Files in gmapR
An R interface to the GMAP/GSNAP/GSTRUCT suite

TODO
NAMESPACE
doupdate.R
NEWS
.BBSoptions
DESCRIPTION
build/vignette.rds
tests/gmapR_unit_tests.R
src/iit.h
src/gmapR.h
src/genome.h
src/bamtally.c
src/Makefile
src/bytestream.h
src/iit.c
src/bamreader.c
src/R_init_gmapR.c
src/genome.c
src/variantsummary.c
src/gmap/COPYING
src/gmap/Makefile.am
src/gmap/AUTHORS
src/gmap/Makefile.in
src/gmap/configure
src/gmap/ChangeLog
src/gmap/aclocal.m4
src/gmap/README
src/gmap/INSTALL
src/gmap/config.site
src/gmap/configure.ac
src/gmap/VERSION
src/gmap/NOTICE
src/gmap/acinclude.m4
src/gmap/NEWS
src/gmap/util/gmap_compress.pl.in
src/gmap/util/md_coords.pl.in
src/gmap/util/gtf_introns.pl.in
src/gmap/util/gmap_uncompress.pl.in
src/gmap/util/gff3_genes.pl.in
src/gmap/util/gvf_iit.pl.in
src/gmap/util/psl_splicesites.pl.in
src/gmap/util/gff3_introns.pl.in
src/gmap/util/gff3_splicesites.pl.in
src/gmap/util/gmap_build.pl.in
src/gmap/util/psl_genes.pl.in
src/gmap/util/psl_introns.pl.in
src/gmap/util/Makefile.am
src/gmap/util/gmap_reassemble.pl.in
src/gmap/util/vcf_iit.pl.in
src/gmap/util/dbsnp_iit.pl.in
src/gmap/util/gmap_setup.pl.in
src/gmap/util/gtf_splicesites.pl.in
src/gmap/util/gmap_process.pl.in
src/gmap/util/gtf_genes.pl.in
src/gmap/util/Makefile.in
src/gmap/util/fa_coords.pl.in
src/gmap/tests/ss.chr17test
src/gmap/tests/fa.iittest
src/gmap/tests/Makefile.am
src/gmap/tests/coords1.test.in
src/gmap/tests/align.test.in
src/gmap/tests/iit.test.in
src/gmap/tests/setup.genomecomp.ok
src/gmap/tests/Makefile.in
src/gmap/tests/iit_get.out.ok
src/gmap/tests/coords1.test.ok
src/gmap/tests/defs
src/gmap/tests/setup.ref123positions.ok
src/gmap/tests/ss.her2
src/gmap/tests/iittest.iit.ok
src/gmap/tests/setup1.test.in
src/gmap/tests/align.test.ok
src/gmap/tests/map.test.ok
src/gmap/src/cellpool.h
src/gmap/src/matchdef.h
src/gmap/src/types.h
src/gmap/src/compress-write.h
src/gmap/src/pair.h
src/gmap/src/stopwatch.h
src/gmap/src/request.c
src/gmap/src/spanningelt.h
src/gmap/src/sarray-write.c
src/gmap/src/goby.h
src/gmap/src/splicestringpool.h
src/gmap/src/saca-k.c
src/gmap/src/chimera.c
src/gmap/src/assert.h
src/gmap/src/segmentpos.h
src/gmap/src/resulthr.c
src/gmap/src/Makefile.am
src/gmap/src/chrom.h
src/gmap/src/match.h
src/gmap/src/indexdb.h
src/gmap/src/stage2.c
src/gmap/src/iit-read.c
src/gmap/src/indexdb_hr.c
src/gmap/src/indel.h
src/gmap/src/md5.h
src/gmap/src/list.h
src/gmap/src/atoi.c
src/gmap/src/splice.h
src/gmap/src/stage3.c
src/gmap/src/datadir.c
src/gmap/src/samprint.h
src/gmap/src/fopen.h
src/gmap/src/separator.h
src/gmap/src/genome_sites.c
src/gmap/src/iit_dump.c
src/gmap/src/oligoindex_hr.h
src/gmap/src/iit_get.c
src/gmap/src/gsnap.c
src/gmap/src/oligo.c
src/gmap/src/intron.h
