Nothing
R/sim_evita10_uf.R
In datasus: An Interface to DATASUS System
#' Scrapes SIM's ICD-10 evitable causes data from ufs
#'
#' This function allows the user to retrive data from
#' SIM's ICD-10 database much in the same way that is done
#' by the online portal. The argument options refer to
#' evitable causes in 0-4 age group data from the states
#' unities.
#'
#' @usage sim_evita10_uf(uf, linha = "Município", coluna = "Não ativa",
#' conteudo = 1, periodo = "last", municipio = "all", cir = "all",
#' macrorregiao_de_saude = "all", divisao_admnist_estadual = "all",
#' microrregiao_ibge = "all", ride = "all", causas_evitaveis = "all",
#' capitulo_cid10 = "all", categoria_cid10 = "all", faixa_etaria = "all",
#' sexo = "all", cor_raca = "all", escolaridade = "all", estado_civil = "all",
#' local_ocorrencia = "all")
#' @param uf A character of length = 1 with the state's acronym of interest.
#' @param linha A character describing which element will be displayed in the rows of the data.frame. Defaults to "Município".
#' @param coluna A character describing which element will be displayed in the columns of the data.frame. Defaults to "Não ativa".
#' @param conteudo A character of length = 1 with the state's acronym of interest.
#' @param periodo A character vector describing the period of data. Defaults to the last available.
#' @param municipio "all" or a numeric vector with the IBGE's city codes codes to filter the data. Defaults to "all".
#' @param cir "all" or a numeric vector with the CIR's codes to filter the data. Defaults to "all".
#' @param macrorregiao_de_saude "all" or a numeric vector with the Health macro-region's codes to filter the data. Defaults to "all".
#' @param divisao_admnist_estadual "all" or a numeric vector with the State administrative division's codes to filter the data. Defaults to "all".
#' @param microrregiao_ibge "all" or a numeric vector with the IBGE's micro-region codes to filter the data. Defaults to "all".
#' @param ride "all" or a numeric vector with the IBGE's metropolitan-region codes to filter the data. Defaults to "all".
#' @param causas_evitaveis "all" or a character vector with the evitable cause code (written in the same way) or the number corresponding to the order of the option in the online layout to filter the data. Defaults to "all".
#' @param capitulo_cid10 "all" or a numeric vector with the ICD-10 chapter to filter the data. Defaults to "all".
#' @param categoria_cid10 "all" or a character vector with the ICD-10 category codes (capital letter and two numbers) to filter the data. Defaults to "all".
#' @param faixa_etaria "all" or a character vector with the age range (written in the same way) or the number corresponding to the order of the option in the online layout to filter the data. Defaults to "all".
#' @param sexo "all" or a character vector with the gender (written in the same way) or the number corresponding to the order of the option in the online layout to filter the data. Defaults to "all".
#' @param cor_raca "all" or a character vector with the color/race (written in the same way) or the number corresponding to the order of the option in the online layout to filter the data. Defaults to "all".
#' @param escolaridade "all" or a character vector with the instruction (written in the same way) or the number corresponding to the order of the option in the online layout to filter the data. Defaults to "all".
#' @param estado_civil "all" or a character vector with the marital status (written in the same way) or the number corresponding to the order of the option in the online layout to filter the data. Defaults to "all".
#' @param local_ocorrencia "all" or a character vector with the place of ocurrence to filter the data. Defaults to "all".
#' @return The function returns a data frame printed by parameters input.
#' @author Renato Prado Siqueira \email{<rpradosiqueira@@gmail.com>}
#' @seealso \code{\link{sim_obt10_mun}}
#' @examples
#' \dontrun{
#' ## Requesting data from the state of Mato Grosso do Sul
#' sim_evita10_uf(uf = "ms")
#' }
#'
#' @keywords SIM datasus causas evitáveis
#' @importFrom magrittr %>%
#' @importFrom utils head
#' @export
sim_evita10_uf <- function(uf, linha = "Munic\u00edpio", coluna = "N\u00e3o ativa", conteudo = 1, periodo = "last", municipio = "all", cir = "all",
macrorregiao_de_saude = "all", divisao_admnist_estadual = "all", microrregiao_ibge = "all", ride = "all",
causas_evitaveis = "all", capitulo_cid10 = "all", categoria_cid10 = "all", faixa_etaria = "all", sexo = "all",
cor_raca = "all", escolaridade = "all", estado_civil = "all", local_ocorrencia = "all") {
page <- xml2::read_html(paste0("http://tabnet.datasus.gov.br/cgi/deftohtm.exe?sim/cnv/evita10",uf,".def"))
#### DF ####
linha.df <- data.frame(id = page %>% rvest::html_nodes("#L option") %>% rvest::html_text() %>% trimws(),
value = page %>% rvest::html_nodes("#L option") %>% rvest::html_attr("value"))
linha.df[] <- lapply(linha.df, as.character)
