8333333 0.8253558 0.8087901 0.8117819 0.8050347
[127] 0.7719842 0.7504881 0.7180220 0.7216703 0.7132229 0.7017295 0.6887260
[134] 0.6889459 0.6739002 0.6739002 0.6415732 0.6247424 0.6072791 0.6060303
[141] 0.5842201 0.5800557 0.5777001 0.5724306 0.5724306 0.5663992 0.5412294
[148] 0.5245489 0.5245489 0.5245489 0.5245489 0.5096047 0.4983812 0.4983812
[155] 0.4923660 0.4860685 0.4277023 0.3765875 0.3765875 0.3015113 0.3015113
[162] 0.3015113 0.2726599 0.2726599 0.2726599 0.2564324 0.2386833 0.2386833
[169] 0.2386833 0.2386833 0.2386833 0.2386833 0.2386833 0.2190429 0.1969464
[176] 0.1969464 0.1969464 0.1969464 0.1969464 0.1714466 0.1714466 0.1714466
[183] 0.1714466 0.1407053 0.1407053 0.1000000 0.1000000 0.1000000 0.0000000
[190] 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
[197] 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
$perm
[,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13]
[1,] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
[2,] 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2
[3,] 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3
[4,] 4 4 4 3 4 4 4 4 4 4 3 4 4
[5,] 5 5 5 4 5 5 5 5 5 5 4 5 4
[6,] 6 6 6 5 5 5 6 6 6 5 4 6 5
[7,] 6 7 7 6 5 6 7 7 7 6 5 7 5
[8,] 6 8 8 7 6 7 8 8 8 7 5 8 6
[9,] 7 9 9 8 7 8 9 9 9 8 6 9 7
[10,] 8 10 10 9 8 9 10 10 10 9 7 10 8
[11,] 9 11 11 10 8 10 11 11 11 9 8 10 9
[12,] 10 12 12 10 8 11 12 11 12 9 8 11 10
[13,] 10 13 13 11 9 12 13 12 12 9 9 12 10
[14,] 11 14 13 12 10 13 14 13 13 10 10 12 10
[15,] 11 15 14 13 11 13 15 13 13 11 11 13 11
[16,] 12 16 15 13 12 13 15 14 13 11 12 13 12
[17,] 13 16 16 13 13 14 16 14 14 12 12 13 13
[18,] 14 16 17 14 14 15 17 14 15 12 13 14 13
[19,] 14 16 17 15 14 16 18 15 15 12 13 15 14
[20,] 14 17 18 16 15 17 19 16 15 13 13 16 15
[21,] 15 18 18 17 15 18 19 17 15 13 13 17 16
[22,] 15 19 18 18 15 19 20 17 16 14 14 18 16
[23,] 16 19 18 18 16 20 20 17 17 15 14 19 16
[24,] 17 19 18 18 16 20 21 18 17 16 14 19 17
[25,] 18 20 19 19 17 20 21 19 17 17 14 19 17
[26,] 18 20 19 20 18 20 22 20 18 18 15 20 17
[27,] 18 20 20 20 19 21 23 21 19 18 16 21 17
[28,] 19 20 20 21 19 22 24 22 20 18 16 21 18
[29,] 20 21 20 22 19 22 25 22 21 19 17 22 19
[30,] 20 22 20 22 19 22 25 23 22 20 18 22 19
[31,] 20 22 20 22 20 22 25 23 22 20 19 22 20
[32,] 21 22 21 22 21 22 26 23 22 20 19 22 20
[33,] 21 23 22 22 21 22 26 24 22 21 19 23 20
[34,] 22 23 23 22 21 23 27 25 22 21 20 24 20
[35,] 22 24 24 23 21 24 27 25 22 22 21 24 20
