MassArray.R
In MassArray: Analytical Tools for MassArray Data

### R code from vignette source 'MassArray.Rnw'

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### code chunk number 1: MassArray.Rnw:46-47
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library(MassArray)


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### code chunk number 2: MassArray.Rnw:49-51
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data.path <- system.file("extdata", package="MassArray")
initial.path <- getwd()


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### code chunk number 3: fig1
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results <- ampliconPrediction("AAAATTTTCCCCTCTGCGTGAGAGAGTTGTCCGACAAAA")
results


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### code chunk number 4: fig2
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ampliconPrediction("AAAA>TTTTCCCCTCTGCGTGAGAGAGTTGTC(CG)AC<AAAA")


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### code chunk number 5: fig3
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ampliconPrediction("AAAATTTTCCCCTCTGCGTGAGAGAGTTGTC(CG)ACTTCCCCTCTGCGTGAGAGAGTTGTCCGACAAAA")


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### code chunk number 6: fig4
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ampliconPrediction("CCTGTCCAGGGGCACTCCATATTTTCCTACCTGTCCCTCTTTGCTTGTAAAAACAAATTAAACAGGGATCCCAGCAACTTCG")


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### code chunk number 7: MassArray.Rnw:186-187
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setwd(data.path)


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### code chunk number 8: MassArray.Rnw:189-199
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sequence <- "CCAGGTCCAAAGGTTCAGACCAGTCTGAA>CCTGTCCAGGGGCACTCCATATTTTCC"
sequence <- paste(sequence, "TACCTGTCCCTCTTTGCTTGTAAAAACAAATTAAACAGGGA", sep="")
sequence <- paste(sequence, "TCCCAGCAACTTCGGGGCATGTGTGTAACTGTGCAAGGAGC", sep="")
sequence <- paste(sequence, "GCGAAGCCCAGAGCATCGCCCTAGAGTTCGGGCCGCAGCTG", sep="")
sequence <- paste(sequence, "CAGAGGCACATCTGGAAAAGGGGGAGGGGTCGAAGCGGAGG", sep="")
sequence <- paste(sequence, "GGACAAGAAGCCCCCAAACGACTAGCTTCTGGGTGCAGAGT", sep="")
sequence <- paste(sequence, "CTGTGTCAC(CG)GGGGTTAGTTACCTGTCCTACGTTGATG", sep="")
sequence <- paste(sequence, "AATCCGTACTTGCTGGCTATGCGGTCTGCCTCCGCGAATCC", sep="")
sequence <- paste(sequence, "GC(CG)GC<GATCTTCACTGCCCAGTGGTTGGTGTA", sep="")
data <- new("MassArrayData", sequence, file="Example.txt")


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### code chunk number 9: MassArray.Rnw:201-202
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setwd(initial.path)


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### code chunk number 10: fig5
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plot(data, collapse=FALSE, bars=FALSE, scale=FALSE)


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### code chunk number 11: fig6
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plot(data, collapse=TRUE, bars=TRUE, scale=FALSE)


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### code chunk number 12: fig7
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plot(data, collapse=TRUE, bars=FALSE, scale=TRUE)


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### code chunk number 13: fig8
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SNP.results <- evaluateSNPs(data)


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### code chunk number 14: MassArray.Rnw:292-294
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length(SNP.results)
SNP.results[[2]]