Nothing
### R code from vignette source 'CheddarQuickstart.Rnw'
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### code chunk number 1: CheddarQuickstart.Rnw:32-43
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library(cheddar)
# Makes copy-paste much less painful
options(continue=' ')
options(width=90)
options(prompt='> ')
options(SweaveHooks = list(fig=function() par(mgp=c(2.5,1,0),
mar=c(4,4,2,1),
oma=c(0,0,1,0),
cex.main=0.8)))
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### code chunk number 2: CheddarQuickstart.Rnw:63-67
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data(TL84) # Load the dataset
print(TL84) # A description of the data
NumberOfNodes(TL84)
NumberOfTrophicLinks(TL84)
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### code chunk number 3: CheddarQuickstart.Rnw:71-75
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head(NPS(TL84, c('category',
'Log10MNBiomass',
TS='TrophicSpecies',
TL='PreyAveragedTrophicLevel')), 10)
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### code chunk number 4: CheddarQuickstart.Rnw:86-87
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getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
PlotNPS(TL84, 'Log10M', 'Log10N')
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### code chunk number 5: CheddarQuickstart.Rnw:96-100
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getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
PlotNvM(TL84)
models <- NvMLinearRegressions(TL84)
colours <- PlotLinearModels(models)
legend("topright", sapply(models, FormatLM), lty=1, col=colours)
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### code chunk number 6: CheddarQuickstart.Rnw:106-107
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getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
PlotNPS(TL84, 'Log10M', 'PreyAveragedTrophicLevel')
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### code chunk number 7: CheddarQuickstart.Rnw:116-117
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getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
PlotTLPS(TL84, 'resource.Log10M', 'consumer.Log10M')
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### code chunk number 8: CheddarQuickstart.Rnw:125-126
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
PlotPredationMatrix(TL84)
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### code chunk number 9: CheddarQuickstart.Rnw:135-148
###################################################
data(pHWebs)
CollectionCPS(pHWebs,
c('lat',
'long',
'pH',
S='NumberOfNodes',
L='NumberOfTrophicLinks',
'L/S'='LinkageDensity',
C='DirectedConnectance',
Slope='NvMSlope',
B='FractionBasalNodes',
I='FractionIntermediateNodes',
T='FractionTopLevelNodes'))
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