R/split_image.R

In ExpImage: Tool For Analysis of Images in Experiments

#' This function splits the image into several others (Esta funcao divide a
#' imagem em varias outras de acordo com os objetos que contem)
#'
#' @description Esta funcao permite dividir a imagem e obter medidas dos objetos
#' @usage split_image(im,Seg,noise=0,CutImage=TRUE,lim=10,tolerance=1,ext=1,
#'   splitConnected=FALSE,colorBack=c(0,0,0) ,saveImage=TRUE,
#'   plot=T,col="red",cex=1,fileName="test.jpg")
#'
#' @param im Este objeto deve conter uma imagem no formato do EBImage.
#' @param Seg Este objeto deve ser obrigatoriamente uma matriz binaria, contendo
#'   os valores 0 (pixels do background) ou 1 (pixels do foreground)).
#' @param noise E o numero de pixeis a partir do qual a funcao nao considerara
#'   como ruido.
#' @param CutImage Se TRUE a imagem ao ser dividida ser cortada, englobando
#'   apenas o objeto de interesse
#' @param lim Indica  numero de pixels que sera acrescentada nas bordas da
#'   imagem cortada
#' @param tolerance The minimum height of the object in the units of image
#'   intensity between its highest point (seed) and the point where it contacts
#'   another object (checked for every contact pixel). If the height is smaller
#'   than the tolerance, the object will be combined with one of its neighbors,
#'   which is the highest. Tolerance should be chosen according to the range of
#'   x. Default value is 1, which is a reasonable value if x comes from distmap.
#' @param ext Radius of the neighborhood in pixels for the detection of
#'   neighboring objects. Higher value smoothes out small objects.
#' @param splitConnected :Variavel do tipo logico. Se TRUE objetos encostados
#' serao considerados diferentes.

#' @param colorBack Deve ser um vetor com tres valores variando entre 0 a 1.
#'   Estes valores indicam reespectivamente os valores de r, g e b que
#'   substituirao os pixels indesejados nas imagens divididas.
#' @param saveImage Se for TRUE serao salvas as imagens dividas.
#' @param plot Indica se sera apresentada (TRUE) ou nao (FALSE) (default) a
#'   imagem segmentada
#' @param col Indica a cor do numero sobreposto sobre a imagem segmentada
#' @param cex Indica o tamanho do numero sobrepsosto sobre a imagem segmentada
#' @param fileName endereco e/ou nome do arquivo a ser salvo com extensao .jpg

#' @author Alcinei Mistico Azevedo (Instituto de ciencias agrarias da UFMG)
#' @return Retorna a medida em pixels dos objetos contidos na imagem e varias fotos
#' havendo em cada uma um objeto.
#' @seealso  \code{\link{segmentation_logit}}
#' @importFrom stats runif
#' @importFrom graphics text
#'@export
#' @examples
#'\donttest{
#'#remove(list=ls())
#'#require(ExpImage)
#'im=read_image(example_image(3))
#'##mostrar imagem
#'plot(im)
#'
#'g=gray_scale(im,"g",plot=TRUE)
#'Seg=segmentation(img.band = g,threshold = "otsu",selectHigher = FALSE,
#'fillHull = TRUE,plot = TRUE)
#'
#'split_image(im=im,Seg=Seg,noise = 200,CutImage = FALSE,tolerance = 1,
#'saveImage = FALSE,plot = TRUE,col="blue",cex=2)
#'}




split_image=function(im,Seg,noise=0,CutImage=TRUE,lim=10,tolerance=1,
                     ext=1,splitConnected=FALSE,colorBack=c(0,0,0) ,
                     saveImage=TRUE,
                     plot=T,col="red",cex=1,
                     fileName="test.jpg"){
  r=colorBack[1]
  g=colorBack[2]
  b=colorBack[3]
  if(isFALSE(splitConnected)){SepSeg=EBImage::watershed(Seg, tolerance=tolerance, ext=ext)}
  if(isTRUE(splitConnected)){SepSeg=EBImage::watershed( EBImage::distmap(Seg), tolerance=tolerance, ext=ext)}
  a=0
  implot=im
  RES=NULL
  IIM=NULL
  SegplotR=SegplotG=SegplotB=SepSeg*0

  nn=length(unique(c(SepSeg)))
  pb <- progress::progress_bar$new(total = nn)
nomess=NULL
  for(j in 2:nn){
    pb$tick()
    i=unique(c(SepSeg))[j]
    #if((sum(SepSeg==i)<=noise)){print(sum(SepSeg==i))}
    if(sum(SepSeg==i)>noise){
      #print(sum(SepSeg==i))
      a=a+1
      imsep=extract_pixels(im,SepSeg==i,plot = F,valueSelect = c(r,g,b))
      if(saveImage==T){
        if(CutImage==F){
          #EBImage::writeImage(imsep,files=paste(a,fileName,sep="_"))
          nomes=files=paste(a,fileName,sep="_")
          EBImage::writeImage(imsep,files=nomes)
          nomess=c(nomess,nomes)
          }
        if(CutImage==T){
          seg=(SepSeg==i)*1


          idl=rowSums(seg)
          nl=length(idl)
          idl[(round(lim/2,0)+1):(nl-round(lim/2,0))]=idl[(lim+1):nl]+idl[1:(nl-lim)]

          idc=colSums(seg)!=0
          nl=length(idc)
          idc[(round(lim/2,0)+1):(nl-round(lim/2,0))]=idc[(lim+1):nl]+idc[1:(nl-lim)]
          imsep2=imsep
          imsep2@.Data=imsep@.Data[idl!=0,idc!=0,]


nomes=files=paste(a,fileName,sep="_")
          EBImage::writeImage(imsep2,files =nomes)
          nomess=rbind(nomess,nomes)
        }
      }






    }


  }

  print("Arquivos criados (files created):")
  print(nomess)

RES=measure_image(img = Seg,splitConnected =splitConnected,tolerance = tolerance
                , noise=noise,ext = ext,plot = F )

if(plot==T){
  plot_meansures(im,measurements = RES, text = rownames(RES$measures),col=col,cex=cex)
}

  return(RES)
}