clipper.R
In clipper: Gene Set Analysis Exploiting Pathway Topology

### R code from vignette source 'clipper.Rnw'

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### code chunk number 1: style
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BiocStyle::latex()


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### code chunk number 2: cppr
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options(keep.source = TRUE, width = 60)
cppr <- packageDescription("clipper")


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### code chunk number 3: loadGraphitePathways
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library(graphite)
kegg  <- pathways("hsapiens", "kegg")
graph <- convertIdentifiers(kegg[["Chronic myeloid leukemia"]], "entrez")
graph <- pathwayGraph(graph)
genes <- nodes(graph)
head(genes)


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### code chunk number 4: loadDataAndClasses
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library(ALL)
data(ALL)


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### code chunk number 5: lookPhenoData
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head(pData(ALL))
dim(pData(ALL))


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### code chunk number 6: Bcell-selection
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pData(ALL)$BT
pAllB <- pData(ALL)[grep("B", pData(ALL)$BT),]
dim(pAllB)


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### code chunk number 7: mol.biolSelection
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pAllB$'mol.biol'
NEG <- pAllB$'mol.biol' == "NEG"
BCR <- pAllB$'mol.biol' == "BCR/ABL"
pAll <- pAllB[(NEG | BCR),]


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### code chunk number 8: builtClassesVector
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classesUn <- as.character(pAll$'mol.biol')
classesUn[classesUn=="BCR/ABL"] <- 2
classesUn[classesUn=="NEG"] <- 1
classesUn <- as.numeric(classesUn)
names(classesUn) <- row.names(pAll)
classes <- sort(classesUn)


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### code chunk number 9: selectExpressionSet
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library("hgu95av2.db")
all <- ALL[,names(classes)]
probesIDS <- row.names(exprs(all))
featureNames(all@assayData)<-unlist(mget(probesIDS, hgu95av2ENTREZID))
all <- all[(!is.na(row.names(exprs(all))))]


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### code chunk number 10: clipper.Rnw:126-128
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all_rnames <- featureNames(all@assayData)
featureNames(all@assayData) <- paste("ENTREZID", all_rnames, sep = ":")


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### code chunk number 11: obtainingTheSubgraph
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library(graph)
genes <- intersect(genes, row.names(exprs(all)))
graph <- subGraph(genes, graph)
exp <- all[genes,,drop=FALSE]
exp
dim(exprs(exp))


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### code chunk number 12: pathQUsage
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library(clipper)
pathwayAnalysis <- pathQ(exp, classes, graph, nperm=100, alphaV=0.05, b=100)
pathwayAnalysis


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### code chunk number 13: clipperUsage
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clipped <- clipper(exp, classes, graph, "var", trZero=0.01, permute=FALSE)
clipped[,1:5]


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### code chunk number 14: sintetizeYourResult
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clipped <- prunePaths(clipped, thr=0.2)
clipped[,1:5]


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### code chunk number 15: easyClip usage
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clipped <- easyClip(exp, classes, graph, method="mean")
clipped[,1:5]


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### code chunk number 16: easylook usage
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easyLook(clipped)