getal: Converts diploid genotypic data into allelic data

Description Usage Arguments Value Author(s) Examples

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Description

Converts diploid genotypic data into allelic data

Usage

1

Arguments

data

a data frame where the first column contains the population to which the different individuals belong, and the following columns contain the genotype of the individuals -one locus per column-

Value

data.al

a new data frame, with twice as many row as the input data frame and one extra column. each row of the first half of the data frame contains the first allele for each locus, and each row of the second half of the data frame contains the second allel at the locus. The extra column in second position corresponds to the identifier of the individual to which the allele belongs

Author(s)

Jerome Goudet [email protected]

Examples

1
2

Example output

     pop ind L21.V L37.J L20.B L29.V L36.B L16.J
1      1   1     2     1     1     1     5     5
2      1   2     7     1     5     1     2     5
3      1   3     2     1     5     2     5     5
4      1   4     7     1     5     1     2     5
5      1   5     2     2     5     2     2     5
6      1   6     2     1     5     2     5     5
7      1   7     2     1     1     1     5     5
8      1   8     7     2     5     1     2     7
9      1   9     2     1     5     2     2     5
10     1  10     7     2     5     1     2     7
11     1  11     2     2     5     2     5     7
12     1  12     2     2     5     2     2     5
13     1  13     7     1     5     1     2     5
14     1  14     2     2     5     2     5     7
15     1  15     2     2     1     1     2     7
16     1  16     2     1     5     2     5     5
17     1  17     2     1     5     2     2     5
18     1  18     2     2     5     2     5     7
19     1  19     2     2     1     1     2     7
20     1  20     2     1     5     2     2     5
21     1  21     2     1     5     2     2     5
22     1  22     2     1     5     2     5     5
23     1  23     2     1     5     2     2     5
24     1  24     2     1     5     2     2     5
25     1  25     2     1     5     2     2     5
26     1  26     2     1     3    NA     1     5
27     1  27     2     1     5     2     2     5
28     1  28     3     3     5     2     2     5
29     1  29     6     3     5     4     2     5
30     1  30     6     3     5     4     2     5
31     1  31     2     2     5     4     2     5
32     1  32     2     1     3     4     3     1
33     1  33     2     3     3     4     1     5
34     1  34     4     1     5     4     3     5
35     1  35     6     1     5     4     3     1
36     1  36     2     3     3     5     1     5
37     1  37     6     2     3     4     2     5
38     1  38     4     1     5     4     3     5
39     1  39     4     3     5     4     2     6
40     1  40     2     1     5     4     2     5
41     1  41     4     2     5     4     2     1
42     1  42     6     3     5     4     3     5
43     1  43     4     2     5     4     2     1
44     1  44     4     1     5     4     2     5
45     1  45     4     1     5     4     2     5
46     1  46     4     1     5     4     3     5
47     1  47     4     2     5     4     3     5
48     1  48     4     2     5     4     3     5
49     1  49     6     1     5     2     2     1
50     1  50     6     3     1     4     3     5
51     1  51     4     1     5     4     3     5
52     1  52     6     3     5     4     2     6
53     1  53     4     1     5     4     3     6
54     1  54     4     1     5     4     2     6
55     1  55     3     1     5     2     3     5
56     1  56     2     1     5     2     2     1
57     1  57     2     2     1     2     2     1
58     1  58     2     1     5     2     2     1
59     1  59     2     1     5     2     2     1
60     1  60     2     1     5     2     2     1
61     1  61     2     2     1     2     2     1
62     1  62     2     2     1     2     2     1
63     1  63     2     1     1     2     2     1
64     1  64     2     1     1     2     2     1
65     1  65     2     1     1     2     2     1
66     1  66     2     1     5     2     4     1
67     1  67     2     1     1     2     2     1
68     1  68     2     1     5     2     2     1
69     2   1     5     1     5     4    NA     1
70     2   2     5     1     5     4     2     9
71     2   3     5     1     5     4     2     1
72     2   4     5     1     5     4     2     1
73     2   5     5     1     5     4     2     9
74     2   6     5     1     5     4     2     9
75     2   7     5     1     5     4     2     1
76     2   8     5     1     5     4     2     1
77     2   9     5     1     5     4     2     9
78     2  10     5     1     5     4     2     1
79     2  11     5     1     5    NA     2     1
80     2  12     5     1     5    NA     2     1
81     2  13     5     1     5     4     2     9
82     2  14     5     1     5     4     2     1
83     2  15     5     1     5     4     2     1
84     2  16     5     1     5     4     2     1
85     2  17     5     1     5     4     2     1
86     2  18     5     1     5     4     2     1
