R/siarmenu.R

In AndrewLJackson/siar: Stable Isotope Analysis in R

siarmenu <-
function() {
  
  .Deprecated("mixsiar", package = "MixSIAR", msg = "siar is out of date. 
              We recommend the package MixSIAR for more complicated analyses, 
              or simmr for more basic functionality resembling siar.")

siarversion <-"4.1"

cat("------------------------------- \n")
cat(paste("Welcome to Stable Isotope Analysis in R version", siarversion, "\n"))
cat("Author: Andrew Parnell, University College Dublin\n")
cat("Please report bugs to: Andrew.Parnell@ucd.ie\n")
cat("------------------------------- \n")
cat("\n")
cat("Useful: Press 0 at a prompt to return to the main menu or Esc to exit. \n \n")

siardata <- list()
siardata$SHOULDRUN <- FALSE
siardata$EXIT <- FALSE
siardata$GRAPHSONLY <- FALSE

while(siardata$EXIT==FALSE)
{

choices <- c("Load in some data (run this first)",
          "Run SIAR for a single group",
          "Run SIAR for multiple groups",
          "Plot single group proportions",
          "Matrix plot of proportions",
          "Plot of proportions by source",
          "Save parameter output to a file",
          "Summary information and convergence diagnostics",
          "Demo (for first time users)",
          "Exit")
          
title <- "The available options are:"
choose <- menu(choices,title = title)

#####################################################################################################

# Section 1
if(choose == 1) {

siardata <- siarloaddata(siarversion)

if(siardata$SHOULDRUN==TRUE) {
  cat("Do you with to plot the data? (y/n) \n")
  plotans <- scan(what="",nlines=1,quiet=TRUE)
  if(plotans=="yes" || plotans=="y") {
    siarplotdata(siardata)
  }
}

cat("Press <Enter> to continue")
readline()
invisible()

}



#####################################################################################################
# Run the single group version

# Section 2
if(choose == 2) {

siardata <- siarsinglegrouprun(siardata)

cat("Press <Enter> to continue")
readline()
invisible()

}

#####################################################################################################

# Section 3
if(choose == 3) {

siardata <- siarmultigrouprun(siardata)

cat("Press <Enter> to continue")
readline()
invisible()

}

#####################################################################################################

# Section 4
if(choose == 4) {

choices2 <- c("Traditional (isosource) plot","SIAR proportions plot")
          
title2 <- "Isosource or SIAR style plot?"
choose2 <- menu(choices2,title = title2)
if(choose2==1) siarhistograms(siardata,siarversion)
if(choose2==2) siarproportionbygroupplot(siardata,siarversion)

cat("Press <Enter> to continue")
readline()
invisible()


}
#####################################################################################################

# Section 5
if(choose == 5) {

siarmatrixplot(siardata,siarversion)

cat("Press <Enter> to continue")
readline()
invisible()

}

#####################################################################################################

# Section 6
if(choose == 6) {

siarproportionbysourceplot(siardata,siarversion)

}

#####################################################################################################

# Section 7
if(choose == 7) {

siarsaveoutput(siardata)

}

#####################################################################################################

if(choose == 8)
{

siarhdrs(siardata)

cat("Press <Enter> to continue...")
readline()
invisible()
    

}

#####################################################################################################

if(choose == 9) {

siardemo(siarversion)

cat("Press <Enter> to continue")
readline()
invisible()

}


#####################################################################################################

if(choose == 10)
{
cat("Thank you. Exiting... \n")
siardata$EXIT=TRUE
}

}

}