inst/doc/Using_RCircos.R

In RCircos: Circos 2D Track Plot

### R code from vignette source 'Using_RCircos.Rnw'

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### code chunk number 1: intro
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library(RCircos)


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### code chunk number 2: histogramdata
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data(RCircos.Histogram.Data)
head(RCircos.Histogram.Data)


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### code chunk number 3: heatmapdata
###################################################
data(RCircos.Heatmap.Data)
head(RCircos.Heatmap.Data)


###################################################
### code chunk number 4: linkdata
###################################################
data(RCircos.Link.Data)
head(RCircos.Link.Data)


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### code chunk number 5: Using_RCircos.Rnw:102-110
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data(UCSC.HG19.Human.CytoBandIdeogram);
head(UCSC.HG19.Human.CytoBandIdeogram);

data(UCSC.Mouse.GRCm38.CytoBandIdeogram);
head(UCSC.Mouse.GRCm38.CytoBandIdeogram);

data(UCSC.Baylor.3.4.Rat.cytoBandIdeogram);
head(UCSC.Baylor.3.4.Rat.cytoBandIdeogram);


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### code chunk number 6: Using_RCircos.Rnw:128-134
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chr.exclude <- NULL;
cyto.info <- UCSC.HG19.Human.CytoBandIdeogram;
tracks.inside <- 10;
tracks.outside <- 0;
RCircos.Set.Core.Components(cyto.info, chr.exclude, 
       tracks.inside, tracks.outside);


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### code chunk number 7: Using_RCircos.Rnw:234-237
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rcircos.params <- RCircos.Get.Plot.Parameters();
rcircos.cyto <- RCircos.Get.Plot.Ideogram();
rcircos.position <- RCircos.Get.Plot.Positions();


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### code chunk number 8: Using_RCircos.Rnw:240-241
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RCircos.List.Plot.Parameters()


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### code chunk number 9: Using_RCircos.Rnw:249-252
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rcircos.params <- RCircos.Get.Plot.Parameters();
rcircos.params$base.per.unit <- 3000;
RCircos.Reset.Plot.Parameters(rcircos.params);


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### code chunk number 10: Using_RCircos.Rnw:255-256
###################################################
RCircos.List.Plot.Parameters();


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### code chunk number 11: Using_RCircos.Rnw:268-271 (eval = FALSE)
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## out.file <- "RCircosDemoHumanGenome.pdf";
## pdf(file=out.file, height=8, width=8, compress=TRUE);
## RCircos.Set.Plot.Area();


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### code chunk number 12: Using_RCircos.Rnw:276-279 (eval = FALSE)
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## par(mai=c(0.25, 0.25, 0.25, 0.25));
## plot.new();
## plot.window(c(-2.5,2.5), c(-2.5, 2.5));


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### code chunk number 13: Using_RCircos.Rnw:289-290 (eval = FALSE)
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## RCircos.Chromosome.Ideogram.Plot();


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### code chunk number 14: Using_RCircos.Rnw:300-312 (eval = FALSE)
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## data(RCircos.Gene.Label.Data);
## 
## name.col <- 4;
## side <- "in";
## 
## track.num <- 1;
## RCircos.Gene.Connector.Plot(RCircos.Gene.Label.Data,
##         track.num, side);
## 
## track.num <- 2;
## RCircos.Gene.Name.Plot(RCircos.Gene.Label.Data, 
##         name.col,track.num, side);


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### code chunk number 15: Using_RCircos.Rnw:322-328 (eval = FALSE)
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## data(RCircos.Heatmap.Data);
## data.col <- 6;
## track.num <- 5;	
## side <- "in";
## RCircos.Heatmap.Plot(RCircos.Heatmap.Data, data.col, 
##     track.num, side);


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### code chunk number 16: Using_RCircos.Rnw:331-338 (eval = FALSE)
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## data(RCircos.Scatter.Data);
## data.col <- 5;
## track.num <- 6; 
## side <- "in";
## by.fold <- 1;
## RCircos.Scatter.Plot(RCircos.Scatter.Data, data.col, 
##     track.num, side, by.fold);


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### code chunk number 17: Using_RCircos.Rnw:341-347 (eval = FALSE)
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## data(RCircos.Line.Data);
## data.col <- 5;
## track.num <- 7;
## side <- "in";
## RCircos.Line.Plot(RCircos.Line.Data, data.col, 
##     track.num, side);


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### code chunk number 18: Using_RCircos.Rnw:350-356 (eval = FALSE)
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## data(RCircos.Histogram.Data);
## data.col <- 4;
## track.num <- 8; 
## side <- "in";
## RCircos.Histogram.Plot(RCircos.Histogram.Data, 
##     data.col, track.num, side);


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### code chunk number 19: Using_RCircos.Rnw:359-363 (eval = FALSE)
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## data(RCircos.Tile.Data);
## track.num <- 9;
## side <- "in";
## RCircos.Tile.Plot(RCircos.Tile.Data, track.num, side);


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### code chunk number 20: Using_RCircos.Rnw:373-382 (eval = FALSE)
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## data(RCircos.Link.Data);
## track.num <- 11;
## RCircos.Link.Plot(RCircos.Link.Data, track.num, TRUE);
## 
## data(RCircos.Ribbon.Data);
## RCircos.Ribbon.Plot(ribbon.data=RCircos.Ribbon.Data, 
##     track.num=11, by.chromosome=FALSE, twist=FALSE);
## 
## dev.off();


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### code chunk number 21: Using_RCircos.Rnw:394-397 (eval = FALSE)
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## library(RCircos);
## demo("RCircos.Demo.Human");
## demo("RCircos.Demo.Mouse.And.Rat");


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### code chunk number 22: sessionInfo
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sessionInfo()