87     2  19     5     1     5     4     2     1
88     2  20     5     1     5     4     2     1
89     2  21     5     1     5    NA     2     1
90     2  22     5     1     5     4     2     1
91     2  23     5     1     5    NA     2     1
92     2  24     5     1     5     4     2     1
93     2  25     5     1     5     4     2     1
94     2  26     5     1     6    NA     2     1
95     2  27     5     1     5     4     2     1
96     2  28     5     1     5    NA     2     1
97     2  29     5     1     5    NA     2     1
98     2  30     5     1     5     4     2     1
99     2  31     5     1     5     4     2     1
100    2  32     5     1     5    NA     2     1
101    2  33     5     1     5     4     2     1
102    2  34     5     1     5     4     2     1
103    2  35     5     1     5     4     2     1
104    2  36    NA     1     5    NA     2     1
105    2  37     5     1     5     4     2     1
106    2  38     5     1     5    NA     2     1
107    2  39     5     1     5     4     2     1
108    2  40     5     1     5    NA     2     1
109    2  41     5     1     5    NA     2     1
110    2  42     5     1     5     4     2     1
111    2  43     5     1     5     4     2     1
112    2  44     5     1     5     4     2     1
113    2  45     5     1     5     4     2     1
114    2  46     5     1     5     4     2     9
115    2  47     5     1     5     4     2     1
116    2  48     5     1     5     4     2     1
117    2  49     5     1     5     4     2     1
118    2  50     5     1     5     4     2     1
119    2  51     5     1     5     4     2     1
120    2  52     5     1     5     4     2     1
121    2  53     5    NA    NA     4     2    NA
122    2  54     5    NA    NA     4    NA    NA
123    2  55     5     1     5     4     2     1
124    2  56     5     1     5     4     2     1
125    2  57     5     1     5     4     2     1
126    2  58     5     1     5     4     2     1
127    2  59     5     1     5     4     2     1
128    2  60     5     1     5     4     2     1
129    2  61     5     1     5     4     2     1
130    2  62     5     1     5     4     2     1
131    2  63     5     1     5     4     2     1
132    2  64     5     1     5     4     2     1
133    2  65     5     1     5     4     2     1
134    2  66     5     1     6     4    NA    NA
135    2  67     5     1     5     4     2     1
136    2  68     5     1     5     4     2     1
137    2  69     5     1     5     4     2     1
138    3   1     2     2     4     3     2     3
139    3   2     6     2     4     4     4     2
140    3   3     6     2     4     3     2     3
141    3   4     6     2     4     4     3     2
142    3   5     2     2     4     3     2     3
143    3   6     6     2     4     4     3     2
144    3   7     2     2     4     1     4     3
145    3   8     2     2     5     3     2     3
146    3   9     2     2     4     1     4     3
147    3  10     2     2     4     1     4     3
148    3  11     2     2     4     1     4     3
149    3  12     2     2     4     3     2     3
150    3  13     2     2     4     3     2     3
151    3  14     6     2     4     4     3     2
152    3  15     6     2     4     4     3     2
153    3  16     6     2     4     3     3     2
154    3  17     2     2     4     3     2     3
155    3  18     6     2     4     4     3     2
156    3  19     2     2     4     3     2     3
157    3  20     2     2     4     1     3     3
158    3  21     2     2     4     3     3     2
159    3  22     2     2     4     1     3     3
160    3  23     6     2     4     3     3     2
161    3  24     6     2     4     4     3     2
162    3  25     2     2     5     3     3     3
163    3  26     6     2     4     4     3     2
164    3  27     6     2     4     3     3     2
165    3  28     6     2     4     4     3     2
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315    5  58     3     1     1     1     5     1
316    5  59     5     1     1     1     5     1
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318    5  61     5     1     1     1     5     1
319    5  62     5     1     1     1     6     1
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321    5  64     5     1     1     1     5     1
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1011   2  33     5     1     5     4     2     1
1021   2  34     5     1     5     4     2     1
1031   2  35     5     1     5     4     2     1
1041   2  36    NA     1     5    NA     2     1
1051   2  37     5     1     5     4     2     1
1061   2  38     5     1     5    NA     2     1
1071   2  39     5     1     5     4     2     1
1081   2  40     5     1     5    NA     2     1
1091   2  41     5     1     5    NA     2     1
1101   2  42     5     1     5     4     2     1
1111   2  43     5     1     5     4     2     1
1121   2  44     5     1     5     4     2     1
1131   2  45     5     1     5     4     2     1
1141   2  46     5     1     5     4     2     9
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1411   3   4     6     2     4     4     3     2
1421   3   5     2     2     4     3     2     3
