gmapR: An R interface to the GMAP/GSNAP/GSTRUCT suite

Share:

GSNAP and GMAP are a pair of tools to align short-read data written by Tom Wu. This package provides convenience methods to work with GMAP and GSNAP from within R. In addition, it provides methods to tally alignment results on a per-nucleotide basis using the bam_tally tool.

Author
Cory Barr, Thomas Wu, Michael Lawrence
Date of publication
None
Maintainer
Michael Lawrence <lawrence.michael@gene.com>
License
Artistic-2.0
Version
1.16.0

View on Bioconductor

Man pages

bam_tally-methods
Per-position Alignment Summaries
BamTallyParam-class
Class '"BamTallyParam"'
directory
Get the Path to the Location on Disk from a gmapR Class
gmap_build-methods
Build Gmap/Gsnap Genome
GmapGenome-class
Class '"GmapGenome"'
GmapGenomeDirectory-class
Class '"GmapGenomeDirectory"'
GmapSnpDirectory-class
Class '"GmapSnpDirectory"'
GmapSnps-class
Class '"GmapSnps"'
gsnap-methods
Align a Set of Reads Using the GSNAP Aligner
GsnapOutput-class
Class '"GsnapOutput"'
GsnapParam-class
Class '"GsnapParam"'
internals
gmapR2 internals
makeGmapGenomePackage
Function to create a GmapGenome package from a GmapGenome...
TP53Genome
Demo genome around TP53

Files in this package

gmapR/.BBSoptions
gmapR/DESCRIPTION
gmapR/NAMESPACE
gmapR/NEWS
gmapR/R
gmapR/R/BamTallyParam-class.R
gmapR/R/GmapBamReader-class.R
gmapR/R/GmapGenome-class.R
gmapR/R/GmapGenomeDirectory-class.R
gmapR/R/GmapOutput-class.R
gmapR/R/GmapParam-class.R
gmapR/R/GmapSnpDirectory-class.R
gmapR/R/GmapSnps-class.R
gmapR/R/GsnapOutput-class.R
gmapR/R/GsnapParam-class.R
gmapR/R/TP53Genome.R
gmapR/R/asSystemCall.R
gmapR/R/atoiindex-command.R
gmapR/R/bam_tally-command.R
gmapR/R/cmetindex-command.R
gmapR/R/get-genome-command.R
gmapR/R/gmap-command.R
gmapR/R/gmap_build-command.R
gmapR/R/gsnap-command.R
gmapR/R/iit-format.R
gmapR/R/iit_store-command.R
gmapR/R/info.R
gmapR/R/makeGmapGenomePackage.R
gmapR/R/snpindex-command.R
gmapR/R/system.R
gmapR/R/test_gmapR_package.R
gmapR/R/utils.R
gmapR/TODO
gmapR/build
gmapR/build/vignette.rds
gmapR/doupdate.R
gmapR/inst
gmapR/inst/GmapGenomePackage-template
gmapR/inst/GmapGenomePackage-template/DESCRIPTION
gmapR/inst/GmapGenomePackage-template/NAMESPACE
gmapR/inst/GmapGenomePackage-template/R
gmapR/inst/GmapGenomePackage-template/R/zzz.R
gmapR/inst/GmapGenomePackage-template/inst
gmapR/inst/GmapGenomePackage-template/inst/extdata
gmapR/inst/GmapGenomePackage-template/man
gmapR/inst/GmapGenomePackage-template/man/package.Rd
gmapR/inst/doc
gmapR/inst/doc/gmapR.R
gmapR/inst/doc/gmapR.Rnw
gmapR/inst/doc/gmapR.pdf
gmapR/inst/extdata
gmapR/inst/extdata/bam_tally_test.bam
gmapR/inst/extdata/bam_tally_test.bam.bai
gmapR/inst/extdata/hg19.p53.fasta
