inst/doc/HowToPLW.R

### R code from vignette source 'HowToPLW.Rnw'

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### code chunk number 1: HowToPLW.Rnw:44-45
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require(plw)


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### code chunk number 2: HowToPLW.Rnw:67-68
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data(AffySpikeU95Subset)


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### code chunk number 3: HowToPLW.Rnw:70-71
###################################################
AffySpikeU95Subset


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### code chunk number 4: HowToPLW.Rnw:79-80
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pData(AffySpikeU95Subset)


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### code chunk number 5: HowToPLW.Rnw:84-87
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group<-factor(rep(letters[1:2],each=3))
design<-model.matrix(~group-1)
contrast<-matrix(c(1,-1),1,2)


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### code chunk number 6: HowToPLW.Rnw:89-91
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design
contrast


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### code chunk number 7: HowToPLW.Rnw:94-95
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plwFit<-plw(AffySpikeU95Subset,design=design,contrast=contrast,epsilon=1e-05)


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### code chunk number 8: HowToPLW.Rnw:97-98
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plwFit


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### code chunk number 9: HowToPLW.Rnw:115-116
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topRankSummary(plwFit,genes=spikedProbesU95)


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### code chunk number 10: HowToPLW.Rnw:119-120
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topRankSummary(plwFit,genesOfRank=11:20)


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### code chunk number 11: HowToPLW.Rnw:124-125
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topRankSummary(plwFit,nGenes=20)


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### code chunk number 12: HowToPLW.Rnw:134-135
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plotSummaryT(plwFit,genes=spikedProbesU95)


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### code chunk number 13: HowToPLW.Rnw:142-143
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plotSummaryLog2FC(plwFit,nGenes=15)


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### code chunk number 14: HowToPLW.Rnw:161-162
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varHistPlot(plwFit)


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### code chunk number 15: HowToPLW.Rnw:170-171
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scaleParameterPlot(plwFit)


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### code chunk number 16: HowToPLW.Rnw:187-195 (eval = FALSE)
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## source("http://www.math.chalmers.se/~astrandm/plw/GetApoAIdata.R")
## RG <- GetApoAIdata()
## require(limma)
## MA <- normalizeWithinArrays(RG)
## rownames(MA$M) <- MA$genes$Name
## ii <- apply(is.na(MA$M),1,any)
## MA$A <- MA$A[!ii,]
## MA$M <- MA$M[!ii,]


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### code chunk number 17: HowToPLW.Rnw:201-203 (eval = FALSE)
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## design <- cbind("Control-Ref"=1,"KO-Control"=MA$targets$Cy5=="ApoAI KO")
## contrast <- matrix(0:1,ncol=2)


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### code chunk number 18: HowToPLW.Rnw:205-207 (eval = FALSE)
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## design
## contrast


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### code chunk number 19: HowToPLW.Rnw:215-218 (eval = FALSE)
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## meanX <- apply(MA$A,1,mean)
## knots <- quantile(meanX,seq(0.1,0.9,by=0.2))
## lmwFit <- lmw(MA$M,design=design,contrast=contrast,meanX=meanX,knots=knots)


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### code chunk number 20: HowToPLW.Rnw:220-221 (eval = FALSE)
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## lmwFit


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### code chunk number 21: HowToPLW.Rnw:224-225 (eval = FALSE)
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## topRankSummary(lmwFit,nGenes=10)

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