antiProfiles.R
In antiProfiles: Implementation of gene expression anti-profiles

### R code from vignette source 'antiProfiles.Rnw'

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### code chunk number 1: options (eval = FALSE)
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## options(width=70)


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### code chunk number 2: libload
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# these are libraries used by this vignette
require(antiProfiles)
require(antiProfilesData)
require(RColorBrewer)


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### code chunk number 3: loaddata
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data(apColonData)
show(apColonData)

# look at sample types by experiment and status
table(apColonData$Status, apColonData$SubType, apColonData$ExperimentID)


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### code chunk number 4: dropadenomas
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drop=apColonData$SubType=="adenoma"
apColonData=apColonData[,!drop]


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### code chunk number 5: getstats
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trainSamples=pData(apColonData)$ExperimentID=="GSE4183"
colonStats=apStats(exprs(apColonData)[,trainSamples], 
                   pData(apColonData)$Status[trainSamples],minL=5)
head(getProbeStats(colonStats))


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### code chunk number 6: plotstat
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hist(getProbeStats(colonStats)$stat, nc=100, 
     main="Histogram of log variance ratio", xlab="log2 variance ratio")


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### code chunk number 7: buildap
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ap=buildAntiProfile(colonStats, tissueSpec=FALSE, sigsize=100)
show(ap)


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### code chunk number 8: plotscore
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counts=apCount(ap, exprs(apColonData)[,!trainSamples])
palette(brewer.pal(8,"Dark2"))

# plot in score order
o=order(counts)
dotchart(counts[o],col=pData(apColonData)$Status[!trainSamples][o]+1,
         labels="",pch=19,xlab="anti-profile score", 
         ylab="samples",cex=1.3)
legend("bottomright", legend=c("Cancer","Normal"),pch=19,col=2:1)


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### code chunk number 9: sessionInfo
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toLatex(sessionInfo())