R/nnrrBeregnIndikator.R

In Rapporteket/nnrr: Resultatrapporter for Norsk nakke- og ryggregister

#' Beregn indikatorer
#'
#' Inneholder logikken som definerer indikatorene til registeret
#'
#' @param RegData En dataramme med registerdata
#'
#' @export
#'
nnrrBeregnIndikator <- function(RegData, ind_id) {

  map_resh_orgnr <- data.frame(orgnr_sh = c(974589095, 974749025,
                                            974557746, 974795787,
                                            974795639, 974703300,
                                            974795477, 974733013,
                                            974754118, 974747138,
                                            974631326, 974575396),
                               resh = c(109834, 104293, 102959,
                                        601032, 700735, 4211588,
                                        102169, 114174, 105821,
                                        4212982, 103736, 700138))
  terskel=30
  minstekrav = NA
  maal = NA
  skriftStr=1.3
  pktStr=1.4
  legPlass="top"
  minstekravTxt="Min."
  maalTxt="Mål"
  decreasing=F
  width=800
  height=700
  maalretn="hoy"

  if (ind_id == "nnrr_tid_henvisning_besok_50") {
    indikator <- RegData[RegData$regstatus==1, ]
    indikator$VentetidFraHenvisningTilBesok[indikator$VentetidFraHenvisningTilBesok < 0] <- NA
    indikator <- indikator[!is.na(indikator$VentetidFraHenvisningTilBesok), ]
  }


  if (ind_id == "nnrr_tverrfaglig_behandling") {
    indikator <- RegData[RegData$regstatus==1, ]

    indikator$tverrfaglig_behandlet <- 0
    indikator$tverrfaglig_behandlet[indikator$Treatment_GroupInterdisciplinary2018 != 0 |
                                      indikator$Treatment_GroupInterdisciplinary != 0] <- 1
    indikator$tverrfaglig_behandlet[indikator$Treatment_InvidualInterdisciplinary != 0] <- 1

    indikator <- indikator[, c("UnitId", "Aar", "tverrfaglig_behandlet", "SykehusNavn")]
    names(indikator) <- c('ReshId', 'year', 'var', "SykehusNavn")
    indikator$denominator <- 1
    indikator$orgnr <- map_resh_orgnr$orgnr_sh[match(indikator$ReshId, map_resh_orgnr$resh)]
    indikator$ind_id <- "nnrr_tverrfaglig_behandling"
    indikator$context <- "caregiver"
    tittel="Andel tverrfaglig behandlet"
    maal = 30
  }

  if (ind_id == "nnrr_bedret_funksjon") {
    indikator <- RegData[which(RegData$regstatus==1 &
                                 RegData$regstatus_post==1), ]
    indikator <- indikator[!is.na(indikator$OdiScore) &
                             !is.na(indikator$OdiScore_post), ]

    indikator$odidiff_klin_viktig <- 0
    indikator$odidiff_klin_viktig[(indikator$OdiScore - indikator$OdiScore_post)/
                                    indikator$OdiScore >= .3] <- 1
    indikator <- indikator[, c("UnitId", "aar_oppfolg",
                               "odidiff_klin_viktig", "SykehusNavn")]
    names(indikator) <- c('ReshId', 'year', 'var', "SykehusNavn")
    indikator$denominator <- 1
    indikator$orgnr <- map_resh_orgnr$orgnr_sh[match(indikator$ReshId, map_resh_orgnr$resh)]
    indikator$ind_id <- "nnrr_bedret_funksjon"
    indikator$context <- "caregiver"
    tittel="Klinisk viktig endring i ODI"
    maal = 30
    minstekrav = 25
  }

  if (ind_id == "nnrr_funksjons_nedsettelse") {
    indikator <- RegData[which(RegData$regstatus==1 &
                                 RegData$regstatus_post==1), ]
    indikator <- indikator[!is.na(indikator$OdiScore) &
                             !is.na(indikator$OdiScore_post), ]

    indikator$minimal_funksjonsnedsettelse <- 0
    indikator$minimal_funksjonsnedsettelse[indikator$OdiScore_post <= 23] <- 1
    indikator <- indikator[, c("UnitId", "aar_oppfolg",
                               "minimal_funksjonsnedsettelse", "SykehusNavn")]
    names(indikator) <- c('ReshId', 'year', 'var', "SykehusNavn")
    indikator$denominator <- 1
    indikator$orgnr <- map_resh_orgnr$orgnr_sh[match(indikator$ReshId, map_resh_orgnr$resh)]
    indikator$ind_id <- "nnrr_funksjons_nedsettelse"
    indikator$context <- "caregiver"
    tittel="Andel med minimal funksjonsnedsettelse"
    maal = 30
    minstekrav = 25
  }