[36,] 22 24 25 23 21 24 28 26 22 23 22 24 20
[37,] 22 24 25 23 22 24 28 26 22 23 22 24 20
[38,] 23 24 25 23 22 24 28 27 22 24 23 24 20
[39,] 24 25 25 23 23 24 29 27 23 24 23 24 21
[40,] 24 25 25 24 23 24 29 28 24 25 24 25 21
[41,] 25 25 26 25 23 24 29 28 25 25 24 25 22
[42,] 26 25 26 26 23 24 29 28 25 25 25 25 22
[43,] 26 26 27 27 23 24 29 28 25 25 25 25 23
[44,] 26 26 28 27 23 25 30 28 25 25 25 25 24
[45,] 26 27 29 27 23 25 30 28 25 25 25 25 24
[46,] 26 27 29 28 24 25 31 28 26 25 25 25 24
[47,] 26 27 29 28 25 25 31 29 26 25 25 25 24
[48,] 26 27 29 29 26 25 32 29 26 25 25 25 24
[49,] 26 28 29 29 26 25 32 29 26 26 26 26 25
[50,] 26 28 30 29 27 25 32 29 27 26 27 26 25
[51,] 26 28 30 29 27 25 32 30 27 27 27 27 26
[52,] 27 28 30 29 27 25 32 31 27 27 28 27 27
[53,] 28 29 31 29 27 25 32 32 28 28 28 27 27
[54,] 28 29 31 29 27 25 32 32 28 28 28 28 27
[55,] 28 29 31 29 27 25 32 32 28 28 28 29 27
[56,] 28 29 31 29 27 25 33 32 28 28 29 29 27
[57,] 28 29 31 29 27 25 33 33 28 28 30 29 27
[58,] 28 29 31 29 27 25 33 33 29 29 30 29 27
[59,] 28 29 31 30 27 26 33 33 29 29 30 29 27
[60,] 28 29 31 30 28 26 33 33 29 30 30 29 27
[61,] 28 29 31 30 28 27 33 34 29 30 31 30 28
[62,] 28 29 32 30 28 28 33 34 29 31 31 30 28
[63,] 29 29 32 30 29 28 34 34 29 31 31 30 28
[64,] 30 29 32 30 30 28 34 34 29 31 31 31 29
[65,] 30 30 32 30 31 28 34 34 30 31 31 31 29
[66,] 31 31 32 30 32 28 34 34 30 31 32 31 30
[67,] 31 31 32 31 32 28 35 34 30 31 32 32 30
[68,] 31 31 32 32 33 28 35 34 30 31 32 32 30
[69,] 32 32 32 32 33 28 35 34 31 31 33 32 30
[70,] 32 32 32 33 33 29 35 34 31 31 34 32 30
[71,] 32 33 32 33 33 30 35 34 31 31 34 32 30
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[200,] 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37
[,98] [,99] [,100]
[1,] 1 1 1
[2,] 2 2 2
[3,] 3 3 3
[4,] 4 4 4
[5,] 5 5 5
[6,] 5 6 6
[7,] 6 7 6
[8,] 7 7 7
[9,] 7 8 8
[10,] 7 9 9
[11,] 8 10 10
[12,] 8 11 11
[13,] 9 12 11
[14,] 10 12 12
[15,] 10 12 13
[16,] 11 13 14
[17,] 12 13 14
[18,] 13 14 14
[19,] 13 15 15
[20,] 13 15 16
[21,] 13 16 16
[22,] 14 17 16
[23,] 15 17 16
[24,] 16 17 17
[25,] 16 18 18
[26,] 17 19 19
[27,] 18 19 19
[28,] 19 20 20
[29,] 20 20 21
[30,] 21 20 21
[31,] 21 20 22
[32,] 21 21 22
[33,] 21 21 22
[34,] 22 21 22
[35,] 23 21 22
[36,] 23 21 22
[37,] 23 21 23
[38,] 24 22 23
[39,] 25 23 24
[40,] 25 24 24
[41,] 26 24 24
[42,] 26 25 24
[43,] 27 25 25
[44,] 27 25 26
[45,] 27 25 27
[46,] 27 25 27
[47,] 27 26 27
[48,] 28 27 27
[49,] 28 27 27