gmapR/inst/extdata/p53Variants.vcf
gmapR/inst/extdata/test_data_aln
gmapR/inst/extdata/test_data_aln/test_data_aln.concordant_mult.bam
gmapR/inst/extdata/test_data_aln/test_data_aln.concordant_mult.bam.bai
gmapR/inst/extdata/test_data_aln/test_data_aln.concordant_transloc.bam
gmapR/inst/extdata/test_data_aln/test_data_aln.concordant_transloc.bam.bai
gmapR/inst/extdata/test_data_aln/test_data_aln.concordant_uniq.bam
gmapR/inst/extdata/test_data_aln/test_data_aln.concordant_uniq.bam.bai
gmapR/inst/extdata/test_data_aln/test_data_aln.halfmapping_mult.bam
gmapR/inst/extdata/test_data_aln/test_data_aln.halfmapping_mult.bam.bai
gmapR/inst/extdata/test_data_aln/test_data_aln.halfmapping_transloc.bam
gmapR/inst/extdata/test_data_aln/test_data_aln.halfmapping_transloc.bam.bai
gmapR/inst/extdata/test_data_aln/test_data_aln.halfmapping_uniq.bam
gmapR/inst/extdata/test_data_aln/test_data_aln.halfmapping_uniq.bam.bai
gmapR/inst/extdata/test_data_aln/test_data_aln.nomapping.bam
gmapR/inst/extdata/test_data_aln/test_data_aln.nomapping.bam.bai
gmapR/inst/extdata/test_data_aln/test_data_aln.paired_mult.bam
gmapR/inst/extdata/test_data_aln/test_data_aln.paired_mult.bam.bai
gmapR/inst/extdata/test_data_aln/test_data_aln.paired_uniq_inv.bam
gmapR/inst/extdata/test_data_aln/test_data_aln.paired_uniq_inv.bam.bai
gmapR/inst/extdata/test_data_aln/test_data_aln.paired_uniq_long.bam
gmapR/inst/extdata/test_data_aln/test_data_aln.paired_uniq_long.bam.bai
gmapR/inst/extdata/test_data_aln/test_data_aln.paired_uniq_scr.bam
gmapR/inst/extdata/test_data_aln/test_data_aln.paired_uniq_scr.bam.bai
gmapR/inst/extdata/test_data_aln/test_data_aln.unpaired_mult.bam
gmapR/inst/extdata/test_data_aln/test_data_aln.unpaired_mult.bam.bai
gmapR/inst/extdata/test_data_aln/test_data_aln.unpaired_transloc.bam
gmapR/inst/extdata/test_data_aln/test_data_aln.unpaired_transloc.bam.bai
gmapR/inst/extdata/test_data_aln/test_data_aln.unpaired_uniq.bam
gmapR/inst/extdata/test_data_aln/test_data_aln.unpaired_uniq.bam.bai
gmapR/inst/unitTests
gmapR/inst/unitTests/off_test_GmapSnpDirectory.R
gmapR/inst/unitTests/off_test_bam_tally.R
gmapR/inst/unitTests/test_BamTallyParam.R
gmapR/inst/unitTests/test_GmapGenome.R
gmapR/inst/unitTests/test_GmapGenomeDirectory.R
gmapR/inst/unitTests/test_GsnapParam.R
gmapR/inst/unitTests/test_bam_tally.R
gmapR/inst/unitTests/test_gsnap.R
gmapR/inst/unitTests/test_makeGmapGenomePackage.R
gmapR/man
gmapR/man/BamTallyParam-class.Rd
gmapR/man/GmapGenome-class.Rd
gmapR/man/GmapGenomeDirectory-class.Rd
gmapR/man/GmapSnpDirectory-class.Rd
gmapR/man/GmapSnps-class.Rd
gmapR/man/GsnapOutput-class.Rd
gmapR/man/GsnapParam-class.Rd
gmapR/man/TP53Genome.Rd
gmapR/man/bam_tally-methods.Rd
