load_rmsf: Loading function for 'rmsf()'

Description Usage Arguments Value Author(s) Examples

View source: R/rmsf.R

Description

Returns a list of vector pairs of datapoint indices and RMSF values.

Usage

1
2
load_rmsf( files,
           mdEngine = "GROMOS" )

Arguments

files

Vector of paths to input text files.

mdEngine

Argument distinguishes between input formats based on the molecular dynamics engine used. Currently available: "GROMOS", "GROMACS" and "AMBER".

Value

A list of vectors, alternately holding atom indices and their respective values.

Author(s)

Christian Margreitter

Examples

 1
 2
 3
 4
 5
 6
 7
 8
 9
10
11
12
13
# GROMOS
load_rmsf( c( system.file( "extdata/rmsf_example_1.txt.gz", package = "MDplot" ),
              system.file( "extdata/rmsf_example_2.txt.gz", package = "MDplot" ) ) )

# GROMACS
load_rmsf( c( system.file( "extdata/rmsf_example_GROMACS.txt.gz",
                           package = "MDplot" ) ),
          mdEngine = "GROMACS" )

# AMBER
load_rmsf( c( system.file( "extdata/rmsf_example_AMBER.txt.gz",
                           package = "MDplot" ) ),
          mdEngine = "AMBER" )

Example output

Loading required package: MASS
Loading required package: RColorBrewer
Loading required package: gplots

Attaching package: 'gplots'

The following object is masked from 'package:stats':

    lowess

Loading required package: gtools
[[1]]
  [1]   1   2   3   4   5   6   7   8   9  10  11  12  13  14  15  16  17  18
 [19]  19  20  21  22  23  24  25  26  27  28  29  30  31  32  33  34  35  36
 [37]  37  38  39  40  41  42  43  44  45  46  47  48  49  50  51  52  53  54
 [55]  55  56  57  58  59  60  61  62  63  64  65  66  67  68  69  70  71  72
 [73]  73  74  75 212 213 214 215 216 217 218 219 220 221 222 223 224 225 226
 [91] 227 228 229 230 231 232 233 234 235 236 237 238 239 240 241 242 243 244
[109] 245 246 247 248 249 250 251 252 253 254 255 256 257 258 259 260 261 262
[127] 263 264 265 266 267 268 269 270 271 272 273 274 275 276 277 278 279 280
[145] 281 282 283 284 285 286 287 288 289 290 291 292 293 294 295 296 297 298
[163] 299 300 301 302 303 304 305 306 307 308 309 310 311 312 313 314 315 316
[181] 317 318

[[2]]
  [1] 0.52854748 0.49508579 0.42516209 0.40454144 0.35269593 0.27357778
  [7] 0.23565238 0.18461284 0.15185813 0.12774475 0.11199245 0.10250329
 [13] 0.10275490 0.09983284 0.09279273 0.08806075 0.08680425 0.09656290
 [19] 0.09254166 0.10504423 0.09165242 0.08764719 0.07495333 0.07566071
 [25] 0.07345142 0.08076448 0.07372571 0.07553193 0.08436475 0.09291080
 [31] 0.08964709 0.10052945 0.10647971 0.12230394 0.13215887 0.11952709
 [37] 0.12087126 0.12455709 0.12610968 0.13488781 0.14730920 0.13990323
 [43] 0.15144147 0.15772513 0.15817785 0.16292711 0.17362794 0.16228458
 [49] 0.15197773 0.14659706 0.13784015 0.13645223 0.14519455 0.15863632
 [55] 0.17022369 0.19987228 0.19084911 0.16698026 0.16124709 0.14253263
 [61] 0.14571975 0.13863436 0.11536550 0.10748422 0.09489753 0.08690406
 [67] 0.07355177 0.06869926 0.06293863 0.06890930 0.07534179 0.07152322
 [73] 0.06083834 0.06155596 0.06444168 0.06921925 0.06789239 0.06238761
 [79] 0.06501269 0.06904343 0.07635331 0.08713486 0.09529041 0.11220235
 [85] 0.13127160 0.13996601 0.14377595 0.16092160 0.15247133 0.13242777
 [91] 0.12654111 0.12011351 0.12585326 0.12516197 0.11302588 0.10724364
 [97] 0.10033285 0.09387897 0.09318869 0.09561254 0.10301626 0.10765882
[103] 0.11805445 0.11845187 0.11396462 0.11999673 0.12150455 0.11428620
[109] 0.12232220 0.13384678 0.13246412 0.14965251 0.15877879 0.15133969
[115] 0.16451407 0.17369790 0.16650081 0.18670098 0.14800284 0.15411291
[121] 0.14394860 0.12059153 0.10296822 0.10225959 0.08899216 0.08585538
[127] 0.07841473 0.07677646 0.07586776 0.07885149 0.07659565 0.07297316
[133] 0.07343632 0.08221926 0.08784044 0.10302974 0.08360184 0.07161899
[139] 0.06544910 0.07115392 0.07196590 0.08406730 0.08777246 0.09272382
[145] 0.10165987 0.10778082 0.11956819 0.12930171 0.12559381 0.11992699
[151] 0.12246447 0.11907518 0.11303845 0.11343189 0.12459119 0.13951580
[157] 0.16711133 0.19785274 0.26067225 0.33621155 0.33585135 0.37594811
[163] 0.40292222 0.31529255 0.26999697 0.22356843 0.19457544 0.20670183
[169] 0.19631002 0.16427900 0.13975786 0.11975757 0.11170354 0.10088639
[175] 0.09720636 0.08859352 0.09373201 0.09291477 0.09153791 0.08553268
[181] 0.09173799 0.13226727