[50,] 28 27 28
[51,] 28 28 28
[52,] 28 28 29
[53,] 28 28 29
[54,] 28 28 30
[55,] 29 28 30
[56,] 29 28 30
[57,] 29 28 30
[58,] 29 28 30
[59,] 29 29 30
[60,] 29 29 31
[61,] 29 29 31
[62,] 30 29 31
[63,] 30 30 31
[64,] 30 30 31
[65,] 30 31 31
[66,] 30 31 31
[67,] 30 31 31
[68,] 30 31 32
[69,] 30 31 32
[70,] 30 31 32
[71,] 31 31 32
[72,] 31 31 32
[73,] 31 31 32
[74,] 31 31 32
[75,] 31 31 32
[76,] 31 31 32
[77,] 31 31 32
[78,] 31 31 32
[79,] 31 31 32
[80,] 31 31 32
[81,] 32 31 33
[82,] 32 31 33
[83,] 32 31 33
[84,] 32 31 33
[85,] 32 31 33
[86,] 32 31 33
[87,] 32 31 33
[88,] 32 31 33
[89,] 32 31 33
[90,] 32 31 33
[91,] 33 31 33
[92,] 33 31 33
[93,] 34 31 33
[94,] 34 31 33
[95,] 34 32 33
[96,] 35 32 33
[97,] 35 32 33
[98,] 35 32 34
[99,] 36 32 34
[100,] 36 33 34
[101,] 36 33 34
[102,] 36 33 34
[103,] 36 34 34
[104,] 36 34 34
[105,] 36 35 34
[106,] 36 35 34
[107,] 36 35 34
[108,] 36 35 34
[109,] 36 35 34
[110,] 36 35 34
[111,] 36 35 34
[112,] 36 35 34
[113,] 36 35 34
[114,] 36 35 34
[115,] 36 35 34
[116,] 36 35 34
[117,] 36 35 34
[118,] 36 35 34
[119,] 36 36 34
[120,] 36 36 34
[121,] 36 36 34
[122,] 36 36 34
[123,] 36 36 34
[124,] 36 36 34
[125,] 36 36 34
[126,] 36 37 34
[127,] 36 37 34
[128,] 36 37 34
[129,] 36 37 34
[130,] 36 37 34
[131,] 36 37 34
[132,] 36 37 34
[133,] 36 37 34
[134,] 36 37 34
[135,] 36 37 34
[136,] 36 37 34
[137,] 36 37 34
[138,] 36 37 34
[139,] 36 37 34
[140,] 36 37 34
[141,] 36 37 34
[142,] 36 37 34
[143,] 37 37 34
[144,] 37 37 34
[145,] 37 37 34
[146,] 37 37 34
[147,] 37 37 34
[148,] 37 37 34
[149,] 37 37 34
[150,] 37 37 34
[151,] 37 37 34
[152,] 37 37 34
[153,] 37 37 34
[154,] 37 37 34
[155,] 37 37 34
[156,] 37 37 34
[157,] 37 37 35
[158,] 37 37 35
[159,] 37 37 35
[160,] 37 37 36
[161,] 37 37 36
[162,] 37 37 36
[163,] 37 37 36
[164,] 37 37 36
[165,] 37 37 36
[166,] 37 37 36
[167,] 37 37 36
[168,] 37 37 36
[169,] 37 37 36
[170,] 37 37 36
[171,] 37 37 36
[172,] 37 37 36
[173,] 37 37 36
[174,] 37 37 36
[175,] 37 37 36
[176,] 37 37 36
[177,] 37 37 36
[178,] 37 37 36
[179,] 37 37 36
[180,] 37 37 37
[181,] 37 37 37
[182,] 37 37 37
[183,] 37 37 37
[184,] 37 37 37
[185,] 37 37 37
[186,] 37 37 37
[187,] 37 37 37
[188,] 37 37 37
[189,] 37 37 37
[190,] 37 37 37
[191,] 37 37 37
[192,] 37 37 37
[193,] 37 37 37
[194,] 37 37 37
[195,] 37 37 37
[196,] 37 37 37
[197,] 37 37 37
[198,] 37 37 37
[199,] 37 37 37
[200,] 37 37 37
attr(,"class")
[1] "haploAccum"
spider documentation built on May 2, 2019, 5:16 p.m.