coluna.df <- data.frame(id = page %>% rvest::html_nodes("#C option") %>% rvest::html_text() %>% trimws(),
value = page %>% rvest::html_nodes("#C option") %>% rvest::html_attr("value"))
coluna.df[] <- lapply(coluna.df, as.character)
conteudo.df <- data.frame(id1 = c(1, 2),
id2 = c("\u00d3bitos_p/Resid\u00eanc", "\u00d3bitos_p/Ocorr\u00eanc"),
value = c("\u00d3bitos_p/Resid\u00eanc", "\u00d3bitos_p/Ocorr\u00eanc"))
periodos.df <- data.frame(id = page %>% rvest::html_nodes("#A option") %>% rvest::html_text() %>% as.numeric(),
value = page %>% rvest::html_nodes("#A option") %>% rvest::html_attr("value"))
municipios.df <- suppressWarnings(data.frame(id = page %>% rvest::html_nodes("#S1 option") %>% rvest::html_text() %>% readr::parse_number(),
value = page %>% rvest::html_nodes("#S1 option") %>% rvest::html_attr("value")))
cir.df <- suppressWarnings(data.frame(id = page %>% rvest::html_nodes("#S2 option") %>% rvest::html_text() %>% readr::parse_number(),
value = page %>% rvest::html_nodes("#S2 option") %>% rvest::html_attr("value")))
macrorregiao_de_saude.df <- suppressWarnings(data.frame(id = page %>% rvest::html_nodes("#S3 option") %>% rvest::html_text() %>% readr::parse_number(),
value = page %>% rvest::html_nodes("#S3 option") %>% rvest::html_attr("value")))
divisao_admnist_estadual.df <- suppressWarnings(data.frame(id = page %>% rvest::html_nodes("#S4 option") %>% rvest::html_text() %>% readr::parse_number(),
value = page %>% rvest::html_nodes("#S4 option") %>% rvest::html_attr("value")))
microrregiao_ibge.df <- suppressWarnings(data.frame(id = page %>% rvest::html_nodes("#S5 option") %>% rvest::html_text() %>% readr::parse_number(),
value = page %>% rvest::html_nodes("#S5 option") %>% rvest::html_attr("value")))
ride.df <- suppressWarnings(data.frame(id = page %>% rvest::html_nodes("#S6 option") %>% rvest::html_text() %>% readr::parse_number(),
value = page %>% rvest::html_nodes("#S6 option") %>% rvest::html_attr("value")))
causas_evitaveis.df <- data.frame(id = page %>% rvest::html_nodes("#S7 option") %>% rvest::html_text() %>% trimws(),
value = page %>% rvest::html_nodes("#S7 option") %>% rvest::html_attr("value"))
causas_evitaveis.df[] <- lapply(causas_evitaveis.df, as.character)
causas_evitaveis.df$id <- gsub(" .*$", "", causas_evitaveis.df$id)
causas_evitaveis.df$id <- gsub("\\.", " ", causas_evitaveis.df$id) %>% trimws()
causas_evitaveis.df$id <- gsub(" ", ".", causas_evitaveis.df$id)
capitulo_cid10.df <- data.frame(id = 0:22,
value = page %>% rvest::html_nodes("#S8 option") %>% rvest::html_attr("value"))
capitulo_cid10.df[] <- lapply(capitulo_cid10.df, as.character)
categoria_cid10.df <- data.frame(id = page %>% rvest::html_nodes("#S9 option") %>% rvest::html_text() %>% trimws(),
value = page %>% rvest::html_nodes("#S9 option") %>% rvest::html_attr("value"))
categoria_cid10.df[] <- lapply(categoria_cid10.df, as.character)
categoria_cid10.df$id <- gsub(" .*$", "", categoria_cid10.df$id)
faixa_etaria.df <- data.frame(id = page %>% rvest::html_nodes("#S10 option") %>% rvest::html_text() %>% trimws(),
value = page %>% rvest::html_nodes("#S10 option") %>% rvest::html_attr("value"))
faixa_etaria.df[] <- lapply(faixa_etaria.df, as.character)
sexo.df <- data.frame(id = page %>% rvest::html_nodes("#S11 option") %>% rvest::html_text() %>% trimws(),
value = page %>% rvest::html_nodes("#S11 option") %>% rvest::html_attr("value"))
sexo.df[] <- lapply(sexo.df, as.character)
cor_raca.df <- data.frame(id = page %>% rvest::html_nodes("#S12 option") %>% rvest::html_text() %>% trimws(),
value = page %>% rvest::html_nodes("#S12 option") %>% rvest::html_attr("value"))
cor_raca.df[] <- lapply(cor_raca.df, as.character)
escolaridade.df <- data.frame(id = page %>% rvest::html_nodes("#S13 option") %>% rvest::html_text() %>% trimws(),
value = page %>% rvest::html_nodes("#S13 option") %>% rvest::html_attr("value"))
escolaridade.df[] <- lapply(escolaridade.df, as.character)
estado_civil.df <- data.frame(id = page %>% rvest::html_nodes("#S14 option") %>% rvest::html_text() %>% trimws(),
value = page %>% rvest::html_nodes("#S14 option") %>% rvest::html_attr("value"))
estado_civil.df[] <- lapply(estado_civil.df, as.character)
local_ocorrencia.df <- data.frame(id = page %>% rvest::html_nodes("#S15 option") %>% rvest::html_text() %>% trimws(),
value = page %>% rvest::html_nodes("#S15 option") %>% rvest::html_attr("value"))
local_ocorrencia.df[] <- lapply(local_ocorrencia.df, as.character)
municipios.df$id[1] <- cir.df$id[1] <- macrorregiao_de_saude.df$id[1] <- divisao_admnist_estadual.df$id[1] <- microrregiao_ibge.df$id[1] <- "all"
ride.df$id[1] <- local_ocorrencia.df$id[1]<- causas_evitaveis.df$id[1] <- capitulo_cid10.df$id[1] <- categoria_cid10.df$id[1] <- "all"
faixa_etaria.df$id[1] <- sexo.df$id[1] <- cor_raca.df$id[1] <- escolaridade.df$id[1] <- estado_civil.df$id[1] <- "all"
#### ERROR HANDLING ####
if (linha != "Munic\u00edpio") {
if (!is.character(linha)) stop("The 'linha' argument must be a character element")
if(length(linha) != 1) stop("The 'linha' argument must have only one element")