src/gmap/src/pbinom.c
src/gmap/src/stage3hr.c
src/gmap/src/parserange.h
src/gmap/src/bitpack64-access.c
src/gmap/src/bzip2.h
src/gmap/src/inbuffer.c
src/gmap/src/indexdb-write.h
src/gmap/src/iit-write.h
src/gmap/src/boyer-moore.c
src/gmap/src/stage1hr.h
src/gmap/src/diagnostic.c
src/gmap/src/Makefile.in
src/gmap/src/uint8list.h
src/gmap/src/mapq.c
src/gmap/src/changepoint.h
src/gmap/src/chrsubset.h
src/gmap/src/splicetrie_build.c
src/gmap/src/oligoindex.h
src/gmap/src/result.h
src/gmap/src/substring.h
src/gmap/src/tableuint8.c
src/gmap/src/uintlist.h
src/gmap/src/splicetrie.h
src/gmap/src/shortread.h
src/gmap/src/chrnum.h
src/gmap/src/tableuint.c
src/gmap/src/pairpool.c
src/gmap/src/gregion.c
src/gmap/src/getopt.h
src/gmap/src/tableint.h
src/gmap/src/outbuffer.c
src/gmap/src/littleendian.c
src/gmap/src/iit-write-univ.h
src/gmap/src/reader.h
src/gmap/src/sarray-read.c
src/gmap/src/iit-read-univ.h
src/gmap/src/diag.c
src/gmap/src/bigendian.c
src/gmap/src/diagdef.h
src/gmap/src/cmet.h
src/gmap/src/genomicpos.h
src/gmap/src/maxent.h
src/gmap/src/stage1.c
src/gmap/src/bitpack64-read.h
src/gmap/src/orderstat.h
src/gmap/src/complement.h
src/gmap/src/intlistdef.h
src/gmap/src/genome_hr.h
src/gmap/src/dynprog.h
src/gmap/src/bitpack64-write.c
src/gmap/src/access.h
src/gmap/src/translation.c
src/gmap/src/uinttable.h
src/gmap/src/smooth.c
src/gmap/src/samheader.c
src/gmap/src/pairdef.h
src/gmap/src/gbuffer.h
src/gmap/src/gmap.c
src/gmap/src/genome-write.c
src/gmap/src/interval.h
src/gmap/src/diagpool.c
src/gmap/src/matchpool.h
src/gmap/src/intlist.h
src/gmap/src/listdef.h
src/gmap/src/sense.h
src/gmap/src/genome.c
src/gmap/src/compress.h
src/gmap/src/maxent_hr.c
src/gmap/src/table.c
src/gmap/src/univinterval.h
src/gmap/src/except.c
src/gmap/src/scores.h
src/gmap/src/block.h
src/gmap/src/sequence.h
src/gmap/src/mem.c
src/gmap/src/doublelist.c
src/gmap/src/snpindex.c
src/gmap/src/oligo.h
src/gmap/src/intron.c
src/gmap/src/pbinom.h
src/gmap/src/stage3hr.h
src/gmap/src/parserange.c
src/gmap/src/bitpack64-access.h
src/gmap/src/bzip2.c
src/gmap/src/inbuffer.h
src/gmap/src/indexdb-write.c
src/gmap/src/iit_store.c
src/gmap/src/iit-write.c
src/gmap/src/boyer-moore.h
src/gmap/src/stage1hr.c
src/gmap/src/diagnostic.h
src/gmap/src/getopt1.c
src/gmap/src/list.c
src/gmap/src/atoi.h
src/gmap/src/splice.c
src/gmap/src/stage3.h
src/gmap/src/datadir.h
src/gmap/src/samprint.c
src/gmap/src/iitdef.h
src/gmap/src/gmapindex.c
src/gmap/src/genome_sites.h
src/gmap/src/fastlog.h
src/gmap/src/oligoindex_hr.c
src/gmap/src/resulthr.h
src/gmap/src/chrom.c
src/gmap/src/match.c
src/gmap/src/indexdb.c
src/gmap/src/stage2.h
src/gmap/src/iit-read.h
src/gmap/src/indexdb_hr.h
src/gmap/src/indel.c
src/gmap/src/md5.c