gmapR/man/directory.Rd
gmapR/man/gmap_build-methods.Rd
gmapR/man/gsnap-methods.Rd
gmapR/man/internals.Rd
gmapR/man/makeGmapGenomePackage.Rd
gmapR/papers
gmapR/papers/appnote
gmapR/papers/appnote/gmapR.Rnw
gmapR/src
gmapR/src/Makefile
gmapR/src/R_init_gmapR.c
gmapR/src/bamreader.c
gmapR/src/bamtally.c
gmapR/src/bytestream.h
gmapR/src/genome.c
gmapR/src/genome.h
gmapR/src/gmap
gmapR/src/gmap/AUTHORS
gmapR/src/gmap/COPYING
gmapR/src/gmap/ChangeLog
gmapR/src/gmap/INSTALL
gmapR/src/gmap/Makefile.am
gmapR/src/gmap/Makefile.in
gmapR/src/gmap/NEWS
gmapR/src/gmap/NOTICE
gmapR/src/gmap/README
gmapR/src/gmap/VERSION
gmapR/src/gmap/acinclude.m4
gmapR/src/gmap/aclocal.m4
gmapR/src/gmap/config
gmapR/src/gmap/config.site
gmapR/src/gmap/config/acx_mmap_fixed.m4
gmapR/src/gmap/config/acx_mmap_variable.m4
gmapR/src/gmap/config/acx_pthread.m4
gmapR/src/gmap/config/asm-bsr.m4
gmapR/src/gmap/config/ax_check_compile_flag.m4
gmapR/src/gmap/config/ax_ext.m4
gmapR/src/gmap/config/ax_gcc_x86_cpuid.m4
gmapR/src/gmap/config/builtin.m4
gmapR/src/gmap/config/compile
gmapR/src/gmap/config/config.guess
gmapR/src/gmap/config/config.sub
gmapR/src/gmap/config/depcomp
gmapR/src/gmap/config/expand.m4
gmapR/src/gmap/config/fopen.m4
gmapR/src/gmap/config/install-sh
gmapR/src/gmap/config/libtool.m4
gmapR/src/gmap/config/ltmain.sh
gmapR/src/gmap/config/ltoptions.m4
gmapR/src/gmap/config/ltsugar.m4
gmapR/src/gmap/config/ltversion.m4
gmapR/src/gmap/config/lt~obsolete.m4
gmapR/src/gmap/config/madvise-flags.m4
gmapR/src/gmap/config/missing
gmapR/src/gmap/config/mmap-flags.m4
gmapR/src/gmap/config/pagesize.m4
gmapR/src/gmap/config/perl.m4
gmapR/src/gmap/config/struct-stat64.m4
gmapR/src/gmap/config/test-driver
gmapR/src/gmap/configure
gmapR/src/gmap/configure.ac
gmapR/src/gmap/src
gmapR/src/gmap/src/Makefile.am
gmapR/src/gmap/src/Makefile.in
gmapR/src/gmap/src/access.c
gmapR/src/gmap/src/access.h
gmapR/src/gmap/src/assert.c
gmapR/src/gmap/src/assert.h
gmapR/src/gmap/src/atoi.c
gmapR/src/gmap/src/atoi.h
gmapR/src/gmap/src/atoiindex.c
gmapR/src/gmap/src/bigendian.c
gmapR/src/gmap/src/bigendian.h
gmapR/src/gmap/src/bitpack64-access.c
gmapR/src/gmap/src/bitpack64-access.h
gmapR/src/gmap/src/bitpack64-read.c
gmapR/src/gmap/src/bitpack64-read.h
gmapR/src/gmap/src/bitpack64-write.c
gmapR/src/gmap/src/bitpack64-write.h
gmapR/src/gmap/src/block.c
gmapR/src/gmap/src/block.h
gmapR/src/gmap/src/bool.h
gmapR/src/gmap/src/boyer-moore.c
gmapR/src/gmap/src/boyer-moore.h
gmapR/src/gmap/src/bzip2.c
gmapR/src/gmap/src/bzip2.h
gmapR/src/gmap/src/cellpool.c
gmapR/src/gmap/src/cellpool.h
gmapR/src/gmap/src/changepoint.c
gmapR/src/gmap/src/changepoint.h
gmapR/src/gmap/src/chimera.c
gmapR/src/gmap/src/chimera.h