1431   3   6     6     2     4     4     3     2
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1451   3   8     2     2     5     3     2     3
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1471   3  10     2     2     4     1     4     3
1481   3  11     2     2     4     1     4     3
1491   3  12     2     2     4     3     2     3
1501   3  13     2     2     4     3     2     3
1511   3  14     6     2     4     4     3     2
1521   3  15     6     2     4     4     3     2
1531   3  16     6     2     4     3     3     2
1541   3  17     2     2     4     3     2     3
1551   3  18     6     2     4     4     3     2
1561   3  19     2     2     4     3     2     3
1571   3  20     2     2     4     1     3     3
1581   3  21     2     2     4     3     3     3
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1631   3  26     6     2     4     4     3     2
1641   3  27     6     2     4     3     3     2
1651   3  28     6     2     4     4     3     2
1661   3  29     6     2     4     4     3     2
1671   3  30     6     2     4     4     3     2
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1691   3  32     6     2     4     4     3     2
1701   3  33     2     2     4     3     2     3
1711   3  34     6     2     4     4     3     2
1721   3  35     2     2     4     3     3     2
1731   3  36     5     2     4     4     3     2
1741   3  37     6     2     4     4     3     2
1751   3  38     2     2     4     1     4     3
1761   3  39     6     2     4     4     3     2
1771   3  40     2     2     4     3     2     3
1781   3  41     6     2     4     4     5     2
1791   3  42     2     2     4     3     2     3
1801   3  43     6     2     4     3     3     2
1811   3  44     6     2     4     4     3     2
1821   3  45     6     2     4     4     3     2
1831   3  46     2     2     4     3     2     3
1841   3  47     6     2     4     3     3     2
1851   3  48     6     2     4     4     3     2
1861   4   1     5     3     5     1     7     7
1871   4   2     5     3     5     1     3     7
1881   4   3     5     3     5     2     3     6
1891   4   4     5     3     5     1     3     7
1901   4   5     5     3     5     1     7     7
1911   4   6     5     3     5     1     7     7
1921   4   7     5     3     5     1     7     7
1931   4   8     5     3     5     1     7     7
1941   4   9     2     3     5     4     7     7
1951   4  10     5     3     5     1     3     7
1961   4  11     5     3     5     1     7     7
1971   4  12     5     3     5     1     3     7
1981   4  13     5     3     5     1     7     7
1991   4  14     5     3     5     1     7     7
2001   4  15     5     3     5     1     7     7
2011   4  16     5     3     5     1     7     7
2021   4  17     5     2     5     1     7     7
2031   4  18     5     3     5     1     7     7
2041   4  19     5     3     5     2     3     6
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2081   4  23     5     3     5     1     7     7
2091   4  24     5     2     5     1     3     7
2101   4  25     5     3     5     2     7     6
2111   4  26     5     3     5     1     7     7
2121   4  27     5     3     5     1     7     7
2131   4  28     2     3     5     4     7     3
2141   4  29     5     3     5     1     3     7
2151   4  30     5     3     5     1     3     7
2161   4  31     5     2     5     1     7     7
2171   4  32     5     3     5     1     3     7
2181   4  33     5     3     5     1     3     7
2191   4  34     5     3     5     1     3     7
2201   4  35     5     3     5     1     3     7
2211   4  36     5     3     5     1     3     7
2221   4  37     5     3     5     2     3     6
2231   4  38     5     3     5     1     3     7
2241   4  39     5     3     5     2     3     7
2251   4  40     5     3     5     1     3     7
2261   4  41     5     3     5     1     3     6
2271   4  42     5     3     5     1     2     7
2281   4  43     5     2     5     1     7     7
2291   4  44     5     3     5     1     3     7
2301   4  45     5     3     5     1     3     7
2311   4  46     5     3     5     1     3     7
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2331   4  48     5     3     5     1     3     7
2341   4  49     5     3     5     1     3     6
2351   4  50     5     3     5     1     3     7
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2381   4  53     5     3     5     1     3     7
2391   4  54     5     3     5     1     2     7
2401   4  55     5     3     5     1     3     6
2411   4  56     5     3     5     1     3     7
2421   4  57     5     3     5     1     3     7
2431   4  58     5     3     5     2     3     6
2441   4  59     5     3     5     1     3     6
2451   4  60     2     3     5     1     3     7
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2501   4  65     5     3     5     2     3     6
2511   4  66     5     3     5     1     7     7
2521   4  67     5     3     5     1     3     6
2531   4  68     5     3     5     2     3     6
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2611   5   4     3     1     5     1     4     7
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