copa.R
In copa: Functions to perform cancer outlier profile analysis.

### R code from vignette source 'copa.Rnw'

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### code chunk number 1: copa.Rnw:96-100
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library(copa)
library(colonCA)
data(colonCA)
head(pData(colonCA), 10)


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### code chunk number 2: copa.Rnw:116-117
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rslt <- copa(colonCA, as.numeric(pData(colonCA)[,3]))


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### code chunk number 3: copa.Rnw:122-123 (eval = FALSE)
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## plotCopa(rslt, idx = 1, col = c("lightgreen","salmon"))


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### code chunk number 4: copa.Rnw:128-129
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plotCopa(rslt, idx = 1, col = c("lightgreen","salmon"))


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### code chunk number 5: copa.Rnw:146-147
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tableCopa(rslt)


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### code chunk number 6: copa.Rnw:154-155
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summaryCopa(rslt, 9)


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### code chunk number 7: copa.Rnw:170-172
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prm <- copaPerm(colonCA, rslt, 9, 24)
sum(prm >= 9)