gmapR/src/gmap/src/chrnum.c
gmapR/src/gmap/src/chrnum.h
gmapR/src/gmap/src/chrom.c
gmapR/src/gmap/src/chrom.h
gmapR/src/gmap/src/chrsubset.c
gmapR/src/gmap/src/chrsubset.h
gmapR/src/gmap/src/cmet.c
gmapR/src/gmap/src/cmet.h
gmapR/src/gmap/src/cmetindex.c
gmapR/src/gmap/src/comp.h
gmapR/src/gmap/src/complement.h
gmapR/src/gmap/src/compress-write.c
gmapR/src/gmap/src/compress-write.h
gmapR/src/gmap/src/compress.c
gmapR/src/gmap/src/compress.h
gmapR/src/gmap/src/config.h.in
gmapR/src/gmap/src/datadir.c
gmapR/src/gmap/src/datadir.h
gmapR/src/gmap/src/diag.c
gmapR/src/gmap/src/diag.h
gmapR/src/gmap/src/diagdef.h
gmapR/src/gmap/src/diagnostic.c
gmapR/src/gmap/src/diagnostic.h
gmapR/src/gmap/src/diagpool.c
gmapR/src/gmap/src/diagpool.h
gmapR/src/gmap/src/doublelist.c
gmapR/src/gmap/src/doublelist.h
gmapR/src/gmap/src/dynprog.c
gmapR/src/gmap/src/dynprog.h
gmapR/src/gmap/src/except.c
gmapR/src/gmap/src/except.h
gmapR/src/gmap/src/fastlog.h
gmapR/src/gmap/src/fopen.h
gmapR/src/gmap/src/gbuffer.c
gmapR/src/gmap/src/gbuffer.h
gmapR/src/gmap/src/genome-write.c
gmapR/src/gmap/src/genome-write.h
gmapR/src/gmap/src/genome.c
gmapR/src/gmap/src/genome.h
gmapR/src/gmap/src/genome_hr.c
gmapR/src/gmap/src/genome_hr.h
gmapR/src/gmap/src/genome_sites.c
gmapR/src/gmap/src/genome_sites.h
gmapR/src/gmap/src/genomicpos.c
gmapR/src/gmap/src/genomicpos.h
gmapR/src/gmap/src/get-genome.c
gmapR/src/gmap/src/getopt.c
gmapR/src/gmap/src/getopt.h
gmapR/src/gmap/src/getopt1.c
gmapR/src/gmap/src/gmap.c
gmapR/src/gmap/src/gmapindex.c
gmapR/src/gmap/src/goby.c
gmapR/src/gmap/src/goby.h
gmapR/src/gmap/src/gregion.c
gmapR/src/gmap/src/gregion.h
gmapR/src/gmap/src/gsnap.c
gmapR/src/gmap/src/iit-read-univ.c
gmapR/src/gmap/src/iit-read-univ.h
gmapR/src/gmap/src/iit-read.c
gmapR/src/gmap/src/iit-read.h
gmapR/src/gmap/src/iit-write-univ.c
gmapR/src/gmap/src/iit-write-univ.h
gmapR/src/gmap/src/iit-write.c
gmapR/src/gmap/src/iit-write.h
gmapR/src/gmap/src/iit_dump.c
gmapR/src/gmap/src/iit_get.c
gmapR/src/gmap/src/iit_store.c
gmapR/src/gmap/src/iitdef.h
gmapR/src/gmap/src/inbuffer.c
gmapR/src/gmap/src/inbuffer.h
gmapR/src/gmap/src/indel.c
gmapR/src/gmap/src/indel.h
gmapR/src/gmap/src/indexdb-write.c
gmapR/src/gmap/src/indexdb-write.h
gmapR/src/gmap/src/indexdb.c
gmapR/src/gmap/src/indexdb.h
gmapR/src/gmap/src/indexdb_hr.c
gmapR/src/gmap/src/indexdb_hr.h
gmapR/src/gmap/src/indexdbdef.h
gmapR/src/gmap/src/interval.c
gmapR/src/gmap/src/interval.h
gmapR/src/gmap/src/intlist.c
gmapR/src/gmap/src/intlist.h
gmapR/src/gmap/src/intlistdef.h
gmapR/src/gmap/src/intron.c
gmapR/src/gmap/src/intron.h
gmapR/src/gmap/src/list.c
gmapR/src/gmap/src/list.h
gmapR/src/gmap/src/listdef.h
gmapR/src/gmap/src/littleendian.c