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Description Usage Arguments Details Value Note Author(s) References Examples
Description
haploAccum identifies the different haplotypes represented in a set of DNA sequences and performs the calculations for plotting haplotype accumulations curves (see plot.haploAccum).
Usage
1 | haploAccum(DNAbin, method = "random", permutations = 100, ...)
|
Arguments
DNAbin |
A set of DNA sequences in an object of class ‘DNAbin’. |
method |
Method for haplotype accumulation. Method |
permutations |
Number of permutations for method |
... |
Other parameters to functions. |
Details
Haplotype accumulation curves can be used to assess haplotype diversity in an area or compare different populations, or to evaluate sampling effort. ``random'' calculates the mean accumulated number of haplotypes and its standard deviation through random permutations (subsampling of sequences), similar to the method to produce rarefaction curves (Gotelli and Colwell 2001).
Value
An object of class ‘haploAccum’ with items:
call |
Function call. |
method |
Method for accumulation. |
sequences |
Number of analysed sequences. |
n.haplotypes |
Accumulated number of haplotypes corresponding to each number of sequences. |
sd |
The standard deviation of the haplotype accumulation curve. Estimated through permutations for |
perm |
Results of the permutations for |
Note
This function is based on the functions haplotype (E. Paradis) from the package 'pegas' and specaccum (R. Kindt) from the package'vegan'. Missing or ambiguous data will be detected and indicated by a warning, as they may cause an overestimation of the number of haplotypes.
Author(s)
Jagoba Malumbres-Olarte <j.malumbres.olarte@gmail.com>.
References
Gotellli, N.J. & Colwell, R.K. (2001). Quantifying biodiversity: procedures and pitfalls in measurement and comparison of species richness. _Ecology Letters_ *4*, 379–391.
Examples
1 2 3 4 5 6 |
Example output
Registered S3 method overwritten by 'spdep':
method from
plot.mst ape
Registered S3 method overwritten by 'pegas':
method from
print.amova ade4
There are missing or ambiguous data, which may cause an overestimation of the number of haplotypes
$call
haploAccum(DNAbin = doloHaplo, method = "random", permutations = 100)
$method
[1] "random"
$sequences
[1] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18
[19] 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36
[37] 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54
[55] 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72
[73] 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90
[91] 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108
[109] 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126
[127] 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144
[145] 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162
[163] 163 164 165 166 167 168 169 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180
[181] 181 182 183 184 185 186 187 188 189 190 191 192 193 194 195 196 197 198
[199] 199 200
$n.haplotypes
[1] 1.00 1.96 2.93 3.83 4.71 5.49 6.36 7.21 8.05 8.88 9.64 10.33
[13] 11.05 11.71 12.39 13.02 13.66 14.38 14.99 15.53 16.14 16.66 17.22 17.61
[25] 18.09 18.70 19.26 19.79 20.35 20.88 21.31 21.77 22.25 22.67 23.02 23.42
