rmsf: Root-mean-square-fluctuation (RMSF) plot
In MDplot: Visualising Molecular Dynamics Analyses
Description
Usage
Arguments
Value
Author(s)
Examples
Description
Plot (multiple) RMSF file(s) as produced by molecular dynamics packages.
Usage
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
Arguments
rmsfData
List of (alternating) indices and RMSF values, as produced e.g. by load_rmsf().
printLegend
Boolean, which triggers plotting of the legend.
rmsfUnit
Specifies, which unit the y-axis is given in.
colours
Vector of colours used for plotting.
residuewise
Boolean, specifying whether atoms or residues are plotted on the x-axis.
atomsPerResidue
If residuewise is TRUE, this parameter can be used to specify the number of atoms per residue for plotting.
names
Vector of the names of the trajectories.
rangeAtoms
Range of atoms to be plotted.
legendPosition
Indicate position of legend: either "bottomright", "bottomleft", "topleft" or "topright".
barePlot
Boolean, indicating whether the plot is to be made without any additional information.
...
Additional arguments (ellipsis).
Value
A list of vectors, alternately holding atom indices and their respective values.
Author(s)
Christian Margreitter
Examples
1
2
3
# GROMOS (see load_rmsf() for other input possibilities)
rmsf( load_rmsf( c( system.file( "extdata/rmsf_example_1.txt.gz", package = "MDplot" ),
system.file( "extdata/rmsf_example_2.txt.gz", package = "MDplot" ) ) ) )
Example output
Loading required package: MASS
Loading required package: RColorBrewer
Loading required package: gplots
Attaching package: 'gplots'
The following object is masked from 'package:stats':
lowess
Loading required package: gtools
[[1]]
[1] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18
[19] 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36
[37] 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54
[55] 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72
[73] 73 74 75 212 213 214 215 216 217 218 219 220 221 222 223 224 225 226
[91] 227 228 229 230 231 232 233 234 235 236 237 238 239 240 241 242 243 244
[109] 245 246 247 248 249 250 251 252 253 254 255 256 257 258 259 260 261 262
[127] 263 264 265 266 267 268 269 270 271 272 273 274 275 276 277 278 279 280
[145] 281 282 283 284 285 286 287 288 289 290 291 292 293 294 295 296 297 298
[163] 299 300 301 302 303 304 305 306 307 308 309 310 311 312 313 314 315 316
[181] 317 318
[[2]]
[1] 0.52854748 0.49508579 0.42516209 0.40454144 0.35269593 0.27357778
[7] 0.23565238 0.18461284 0.15185813 0.12774475 0.11199245 0.10250329
[13] 0.10275490 0.09983284 0.09279273 0.08806075 0.08680425 0.09656290
[19] 0.09254166 0.10504423 0.09165242 0.08764719 0.07495333 0.07566071
[25] 0.07345142 0.08076448 0.07372571 0.07553193 0.08436475 0.09291080
[31] 0.08964709 0.10052945 0.10647971 0.12230394 0.13215887 0.11952709
[37] 0.12087126 0.12455709 0.12610968 0.13488781 0.14730920 0.13990323
[43] 0.15144147 0.15772513 0.15817785 0.16292711 0.17362794 0.16228458
[49] 0.15197773 0.14659706 0.13784015 0.13645223 0.14519455 0.15863632
[55] 0.17022369 0.19987228 0.19084911 0.16698026 0.16124709 0.14253263
[61] 0.14571975 0.13863436 0.11536550 0.10748422 0.09489753 0.08690406