gmapR/src/gmap/src/littleendian.h
gmapR/src/gmap/src/mapq.c
gmapR/src/gmap/src/mapq.h
gmapR/src/gmap/src/match.c
gmapR/src/gmap/src/match.h
gmapR/src/gmap/src/matchdef.h
gmapR/src/gmap/src/matchpool.c
gmapR/src/gmap/src/matchpool.h
gmapR/src/gmap/src/maxent.c
gmapR/src/gmap/src/maxent.h
gmapR/src/gmap/src/maxent_hr.c
gmapR/src/gmap/src/maxent_hr.h
gmapR/src/gmap/src/md5.c
gmapR/src/gmap/src/md5.h
gmapR/src/gmap/src/mem.c
gmapR/src/gmap/src/mem.h
gmapR/src/gmap/src/mode.h
gmapR/src/gmap/src/oligo.c
gmapR/src/gmap/src/oligo.h
gmapR/src/gmap/src/oligoindex.c
gmapR/src/gmap/src/oligoindex.h
gmapR/src/gmap/src/oligoindex_hr.c
gmapR/src/gmap/src/oligoindex_hr.h
gmapR/src/gmap/src/orderstat.c
gmapR/src/gmap/src/orderstat.h
gmapR/src/gmap/src/outbuffer.c
gmapR/src/gmap/src/outbuffer.h
gmapR/src/gmap/src/pair.c
gmapR/src/gmap/src/pair.h
gmapR/src/gmap/src/pairdef.h
gmapR/src/gmap/src/pairpool.c
gmapR/src/gmap/src/pairpool.h
gmapR/src/gmap/src/parserange.c
gmapR/src/gmap/src/parserange.h
gmapR/src/gmap/src/pbinom.c
gmapR/src/gmap/src/pbinom.h
gmapR/src/gmap/src/reader.c
gmapR/src/gmap/src/reader.h
gmapR/src/gmap/src/request.c
gmapR/src/gmap/src/request.h
gmapR/src/gmap/src/result.c
gmapR/src/gmap/src/result.h
gmapR/src/gmap/src/resulthr.c
gmapR/src/gmap/src/resulthr.h
gmapR/src/gmap/src/saca-k.c
gmapR/src/gmap/src/saca-k.h
gmapR/src/gmap/src/samflags.h
gmapR/src/gmap/src/samheader.c
gmapR/src/gmap/src/samheader.h
gmapR/src/gmap/src/samprint.c
gmapR/src/gmap/src/samprint.h
gmapR/src/gmap/src/sarray-read.c
gmapR/src/gmap/src/sarray-read.h
gmapR/src/gmap/src/sarray-write.c
gmapR/src/gmap/src/sarray-write.h
gmapR/src/gmap/src/scores.h
gmapR/src/gmap/src/segmentpos.c
gmapR/src/gmap/src/segmentpos.h
gmapR/src/gmap/src/sense.h
gmapR/src/gmap/src/separator.h
gmapR/src/gmap/src/sequence.c
gmapR/src/gmap/src/sequence.h
gmapR/src/gmap/src/shortread.c
gmapR/src/gmap/src/shortread.h
gmapR/src/gmap/src/smooth.c
gmapR/src/gmap/src/smooth.h
gmapR/src/gmap/src/snpindex.c
gmapR/src/gmap/src/spanningelt.c
gmapR/src/gmap/src/spanningelt.h
gmapR/src/gmap/src/splice.c
gmapR/src/gmap/src/splice.h
gmapR/src/gmap/src/splicestringpool.c
gmapR/src/gmap/src/splicestringpool.h
gmapR/src/gmap/src/splicetrie.c
gmapR/src/gmap/src/splicetrie.h
gmapR/src/gmap/src/splicetrie_build.c
gmapR/src/gmap/src/splicetrie_build.h
gmapR/src/gmap/src/stage1.c
gmapR/src/gmap/src/stage1.h
gmapR/src/gmap/src/stage1hr.c
gmapR/src/gmap/src/stage1hr.h
gmapR/src/gmap/src/stage2.c
gmapR/src/gmap/src/stage2.h
gmapR/src/gmap/src/stage3.c
gmapR/src/gmap/src/stage3.h
gmapR/src/gmap/src/stage3hr.c
gmapR/src/gmap/src/stage3hr.h
gmapR/src/gmap/src/stopwatch.c
gmapR/src/gmap/src/stopwatch.h
gmapR/src/gmap/src/substring.c