src/gmap/src/atoiindex.c
src/gmap/src/cellpool.c
src/gmap/src/compress-write.c
src/gmap/src/pair.c
src/gmap/src/stopwatch.c
src/gmap/src/request.h
src/gmap/src/get-genome.c
src/gmap/src/spanningelt.c
src/gmap/src/sarray-write.h
src/gmap/src/goby.c
src/gmap/src/splicestringpool.c
src/gmap/src/saca-k.h
src/gmap/src/chimera.h
src/gmap/src/assert.c
src/gmap/src/segmentpos.c
src/gmap/src/gbuffer.c
src/gmap/src/genome-write.h
src/gmap/src/interval.c
src/gmap/src/diagpool.h
src/gmap/src/matchpool.c
src/gmap/src/samflags.h
src/gmap/src/intlist.c
src/gmap/src/compress.c
src/gmap/src/genome.h
src/gmap/src/maxent_hr.h
src/gmap/src/table.h
src/gmap/src/univinterval.c
src/gmap/src/except.h
src/gmap/src/block.c
src/gmap/src/sequence.c
src/gmap/src/mem.h
src/gmap/src/doublelist.h
src/gmap/src/genome_hr.c
src/gmap/src/dynprog.c
src/gmap/src/bitpack64-write.h
src/gmap/src/access.c
src/gmap/src/indexdbdef.h
src/gmap/src/translation.h
src/gmap/src/uinttable.c
src/gmap/src/smooth.h
src/gmap/src/uniqscan.c
src/gmap/src/samheader.h
src/gmap/src/tableuint.h
src/gmap/src/chrnum.c
src/gmap/src/pairpool.h
src/gmap/src/gregion.h
src/gmap/src/getopt.c
src/gmap/src/tableint.c
src/gmap/src/outbuffer.h
src/gmap/src/littleendian.h
src/gmap/src/iit-write-univ.c
src/gmap/src/reader.c
src/gmap/src/sarray-read.h
src/gmap/src/iit-read-univ.c
src/gmap/src/diag.h
src/gmap/src/bigendian.h
src/gmap/src/cmet.c
src/gmap/src/maxent.c
src/gmap/src/genomicpos.c
src/gmap/src/stage1.h
src/gmap/src/mode.h
src/gmap/src/bitpack64-read.c
src/gmap/src/bool.h
src/gmap/src/orderstat.c
src/gmap/src/uint8list.c
src/gmap/src/mapq.h
src/gmap/src/changepoint.c
src/gmap/src/chrsubset.c
src/gmap/src/splicetrie_build.h
src/gmap/src/oligoindex.c
src/gmap/src/comp.h
src/gmap/src/result.c
src/gmap/src/config.h.in
src/gmap/src/substring.c
src/gmap/src/tableuint8.h
src/gmap/src/uintlist.c
src/gmap/src/cmetindex.c
src/gmap/src/splicetrie.c
src/gmap/src/shortread.c
src/gmap/config/asm-bsr.m4
src/gmap/config/libtool.m4
src/gmap/config/config.guess
src/gmap/config/depcomp
src/gmap/config/missing
src/gmap/config/fopen.m4
src/gmap/config/struct-stat64.m4
src/gmap/config/lt~obsolete.m4
src/gmap/config/config.sub
src/gmap/config/perl.m4
src/gmap/config/compile
src/gmap/config/mmap-flags.m4
src/gmap/config/ltversion.m4
src/gmap/config/builtin.m4
src/gmap/config/ax_gcc_x86_cpuid.m4
src/gmap/config/acx_pthread.m4
src/gmap/config/ax_ext.m4
src/gmap/config/acx_mmap_fixed.m4
src/gmap/config/ltoptions.m4
src/gmap/config/madvise-flags.m4
src/gmap/config/acx_mmap_variable.m4
src/gmap/config/test-driver
src/gmap/config/ax_check_compile_flag.m4
src/gmap/config/install-sh
src/gmap/config/ltmain.sh
src/gmap/config/ltsugar.m4
src/gmap/config/expand.m4
src/gmap/config/pagesize.m4