  if (ind_id == "nnrr_bedring_smerte_hvile") {
    indikator <- RegData %>% dplyr::filter(regstatus_pre == 1 & regstatus_post == 1 &
                                             !is.na(PainExperiencesNoActivity) &
                                             !is.na(PainExperiencesNoActivity_post) &
                                             PainExperiencesNoActivity != 0)
    indikator$pstEndringSmerteHvile <- (indikator$PainExperiencesNoActivity -
                                          indikator$PainExperiencesNoActivity_post)/
      indikator$PainExperiencesNoActivity*100
    indikator$Indikator <- 0
    indikator$Indikator[indikator$pstEndringSmerteHvile >= 30 ] <- 1
    indikator <- indikator[, c("UnitId", "aar_oppfolg",
                               "Indikator", "SykehusNavn")]
    names(indikator) <- c('ReshId', 'year', 'var', "SykehusNavn")
    indikator$denominator <- 1
    indikator$orgnr <- map_resh_orgnr$orgnr_sh[match(indikator$ReshId, map_resh_orgnr$resh)]
    indikator$ind_id <- "nnrr_bedring_smerte_hvile"
    indikator$context <- "caregiver"
    tittel="Andel med 30 % eller mer reduksjon i smerte i hvile. Individer med
    smertescore = 0 ved inklusjon er fjernet fra utvalget."
    maal = 30
    minstekrav = 25
  }

  if (ind_id == "nnrr_bedring_smerte_aktiv") {
    indikator <- RegData %>% dplyr::filter(regstatus_pre == 1 & regstatus_post == 1 &
                                             !is.na(PainExperiencesActivity) &
                                             !is.na(PainExperiencesActivity_post) &
                                             PainExperiencesActivity != 0)

    indikator$pstEndringSmerteAktiv <- (indikator$PainExperiencesActivity -
                                          indikator$PainExperiencesActivity_post)/
      indikator$PainExperiencesActivity*100

    indikator$Indikator <- 0
    indikator$Indikator[indikator$pstEndringSmerteAktiv >= 30 ] <- 1
    indikator <- indikator[, c("UnitId", "aar_oppfolg",
                               "Indikator", "SykehusNavn")]
    names(indikator) <- c('ReshId', 'year', 'var', "SykehusNavn")
    indikator$denominator <- 1
    indikator$orgnr <- map_resh_orgnr$orgnr_sh[match(indikator$ReshId, map_resh_orgnr$resh)]
    indikator$ind_id <- "nnrr_bedring_smerte_aktiv"
    indikator$context <- "caregiver"
    tittel="Andel med 30 % eller mer reduksjon i smerte i aktivitet. Individer med
    smertescore = 0 ved inklusjon er fjernet fra utvalget."
    maal = 30
    minstekrav = 25
  }

  if (ind_id == "nnrr_jobb_ny_v1") {
    indikator <- RegData[which(RegData$regstatus==1 & RegData$regstatus_post==1), ]

    # I et arbeidsforhold og sykemeldt ved konsultasjon utgjør aktuelle:
    indikator <- indikator[which(indikator$IsEmployed == 1 & indikator$S2_SickLeave), ]

    indikator$Indikator <- 0
    indikator$Indikator[indikator$S2_Working_post &
                          (!indikator$S2_SickLeave_post &
                             !indikator$S2_NAV_post)] <- 1
    indikator <- indikator[, c("UnitId", "aar_oppfolg",
                               "Indikator", "SykehusNavn")]
    names(indikator) <- c('ReshId', 'year', 'var', "SykehusNavn")
    indikator$denominator <- 1
    indikator$orgnr <- map_resh_orgnr$orgnr_sh[match(indikator$ReshId, map_resh_orgnr$resh)]
    indikator$ind_id <- "nnrr_jobb_ny_v1"
    indikator$context <- "caregiver"
    tittel="Andel tilbake i arbeid"
    maal = 30
    minstekrav = 25
  }

  if (ind_id == "nnrr_jobb_ny_v2") {
    indikator <- RegData[which(RegData$regstatus==1 & RegData$regstatus_post==1), ]