gmapR/src/gmap/src/substring.h
gmapR/src/gmap/src/table.c
gmapR/src/gmap/src/table.h
gmapR/src/gmap/src/tableint.c
gmapR/src/gmap/src/tableint.h
gmapR/src/gmap/src/tableuint.c
gmapR/src/gmap/src/tableuint.h
gmapR/src/gmap/src/tableuint8.c
gmapR/src/gmap/src/tableuint8.h
gmapR/src/gmap/src/translation.c
gmapR/src/gmap/src/translation.h
gmapR/src/gmap/src/types.h
gmapR/src/gmap/src/uint8list.c
gmapR/src/gmap/src/uint8list.h
gmapR/src/gmap/src/uintlist.c
gmapR/src/gmap/src/uintlist.h
gmapR/src/gmap/src/uinttable.c
gmapR/src/gmap/src/uinttable.h
gmapR/src/gmap/src/uniqscan.c
gmapR/src/gmap/src/univinterval.c
gmapR/src/gmap/src/univinterval.h
gmapR/src/gmap/tests
gmapR/src/gmap/tests/Makefile.am
gmapR/src/gmap/tests/Makefile.in
gmapR/src/gmap/tests/align.test.in
gmapR/src/gmap/tests/align.test.ok
gmapR/src/gmap/tests/coords1.test.in
gmapR/src/gmap/tests/coords1.test.ok
gmapR/src/gmap/tests/defs
gmapR/src/gmap/tests/fa.iittest
gmapR/src/gmap/tests/iit.test.in
gmapR/src/gmap/tests/iit_get.out.ok
gmapR/src/gmap/tests/iittest.iit.ok
gmapR/src/gmap/tests/map.test.ok
gmapR/src/gmap/tests/setup.genomecomp.ok
gmapR/src/gmap/tests/setup.ref123positions.ok
gmapR/src/gmap/tests/setup1.test.in
gmapR/src/gmap/tests/ss.chr17test
gmapR/src/gmap/tests/ss.her2
gmapR/src/gmap/util
gmapR/src/gmap/util/Makefile.am
gmapR/src/gmap/util/Makefile.in
gmapR/src/gmap/util/dbsnp_iit.pl.in
gmapR/src/gmap/util/fa_coords.pl.in
gmapR/src/gmap/util/gff3_genes.pl.in
gmapR/src/gmap/util/gff3_introns.pl.in
gmapR/src/gmap/util/gff3_splicesites.pl.in
gmapR/src/gmap/util/gmap_build.pl.in
gmapR/src/gmap/util/gmap_compress.pl.in
gmapR/src/gmap/util/gmap_process.pl.in
gmapR/src/gmap/util/gmap_reassemble.pl.in
gmapR/src/gmap/util/gmap_setup.pl.in
gmapR/src/gmap/util/gmap_uncompress.pl.in
gmapR/src/gmap/util/gtf_genes.pl.in
gmapR/src/gmap/util/gtf_introns.pl.in
gmapR/src/gmap/util/gtf_splicesites.pl.in
gmapR/src/gmap/util/gvf_iit.pl.in
gmapR/src/gmap/util/md_coords.pl.in
gmapR/src/gmap/util/psl_genes.pl.in
gmapR/src/gmap/util/psl_introns.pl.in
gmapR/src/gmap/util/psl_splicesites.pl.in
gmapR/src/gmap/util/vcf_iit.pl.in
gmapR/src/gmapR.h
gmapR/src/gstruct
gmapR/src/gstruct/AUTHORS
gmapR/src/gstruct/COPYING
gmapR/src/gstruct/ChangeLog
gmapR/src/gstruct/INSTALL
gmapR/src/gstruct/Makefile.am
gmapR/src/gstruct/Makefile.in
gmapR/src/gstruct/NEWS
gmapR/src/gstruct/README
gmapR/src/gstruct/VERSION
gmapR/src/gstruct/aclocal.m4
gmapR/src/gstruct/config
gmapR/src/gstruct/config.site
gmapR/src/gstruct/config/acx_mmap_fixed.m4
gmapR/src/gstruct/config/acx_mmap_variable.m4
gmapR/src/gstruct/config/acx_pthread.m4
gmapR/src/gstruct/config/asm-bsr.m4
gmapR/src/gstruct/config/ax_check_compile_flag.m4
gmapR/src/gstruct/config/ax_ext.m4