[[3]]
  [1]   1   2   3   4   5   6   7   8   9  10  11  12  13  14  15  16  17  18
 [19]  19  20  21  22  23  24  25  26  27  28  29  30  31  32  33  34  35  36
 [37]  37  38  39  40  41  42  43  44  45  46  47  48  49  50  51  52  53  54
 [55]  55  56  57  58  59  60  61  62  63  64  65  66  67  68  69  70  71  72
 [73]  73  74  75  76  77  78  79  80  81  82  83  84  85  86  87  88  89  90
 [91]  91  92  93  94  95  96  97  98  99 100 101 102 103 104 105 106 107 108
[109] 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126
[127] 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144
[145] 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162
[163] 163 164 165 166 167 168 169 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180
[181] 181 182 183 184 185 186 187 188 189 190 191 192 193 194 195 196 197 198
[199] 199 200 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 211 212 213 214 215 216
[217] 217 218 219 220 221 222 223 224 225 226 227 228 229 230 231 232 233 234
[235] 235 236 237

[[4]]
  [1] 0.52202270 0.49535373 0.41553738 0.40143881 0.34194919 0.26123201
  [7] 0.20691260 0.15210797 0.13205686 0.11222298 0.10461444 0.09238556
 [13] 0.09389945 0.08932124 0.08280690 0.07762919 0.07917901 0.08113518
 [19] 0.07681791 0.08141553 0.07726890 0.07642705 0.07667806 0.08187574
 [25] 0.07927287 0.08780755 0.08263785 0.08225347 0.08680490 0.09849984
 [31] 0.09052972 0.09927500 0.09715552 0.11178885 0.11677360 0.09628017
 [37] 0.09768114 0.09843299 0.10182376 0.11956187 0.14227876 0.14668165
 [43] 0.16718035 0.18443805 0.19381918 0.20049241 0.21417266 0.19771326
 [49] 0.17618971 0.16267248 0.16238241 0.16289061 0.18408541 0.21184138
 [55] 0.22084149 0.25464653 0.25654255 0.23617538 0.24389481 0.21315672
 [61] 0.20184581 0.20554590 0.16321089 0.14859043 0.12401572 0.11118274
 [67] 0.09203672 0.08589240 0.07627227 0.07610838 0.07781548 0.07290762
 [73] 0.06465198 0.06568052 0.06943969 0.07032246 0.07473962 0.07596017
 [79] 0.07985517 0.08228146 0.08168669 0.07419569 0.07398178 0.06934131
 [85] 0.06852019 0.06459033 0.06318962 0.06684650 0.06983091 0.06784831
 [91] 0.07183341 0.07912511 0.07609360 0.07307063 0.07496640 0.07622400
 [97] 0.08391304 0.09085085 0.10302252 0.10737205 0.10417148 0.09484452
[103] 0.09424093 0.09008216 0.08812685 0.09042962 0.09433680 0.09440745
[109] 0.08063348 0.07400572 0.07644789 0.07263661 0.07815194 0.07327737
[115] 0.07601902 0.07672293 0.08409084 0.07709725 0.08343753 0.07770745
[121] 0.07351140 0.07564171 0.08007014 0.07430625 0.07767887 0.07557447
[127] 0.08902868 0.10622127 0.13132591 0.15441726 0.19045666 0.22309885