    # I et arbeidsforhold og sykemeldt ved konsultasjon utgjør aktuelle:
    indikator <- indikator[which(indikator$IsEmployed == 1 & indikator$S2_SickLeave), ]

    indikator$Indikator <- 0
    indikator$Indikator[indikator$S2_Working_post &
                          (!indikator$S2_SickLeave_post &
                             !indikator$S2_NAV_post)] <- 1
    indikator$Indikator[which(indikator$S2_SickLeave_Percent_post <
                                indikator$S2_SickLeave_Percent)] <- 1
    indikator <- indikator[, c("UnitId", "aar_oppfolg",
                               "Indikator", "SykehusNavn")]
    names(indikator) <- c('ReshId', 'year', 'var', "SykehusNavn")
    indikator$denominator <- 1
    indikator$orgnr <- map_resh_orgnr$orgnr_sh[match(indikator$ReshId, map_resh_orgnr$resh)]
    indikator$ind_id <- "nnrr_jobb_ny_v2"
    indikator$context <- "caregiver"
    tittel=c("Andel tilbake i arbeid eller", "med lavere andel sykemelding")
    maal = 30
    minstekrav = 25
  }

  if (ind_id == "nnrr_jobb_ny_v2") {
    indikator <- RegData[which(RegData$regstatus==1 & RegData$regstatus_post==1), ]

    # I et arbeidsforhold og sykemeldt ved konsultasjon utgjør aktuelle:
    indikator <- indikator[which(indikator$IsEmployed == 1 & indikator$S2_SickLeave), ]

    indikator$Indikator <- 0
    indikator$Indikator[indikator$S2_Working_post &
                          (!indikator$S2_SickLeave_post &
                             !indikator$S2_NAV_post)] <- 1
    indikator$Indikator[which(indikator$S2_SickLeave_Percent_post <
                                indikator$S2_SickLeave_Percent)] <- 1
    indikator <- indikator[, c("UnitId", "aar_oppfolg",
                               "Indikator", "SykehusNavn")]
    names(indikator) <- c('ReshId', 'year', 'var', "SykehusNavn")
    indikator$denominator <- 1
    indikator$orgnr <- map_resh_orgnr$orgnr_sh[match(indikator$ReshId, map_resh_orgnr$resh)]
    indikator$ind_id <- "nnrr_jobb_ny_v2"
    indikator$context <- "caregiver"
    tittel=c("Andel tilbake i arbeid eller", "med lavere andel sykemelding")
    maal = 30
    minstekrav = 25
  }

  if (ind_id == "nnrr_bedring_av_behandling") {
    indikator <- RegData[which(RegData$regstatus==1 & RegData$regstatus_post==1), ]

    indikator <- indikator[indikator$UseOfTreatment %in% 1:7, ]
    indikator$NytteAvBehandling <- 0
    indikator$NytteAvBehandling[indikator$UseOfTreatment %in% 1:3] <- 1
    indikator <- indikator[, c("UnitId", "aar_oppfolg",
                               "NytteAvBehandling", "SykehusNavn")]
    names(indikator) <- c('ReshId', 'year', 'var', "SykehusNavn")
    indikator$denominator <- 1
    indikator$orgnr <- map_resh_orgnr$orgnr_sh[match(indikator$ReshId, map_resh_orgnr$resh)]
    indikator$ind_id <- "nnrr_bedring_av_behandling"
    indikator$context <- "caregiver"
    tittel=c("Pasientopplevd bedring av behandling")
    maal = 30
    minstekrav = 25
  }

  if (ind_id == "nnrr_misfornoeyd") {
    indikator <- RegData[which(RegData$regstatus==1 & RegData$regstatus_post==1 &
                                 RegData$TreatmentSatisfaction != 0 & !is.na(RegData$TreatmentSatisfaction)), ]
    indikator$Fornoyd <- 0
    indikator$Fornoyd[which(indikator$TreatmentSatisfaction %in% 1:3)] <- 1

    indikator <- indikator[, c("UnitId", "aar_oppfolg", "Fornoyd", "SykehusNavn")]
    names(indikator) <- c('ReshId', 'year', 'var', "SykehusNavn")
    indikator$denominator <- 1
    indikator$orgnr <- map_resh_orgnr$orgnr_sh[match(indikator$ReshId, map_resh_orgnr$resh)]
    indikator$ind_id <- "nnrr_misfornoeyd"
    indikator$context <- "caregiver"
    tittel=c("Andel fornøyd med eller nøytral til behandling")
    maal = 90
    minstekrav = 80
  }


  indikatordata <- list(indikator=indikator, tittel=tittel, terskel=terskel,
                        minstekrav=minstekrav, maal=maal, skriftStr=skriftStr,
                        pktStr=pktStr, legPlass=legPlass, minstekravTxt=minstekravTxt,
                        maalTxt=maalTxt, decreasing=decreasing,
                        width=width, height=height, maalretn=maalretn)

}