gmapR/src/gstruct/config/ax_gcc_x86_avx_xgetbv.m4
gmapR/src/gstruct/config/ax_gcc_x86_cpuid.m4
gmapR/src/gstruct/config/builtin.m4
gmapR/src/gstruct/config/compile
gmapR/src/gstruct/config/config.guess
gmapR/src/gstruct/config/config.sub
gmapR/src/gstruct/config/depcomp
gmapR/src/gstruct/config/expand.m4
gmapR/src/gstruct/config/fopen.m4
gmapR/src/gstruct/config/install-sh
gmapR/src/gstruct/config/libtool.m4
gmapR/src/gstruct/config/ltmain.sh
gmapR/src/gstruct/config/ltoptions.m4
gmapR/src/gstruct/config/ltsugar.m4
gmapR/src/gstruct/config/ltversion.m4
gmapR/src/gstruct/config/lt~obsolete.m4
gmapR/src/gstruct/config/madvise-flags.m4
gmapR/src/gstruct/config/missing
gmapR/src/gstruct/config/mmap-flags.m4
gmapR/src/gstruct/config/pagesize.m4
gmapR/src/gstruct/config/perl.m4
gmapR/src/gstruct/config/sse2_shift_defect.m4
gmapR/src/gstruct/config/struct-stat64.m4
gmapR/src/gstruct/configure
gmapR/src/gstruct/configure.ac
gmapR/src/gstruct/lib
gmapR/src/gstruct/lib/gstruct.pc.in
gmapR/src/gstruct/src
gmapR/src/gstruct/src/Makefile.am
gmapR/src/gstruct/src/Makefile.in
gmapR/src/gstruct/src/access.c
gmapR/src/gstruct/src/access.h
gmapR/src/gstruct/src/add-exons-spliced.c
gmapR/src/gstruct/src/add-exons-unpaired.c
gmapR/src/gstruct/src/add-splice-prob.c
gmapR/src/gstruct/src/assert.c
gmapR/src/gstruct/src/assert.h
gmapR/src/gstruct/src/bam.h
gmapR/src/gstruct/src/bam_indelfix.c
gmapR/src/gstruct/src/bam_markdups.c
gmapR/src/gstruct/src/bam_merge.c
gmapR/src/gstruct/src/bam_pileup.c
gmapR/src/gstruct/src/bam_print.c
gmapR/src/gstruct/src/bam_splices.c
gmapR/src/gstruct/src/bamread.c
gmapR/src/gstruct/src/bamread.h
gmapR/src/gstruct/src/bamtally.c
gmapR/src/gstruct/src/bamtally.h
gmapR/src/gstruct/src/bamtally_main.c
gmapR/src/gstruct/src/bgzf.h
gmapR/src/gstruct/src/bigendian.c
gmapR/src/gstruct/src/bigendian.h
gmapR/src/gstruct/src/bool.h
gmapR/src/gstruct/src/cappaths.c
gmapR/src/gstruct/src/cappaths.h
gmapR/src/gstruct/src/chrnum.c
gmapR/src/gstruct/src/chrnum.h
gmapR/src/gstruct/src/chrom.c
gmapR/src/gstruct/src/chrom.h
gmapR/src/gstruct/src/complement.h
gmapR/src/gstruct/src/config.h.in
gmapR/src/gstruct/src/datadir.c
gmapR/src/gstruct/src/datadir.h
gmapR/src/gstruct/src/dynprog.h
gmapR/src/gstruct/src/dynprog_cigar.c
gmapR/src/gstruct/src/dynprog_cigar.h
gmapR/src/gstruct/src/dynprog_nogap.h
gmapR/src/gstruct/src/dynprog_simd.h
gmapR/src/gstruct/src/dynprog_single.h
gmapR/src/gstruct/src/except.c
gmapR/src/gstruct/src/except.h
gmapR/src/gstruct/src/exon-exon-junctions.c
gmapR/src/gstruct/src/extract-concordant.c
gmapR/src/gstruct/src/find-intertranscript-regions.c
gmapR/src/gstruct/src/fopen.h
gmapR/src/gstruct/src/genecompare.c
gmapR/src/gstruct/src/genome.c