[133] 0.25389892 0.30674580 0.29716177 0.29286940 0.29606832 0.27070706
[139] 0.30157653 0.30967419 0.27283247 0.28607295 0.25839271 0.20642285
[145] 0.18137314 0.15540917 0.14104764 0.12294378 0.12292691 0.10642113
[151] 0.10315397 0.10012174 0.10222961 0.09847900 0.11081973 0.13422556
[157] 0.15252470 0.18996196 0.15502223 0.14538466 0.12811041 0.11741309
[163] 0.12152010 0.12292901 0.11623720 0.10741902 0.10181588 0.10788595
[169] 0.10529326 0.11502567 0.10537507 0.11543939 0.11552395 0.12510062
[175] 0.12232804 0.13957886 0.15444201 0.17598334 0.19760278 0.19726618
[181] 0.18522926 0.18952552 0.18172833 0.16277948 0.15738943 0.13754725
[187] 0.12620428 0.11007455 0.09370343 0.08223155 0.07344412 0.06959767
[193] 0.07032713 0.07151346 0.07129924 0.07007348 0.07659100 0.07340767
[199] 0.07426207 0.07624013 0.07546921 0.07520619 0.07972143 0.07872935
[205] 0.07815966 0.07851698 0.07659017 0.07165723 0.06870012 0.06466623
[211] 0.06900842 0.07270930 0.07354193 0.06431945 0.07175916 0.07541195
[217] 0.08443542 0.09302111 0.09247064 0.10041378 0.11247277 0.12010582
[223] 0.12656498 0.14274484 0.13387279 0.12241693 0.11421522 0.10227105
[229] 0.10420771 0.10643229 0.09875824 0.09273419 0.09091698 0.08508633
[235] 0.08603450 0.09061755 0.09612981

[[1]]
 [1]  1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25
[26] 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50
[51] 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75
[76] 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99

[[2]]
 [1] 0.2261 0.2647 0.2519 0.2560 0.2002 0.1758 0.2100 0.1772 0.2207 0.1675
[11] 0.1895 0.2067 0.2686 0.3111 0.2454 0.3161 0.2971 0.1466 0.1517 0.1452
[21] 0.1611 0.1483 0.1810 0.2322 0.2911 0.3362 0.1223 0.1566 0.0957 0.1082
[31] 0.0971 0.1109 0.1034 0.1418 0.1992 0.1334 0.1924 0.1487 0.2101 0.1334
[41] 0.1882 0.1132 0.1298 0.1070 0.1155 0.1262 0.1474 0.1814 0.1817 0.1494
[51] 0.1705 0.1950 0.1918 0.2088 0.2273 0.2967 0.3644 0.3903 0.1936 0.2488
[61] 0.1625 0.1960 0.1665 0.2034 0.2657 0.3216 0.3184 0.1401 0.1704 0.1177
[71] 0.1358 0.0988 0.1053 0.1285 0.1406 0.1671 0.0943 0.1144 0.0953 0.1155
[81] 0.0965 0.1199 0.1780 0.2218 0.2487 0.0774 0.0753 0.0760 0.0724 0.0905
[91] 0.1059 0.0950 0.0632 0.0651 0.0670 0.0791 0.0749 0.0963 0.1594

[[1]]
 [1]  1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 20 21 22 23 24 25 26
[26] 27 28 29

[[2]]
 [1] 2.000 3.167 4.111 6.444 2.221 1.113 7.194 3.000 2.167 5.111 4.444 3.221
[13] 7.113 1.194 9.000 2.167 3.111 7.444 1.221 7.113 2.194 6.000 1.167 5.111
[25] 6.444 3.221 2.113 1.194

MDplot documentation built on May 2, 2019, 7:02 a.m.

Related to load_rmsf in MDplot...