if (!(all(linha %in% linha.df$id))) {
if (!(all(linha %in% linha.df$value))) {
stop("The 'linha' argument is misspecified")
}
}
}
if (coluna != "N\u00e3o ativa") {
if (!is.character(coluna)) stop("The 'coluna' argument must be a character element")
if(length(coluna) != 1) stop("The 'coluna' argument must have only one element")
if (!(all(coluna %in% coluna.df$id))) {
if (!(all(coluna %in% coluna.df$value))) {
stop("The 'coluna' argument is misspecified")
}
}
}
if (conteudo != 1 & conteudo != 2) {
if (is.numeric(conteudo)) stop("The only numeric elements allowed are 1 or 2")
if(length(conteudo) != 1) stop("The 'coluna' argument must have only one element")
if (!(all(conteudo %in% conteudo.df$id2))) {
if (!(all(conteudo %in% conteudo.df$value))) {
stop("The 'conteudo' argument is misspecified")
}
}
}
if (periodo[1] != "last") {
if (is.character(periodo)) {
periodo <- as.numeric(periodo)
}
if (!(all(periodo %in% periodos.df$id))) stop("The 'periodo' argument is misspecified")
}
if (any(municipio != "all")) {
municipio <- as.character(municipio)
if (!(all(municipio %in% municipios.df$id))) stop("Some element in 'municipio' argument is wrong")
}
if (any(cir != "all")) {
cir <- as.character(cir)
if (!(all(cir %in% cir.df$id))) stop("Some element in 'cir' argument is wrong")
}
if (any(macrorregiao_de_saude != "all")) {
macrorregiao_de_saude <- as.character(macrorregiao_de_saude)
if (!(all(macrorregiao_de_saude %in% macrorregiao_de_saude.df$id))) stop("Some element in 'macrorregiao_de_saude' argument is wrong")
}
if (any(divisao_admnist_estadual != "all")) {
divisao_admnist_estadual <- as.character(divisao_admnist_estadual)
if (!(all(divisao_admnist_estadual %in% divisao_admnist_estadual.df$id))) stop("Some element in 'divisao_admnist_estadual' argument is wrong")
}
if (any(microrregiao_ibge != "all")) {
microrregiao_ibge <- as.character(microrregiao_ibge)
if (!(all(microrregiao_ibge %in% microrregiao_ibge.df$id))) stop("Some element in 'microrregiao_ibge' argument is wrong")
}
if (any(ride != "all")) {
ride <- as.character(ride)
if (!(all(ride %in% ride.df$id))) stop("Some element in 'ride' argument is wrong")
}
if (any(causas_evitaveis != "all")) {
causas_evitaveis <- as.character(causas_evitaveis)
if (!(all(causas_evitaveis %in% causas_evitaveis.df$id))) {
causas_evitaveis <- as.character(causas_evitaveis)
if (!(all(causas_evitaveis %in% causas_evitaveis.df$value))) {
stop("Some element in 'causas_evitaveis' argument is wrong")
}
}
}
if (any(capitulo_cid10 != "all")) {
capitulo_cid10 <- as.character(capitulo_cid10)
if (!(all(capitulo_cid10 %in% capitulo_cid10.df$id))) stop("Some element in 'capitulo_cid10' argument is wrong")
}
if (any(categoria_cid10 != "all")) {
categoria_cid10 <- as.character(categoria_cid10)
if (!(all(categoria_cid10 %in% categoria_cid10.df$id))) stop("Some element in 'categoria_cid10' argument is wrong")
}
if (any(faixa_etaria != "all")) {
if (!(all(faixa_etaria %in% faixa_etaria.df$id))) {
faixa_etaria <- as.character(faixa_etaria)
if (!(all(faixa_etaria %in% faixa_etaria.df$value))) {
stop("Some element in 'faixa_etaria' argument is wrong")
}
}
}
if (any(sexo != "all")) {
if (!(all(sexo %in% sexo.df$id))) {
sexo <- as.character(sexo)
if (!(all(sexo %in% sexo.df$value))) {
stop("Some element in 'sexo' argument is wrong")
}
}
}
if (any(cor_raca != "all")) {
if (!(all(cor_raca %in% cor_raca.df$id))) {
cor_raca <- as.character(cor_raca)
if (!(all(cor_raca %in% cor_raca.df$value))) {
stop("Some element in 'cor_raca' argument is wrong")
}
}
}
if (any(escolaridade != "all")) {
if (!(all(escolaridade %in% escolaridade.df$id))) {
escolaridade <- as.character(escolaridade)
if (!(all(escolaridade %in% escolaridade.df$value))) {
stop("Some element in 'escolaridade' argument is wrong")
}
}
}
if (any(estado_civil != "all")) {
if (!(all(estado_civil %in% estado_civil.df$id))) {
estado_civil <- as.character(estado_civil)
if (!(all(estado_civil %in% estado_civil.df$value))) {
stop("Some element in 'estado_civil' argument is wrong")
}
}
}
if (any(local_ocorrencia != "all")) {
if (!(all(local_ocorrencia %in% local_ocorrencia.df$id))) {
local_ocorrencia <- as.character(local_ocorrencia)
if (!(all(local_ocorrencia %in% local_ocorrencia.df$value))) {
stop("Some element in 'local_ocorrencia' argument is wrong")
}
}
}
#### FILTERS APPLICATIONS ####
#linha
if (linha %in% linha.df$id) {
linha <- dplyr::filter(linha.df, linha.df$id %in% linha)
linha <- linha$value
}
if (!stringi::stri_enc_isascii(linha)) {
form_linha <- paste0("Linha=", stringi::stri_escape_unicode(linha))
} else {
form_linha <- paste0("Linha=", linha)
}
#coluna
if (coluna %in% coluna.df$id) {
coluna <- dplyr::filter(coluna.df, coluna.df$id %in% coluna)
coluna <- coluna$value
}
if (!stringi::stri_enc_isascii(coluna)) {
form_coluna <- paste0("Coluna=", stringi::stri_escape_unicode(coluna))
} else {
form_coluna <- paste0("Coluna=", coluna)
}
#conteudo
form_conteudo <- conteudo.df$value[conteudo]
if (!stringi::stri_enc_isascii(form_conteudo)) {
