viper.R
In viper: Virtual Inference of Protein-activity by Enriched Regulon analysis

### R code from vignette source 'viper.Rnw'

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### code chunk number 1: viper.Rnw:68-73 (eval = FALSE)
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## if (!requireNamespace("BiocManager", quietly=TRUE))
##     install.packages("BiocManager")
## BiocManager::install("mixtools")
## BiocManager::install("bcellViper")
## BiocManager::install("viper")


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### code chunk number 2: viper.Rnw:79-80
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library(viper)


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### code chunk number 3: viper.Rnw:95-98
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data(bcellViper, package="bcellViper")
adjfile <- system.file("aracne", "bcellaracne.adj", package = "bcellViper")
regul <- aracne2regulon(adjfile, dset, verbose = FALSE)


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### code chunk number 4: viper.Rnw:100-101
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print(regul)


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### code chunk number 5: viper.Rnw:118-119
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signature <- rowTtest(dset, "description", c("CB", "CC"), "N")


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### code chunk number 6: viper.Rnw:125-127
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signature <- (qnorm(signature$p.value/2, lower.tail = FALSE) * 
                sign(signature$statistic))[, 1]


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### code chunk number 7: viper.Rnw:135-137
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nullmodel <- ttestNull(dset, "description", c("CB", "CC"), "N", per = 1000,
                       repos = TRUE, verbose = FALSE)


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### code chunk number 8: viper.Rnw:145-146
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regulon


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### code chunk number 9: viper.Rnw:151-152
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mrs <- msviper(signature, regulon, nullmodel, verbose = FALSE)


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### code chunk number 10: viper.Rnw:157-158
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summary(mrs)


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### code chunk number 11: msviper
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plot(mrs, cex = .7)


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### code chunk number 12: viper.Rnw:180-182
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mrs <- ledge(mrs)
summary(mrs)


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### code chunk number 13: viper.Rnw:192-194
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signature <- bootstrapTtest(dset, "description", c("CB", "CC"), "N", verbose = FALSE)
mrs <- msviper(signature, regulon, nullmodel, verbose = FALSE)


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### code chunk number 14: viper.Rnw:198-199
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mrs <- bootstrapmsviper(mrs, "mode")


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### code chunk number 15: bsmsviper
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plot(mrs, cex = .7)


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### code chunk number 16: viper.Rnw:220-221
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mrshadow <- shadow(mrs, regulators = 25, verbose = FALSE)


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### code chunk number 17: viper.Rnw:226-227
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summary(mrshadow)


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### code chunk number 18: viper.Rnw:236-237
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mrs <- msviperCombinatorial(mrs, regulators = 25, verbose = FALSE)


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### code chunk number 19: viper.Rnw:241-242
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mrs <- msviperSynergy(mrs, verbose = FALSE)


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### code chunk number 20: synmsviper
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summary(mrs)
plot(mrs, 25, cex = .7)


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### code chunk number 21: viper.Rnw:264-265
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vpres <- viper(dset, regulon, verbose = FALSE)


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### code chunk number 22: viper.Rnw:269-270
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dim(vpres)


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### code chunk number 23: viper.Rnw:274-277
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tmp <- rowTtest(vpres, "description", c("CB", "CC"), "N")
data.frame(Gene = rownames(tmp$p.value), t = round(tmp$statistic, 2),
"p-value" = signif(tmp$p.value, 3))[order(tmp$p.value)[1:10], ]


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### code chunk number 24: viper.Rnw:288-290
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vpsig <- viperSignature(dset, "description", "N", verbose = FALSE)
vpres <- viper(vpsig, regulon, verbose = FALSE)


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### code chunk number 25: euviper
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pos <- pData(vpres)[["description"]] %in% c("M", "CB", "CC")
d1 <- exprs(vpres)[, pos]
colnames(d1) <- pData(vpres)[["description"]][pos]
dd <- dist(t(d1), method = "euclidean")
heatmap(as.matrix(dd), Rowv = as.dendrogram(hclust(dd, method = "average")), symm = T)


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### code chunk number 26: viper.Rnw:314-315
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dd <- viperSimilarity(d1)


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### code chunk number 27: sigviper
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heatmap(as.matrix(as.dist(dd)), Rowv = as.dendrogram(hclust(as.dist(dd),
method = "average")), symm = T)