[37] 23.77 24.15 24.62 25.00 25.41 25.70 26.03 26.38 26.63 26.98 27.21 27.48
[49] 27.77 28.13 28.38 28.62 28.85 29.09 29.30 29.50 29.62 29.83 30.09 30.24
[61] 30.44 30.69 30.88 30.97 31.16 31.32 31.44 31.60 31.82 32.01 32.17 32.34
[73] 32.47 32.54 32.77 32.85 32.93 33.01 33.10 33.19 33.30 33.47 33.57 33.68
[85] 33.78 33.85 33.94 34.10 34.15 34.24 34.34 34.43 34.49 34.55 34.63 34.75
[97] 34.89 35.04 35.11 35.18 35.22 35.25 35.26 35.34 35.43 35.51 35.59 35.64
[109] 35.70 35.74 35.79 35.82 35.85 35.88 35.89 35.90 35.93 35.98 36.03 36.06
[121] 36.15 36.15 36.16 36.18 36.26 36.28 36.30 36.32 36.36 36.38 36.42 36.45
[133] 36.48 36.49 36.52 36.52 36.55 36.56 36.57 36.58 36.61 36.63 36.64 36.66
[145] 36.66 36.68 36.70 36.74 36.74 36.74 36.74 36.77 36.79 36.79 36.80 36.81
[157] 36.83 36.86 36.86 36.90 36.90 36.90 36.92 36.92 36.92 36.93 36.94 36.94
[169] 36.94 36.94 36.94 36.94 36.94 36.95 36.96 36.96 36.96 36.96 36.96 36.97
[181] 36.97 36.97 36.97 36.98 36.98 36.99 36.99 36.99 37.00 37.00 37.00 37.00
[193] 37.00 37.00 37.00 37.00 37.00 37.00 37.00 37.00
$sd
[1] 0.0000000 0.1969464 0.2564324 0.3775252 0.5182527 0.6275654 0.7038136
[8] 0.7692972 0.8804843 0.9669279 0.9797959 1.0352865 1.0766108 1.1307904
[15] 1.1625034 1.1632417 1.1566234 1.1701679 1.3295021 1.4031350 1.5440992
[22] 1.5968403 1.5672146 1.5235193 1.5960494 1.6111982 1.6491198 1.7882614
[29] 1.8497884 1.8492696 1.8678297 1.8794745 1.8606776 1.8751700 1.8747660
[36] 1.9497734 1.9635826 1.9611118 1.9477000 1.9069252 1.8699916 1.8504709
[43] 1.8392741 1.8682893 1.8513168 1.7751369 1.7482748 1.8228627 1.8249395
[50] 1.8293621 1.8465365 1.8897918 1.8715035 1.8699916 1.8613561 1.9358395
[57] 1.9734603 2.0203760 2.0205760 1.9904824 2.0366342 2.0185754 2.0064542
[64] 1.9871049 1.9160144 1.8688299 1.9033198 1.9227506 1.8876526 1.9358135
[71] 1.8697755 1.8434706 1.8171740 1.7776389 1.7282852 1.7078251 1.6892710
[78] 1.6847204 1.6236883 1.6434443 1.6111982 1.6046334 1.5651185 1.5626965
[85] 1.5280542 1.5000000 1.4826948 1.4736747 1.4864710 1.4982818 1.4579632
[92] 1.4088824 1.4106020 1.3953386 1.2922066 1.3209654 1.2940813 1.2137262
[99] 1.2382376 1.2008415 1.2025226 1.1752928 1.1601115 1.1478570 1.0941073
[106] 1.0963208 1.0645339 1.0002020 0.9692234 0.9704732 0.9670845 0.9679720
[113] 0.9360890 0.9564243 0.9523496 0.9587450 0.9347932 0.9098784 0.8927882
[120] 0.8740940 0.8333333 0.8333333 0.8253558 0.8087901 0.8117819 0.8050347
[127] 0.7719842 0.7504881 0.7180220 0.7216703 0.7132229 0.7017295 0.6887260
[134] 0.6889459 0.6739002 0.6739002 0.6415732 0.6247424 0.6072791 0.6060303
[141] 0.5842201 0.5800557 0.5777001 0.5724306 0.5724306 0.5663992 0.5412294
[148] 0.5245489 0.5245489 0.5245489 0.5245489 0.5096047 0.4983812 0.4983812
[155] 0.4923660 0.4860685 0.4277023 0.3765875 0.3765875 0.3015113 0.3015113
[162] 0.3015113 0.2726599 0.2726599 0.2726599 0.2564324 0.2386833 0.2386833
[169] 0.2386833 0.2386833 0.2386833 0.2386833 0.2386833 0.2190429 0.1969464
[176] 0.1969464 0.1969464 0.1969464 0.1969464 0.1714466 0.1714466 0.1714466
[183] 0.1714466 0.1407053 0.1407053 0.1000000 0.1000000 0.1000000 0.0000000
[190] 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
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