form_conteudo <- paste0("Incremento=", stringi::stri_escape_unicode(form_conteudo))
} else {
form_conteudo <- paste0("Incremento=", form_conteudo)
}
#periodo
suppressWarnings( if (periodo == "last") {periodo <- utils::head(periodos.df$id, 1)} )
form_periodo <- dplyr::filter(periodos.df, periodos.df$id %in% periodo)
form_periodo <- paste0("Arquivos=", form_periodo$value, collapse = "&")
form_pesqmes1 <- "pesqmes1=Digite+o+texto+e+ache+f%E1cil"
#municipio
form_municipio <- dplyr::filter(municipios.df, municipios.df$id %in% municipio)
form_municipio <- paste0("SMunic%EDpio=", form_municipio$value, collapse = "&")
#cir
form_cir <- dplyr::filter(cir.df, cir.df$id %in% cir)
form_cir <- paste0("SRegi%E3o_de_Sa%FAde_%28CIR%29=", form_cir$value, collapse = "&")
#macrorregiao_de_saude
form_macrorregiao_de_saude <- dplyr::filter(macrorregiao_de_saude.df, macrorregiao_de_saude.df$id %in% macrorregiao_de_saude)
form_macrorregiao_de_saude <- paste0("SMacrorregi%E3o_de_Sa%FAde=", form_macrorregiao_de_saude$value, collapse = "&")
form_pesqmes4 <- "pesqmes4=Digite+o+texto+e+ache+f%E1cil"
#divisao_admnist_estadual
form_divisao_admnist_estadual <- dplyr::filter(divisao_admnist_estadual.df, divisao_admnist_estadual.df$id %in% divisao_admnist_estadual)
form_divisao_admnist_estadual <- paste0("SDivis%E3o_administ_estadual=", form_divisao_admnist_estadual$value, collapse = "&")
form_pesqmes5 <- "pesqmes5=Digite+o+texto+e+ache+f%E1cil"
#microrregiao_ibge
form_microrregiao_ibge <- dplyr::filter(microrregiao_ibge.df, microrregiao_ibge.df$id %in% microrregiao_ibge)
form_microrregiao_ibge <- paste0("SMicrorregi%E3o_IBGE=", form_microrregiao_ibge$value, collapse = "&")
#ride
form_ride <- dplyr::filter(ride.df, ride.df$id %in% ride)
form_ride <- paste0("SRegi%E3o_Metropolitana_-_RIDE=", form_ride$value, collapse = "&")
#causas_evitaveis
form_causas_evitaveis <- dplyr::filter(causas_evitaveis.df, causas_evitaveis.df$id %in% causas_evitaveis)
form_causas_evitaveis <- paste0("SCausas_evit%E1veis=", form_causas_evitaveis$value, collapse = "&")
form_pesqmes8 <- "pesqmes8=Digite+o+texto+e+ache+f%E1cil"
#capitulo_cid10
form_capitulo_cid10 <- dplyr::filter(capitulo_cid10.df, capitulo_cid10.df$id %in% capitulo_cid10)
form_capitulo_cid10 <- paste0("SCap%EDtulo_CID-10=", form_capitulo_cid10$value, collapse = "&")
form_pesqmes9 <- "pesqmes9=Digite+o+texto+e+ache+f%E1cil"
#categoria_cid10
form_categoria_cid10 <- dplyr::filter(categoria_cid10.df, categoria_cid10.df$id %in% categoria_cid10)
form_categoria_cid10 <- paste0("SCategoria_CID-10=", form_categoria_cid10$value, collapse = "&")
#faixa_etaria
form_faixa_etaria <- dplyr::filter(faixa_etaria.df, faixa_etaria.df$id %in% faixa_etaria)
form_faixa_etaria <- paste0("SFaixa_Et%E1ria=", form_faixa_etaria$value, collapse = "&")
#sexo
form_sexo <- dplyr::filter(sexo.df, sexo.df$id %in% sexo)
form_sexo <- paste0("SSexo=", form_sexo$value, collapse = "&")
#cor_raca
form_cor_raca <- dplyr::filter(cor_raca.df, cor_raca.df$id %in% cor_raca)
form_cor_raca <- paste0("SCor%2Fra%E7a=", form_cor_raca$value, collapse = "&")
#estado_civil
form_estado_civil <- dplyr::filter(estado_civil.df, estado_civil.df$id %in% estado_civil)
form_estado_civil <- paste0("SEstado_civil=", form_estado_civil$value, collapse = "&")
#local_ocorrencia
form_local_ocorrencia <- dplyr::filter(local_ocorrencia.df, local_ocorrencia.df$id %in% local_ocorrencia)
form_local_ocorrencia <- paste0("SLocal_ocorr%EAncia=", form_local_ocorrencia$value, collapse = "&")
form_data <- paste(form_linha, form_coluna, form_conteudo, form_periodo, form_pesqmes1, form_municipio, form_cir,
form_macrorregiao_de_saude, form_pesqmes4, form_divisao_admnist_estadual, form_pesqmes5,
form_microrregiao_ibge, form_ride, form_causas_evitaveis, form_pesqmes8, form_capitulo_cid10,
form_pesqmes9, form_categoria_cid10, form_faixa_etaria, form_sexo, form_cor_raca,
form_estado_civil, form_local_ocorrencia, "formato=table&mostre=Mostra", sep = "&")
form_data <- gsub("\\\\u00", "%", form_data)
##### REQUEST FORM AND DATA WRANGLING ####
site <- httr::POST(url = paste0("http://tabnet.datasus.gov.br/cgi/tabcgi.exe?sim/cnv/evita10", uf,".def"),
body = form_data)
tabdados <- httr::content(site, encoding = "Latin1") %>%
rvest::html_nodes(".tabdados tbody td") %>%
rvest::html_text() %>%
trimws()
col_tabdados <- httr::content(site, encoding = "Latin1") %>%
rvest::html_nodes("th") %>%
rvest::html_text() %>%
trimws()
f1 <- function(x) x <- gsub("\\.", "", x)
f2 <- function(x) x <- as.numeric(as.character(x))
tabela_final <- as.data.frame(matrix(data = tabdados, nrow = length(tabdados)/length(col_tabdados),
ncol = length(col_tabdados), byrow = TRUE))
names(tabela_final) <- col_tabdados
tabela_final[-1] <- lapply(tabela_final[-1], f1)
tabela_final[-1] <- suppressWarnings(lapply(tabela_final[-1], f2))
tabela_final
}
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Any scripts or data that you put into this service are public.
datasus documentation built on June 10, 2019, 1:02 a.m.
