Nothing
### R code from vignette source 'icenReg.Rnw'
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### code chunk number 1: icenReg.Rnw:37-39
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# For consistency of poor mixing in Bayes example
set.seed(123)
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### code chunk number 2: icenReg.Rnw:168-169
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library(icenReg)
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### code chunk number 3: icenReg.Rnw:172-174
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data(miceData)
head(miceData, 3)
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### code chunk number 4: icenReg.Rnw:179-180
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np_fit = ic_np(cbind(l, u) ~ grp, data = miceData)
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### code chunk number 5: icenReg.Rnw:185-187
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groupedFit1 <- ic_np(cbind(l,u) ~ 0, data = miceData)
groupedFit2 <- ic_np(miceData[,c('l', 'u')])
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### code chunk number 6: icenReg.Rnw:192-194
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plot(np_fit, col = c('blue', 'orange'),
xlab = 'Time', ylab = 'Estimated Survival')
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### code chunk number 7: icenReg.Rnw:206-208
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data("IR_diabetes")
head(IR_diabetes, 3)
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### code chunk number 8: icenReg.Rnw:213-218
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fit_ph <- ic_sp(cbind(left, right) ~ gender, model = 'ph',
bs_samples = 100, data = IR_diabetes)
fit_po <- ic_sp(cbind(left, right) ~ gender, model = 'po',
bs_samples = 100, data = IR_diabetes)
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### code chunk number 9: icenReg.Rnw:223-225
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fit_po
fit_ph
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### code chunk number 10: icenReg.Rnw:234-239
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newdata <- data.frame(gender = c('male', 'female') )
rownames(newdata) <- c('males', 'females')
plot(fit_po, newdata)
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### code chunk number 11: icenReg.Rnw:250-252
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fit_po_gamma <- ic_par(cbind(left, right) ~ gender,
data = IR_diabetes, model = "po", dist = "gamma")
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### code chunk number 12: icenReg.Rnw:258-259
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fit_po_gamma
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### code chunk number 13: icenReg.Rnw:264-265
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plot(fit_po_gamma, newdata, lgdLocation = "topright")
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### code chunk number 14: icenReg.Rnw:272-274
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flatPrior_fit <- ic_bayes(cbind(left, right) ~ gender,
data = IR_diabetes, model = "po", dist = "gamma")
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### code chunk number 15: icenReg.Rnw:279-280
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flatPrior_fit
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### code chunk number 16: icenReg.Rnw:286-287
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head(flatPrior_fit$samples)
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### code chunk number 17: icenReg.Rnw:295-299
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# Accessing the first few samples of the first chain
head(flatPrior_fit$mcmcList[[1]])
# Accessing the first few samples of the second chain
head(flatPrior_fit$mcmcList[[2]])
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### code chunk number 18: icenReg.Rnw:304-305
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head(flatPrior_fit$logPosteriorDensities[[1]])
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### code chunk number 19: icenReg.Rnw:311-313
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plot(flatPrior_fit, newdata,
main = 'Posterior Median Estimates')
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### code chunk number 20: icenReg.Rnw:319-320
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plot(flatPrior_fit$mcmcList)
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### code chunk number 21: icenReg.Rnw:327-344
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logPriorFunction <- function(x){
ans <- 0
ans <- ans + dnorm(x[1], sd = 0.1, log = T)
# Tight prior about 1st parameter, log_shape
ans <- ans + dnorm(x[2], sd = 10, log = T)
# Diffuse prior about 2nd parameter, log_scale
ans <- ans + dnorm(x[3], sd = 0.1, log = T)
# Tight prior about 3rd parameter, regression parameter
return(ans)
}
informPrior_fit <- ic_bayes(cbind(left, right) ~ gender,
data = IR_diabetes, model = "po", dist = "gamma",
logPriorFxn = logPriorFunction)
# Fitting model with prior.
informPrior_fit
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### code chunk number 22: icenReg.Rnw:351-359
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weak_data <- IR_diabetes[1:2,]
weakData_fit <- ic_bayes(cbind(left, right) ~ gender,
data = weak_data,
model = "po", dist = "gamma",
logPriorFxn = logPriorFunction,
controls = bayesControls(useMLE_start = F))
plot(weakData_fit$mcmcList)
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### code chunk number 23: icenReg.Rnw:369-378
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# Extract estimates for inverse CDF
invCDF_ests = survCIs(informPrior_fit, newdata,
p = seq(from = 0.05, to = .95, by = 0.2))
# Extract estimates for *CDF* probabilities at given values
CDF_ests = survCIs(informPrior_fit, newdata,
q = seq(from = 5, to = 25, by = 5))
invCDF_ests
CDF_ests
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### code chunk number 24: icenReg.Rnw:400-406
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diag_baseline(cbind(left, right) ~ gender,
model = "po",
data = IR_diabetes,
dists = c("exponential", "weibull",
"loglogistic", "gamma"),
lgdLocation = "topright")
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### code chunk number 25: icenReg.Rnw:411-415
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diag_baseline(fit_po, lgdLocation = "topright",
dists = c("exponential", "weibull",
"loglogistic", "gamma")
)
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### code chunk number 26: icenReg.Rnw:434-438
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diag_covar(fit_po, lgdLocation = "topright",
main = "Checking Proportional Odds")
diag_covar(fit_ph, lgdLocation = "topright",
main = "Checking Proportional Hazards")
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### code chunk number 27: icenReg.Rnw:448-451
###################################################
diag_covar(fit_po, lgdLocation = "topright",
main = "Checking Proportional Odds")
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### code chunk number 28: icenReg.Rnw:453-455
###################################################
diag_covar(fit_ph, lgdLocation = "topright",
main = "Checking Proportional Hazards")
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