[67] 0.07355177 0.06869926 0.06293863 0.06890930 0.07534179 0.07152322
[73] 0.06083834 0.06155596 0.06444168 0.06921925 0.06789239 0.06238761
[79] 0.06501269 0.06904343 0.07635331 0.08713486 0.09529041 0.11220235
[85] 0.13127160 0.13996601 0.14377595 0.16092160 0.15247133 0.13242777
[91] 0.12654111 0.12011351 0.12585326 0.12516197 0.11302588 0.10724364
[97] 0.10033285 0.09387897 0.09318869 0.09561254 0.10301626 0.10765882
[103] 0.11805445 0.11845187 0.11396462 0.11999673 0.12150455 0.11428620
[109] 0.12232220 0.13384678 0.13246412 0.14965251 0.15877879 0.15133969
[115] 0.16451407 0.17369790 0.16650081 0.18670098 0.14800284 0.15411291
[121] 0.14394860 0.12059153 0.10296822 0.10225959 0.08899216 0.08585538
[127] 0.07841473 0.07677646 0.07586776 0.07885149 0.07659565 0.07297316
[133] 0.07343632 0.08221926 0.08784044 0.10302974 0.08360184 0.07161899
[139] 0.06544910 0.07115392 0.07196590 0.08406730 0.08777246 0.09272382
[145] 0.10165987 0.10778082 0.11956819 0.12930171 0.12559381 0.11992699
[151] 0.12246447 0.11907518 0.11303845 0.11343189 0.12459119 0.13951580
[157] 0.16711133 0.19785274 0.26067225 0.33621155 0.33585135 0.37594811
[163] 0.40292222 0.31529255 0.26999697 0.22356843 0.19457544 0.20670183
[169] 0.19631002 0.16427900 0.13975786 0.11975757 0.11170354 0.10088639
[175] 0.09720636 0.08859352 0.09373201 0.09291477 0.09153791 0.08553268
[181] 0.09173799 0.13226727
[[3]]
[1] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18
[19] 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36
[37] 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54
[55] 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72
[73] 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90
[91] 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108
[109] 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126
[127] 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144
[145] 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162
[163] 163 164 165 166 167 168 169 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180
[181] 181 182 183 184 185 186 187 188 189 190 191 192 193 194 195 196 197 198
[199] 199 200 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 211 212 213 214 215 216
[217] 217 218 219 220 221 222 223 224 225 226 227 228 229 230 231 232 233 234
[235] 235 236 237
[[4]]
[1] 0.52202270 0.49535373 0.41553738 0.40143881 0.34194919 0.26123201
[7] 0.20691260 0.15210797 0.13205686 0.11222298 0.10461444 0.09238556
[13] 0.09389945 0.08932124 0.08280690 0.07762919 0.07917901 0.08113518
[19] 0.07681791 0.08141553 0.07726890 0.07642705 0.07667806 0.08187574
[25] 0.07927287 0.08780755 0.08263785 0.08225347 0.08680490 0.09849984
[31] 0.09052972 0.09927500 0.09715552 0.11178885 0.11677360 0.09628017
[37] 0.09768114 0.09843299 0.10182376 0.11956187 0.14227876 0.14668165
[43] 0.16718035 0.18443805 0.19381918 0.20049241 0.21417266 0.19771326
[49] 0.17618971 0.16267248 0.16238241 0.16289061 0.18408541 0.21184138
[55] 0.22084149 0.25464653 0.25654255 0.23617538 0.24389481 0.21315672
[61] 0.20184581 0.20554590 0.16321089 0.14859043 0.12401572 0.11118274
[67] 0.09203672 0.08589240 0.07627227 0.07610838 0.07781548 0.07290762