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#' Scrapes SIM's ICD-10 evitable causes data from ufs
#'
#' This function allows the user to retrive data from
#' SIM's ICD-10 database much in the same way that is done
#' by the online portal. The argument options refer to
#' evitable causes in 0-4 age group data from the states
#' unities.
#'
#' @usage sim_evita10_uf(uf, linha = "Município", coluna = "Não ativa",
#' conteudo = 1, periodo = "last", municipio = "all", cir = "all",
#' macrorregiao_de_saude = "all", divisao_admnist_estadual = "all",
#' microrregiao_ibge = "all", ride = "all", causas_evitaveis = "all",
#' capitulo_cid10 = "all", categoria_cid10 = "all", faixa_etaria = "all",
#' sexo = "all", cor_raca = "all", escolaridade = "all", estado_civil = "all",
#' local_ocorrencia = "all")
#' @param uf A character of length = 1 with the state's acronym of interest.
#' @param linha A character describing which element will be displayed in the rows of the data.frame. Defaults to "Município".
#' @param coluna A character describing which element will be displayed in the columns of the data.frame. Defaults to "Não ativa".
#' @param conteudo A character of length = 1 with the state's acronym of interest.
#' @param periodo A character vector describing the period of data. Defaults to the last available.
#' @param municipio "all" or a numeric vector with the IBGE's city codes codes to filter the data. Defaults to "all".
#' @param cir "all" or a numeric vector with the CIR's codes to filter the data. Defaults to "all".
#' @param macrorregiao_de_saude "all" or a numeric vector with the Health macro-region's codes to filter the data. Defaults to "all".
#' @param divisao_admnist_estadual "all" or a numeric vector with the State administrative division's codes to filter the data. Defaults to "all".
#' @param microrregiao_ibge "all" or a numeric vector with the IBGE's micro-region codes to filter the data. Defaults to "all".
#' @param ride "all" or a numeric vector with the IBGE's metropolitan-region codes to filter the data. Defaults to "all".
#' @param causas_evitaveis "all" or a character vector with the evitable cause code (written in the same way) or the number corresponding to the order of the option in the online layout to filter the data. Defaults to "all".
#' @param capitulo_cid10 "all" or a numeric vector with the ICD-10 chapter to filter the data. Defaults to "all".
#' @param categoria_cid10 "all" or a character vector with the ICD-10 category codes (capital letter and two numbers) to filter the data. Defaults to "all".
#' @param faixa_etaria "all" or a character vector with the age range (written in the same way) or the number corresponding to the order of the option in the online layout to filter the data. Defaults to "all".
#' @param sexo "all" or a character vector with the gender (written in the same way) or the number corresponding to the order of the option in the online layout to filter the data. Defaults to "all".
#' @param cor_raca "all" or a character vector with the color/race (written in the same way) or the number corresponding to the order of the option in the online layout to filter the data. Defaults to "all".
#' @param escolaridade "all" or a character vector with the instruction (written in the same way) or the number corresponding to the order of the option in the online layout to filter the data. Defaults to "all".
#' @param estado_civil "all" or a character vector with the marital status (written in the same way) or the number corresponding to the order of the option in the online layout to filter the data. Defaults to "all".
#' @param local_ocorrencia "all" or a character vector with the place of ocurrence to filter the data. Defaults to "all".
#' @return The function returns a data frame printed by parameters input.
#' @author Renato Prado Siqueira \email{<rpradosiqueira@@gmail.com>}
#' @seealso \code{\link{sim_obt10_mun}}
#' @examples
#' \dontrun{
#' ## Requesting data from the state of Mato Grosso do Sul
#' sim_evita10_uf(uf = "ms")
#' }
#'
#' @keywords SIM datasus causas evitáveis
#' @importFrom magrittr %>%
#' @importFrom utils head
#' @export
sim_evita10_uf <- function(uf, linha = "Munic\u00edpio", coluna = "N\u00e3o ativa", conteudo = 1, periodo = "last", municipio = "all", cir = "all",
macrorregiao_de_saude = "all", divisao_admnist_estadual = "all", microrregiao_ibge = "all", ride = "all",
causas_evitaveis = "all", capitulo_cid10 = "all", categoria_cid10 = "all", faixa_etaria = "all", sexo = "all",
cor_raca = "all", escolaridade = "all", estado_civil = "all", local_ocorrencia = "all") {
page <- xml2::read_html(paste0("http://tabnet.datasus.gov.br/cgi/deftohtm.exe?sim/cnv/evita10",uf,".def"))
#### DF ####
linha.df <- data.frame(id = page %>% rvest::html_nodes("#L option") %>% rvest::html_text() %>% trimws(),
value = page %>% rvest::html_nodes("#L option") %>% rvest::html_attr("value"))
linha.df[] <- lapply(linha.df, as.character)