src/gstruct/Makefile.am
src/gstruct/NEWS
src/gstruct/Makefile.in
src/gstruct/aclocal.m4
src/gstruct/COPYING
src/gstruct/AUTHORS
src/gstruct/README
src/gstruct/configure
src/gstruct/ChangeLog
src/gstruct/config.site
src/gstruct/configure.ac
src/gstruct/INSTALL
src/gstruct/VERSION
src/gstruct/src/bamread.h
src/gstruct/src/listdef.h
src/gstruct/src/intlist.h
src/gstruct/src/uintlist.c
src/gstruct/src/intlistdef.h
src/gstruct/src/ucharlist.c
src/gstruct/src/dynprog_single.h
src/gstruct/src/translation.h
src/gstruct/src/getopt.c
src/gstruct/src/tableint.c
src/gstruct/src/chrnum.c
src/gstruct/src/dynprog.h
src/gstruct/src/iit-write.c
src/gstruct/src/extract-concordant.c
src/gstruct/src/add-exons-unpaired.c
src/gstruct/src/md5.h
src/gstruct/src/bool.h
src/gstruct/src/stopwatch.c
src/gstruct/src/littleendian.c
src/gstruct/src/gstruct.c
src/gstruct/src/access.c
src/gstruct/src/oligoindex.h
src/gstruct/src/tally.old.c
src/gstruct/src/table.h
src/gstruct/src/bamtally.c
src/gstruct/src/samflags.h
src/gstruct/src/genomicpos.h
src/gstruct/src/complement.h
src/gstruct/src/interval.c
src/gstruct/src/add-splice-prob.c
src/gstruct/src/except.h
src/gstruct/src/genome.h
src/gstruct/src/sequence.c
src/gstruct/src/dynprog_cigar.h
src/gstruct/src/chrom.c
src/gstruct/src/bgzf.h
src/gstruct/src/gstruct_main.c
src/gstruct/src/uinttable.c
src/gstruct/src/assert.c
src/gstruct/src/parserange.h
src/gstruct/src/matchpool.c
src/gstruct/src/datadir.c
src/gstruct/src/bam_markdups.c
src/gstruct/src/bam_indelfix.c
src/gstruct/src/exon-exon-junctions.c
src/gstruct/src/maxent_hr.h
src/gstruct/src/indelfix.c
src/gstruct/src/iit-read.h
src/gstruct/src/list.c
src/gstruct/src/splice.c
src/gstruct/src/tally.h
src/gstruct/src/bamtally_main.c
src/gstruct/src/cappaths.h
src/gstruct/src/iitdef.h
src/gstruct/src/mismatchpool.c
src/gstruct/src/samread.h
src/gstruct/src/splicegraph.c
src/gstruct/src/config.h.in
src/gstruct/src/tableuint.h
src/gstruct/src/mem.c
src/gstruct/src/spliceclean.c
src/gstruct/src/bigendian.h
src/gstruct/src/Makefile.am
src/gstruct/src/bamtally.h
src/gstruct/src/genomicpos.c
src/gstruct/src/interval.h
src/gstruct/src/add-exons-spliced.c
src/gstruct/src/except.c
src/gstruct/src/genome.c
src/gstruct/src/dynprog_simd.h
src/gstruct/src/sam_splices.c
src/gstruct/src/find-intertranscript-regions.c
src/gstruct/src/bam_splices.c
src/gstruct/src/sequence.h
src/gstruct/src/dynprog_cigar.c
src/gstruct/src/bam_merge.c
src/gstruct/src/stopwatch.h
src/gstruct/src/littleendian.h
src/gstruct/src/gstruct.h
src/gstruct/src/access.h
src/gstruct/src/oligoindex.c
src/gstruct/src/tally.old.h
src/gstruct/src/table.c
src/gstruct/src/getopt.h
src/gstruct/src/tableint.h
src/gstruct/src/mismatchdef.h
src/gstruct/src/chrnum.h