[73] 0.06465198 0.06568052 0.06943969 0.07032246 0.07473962 0.07596017
[79] 0.07985517 0.08228146 0.08168669 0.07419569 0.07398178 0.06934131
[85] 0.06852019 0.06459033 0.06318962 0.06684650 0.06983091 0.06784831
[91] 0.07183341 0.07912511 0.07609360 0.07307063 0.07496640 0.07622400
[97] 0.08391304 0.09085085 0.10302252 0.10737205 0.10417148 0.09484452
[103] 0.09424093 0.09008216 0.08812685 0.09042962 0.09433680 0.09440745
[109] 0.08063348 0.07400572 0.07644789 0.07263661 0.07815194 0.07327737
[115] 0.07601902 0.07672293 0.08409084 0.07709725 0.08343753 0.07770745
[121] 0.07351140 0.07564171 0.08007014 0.07430625 0.07767887 0.07557447
[127] 0.08902868 0.10622127 0.13132591 0.15441726 0.19045666 0.22309885
[133] 0.25389892 0.30674580 0.29716177 0.29286940 0.29606832 0.27070706
[139] 0.30157653 0.30967419 0.27283247 0.28607295 0.25839271 0.20642285
[145] 0.18137314 0.15540917 0.14104764 0.12294378 0.12292691 0.10642113
[151] 0.10315397 0.10012174 0.10222961 0.09847900 0.11081973 0.13422556
[157] 0.15252470 0.18996196 0.15502223 0.14538466 0.12811041 0.11741309
[163] 0.12152010 0.12292901 0.11623720 0.10741902 0.10181588 0.10788595
[169] 0.10529326 0.11502567 0.10537507 0.11543939 0.11552395 0.12510062
[175] 0.12232804 0.13957886 0.15444201 0.17598334 0.19760278 0.19726618
[181] 0.18522926 0.18952552 0.18172833 0.16277948 0.15738943 0.13754725
[187] 0.12620428 0.11007455 0.09370343 0.08223155 0.07344412 0.06959767
[193] 0.07032713 0.07151346 0.07129924 0.07007348 0.07659100 0.07340767
[199] 0.07426207 0.07624013 0.07546921 0.07520619 0.07972143 0.07872935
[205] 0.07815966 0.07851698 0.07659017 0.07165723 0.06870012 0.06466623
[211] 0.06900842 0.07270930 0.07354193 0.06431945 0.07175916 0.07541195
[217] 0.08443542 0.09302111 0.09247064 0.10041378 0.11247277 0.12010582
[223] 0.12656498 0.14274484 0.13387279 0.12241693 0.11421522 0.10227105
[229] 0.10420771 0.10643229 0.09875824 0.09273419 0.09091698 0.08508633
[235] 0.08603450 0.09061755 0.09612981
MDplot documentation built on May 2, 2019, 7:02 a.m.
R Package Documentation
Browse R Packages
We want your feedback!
Note that we can't provide technical support on individual packages. You should contact the package authors for that.
Description Usage Arguments Value Author(s) Examples
Description
Plot (multiple) RMSF file(s) as produced by molecular dynamics packages.
Usage
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 |
Arguments
rmsfData |
List of (alternating) indices and RMSF values, as produced e.g. by |
printLegend |
Boolean, which triggers plotting of the legend. |
rmsfUnit |
Specifies, which unit the y-axis is given in. |
colours |
Vector of colours used for plotting. |
residuewise |
Boolean, specifying whether atoms or residues are plotted on the x-axis. |
atomsPerResidue |
If |
names |
Vector of the names of the trajectories. |
rangeAtoms |
Range of atoms to be plotted. |
legendPosition |
Indicate position of legend: either " |
barePlot |
Boolean, indicating whether the plot is to be made without any additional information. |
... |
Additional arguments (ellipsis). |
Value
A list of vectors, alternately holding atom indices and their respective values.