coluna.df <- data.frame(id = page %>% rvest::html_nodes("#C option") %>% rvest::html_text() %>% trimws(),
value = page %>% rvest::html_nodes("#C option") %>% rvest::html_attr("value"))
coluna.df[] <- lapply(coluna.df, as.character)
conteudo.df <- data.frame(id1 = c(1, 2),
id2 = c("\u00d3bitos_p/Resid\u00eanc", "\u00d3bitos_p/Ocorr\u00eanc"),
value = c("\u00d3bitos_p/Resid\u00eanc", "\u00d3bitos_p/Ocorr\u00eanc"))
periodos.df <- data.frame(id = page %>% rvest::html_nodes("#A option") %>% rvest::html_text() %>% as.numeric(),
value = page %>% rvest::html_nodes("#A option") %>% rvest::html_attr("value"))
municipios.df <- suppressWarnings(data.frame(id = page %>% rvest::html_nodes("#S1 option") %>% rvest::html_text() %>% readr::parse_number(),
value = page %>% rvest::html_nodes("#S1 option") %>% rvest::html_attr("value")))
cir.df <- suppressWarnings(data.frame(id = page %>% rvest::html_nodes("#S2 option") %>% rvest::html_text() %>% readr::parse_number(),
value = page %>% rvest::html_nodes("#S2 option") %>% rvest::html_attr("value")))
macrorregiao_de_saude.df <- suppressWarnings(data.frame(id = page %>% rvest::html_nodes("#S3 option") %>% rvest::html_text() %>% readr::parse_number(),
value = page %>% rvest::html_nodes("#S3 option") %>% rvest::html_attr("value")))
divisao_admnist_estadual.df <- suppressWarnings(data.frame(id = page %>% rvest::html_nodes("#S4 option") %>% rvest::html_text() %>% readr::parse_number(),
value = page %>% rvest::html_nodes("#S4 option") %>% rvest::html_attr("value")))
microrregiao_ibge.df <- suppressWarnings(data.frame(id = page %>% rvest::html_nodes("#S5 option") %>% rvest::html_text() %>% readr::parse_number(),
value = page %>% rvest::html_nodes("#S5 option") %>% rvest::html_attr("value")))
ride.df <- suppressWarnings(data.frame(id = page %>% rvest::html_nodes("#S6 option") %>% rvest::html_text() %>% readr::parse_number(),
value = page %>% rvest::html_nodes("#S6 option") %>% rvest::html_attr("value")))
causas_evitaveis.df <- data.frame(id = page %>% rvest::html_nodes("#S7 option") %>% rvest::html_text() %>% trimws(),
value = page %>% rvest::html_nodes("#S7 option") %>% rvest::html_attr("value"))
causas_evitaveis.df[] <- lapply(causas_evitaveis.df, as.character)
causas_evitaveis.df$id <- gsub(" .*$", "", causas_evitaveis.df$id)
causas_evitaveis.df$id <- gsub("\\.", " ", causas_evitaveis.df$id) %>% trimws()
causas_evitaveis.df$id <- gsub(" ", ".", causas_evitaveis.df$id)
capitulo_cid10.df <- data.frame(id = 0:22,
value = page %>% rvest::html_nodes("#S8 option") %>% rvest::html_attr("value"))
capitulo_cid10.df[] <- lapply(capitulo_cid10.df, as.character)
categoria_cid10.df <- data.frame(id = page %>% rvest::html_nodes("#S9 option") %>% rvest::html_text() %>% trimws(),
value = page %>% rvest::html_nodes("#S9 option") %>% rvest::html_attr("value"))
categoria_cid10.df[] <- lapply(categoria_cid10.df, as.character)
categoria_cid10.df$id <- gsub(" .*$", "", categoria_cid10.df$id)
faixa_etaria.df <- data.frame(id = page %>% rvest::html_nodes("#S10 option") %>% rvest::html_text() %>% trimws(),
value = page %>% rvest::html_nodes("#S10 option") %>% rvest::html_attr("value"))
faixa_etaria.df[] <- lapply(faixa_etaria.df, as.character)
sexo.df <- data.frame(id = page %>% rvest::html_nodes("#S11 option") %>% rvest::html_text() %>% trimws(),
value = page %>% rvest::html_nodes("#S11 option") %>% rvest::html_attr("value"))
sexo.df[] <- lapply(sexo.df, as.character)
cor_raca.df <- data.frame(id = page %>% rvest::html_nodes("#S12 option") %>% rvest::html_text() %>% trimws(),
value = page %>% rvest::html_nodes("#S12 option") %>% rvest::html_attr("value"))
cor_raca.df[] <- lapply(cor_raca.df, as.character)
escolaridade.df <- data.frame(id = page %>% rvest::html_nodes("#S13 option") %>% rvest::html_text() %>% trimws(),
value = page %>% rvest::html_nodes("#S13 option") %>% rvest::html_attr("value"))
escolaridade.df[] <- lapply(escolaridade.df, as.character)
estado_civil.df <- data.frame(id = page %>% rvest::html_nodes("#S14 option") %>% rvest::html_text() %>% trimws(),
value = page %>% rvest::html_nodes("#S14 option") %>% rvest::html_attr("value"))
estado_civil.df[] <- lapply(estado_civil.df, as.character)
local_ocorrencia.df <- data.frame(id = page %>% rvest::html_nodes("#S15 option") %>% rvest::html_text() %>% trimws(),
value = page %>% rvest::html_nodes("#S15 option") %>% rvest::html_attr("value"))
local_ocorrencia.df[] <- lapply(local_ocorrencia.df, as.character)
municipios.df$id[1] <- cir.df$id[1] <- macrorregiao_de_saude.df$id[1] <- divisao_admnist_estadual.df$id[1] <- microrregiao_ibge.df$id[1] <- "all"
ride.df$id[1] <- local_ocorrencia.df$id[1]<- causas_evitaveis.df$id[1] <- capitulo_cid10.df$id[1] <- categoria_cid10.df$id[1] <- "all"
faixa_etaria.df$id[1] <- sexo.df$id[1] <- cor_raca.df$id[1] <- escolaridade.df$id[1] <- estado_civil.df$id[1] <- "all"
#### ERROR HANDLING ####
if (linha != "Munic\u00edpio") {
if (!is.character(linha)) stop("The 'linha' argument must be a character element")
