specL.R
In specL: specL - Prepare Peptide Spectrum Matches for Use in Targeted Proteomics

### R code from vignette source 'specL.Rnw'

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### code chunk number 1: style-Sweave
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BiocStyle::latex()


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### code chunk number 2: specL.Rnw:76-83
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#rm(list=ls())
#options(width = 80)
options(prompt = "R> ",
        continue = "+  ",
        width = 60,
        useFancyQuotes = FALSE,
        warn = -1)


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### code chunk number 3: specL.Rnw:86-88
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library(specL)
packageVersion('specL')


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### code chunk number 4: specL.Rnw:102-103
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summary(peptideStd)


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### code chunk number 5: specL.Rnw:114-116
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# plot(peptideStd)
plot(0,0, main='MISSING')


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### code chunk number 6: specL.Rnw:122-126
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demoIdx <- 40
# str(peptideStd[[demoIdx]])
#res <- plot(peptideStd[[demoIdx]], ion.axes=TRUE)
plot(0,0, main='MISSING')


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### code chunk number 7: specL.Rnw:152-153
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specL:::.mascot2psmSet


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### code chunk number 8: specL.Rnw:178-188
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irtFASTAseq <- paste(">zz|ZZ_FGCZCont0260|",
"iRT_Protein_with_AAAAK_spacers concatenated Biognosys\n",
"LGGNEQVTRAAAAKGAGSSEPVTGLDAKAAAAKVEATFGVDESNAKAAAAKYILAGVENS",
"KAAAAKTPVISGGPYEYRAAAAKTPVITGAPYEYRAAAAKDGLDAASYYAPVRAAAAKAD",
"VTPADFSEWSKAAAAKGTFIIDPGGVIRAAAAKGTFIIDPAAVIRAAAAKLFLQFGAQGS",
"PFLK\n")

Tfile <- file();  cat(irtFASTAseq, file = Tfile);
fasta.irtFASTAseq <- read.fasta(Tfile, as.string=TRUE, seqtype="AA")
close(Tfile)


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### code chunk number 9: specL.Rnw:194-195
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peptideStd[[demoIdx]]$proteinInformation


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### code chunk number 10: specL.Rnw:199-201
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peptideStd <- annotate.protein_id(peptideStd, 
    fasta=fasta.irtFASTAseq)


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### code chunk number 11: specL.Rnw:207-209
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(idx<-which(unlist(lapply(peptideStd, 
    function(x){nchar(x$proteinInformation)>0}))))


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### code chunk number 12: specL.Rnw:215-216
###################################################
peptideStd[[demoIdx]]$proteinInformation


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### code chunk number 13: specL.Rnw:221-222 (eval = FALSE)
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## digestPattern = "(([RK])|(^)|(^M))"


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### code chunk number 14: specL.Rnw:238-240
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res.genSwathIonLib <- genSwathIonLib(data = peptideStd, 
   data.fit = peptideStd.redundant)


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### code chunk number 15: specL.Rnw:264-265
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summary(res.genSwathIonLib)


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### code chunk number 16: specL.Rnw:272-273
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res.genSwathIonLib@ionlibrary[[demoIdx]]


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### code chunk number 17: specL.Rnw:277-278
###################################################
plot(res.genSwathIonLib@ionlibrary[[demoIdx]])


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### code chunk number 18: specL.Rnw:282-295
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# define customized fragment ions
# for demonstration lets consider only the top five singly charged y ions.

r.genSwathIonLib.top5 <- genSwathIonLib(peptideStd,
    peptideStd.redundant, topN=5,
    fragmentIonFUN=function (b, y) {
      return( cbind(y1_=y) )
      }
    )

             
plot(r.genSwathIonLib.top5@ionlibrary[[demoIdx]])



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### code chunk number 19: specL.Rnw:328-329 (eval = FALSE)
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## iRTpeptides


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### code chunk number 20: specL.Rnw:335-337 (eval = FALSE)
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## fit <- lm(formula = rt ~ aggregateInputRT * fileName,
##   data=m)


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### code chunk number 21: specL.Rnw:344-349 (eval = FALSE)
###################################################
## data <- aggregate(df$rt, by = list(df$peptide, df$fileName),
##   FUN = mean)
## data.fit <- aggregate(df.fit$rt, 
##   by = list(df.fit$peptide, df.fit$fileName), 
##   FUN = mean)


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### code chunk number 22: specL.Rnw:354-355 (eval = FALSE)
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## m <- merge(iRT, data.fit, by.x='peptide', by.y='peptide')


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### code chunk number 23: specL.Rnw:365-369
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# calls the plot method for a specLSet object
op <- par(mfrow=c(2,3)) 
plot(res.genSwathIonLib)
par(op)


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### code chunk number 24: specL.Rnw:380-392
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idx.iRT <- which(unlist(lapply(peptideStd,
  function(x){
    if(x$peptideSequence %in% iRTpeptides$peptide){0}
    else{1}
  })) == 0)

# remove all iRTs and compute ion library
res.genSwathIonLib.no_iRT <- genSwathIonLib(peptideStd[-idx.iRT])
summary(res.genSwathIonLib.no_iRT)
op <- par(mfrow = c(2, 3)) 
plot(res.genSwathIonLib.no_iRT)
par(op)


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### code chunk number 25: specL.Rnw:398-400
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write.spectronaut(res.genSwathIonLib,
  file="specL-Spectronaut.txt")


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### code chunk number 26: specL.Rnw:440-444 (eval = FALSE)
###################################################
## res <- genSwathIonLib(data, data.fit,
##   topN=10, 
##   fragmentIonMzRange=c(200,2000), 
##   fragmentIonRange=c(2,100))


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### code chunk number 27: sessioninfo
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toLatex(sessionInfo())