gmapR/src/gstruct/src/genome.h
gmapR/src/gstruct/src/genomicpos.c
gmapR/src/gstruct/src/genomicpos.h
gmapR/src/gstruct/src/getopt.c
gmapR/src/gstruct/src/getopt.h
gmapR/src/gstruct/src/getopt1.c
gmapR/src/gstruct/src/gsnap_splices.c
gmapR/src/gstruct/src/gstruct.c
gmapR/src/gstruct/src/gstruct.h
gmapR/src/gstruct/src/gstruct_main.c
gmapR/src/gstruct/src/iit-read.c
gmapR/src/gstruct/src/iit-read.h
gmapR/src/gstruct/src/iit-write.c
gmapR/src/gstruct/src/iit-write.h
gmapR/src/gstruct/src/iitdef.h
gmapR/src/gstruct/src/indelfix.c
gmapR/src/gstruct/src/indelfix.h
gmapR/src/gstruct/src/interval.c
gmapR/src/gstruct/src/interval.h
gmapR/src/gstruct/src/intlist.c
gmapR/src/gstruct/src/intlist.h
gmapR/src/gstruct/src/intlistdef.h
gmapR/src/gstruct/src/list.c
gmapR/src/gstruct/src/list.h
gmapR/src/gstruct/src/listdef.h
gmapR/src/gstruct/src/littleendian.c
gmapR/src/gstruct/src/littleendian.h
gmapR/src/gstruct/src/matchdef.h
gmapR/src/gstruct/src/matchpool.c
gmapR/src/gstruct/src/matchpool.h
gmapR/src/gstruct/src/maxent_hr.c
gmapR/src/gstruct/src/maxent_hr.h
gmapR/src/gstruct/src/md5.c
gmapR/src/gstruct/src/md5.h
gmapR/src/gstruct/src/mem.c
gmapR/src/gstruct/src/mem.h
gmapR/src/gstruct/src/mismatchdef.h
gmapR/src/gstruct/src/mismatchpool.c
gmapR/src/gstruct/src/mismatchpool.h
gmapR/src/gstruct/src/multimap.h
gmapR/src/gstruct/src/oligoindex.c
gmapR/src/gstruct/src/oligoindex.h
gmapR/src/gstruct/src/parserange.c
gmapR/src/gstruct/src/parserange.h
gmapR/src/gstruct/src/sam_splices.c
gmapR/src/gstruct/src/samflags.h
gmapR/src/gstruct/src/samread.c
gmapR/src/gstruct/src/samread.h
gmapR/src/gstruct/src/sequence.c
gmapR/src/gstruct/src/sequence.h
gmapR/src/gstruct/src/singlemap.c
gmapR/src/gstruct/src/splice.c
gmapR/src/gstruct/src/splice.h
gmapR/src/gstruct/src/spliceclean.c
gmapR/src/gstruct/src/splicegraph.c
gmapR/src/gstruct/src/splicegraph.h
gmapR/src/gstruct/src/stopwatch.c
gmapR/src/gstruct/src/stopwatch.h
gmapR/src/gstruct/src/table.c
gmapR/src/gstruct/src/table.h
gmapR/src/gstruct/src/tableint.c
gmapR/src/gstruct/src/tableint.h
gmapR/src/gstruct/src/tableuint.c
gmapR/src/gstruct/src/tableuint.h
gmapR/src/gstruct/src/tally.c
gmapR/src/gstruct/src/tally.h
gmapR/src/gstruct/src/tally.old.c
gmapR/src/gstruct/src/tally.old.h
gmapR/src/gstruct/src/translation.c
gmapR/src/gstruct/src/translation.h
gmapR/src/gstruct/src/types.h
gmapR/src/gstruct/src/ucharlist.c
gmapR/src/gstruct/src/ucharlist.h
gmapR/src/gstruct/src/uintlist.c
gmapR/src/gstruct/src/uintlist.h
gmapR/src/gstruct/src/uinttable.c
gmapR/src/gstruct/src/uinttable.h
gmapR/src/iit.c
gmapR/src/iit.h
gmapR/src/variantsummary.c
gmapR/tests
gmapR/tests/gmapR_unit_tests.R
gmapR/vignettes
gmapR/vignettes/gmapR.Rnw