if(length(linha) != 1) stop("The 'linha' argument must have only one element")
if (!(all(linha %in% linha.df$id))) {
if (!(all(linha %in% linha.df$value))) {
stop("The 'linha' argument is misspecified")
}
}
}
if (coluna != "N\u00e3o ativa") {
if (!is.character(coluna)) stop("The 'coluna' argument must be a character element")
if(length(coluna) != 1) stop("The 'coluna' argument must have only one element")
if (!(all(coluna %in% coluna.df$id))) {
if (!(all(coluna %in% coluna.df$value))) {
stop("The 'coluna' argument is misspecified")
}
}
}
if (conteudo != 1 & conteudo != 2) {
if (is.numeric(conteudo)) stop("The only numeric elements allowed are 1 or 2")
if(length(conteudo) != 1) stop("The 'coluna' argument must have only one element")
if (!(all(conteudo %in% conteudo.df$id2))) {
if (!(all(conteudo %in% conteudo.df$value))) {
stop("The 'conteudo' argument is misspecified")
}
}
}
if (periodo[1] != "last") {
if (is.character(periodo)) {
periodo <- as.numeric(periodo)
}
if (!(all(periodo %in% periodos.df$id))) stop("The 'periodo' argument is misspecified")
}
if (any(municipio != "all")) {
municipio <- as.character(municipio)
if (!(all(municipio %in% municipios.df$id))) stop("Some element in 'municipio' argument is wrong")
}
if (any(cir != "all")) {
cir <- as.character(cir)
if (!(all(cir %in% cir.df$id))) stop("Some element in 'cir' argument is wrong")
}
if (any(macrorregiao_de_saude != "all")) {
macrorregiao_de_saude <- as.character(macrorregiao_de_saude)
if (!(all(macrorregiao_de_saude %in% macrorregiao_de_saude.df$id))) stop("Some element in 'macrorregiao_de_saude' argument is wrong")
}
if (any(divisao_admnist_estadual != "all")) {
divisao_admnist_estadual <- as.character(divisao_admnist_estadual)
if (!(all(divisao_admnist_estadual %in% divisao_admnist_estadual.df$id))) stop("Some element in 'divisao_admnist_estadual' argument is wrong")
}
if (any(microrregiao_ibge != "all")) {
microrregiao_ibge <- as.character(microrregiao_ibge)
if (!(all(microrregiao_ibge %in% microrregiao_ibge.df$id))) stop("Some element in 'microrregiao_ibge' argument is wrong")
}
if (any(ride != "all")) {
ride <- as.character(ride)
if (!(all(ride %in% ride.df$id))) stop("Some element in 'ride' argument is wrong")
}
if (any(causas_evitaveis != "all")) {
causas_evitaveis <- as.character(causas_evitaveis)
if (!(all(causas_evitaveis %in% causas_evitaveis.df$id))) {
causas_evitaveis <- as.character(causas_evitaveis)
if (!(all(causas_evitaveis %in% causas_evitaveis.df$value))) {
stop("Some element in 'causas_evitaveis' argument is wrong")
}
}
}
if (any(capitulo_cid10 != "all")) {
capitulo_cid10 <- as.character(capitulo_cid10)
if (!(all(capitulo_cid10 %in% capitulo_cid10.df$id))) stop("Some element in 'capitulo_cid10' argument is wrong")
}
if (any(categoria_cid10 != "all")) {
categoria_cid10 <- as.character(categoria_cid10)
if (!(all(categoria_cid10 %in% categoria_cid10.df$id))) stop("Some element in 'categoria_cid10' argument is wrong")
}
if (any(faixa_etaria != "all")) {
if (!(all(faixa_etaria %in% faixa_etaria.df$id))) {
faixa_etaria <- as.character(faixa_etaria)
if (!(all(faixa_etaria %in% faixa_etaria.df$value))) {
stop("Some element in 'faixa_etaria' argument is wrong")
}
}
}
if (any(sexo != "all")) {
if (!(all(sexo %in% sexo.df$id))) {
sexo <- as.character(sexo)
if (!(all(sexo %in% sexo.df$value))) {
stop("Some element in 'sexo' argument is wrong")
}
}
}
if (any(cor_raca != "all")) {
if (!(all(cor_raca %in% cor_raca.df$id))) {
cor_raca <- as.character(cor_raca)
if (!(all(cor_raca %in% cor_raca.df$value))) {
stop("Some element in 'cor_raca' argument is wrong")
}
}
}
if (any(escolaridade != "all")) {
if (!(all(escolaridade %in% escolaridade.df$id))) {
escolaridade <- as.character(escolaridade)
if (!(all(escolaridade %in% escolaridade.df$value))) {
stop("Some element in 'escolaridade' argument is wrong")
}
}
}
if (any(estado_civil != "all")) {
if (!(all(estado_civil %in% estado_civil.df$id))) {
estado_civil <- as.character(estado_civil)
if (!(all(estado_civil %in% estado_civil.df$value))) {
stop("Some element in 'estado_civil' argument is wrong")
}
}
}
if (any(local_ocorrencia != "all")) {
if (!(all(local_ocorrencia %in% local_ocorrencia.df$id))) {
local_ocorrencia <- as.character(local_ocorrencia)
if (!(all(local_ocorrencia %in% local_ocorrencia.df$value))) {
stop("Some element in 'local_ocorrencia' argument is wrong")
}
}
}
#### FILTERS APPLICATIONS ####
#linha
if (linha %in% linha.df$id) {
linha <- dplyr::filter(linha.df, linha.df$id %in% linha)
linha <- linha$value
}
if (!stringi::stri_enc_isascii(linha)) {
form_linha <- paste0("Linha=", stringi::stri_escape_unicode(linha))
} else {
form_linha <- paste0("Linha=", linha)
}
#coluna
if (coluna %in% coluna.df$id) {
coluna <- dplyr::filter(coluna.df, coluna.df$id %in% coluna)
coluna <- coluna$value
}
if (!stringi::stri_enc_isascii(coluna)) {
form_coluna <- paste0("Coluna=", stringi::stri_escape_unicode(coluna))
} else {
form_coluna <- paste0("Coluna=", coluna)
}