src/gstruct/src/iit-write.h
src/gstruct/src/md5.c
src/gstruct/src/genecompare.c
src/gstruct/src/bamread.c
src/gstruct/src/intlist.c
src/gstruct/src/uintlist.h
src/gstruct/src/gsnap_splices.c
src/gstruct/src/ucharlist.h
src/gstruct/src/dynprog_nogap.h
src/gstruct/src/translation.c
src/gstruct/src/fopen.h
src/gstruct/src/tableuint.c
src/gstruct/src/bam_pileup.c
src/gstruct/src/mem.h
src/gstruct/src/bigendian.c
src/gstruct/src/splice.h
src/gstruct/src/tally.c
src/gstruct/src/Makefile.in
src/gstruct/src/cappaths.c
src/gstruct/src/bam_print.c
src/gstruct/src/mismatchpool.h
src/gstruct/src/samread.c
src/gstruct/src/splicegraph.h
src/gstruct/src/singlemap.c
src/gstruct/src/parserange.c
src/gstruct/src/matchpool.h
src/gstruct/src/datadir.h
src/gstruct/src/types.h
src/gstruct/src/maxent_hr.c
src/gstruct/src/indelfix.h
src/gstruct/src/iit-read.c
src/gstruct/src/list.h
src/gstruct/src/bam.h
src/gstruct/src/matchdef.h
src/gstruct/src/chrom.h
src/gstruct/src/multimap.h
src/gstruct/src/uinttable.h
src/gstruct/src/assert.h
src/gstruct/src/getopt1.c
src/gstruct/lib/gstruct.pc.in
src/gstruct/config/ax_gcc_x86_cpuid.m4
src/gstruct/config/lt~obsolete.m4
src/gstruct/config/mmap-flags.m4
src/gstruct/config/ltoptions.m4
src/gstruct/config/asm-bsr.m4
src/gstruct/config/ltmain.sh
src/gstruct/config/libtool.m4
src/gstruct/config/ltversion.m4
src/gstruct/config/expand.m4
src/gstruct/config/madvise-flags.m4
src/gstruct/config/ax_ext.m4
src/gstruct/config/config.sub
src/gstruct/config/fopen.m4
src/gstruct/config/sse2_shift_defect.m4
src/gstruct/config/pagesize.m4
src/gstruct/config/config.guess
src/gstruct/config/acx_mmap_variable.m4
src/gstruct/config/ax_gcc_x86_avx_xgetbv.m4
src/gstruct/config/ax_check_compile_flag.m4
src/gstruct/config/perl.m4
src/gstruct/config/struct-stat64.m4
src/gstruct/config/compile
src/gstruct/config/builtin.m4
src/gstruct/config/acx_mmap_fixed.m4
src/gstruct/config/ltsugar.m4
src/gstruct/config/depcomp
src/gstruct/config/missing
src/gstruct/config/install-sh
src/gstruct/config/acx_pthread.m4
inst/GmapGenomePackage-template/DESCRIPTION
inst/GmapGenomePackage-template/NAMESPACE
inst/GmapGenomePackage-template/man/package.Rd
inst/GmapGenomePackage-template/R/zzz.R
inst/extdata/bam_tally_test.bam
inst/extdata/p53Variants.vcf
inst/extdata/hg19.p53.fasta
inst/extdata/bam_tally_test.bam.bai
inst/extdata/test_data_aln/test_data_aln.halfmapping_uniq.bam.bai
inst/extdata/test_data_aln/test_data_aln.paired_uniq_scr.bam
inst/extdata/test_data_aln/test_data_aln.concordant_mult.bam.bai
inst/extdata/test_data_aln/test_data_aln.halfmapping_transloc.bam.bai
inst/extdata/test_data_aln/test_data_aln.unpaired_transloc.bam
inst/extdata/test_data_aln/test_data_aln.unpaired_mult.bam
