inst/testScripts/system/chipTypes/Mapping10K_Xba142/31.ACC,BCN.R

In aroma.affymetrix: Analysis of Large Affymetrix Microarray Data Sets

library("aroma.affymetrix")
verbose <- Arguments$getVerbose(-50, timestamp=TRUE)

# - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
# Setup
# - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
dataSet <- "GSE8605"
chipType <- "Mapping10K_Xba142"

csR <- AffymetrixCelSet$byName(dataSet, chipType=chipType)
print(csR)


# - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
# Allelic-crosstalk calibration
# - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
acc <- AllelicCrosstalkCalibration(csR)
print(acc)

csC <- process(acc, verbose=verbose)
print(csC)


# - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
# Base-count normalization
# - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
bcn <- BaseCountNormalization(csC, shift=+300, bootstrap=TRUE)
print(bcn)

csN <- process(bcn, verbose=verbose)
print(csN)