PSICQUIC.R
In PSICQUIC: Proteomics Standard Initiative Common QUery InterfaCe

### R code from vignette source 'PSICQUIC.Rnw'

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### code chunk number 1: listProviders
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library(PSICQUIC)
psicquic <- PSICQUIC()
providers(psicquic)


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### code chunk number 2: queryMycTp53
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library(PSICQUIC)
psicquic <- PSICQUIC()
providers(psicquic)
tbl <- interactions(psicquic, id=c("TP53", "MYC"), species="9606")
dim(tbl)


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### code chunk number 3: sourceCount
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table(tbl$provider)


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### code chunk number 4: summaryCounts
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tbl[, c("provider", "type", "detectionMethod")]


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### code chunk number 5: taptag
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tbl[grep("affinity", tbl$detectionMethod), 
    c("type", "publicationID", "firstAuthor", "confidenceScore", "provider")]


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### code chunk number 6: broadTaptag
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tbl.myc <- interactions(psicquic, "MYC", species="9606", publicationID="21150319")


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### code chunk number 7: mycInteractorsExamined
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dim(tbl.myc)
table(tbl.myc$provider)
table(tbl.myc$confidenceScore)


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### code chunk number 8: addGeneNames
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idMapper <- IDMapper("9606")
tbl.myc <- addGeneInfo(idMapper,tbl.myc)
print(head(tbl.myc$A.name))
print(head(tbl.myc$B.name))


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### code chunk number 9: threeGenes
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tbl.3 <- interactions(psicquic, id=c("ALK", "JAK3", "SHC3"),
                      species="9606", quiet=TRUE)
tbl.3g <- addGeneInfo(idMapper, tbl.3)
tbl.3gd <- with(tbl.3g, as.data.frame(table(detectionMethod, type, A.name, B.name, provider)))
print(tbl.3gd <- subset(tbl.3gd, Freq > 0))