#conteudo
form_conteudo <- conteudo.df$value[conteudo]
if (!stringi::stri_enc_isascii(form_conteudo)) {
form_conteudo <- paste0("Incremento=", stringi::stri_escape_unicode(form_conteudo))
} else {
form_conteudo <- paste0("Incremento=", form_conteudo)
}
#periodo
suppressWarnings( if (periodo == "last") {periodo <- utils::head(periodos.df$id, 1)} )
form_periodo <- dplyr::filter(periodos.df, periodos.df$id %in% periodo)
form_periodo <- paste0("Arquivos=", form_periodo$value, collapse = "&")
form_pesqmes1 <- "pesqmes1=Digite+o+texto+e+ache+f%E1cil"
#municipio
form_municipio <- dplyr::filter(municipios.df, municipios.df$id %in% municipio)
form_municipio <- paste0("SMunic%EDpio=", form_municipio$value, collapse = "&")
#cir
form_cir <- dplyr::filter(cir.df, cir.df$id %in% cir)
form_cir <- paste0("SRegi%E3o_de_Sa%FAde_%28CIR%29=", form_cir$value, collapse = "&")
#macrorregiao_de_saude
form_macrorregiao_de_saude <- dplyr::filter(macrorregiao_de_saude.df, macrorregiao_de_saude.df$id %in% macrorregiao_de_saude)
form_macrorregiao_de_saude <- paste0("SMacrorregi%E3o_de_Sa%FAde=", form_macrorregiao_de_saude$value, collapse = "&")
form_pesqmes4 <- "pesqmes4=Digite+o+texto+e+ache+f%E1cil"
#divisao_admnist_estadual
form_divisao_admnist_estadual <- dplyr::filter(divisao_admnist_estadual.df, divisao_admnist_estadual.df$id %in% divisao_admnist_estadual)
form_divisao_admnist_estadual <- paste0("SDivis%E3o_administ_estadual=", form_divisao_admnist_estadual$value, collapse = "&")
form_pesqmes5 <- "pesqmes5=Digite+o+texto+e+ache+f%E1cil"
#microrregiao_ibge
form_microrregiao_ibge <- dplyr::filter(microrregiao_ibge.df, microrregiao_ibge.df$id %in% microrregiao_ibge)
form_microrregiao_ibge <- paste0("SMicrorregi%E3o_IBGE=", form_microrregiao_ibge$value, collapse = "&")
#ride
form_ride <- dplyr::filter(ride.df, ride.df$id %in% ride)
form_ride <- paste0("SRegi%E3o_Metropolitana_-_RIDE=", form_ride$value, collapse = "&")
#causas_evitaveis
form_causas_evitaveis <- dplyr::filter(causas_evitaveis.df, causas_evitaveis.df$id %in% causas_evitaveis)
form_causas_evitaveis <- paste0("SCausas_evit%E1veis=", form_causas_evitaveis$value, collapse = "&")
form_pesqmes8 <- "pesqmes8=Digite+o+texto+e+ache+f%E1cil"
#capitulo_cid10
form_capitulo_cid10 <- dplyr::filter(capitulo_cid10.df, capitulo_cid10.df$id %in% capitulo_cid10)
form_capitulo_cid10 <- paste0("SCap%EDtulo_CID-10=", form_capitulo_cid10$value, collapse = "&")
form_pesqmes9 <- "pesqmes9=Digite+o+texto+e+ache+f%E1cil"
#categoria_cid10
form_categoria_cid10 <- dplyr::filter(categoria_cid10.df, categoria_cid10.df$id %in% categoria_cid10)
form_categoria_cid10 <- paste0("SCategoria_CID-10=", form_categoria_cid10$value, collapse = "&")
#faixa_etaria
form_faixa_etaria <- dplyr::filter(faixa_etaria.df, faixa_etaria.df$id %in% faixa_etaria)
form_faixa_etaria <- paste0("SFaixa_Et%E1ria=", form_faixa_etaria$value, collapse = "&")
#sexo
form_sexo <- dplyr::filter(sexo.df, sexo.df$id %in% sexo)
form_sexo <- paste0("SSexo=", form_sexo$value, collapse = "&")
#cor_raca
form_cor_raca <- dplyr::filter(cor_raca.df, cor_raca.df$id %in% cor_raca)
form_cor_raca <- paste0("SCor%2Fra%E7a=", form_cor_raca$value, collapse = "&")
#estado_civil
form_estado_civil <- dplyr::filter(estado_civil.df, estado_civil.df$id %in% estado_civil)
form_estado_civil <- paste0("SEstado_civil=", form_estado_civil$value, collapse = "&")
#local_ocorrencia
form_local_ocorrencia <- dplyr::filter(local_ocorrencia.df, local_ocorrencia.df$id %in% local_ocorrencia)
form_local_ocorrencia <- paste0("SLocal_ocorr%EAncia=", form_local_ocorrencia$value, collapse = "&")
form_data <- paste(form_linha, form_coluna, form_conteudo, form_periodo, form_pesqmes1, form_municipio, form_cir,
form_macrorregiao_de_saude, form_pesqmes4, form_divisao_admnist_estadual, form_pesqmes5,
form_microrregiao_ibge, form_ride, form_causas_evitaveis, form_pesqmes8, form_capitulo_cid10,
form_pesqmes9, form_categoria_cid10, form_faixa_etaria, form_sexo, form_cor_raca,
form_estado_civil, form_local_ocorrencia, "formato=table&mostre=Mostra", sep = "&")
form_data <- gsub("\\\\u00", "%", form_data)
##### REQUEST FORM AND DATA WRANGLING ####
site <- httr::POST(url = paste0("http://tabnet.datasus.gov.br/cgi/tabcgi.exe?sim/cnv/evita10", uf,".def"),
body = form_data)
tabdados <- httr::content(site, encoding = "Latin1") %>%
rvest::html_nodes(".tabdados tbody td") %>%
rvest::html_text() %>%
trimws()
col_tabdados <- httr::content(site, encoding = "Latin1") %>%
rvest::html_nodes("th") %>%
rvest::html_text() %>%
trimws()
f1 <- function(x) x <- gsub("\\.", "", x)
f2 <- function(x) x <- as.numeric(as.character(x))
tabela_final <- as.data.frame(matrix(data = tabdados, nrow = length(tabdados)/length(col_tabdados),
ncol = length(col_tabdados), byrow = TRUE))
names(tabela_final) <- col_tabdados
tabela_final[-1] <- lapply(tabela_final[-1], f1)
tabela_final[-1] <- suppressWarnings(lapply(tabela_final[-1], f2))
tabela_final
}
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