Description Usage Arguments Value Author(s) Examples
Plot (multiple) RMSF file(s) as produced by molecular dynamics packages.
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 |
rmsfData |
List of (alternating) indices and RMSF values, as produced e.g. by |
printLegend |
Boolean, which triggers plotting of the legend. |
rmsfUnit |
Specifies, which unit the y-axis is given in. |
colours |
Vector of colours used for plotting. |
residuewise |
Boolean, specifying whether atoms or residues are plotted on the x-axis. |
atomsPerResidue |
If |
names |
Vector of the names of the trajectories. |
rangeAtoms |
Range of atoms to be plotted. |
legendPosition |
Indicate position of legend: either " |
barePlot |
Boolean, indicating whether the plot is to be made without any additional information. |
... |
Additional arguments (ellipsis). |
A list of vectors, alternately holding atom indices and their respective values.
Christian Margreitter
1 2 3 | # GROMOS (see load_rmsf() for other input possibilities)
rmsf( load_rmsf( c( system.file( "extdata/rmsf_example_1.txt.gz", package = "MDplot" ),
system.file( "extdata/rmsf_example_2.txt.gz", package = "MDplot" ) ) ) )
|
Loading required package: MASS
Loading required package: RColorBrewer
Loading required package: gplots
Attaching package: 'gplots'
The following object is masked from 'package:stats':
lowess
Loading required package: gtools
[[1]]
[1] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18
[19] 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36
[37] 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54
[55] 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72
[73] 73 74 75 212 213 214 215 216 217 218 219 220 221 222 223 224 225 226
[91] 227 228 229 230 231 232 233 234 235 236 237 238 239 240 241 242 243 244
[109] 245 246 247 248 249 250 251 252 253 254 255 256 257 258 259 260 261 262
[127] 263 264 265 266 267 268 269 270 271 272 273 274 275 276 277 278 279 280
[145] 281 282 283 284 285 286 287 288 289 290 291 292 293 294 295 296 297 298
[163] 299 300 301 302 303 304 305 306 307 308 309 310 311 312 313 314 315 316
[181] 317 318
[[2]]
[1] 0.52854748 0.49508579 0.42516209 0.40454144 0.35269593 0.27357778
[7] 0.23565238 0.18461284 0.15185813 0.12774475 0.11199245 0.10250329
[13] 0.10275490 0.09983284 0.09279273 0.08806075 0.08680425 0.09656290
[19] 0.09254166 0.10504423 0.09165242 0.08764719 0.07495333 0.07566071
[25] 0.07345142 0.08076448 0.07372571 0.07553193 0.08436475 0.09291080
[31] 0.08964709 0.10052945 0.10647971 0.12230394 0.13215887 0.11952709
[37] 0.12087126 0.12455709 0.12610968 0.13488781 0.14730920 0.13990323
[43] 0.15144147 0.15772513 0.15817785 0.16292711 0.17362794 0.16228458
[49] 0.15197773 0.14659706 0.13784015 0.13645223 0.14519455 0.15863632
[55] 0.17022369 0.19987228 0.19084911 0.16698026 0.16124709 0.14253263
[61] 0.14571975 0.13863436 0.11536550 0.10748422 0.09489753 0.08690406
[67] 0.07355177 0.06869926 0.06293863 0.06890930 0.07534179 0.07152322
[73] 0.06083834 0.06155596 0.06444168 0.06921925 0.06789239 0.06238761
[79] 0.06501269 0.06904343 0.07635331 0.08713486 0.09529041 0.11220235
[85] 0.13127160 0.13996601 0.14377595 0.16092160 0.15247133 0.13242777
[91] 0.12654111 0.12011351 0.12585326 0.12516197 0.11302588 0.10724364
[97] 0.10033285 0.09387897 0.09318869 0.09561254 0.10301626 0.10765882
[103] 0.11805445 0.11845187 0.11396462 0.11999673 0.12150455 0.11428620
[109] 0.12232220 0.13384678 0.13246412 0.14965251 0.15877879 0.15133969
[115] 0.16451407 0.17369790 0.16650081 0.18670098 0.14800284 0.15411291
[121] 0.14394860 0.12059153 0.10296822 0.10225959 0.08899216 0.08585538
[127] 0.07841473 0.07677646 0.07586776 0.07885149 0.07659565 0.07297316
[133] 0.07343632 0.08221926 0.08784044 0.10302974 0.08360184 0.07161899
[139] 0.06544910 0.07115392 0.07196590 0.08406730 0.08777246 0.09272382
[145] 0.10165987 0.10778082 0.11956819 0.12930171 0.12559381 0.11992699
[151] 0.12246447 0.11907518 0.11303845 0.11343189 0.12459119 0.13951580
[157] 0.16711133 0.19785274 0.26067225 0.33621155 0.33585135 0.37594811
