LDheatmap.R
In LDheatmap: Graphical Display of Pairwise Linkage Disequilibria Between SNPs

### R code from vignette source 'LDheatmap.Rnw'

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### code chunk number 1: LDheatmap.Rnw:145-146
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oldop <- options(width=60) #controls the number of characters on a line (to protect the margin area)


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### code chunk number 2: LDheatmap.Rnw:148-150
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library(LDheatmap)
data("CEUSNP"); data("CEUDist")


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### code chunk number 3: Original
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MyHeatmap <- LDheatmap(CEUSNP, CEUDist, LDmeasure="r", 
			  title="Pairwise LD in r^2", add.map=TRUE, 
			  SNP.name=c("rs2283092", "rs6979287"), 
			  color=grey.colors(20), name="myLDgrob", 
			  add.key=TRUE)


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### code chunk number 4: LDheatmap.Rnw:254-257 (eval = FALSE)
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## grid.edit(gPath("myLDgrob", "heatMap", "title"), gp=gpar(cex=1.25, col="blue"))
## grid.edit(gPath("myLDgrob", "geneMap", "title"), gp=gpar(cex=0.8, col="orange"))
## grid.edit(gPath("myLDgrob", "Key", "title"), gp=gpar(cex=1.25, col="red"))


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### code chunk number 5: LDheatmap.Rnw:260-267
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require(grid)
LD.grob1 <- editGrob(MyHeatmap$LDheatmapGrob, gPath("heatMap", "title"), 
		gp = gpar(cex=1.25, col="blue"))
LD.grob2 <- editGrob(LD.grob1, gPath("geneMap","title"), 
		gp = gpar(cex=0.8, col="orange"))
LD.grob3 <- editGrob(LD.grob2, gPath("Key","title"), 
		gp = gpar(cex=1.25, col="red"))


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### code chunk number 6: Modified
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grid.newpage() 
grid.draw(LD.grob3) 


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### code chunk number 7: LDheatmap.Rnw:311-325 (eval = FALSE)
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## VP1<-viewport(x=0, y=0, width=0.5, height=1, just=c("left","bottom"), 
##                 name="vp1")
## pushViewport(VP1)
## LD1 <- LDheatmap(MyHeatmap, color=grey.colors(20), 
##    title="Pairwise LD in grey.colors(20)", SNP.name="rs6979572", 
##    name="ld1", newpage=FALSE)
## upViewport()
## VP2<-viewport(x=0.5, y=0, width=0.5, height=1, 
##                just=c("left","bottom"), name="vp2")
## pushViewport(VP2)
## LD2<-LDheatmap(MyHeatmap, color=heat.colors(20), 
## 	title="Pairwise LD in heat.colors(20)", 
##         SNP.name="rs6979572", name="ld2", newpage=FALSE)
## upViewport()


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### code chunk number 8: LDheatmap.Rnw:340-342 (eval = FALSE)
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## grid.edit(gPath("ld1", "heatMap", "heatmap"), gp=gpar(col="white", lwd=2))
## grid.edit(gPath("ld2", "geneMap", "title"), gp=gpar(col="blue"))


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### code chunk number 9: multiple
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VP1<-viewport(x=0, y=0, width=0.5, height=1, just=c("left","bottom"), 
                name="vp1")
pushViewport(VP1)
LD1 <- LDheatmap(MyHeatmap, color=grey.colors(20), 
   title="Pairwise LD in grey.colors(20)", SNP.name="rs6979572", 
   name="ld1", newpage=FALSE)
upViewport()
VP2<-viewport(x=0.5, y=0, width=0.5, height=1, 
               just=c("left","bottom"), name="vp2")
pushViewport(VP2)
LD2<-LDheatmap(MyHeatmap, color=heat.colors(20), 
	title="Pairwise LD in heat.colors(20)", 
        SNP.name="rs6979572", name="ld2", newpage=FALSE)
upViewport()
grid.edit(gPath("ld1", "heatMap", "heatmap"), gp=gpar(col="white", lwd=2))
grid.edit(gPath("ld2", "geneMap", "title"), gp=gpar(col="blue"))


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### code chunk number 10: LDheatmap.Rnw:380-382
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data("CHBJPTSNP"); data("CHBJPTDist")
pop<-factor(c(rep("chinese", 45), rep("japanese", 45)))


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### code chunk number 11: lattice
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library(lattice)
print(xyplot(1:nrow(CHBJPTSNP)~1:nrow(CHBJPTSNP) | pop, type="n", 
scales=list(draw=F),xlab="",ylab="", 
panel=function(x,y,subscripts,...){
	LDheatmap(CHBJPTSNP[subscripts,], CHBJPTDist, newpage=FALSE)}))


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### code chunk number 12: LDheatmap.Rnw:402-403 (eval = FALSE)
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## data("CHBJPTData")


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### code chunk number 13: LDheatmap.Rnw:416-417 (eval = FALSE)
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## pop<-factor(c(rep("chinese", 45), rep("japanese", 45)))


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### code chunk number 14: LDheatmap.Rnw:421-426 (eval = FALSE)
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## library(lattice)
## xyplot(1:nrow(CHBJPTSNP)~1:nrow(CHBJPTSNP) | pop, type="n",
## scales=list(draw=FALSE), xlab="", ylab="", 
## panel=function(x,y,subscripts,...){
##  LDheatmap(CHBJPTSNP[subscripts,], CHBJPTDist, newpage=FALSE)})


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### code chunk number 15: LDheatmap.Rnw:428-429
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options(oldop) # reset options to user's original