inst/extdata/test_data_aln/test_data_aln.paired_mult.bam.bai
inst/extdata/test_data_aln/test_data_aln.concordant_mult.bam
inst/extdata/test_data_aln/test_data_aln.paired_uniq_long.bam
inst/extdata/test_data_aln/test_data_aln.paired_uniq_long.bam.bai
inst/extdata/test_data_aln/test_data_aln.concordant_transloc.bam.bai
inst/extdata/test_data_aln/test_data_aln.halfmapping_uniq.bam
inst/extdata/test_data_aln/test_data_aln.concordant_uniq.bam.bai
inst/extdata/test_data_aln/test_data_aln.halfmapping_mult.bam.bai
inst/extdata/test_data_aln/test_data_aln.paired_uniq_inv.bam.bai
inst/extdata/test_data_aln/test_data_aln.concordant_transloc.bam
inst/extdata/test_data_aln/test_data_aln.unpaired_mult.bam.bai
inst/extdata/test_data_aln/test_data_aln.unpaired_uniq.bam
inst/extdata/test_data_aln/test_data_aln.concordant_uniq.bam
inst/extdata/test_data_aln/test_data_aln.nomapping.bam
inst/extdata/test_data_aln/test_data_aln.paired_mult.bam
inst/extdata/test_data_aln/test_data_aln.paired_uniq_scr.bam.bai
inst/extdata/test_data_aln/test_data_aln.halfmapping_mult.bam
inst/extdata/test_data_aln/test_data_aln.unpaired_uniq.bam.bai
inst/extdata/test_data_aln/test_data_aln.paired_uniq_inv.bam
inst/extdata/test_data_aln/test_data_aln.unpaired_transloc.bam.bai
inst/extdata/test_data_aln/test_data_aln.nomapping.bam.bai
inst/extdata/test_data_aln/test_data_aln.halfmapping_transloc.bam
inst/doc/gmapR.R
inst/doc/gmapR.Rnw
inst/doc/gmapR.pdf inst/unitTests/test_gsnap.R inst/unitTests/test_bam_tally.R inst/unitTests/test_GsnapParam.R inst/unitTests/test_GmapGenome.R inst/unitTests/off_test_GmapSnpDirectory.R inst/unitTests/test_GmapGenomeDirectory.R inst/unitTests/test_makeGmapGenomePackage.R inst/unitTests/off_test_bam_tally.R inst/unitTests/test_BamTallyParam.R R/TP53Genome.R R/GsnapOutput-class.R R/BamTallyParam-class.R R/gmap_build-command.R R/makeGmapGenomePackage.R R/system.R R/GsnapParam-class.R R/iit-format.R R/atoiindex-command.R R/GmapSnpDirectory-class.R R/GmapParam-class.R R/GmapSnps-class.R R/snpindex-command.R R/utils.R R/gsnap-command.R R/info.R R/GmapGenomeDirectory-class.R R/get-genome-command.R R/GmapOutput-class.R R/asSystemCall.R R/cmetindex-command.R R/test_gmapR_package.R R/bam_tally-command.R R/gmap-command.R R/GmapGenome-class.R R/iit_store-command.R R/GmapBamReader-class.R
papers/appnote/gmapR.Rnw
vignettes/gmapR.Rnw
man/internals.Rd man/gmap_build-methods.Rd man/directory.Rd man/makeGmapGenomePackage.Rd man/TP53Genome.Rd man/GsnapOutput-class.Rd man/GmapGenomeDirectory-class.Rd man/BamTallyParam-class.Rd man/GmapSnps-class.Rd man/GmapSnpDirectory-class.Rd man/gsnap-methods.Rd man/GsnapParam-class.Rd man/GmapGenome-class.Rd man/bam_tally-methods.Rd
gmapR documentation built on Nov. 17, 2017, 10:11 a.m.