[163] 0.40292222 0.31529255 0.26999697 0.22356843 0.19457544 0.20670183
[169] 0.19631002 0.16427900 0.13975786 0.11975757 0.11170354 0.10088639
[175] 0.09720636 0.08859352 0.09373201 0.09291477 0.09153791 0.08553268
[181] 0.09173799 0.13226727
[[3]]
[1] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18
[19] 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36
[37] 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54
[55] 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72
[73] 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90
[91] 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108
[109] 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126
[127] 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144
[145] 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162
[163] 163 164 165 166 167 168 169 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180
[181] 181 182 183 184 185 186 187 188 189 190 191 192 193 194 195 196 197 198
[199] 199 200 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 211 212 213 214 215 216
[217] 217 218 219 220 221 222 223 224 225 226 227 228 229 230 231 232 233 234
[235] 235 236 237
[[4]]
[1] 0.52202270 0.49535373 0.41553738 0.40143881 0.34194919 0.26123201
[7] 0.20691260 0.15210797 0.13205686 0.11222298 0.10461444 0.09238556
[13] 0.09389945 0.08932124 0.08280690 0.07762919 0.07917901 0.08113518
[19] 0.07681791 0.08141553 0.07726890 0.07642705 0.07667806 0.08187574
[25] 0.07927287 0.08780755 0.08263785 0.08225347 0.08680490 0.09849984
[31] 0.09052972 0.09927500 0.09715552 0.11178885 0.11677360 0.09628017
[37] 0.09768114 0.09843299 0.10182376 0.11956187 0.14227876 0.14668165
[43] 0.16718035 0.18443805 0.19381918 0.20049241 0.21417266 0.19771326
[49] 0.17618971 0.16267248 0.16238241 0.16289061 0.18408541 0.21184138
[55] 0.22084149 0.25464653 0.25654255 0.23617538 0.24389481 0.21315672
[61] 0.20184581 0.20554590 0.16321089 0.14859043 0.12401572 0.11118274
[67] 0.09203672 0.08589240 0.07627227 0.07610838 0.07781548 0.07290762
[73] 0.06465198 0.06568052 0.06943969 0.07032246 0.07473962 0.07596017
[79] 0.07985517 0.08228146 0.08168669 0.07419569 0.07398178 0.06934131
[85] 0.06852019 0.06459033 0.06318962 0.06684650 0.06983091 0.06784831
[91] 0.07183341 0.07912511 0.07609360 0.07307063 0.07496640 0.07622400
[97] 0.08391304 0.09085085 0.10302252 0.10737205 0.10417148 0.09484452
[103] 0.09424093 0.09008216 0.08812685 0.09042962 0.09433680 0.09440745
[109] 0.08063348 0.07400572 0.07644789 0.07263661 0.07815194 0.07327737
[115] 0.07601902 0.07672293 0.08409084 0.07709725 0.08343753 0.07770745
[121] 0.07351140 0.07564171 0.08007014 0.07430625 0.07767887 0.07557447
[127] 0.08902868 0.10622127 0.13132591 0.15441726 0.19045666 0.22309885
[133] 0.25389892 0.30674580 0.29716177 0.29286940 0.29606832 0.27070706
[139] 0.30157653 0.30967419 0.27283247 0.28607295 0.25839271 0.20642285
[145] 0.18137314 0.15540917 0.14104764 0.12294378 0.12292691 0.10642113
[151] 0.10315397 0.10012174 0.10222961 0.09847900 0.11081973 0.13422556
[157] 0.15252470 0.18996196 0.15502223 0.14538466 0.12811041 0.11741309
[163] 0.12152010 0.12292901 0.11623720 0.10741902 0.10181588 0.10788595
[169] 0.10529326 0.11502567 0.10537507 0.11543939 0.11552395 0.12510062
[175] 0.12232804 0.13957886 0.15444201 0.17598334 0.19760278 0.19726618
[181] 0.18522926 0.18952552 0.18172833 0.16277948 0.15738943 0.13754725
[187] 0.12620428 0.11007455 0.09370343 0.08223155 0.07344412 0.06959767
[193] 0.07032713 0.07151346 0.07129924 0.07007348 0.07659100 0.07340767
[199] 0.07426207 0.07624013 0.07546921 0.07520619 0.07972143 0.07872935
[205] 0.07815966 0.07851698 0.07659017 0.07165723 0.06870012 0.06466623
[211] 0.06900842 0.07270930 0.07354193 0.06431945 0.07175916 0.07541195
[217] 0.08443542 0.09302111 0.09247064 0.10041378 0.11247277 0.12010582
[223] 0.12656498 0.14274484 0.13387279 0.12241693 0.11421522 0.10227105
[229] 0.10420771 0.10643229 0.09875824 0.09273419 0.09091698 0.08508633
[235] 0.08603450 0.09061755 0.09612981
Add the following code to your website.
For more information on customizing the embed code, read Embedding Snippets.