Author(s)
Christian Margreitter
Examples
1 2 3 | # GROMOS (see load_rmsf() for other input possibilities)
rmsf( load_rmsf( c( system.file( "extdata/rmsf_example_1.txt.gz", package = "MDplot" ),
system.file( "extdata/rmsf_example_2.txt.gz", package = "MDplot" ) ) ) )
|
Example output
Loading required package: MASS
Loading required package: RColorBrewer
Loading required package: gplots
Attaching package: 'gplots'
The following object is masked from 'package:stats':
lowess
Loading required package: gtools
[[1]]
[1] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18
[19] 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36
[37] 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54
[55] 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72
[73] 73 74 75 212 213 214 215 216 217 218 219 220 221 222 223 224 225 226
[91] 227 228 229 230 231 232 233 234 235 236 237 238 239 240 241 242 243 244
[109] 245 246 247 248 249 250 251 252 253 254 255 256 257 258 259 260 261 262
[127] 263 264 265 266 267 268 269 270 271 272 273 274 275 276 277 278 279 280
[145] 281 282 283 284 285 286 287 288 289 290 291 292 293 294 295 296 297 298
[163] 299 300 301 302 303 304 305 306 307 308 309 310 311 312 313 314 315 316
[181] 317 318
[[2]]
[1] 0.52854748 0.49508579 0.42516209 0.40454144 0.35269593 0.27357778
[7] 0.23565238 0.18461284 0.15185813 0.12774475 0.11199245 0.10250329
[13] 0.10275490 0.09983284 0.09279273 0.08806075 0.08680425 0.09656290
[19] 0.09254166 0.10504423 0.09165242 0.08764719 0.07495333 0.07566071
[25] 0.07345142 0.08076448 0.07372571 0.07553193 0.08436475 0.09291080
[31] 0.08964709 0.10052945 0.10647971 0.12230394 0.13215887 0.11952709
[37] 0.12087126 0.12455709 0.12610968 0.13488781 0.14730920 0.13990323
[43] 0.15144147 0.15772513 0.15817785 0.16292711 0.17362794 0.16228458
[49] 0.15197773 0.14659706 0.13784015 0.13645223 0.14519455 0.15863632
[55] 0.17022369 0.19987228 0.19084911 0.16698026 0.16124709 0.14253263
[61] 0.14571975 0.13863436 0.11536550 0.10748422 0.09489753 0.08690406
[67] 0.07355177 0.06869926 0.06293863 0.06890930 0.07534179 0.07152322
[73] 0.06083834 0.06155596 0.06444168 0.06921925 0.06789239 0.06238761
[79] 0.06501269 0.06904343 0.07635331 0.08713486 0.09529041 0.11220235
[85] 0.13127160 0.13996601 0.14377595 0.16092160 0.15247133 0.13242777
[91] 0.12654111 0.12011351 0.12585326 0.12516197 0.11302588 0.10724364
[97] 0.10033285 0.09387897 0.09318869 0.09561254 0.10301626 0.10765882
[103] 0.11805445 0.11845187 0.11396462 0.11999673 0.12150455 0.11428620
[109] 0.12232220 0.13384678 0.13246412 0.14965251 0.15877879 0.15133969
[115] 0.16451407 0.17369790 0.16650081 0.18670098 0.14800284 0.15411291
[121] 0.14394860 0.12059153 0.10296822 0.10225959 0.08899216 0.08585538
[127] 0.07841473 0.07677646 0.07586776 0.07885149 0.07659565 0.07297316
[133] 0.07343632 0.08221926 0.08784044 0.10302974 0.08360184 0.07161899
[139] 0.06544910 0.07115392 0.07196590 0.08406730 0.08777246 0.09272382
[145] 0.10165987 0.10778082 0.11956819 0.12930171 0.12559381 0.11992699
[151] 0.12246447 0.11907518 0.11303845 0.11343189 0.12459119 0.13951580
[157] 0.16711133 0.19785274 0.26067225 0.33621155 0.33585135 0.37594811
[163] 0.40292222 0.31529255 0.26999697 0.22356843 0.19457544 0.20670183
[169] 0.19631002 0.16427900 0.13975786 0.11975757 0.11170354 0.10088639
[175] 0.09720636 0.08859352 0.09373201 0.09291477 0.09153791 0.08553268
[181] 0.09173799 0.13226727
[[3]]
[1] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18
[19] 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36
[37] 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54
[55] 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72
[73] 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90
[91] 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108
[109] 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126
[127] 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144
[145] 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162
[163] 163 164 165 166 167 168 169 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180
[181] 181 182 183 184 185 186 187 188 189 190 191 192 193 194 195 196 197 198
[199] 199 200 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 211 212 213 214 215 216
[217] 217 218 219 220 221 222 223 224 225 226 227 228 229 230 231 232 233 234
[235] 235 236 237
[[4]]
[1] 0.52202270 0.49535373 0.41553738 0.40143881 0.34194919 0.26123201
[7] 0.20691260 0.15210797 0.13205686 0.11222298 0.10461444 0.09238556
[13] 0.09389945 0.08932124 0.08280690 0.07762919 0.07917901 0.08113518
[19] 0.07681791 0.08141553 0.07726890 0.07642705 0.07667806 0.08187574
[25] 0.07927287 0.08780755 0.08263785 0.08225347 0.08680490 0.09849984
[31] 0.09052972 0.09927500 0.09715552 0.11178885 0.11677360 0.09628017
[37] 0.09768114 0.09843299 0.10182376 0.11956187 0.14227876 0.14668165
[43] 0.16718035 0.18443805 0.19381918 0.20049241 0.21417266 0.19771326
[49] 0.17618971 0.16267248 0.16238241 0.16289061 0.18408541 0.21184138
[55] 0.22084149 0.25464653 0.25654255 0.23617538 0.24389481 0.21315672
[61] 0.20184581 0.20554590 0.16321089 0.14859043 0.12401572 0.11118274
[67] 0.09203672 0.08589240 0.07627227 0.07610838 0.07781548 0.07290762
[73] 0.06465198 0.06568052 0.06943969 0.07032246 0.07473962 0.07596017
[79] 0.07985517 0.08228146 0.08168669 0.07419569 0.07398178 0.06934131
[85] 0.06852019 0.06459033 0.06318962 0.06684650 0.06983091 0.06784831
[91] 0.07183341 0.07912511 0.07609360 0.07307063 0.07496640 0.07622400
[97] 0.08391304 0.09085085 0.10302252 0.10737205 0.10417148 0.09484452
[103] 0.09424093 0.09008216 0.08812685 0.09042962 0.09433680 0.09440745
[109] 0.08063348 0.07400572 0.07644789 0.07263661 0.07815194 0.07327737
[115] 0.07601902 0.07672293 0.08409084 0.07709725 0.08343753 0.07770745
[121] 0.07351140 0.07564171 0.08007014 0.07430625 0.07767887 0.07557447
[127] 0.08902868 0.10622127 0.13132591 0.15441726 0.19045666 0.22309885
[133] 0.25389892 0.30674580 0.29716177 0.29286940 0.29606832 0.27070706
[139] 0.30157653 0.30967419 0.27283247 0.28607295 0.25839271 0.20642285
[145] 0.18137314 0.15540917 0.14104764 0.12294378 0.12292691 0.10642113
[151] 0.10315397 0.10012174 0.10222961 0.09847900 0.11081973 0.13422556
[157] 0.15252470 0.18996196 0.15502223 0.14538466 0.12811041 0.11741309
[163] 0.12152010 0.12292901 0.11623720 0.10741902 0.10181588 0.10788595
[169] 0.10529326 0.11502567 0.10537507 0.11543939 0.11552395 0.12510062
[175] 0.12232804 0.13957886 0.15444201 0.17598334 0.19760278 0.19726618
[181] 0.18522926 0.18952552 0.18172833 0.16277948 0.15738943 0.13754725
[187] 0.12620428 0.11007455 0.09370343 0.08223155 0.07344412 0.06959767
[193] 0.07032713 0.07151346 0.07129924 0.07007348 0.07659100 0.07340767
[199] 0.07426207 0.07624013 0.07546921 0.07520619 0.07972143 0.07872935
[205] 0.07815966 0.07851698 0.07659017 0.07165723 0.06870012 0.06466623
[211] 0.06900842 0.07270930 0.07354193 0.06431945 0.07175916 0.07541195
[217] 0.08443542 0.09302111 0.09247064 0.10041378 0.11247277 0.12010582
[223] 0.12656498 0.14274484 0.13387279 0.12241693 0.11421522 0.10227105
[229] 0.10420771 0.10643229 0.09875824 0.09273419 0.09091698 0.08508633
[235] 0.08603450 0.09061755 0.09612981
R Package Documentation
Browse R Packages
We want your feedback!
Note that we can't provide technical support on individual packages. You should contact the package authors for that.
Embedding an R snippet on your website
Add the following code to your website.
For more information on customizing the embed code, read Embedding Snippets.