#' Funksjon som genererer en figur med gjennomsnitt/median
#'
#' Funksjon som genererer en figur med gjennomsnitt/median for hvert sykehus
#' og kan ta inn ulike numeriske variable. Funksjonen er delvis skrevet for å
#' kunne brukes til andre grupperingsvariable enn sykehus.
#'
#' Argumentet \emph{valgtVar} har følgende valgmuligheter:
#' \itemize{
#' \item Alder: Aldersfordeling, 15-årige grupper
#' \item DagerRehab: antall dager med rehabilitering [RehabDy]
#' \item DagerTilRehab: antall dager før rehabilitering [BeforeRehDy]
#' \item OpphTot: Lengde på opphold – totalt [HosptlDy]
#' \item Permisjon: Antall døgn ute av sykehus [OutOfHosptlDy]
#' }
#'
#' @inheritParams NSFigAndeler
#' @inheritParams NSUtvalgEnh
#' @param valgtMaal - 'med' = median. Alt annet gir gjennomsnitt
#'
#' @export
NSFigGjsnGrVar <- function(RegData, valgtVar, valgtMaal='gjsn', grVar='ShNavn',
datoFra='2010-01-01', datoTil='2050-12-31', datoUt=0,
AIS='', minald=0, maxald=130, erMann='', traume='alle', nivaaUt=99,
preprosess=1, outfile='', hentData=0, ...) {
if ("session" %in% names(list(...))) {
rapbase::repLogger(session = list(...)[["session"]], msg = "Sentralmaal per sykehus, figur")
}
if (hentData == 1) {
RegData <- NSRegDataSQL(valgtVar=valgtVar)
}
if (preprosess == 1) {
RegData <- NSPreprosesser(RegData)
}
#------- Tilrettelegge variable
NSVarSpes <- NSVarTilrettelegg(RegData=RegData, valgtVar=valgtVar, figurtype='gjsn')
RegData <- NSVarSpes$RegData
t1 <- switch(valgtMaal,
med = 'Median ',
gjsn = 'Gjennomsnittlig ')
tittel <- paste0(t1, NSVarSpes$tittel)
#------- Gjøre utvalg sep23: NSUtvalg -> NSUtvalgEnh
Utvalg <- NSUtvalgEnh(RegData=RegData, datoFra=datoFra, datoTil=datoTil, datoUt = datoUt,
minald=minald, maxald=maxald,
erMann=erMann, traume=traume, AIS=AIS, nivaaUt=nivaaUt)
RegData <- Utvalg$RegData
utvalgTxt <- Utvalg$utvalgTxt
RegData[ ,grVar] <- factor(RegData[ ,grVar])
#Grupper som ikke har registreringer vil nå ikke komme med i oversikta. Gjøres dette tidligere, vil alle
#grupper komme med uansett om de ikke har registreringer.
'%i%' <- intersect
N <- dim(RegData)[1]
Ngrense <- 10 #Minste antall registreringer for at et sykehus skal bli vist
if(N>0) {Ngr <- table(RegData[ ,grVar])} else {Ngr <- 0}
Ngrtxt <- paste0(' (', as.character(Ngr),')')
indGrUt <- which(Ngr < Ngrense)
if (length(indGrUt)==0) { indGrUt <- 0}
Ngrtxt[indGrUt] <- paste0(' (<', Ngrense,')')
indGrUt <- which(Ngr < Ngrense)
KIHele <- c(0,0)
KIned <- c(0,0)
KIhele <- c(0,0)
dummy0 <- NA #-0.0001
#Kommer ut ferdig sortert!
if (valgtMaal=='med') {
MedIQR <- plot(RegData[ ,grVar], RegData$Variabel, notch=TRUE, plot=FALSE)
MedIQR$stats[ ,indGrUt] <- dummy0
MedIQR$conf[ ,indGrUt] <- dummy0
sortInd <- order( MedIQR$stats[3,], decreasing=NSVarSpes$sortAvtagende, na.last = FALSE)
Midt <- as.numeric(MedIQR$stats[3, sortInd])
KIned <- MedIQR$conf[1, sortInd]
KIopp <- MedIQR$conf[2, sortInd]
MedIQRHele <- boxplot.stats(RegData$Variabel, do.conf = TRUE)
MidtHele <- as.numeric(MedIQRHele$stats[3]) #median(RegData$Variabel)
KIHele <- MedIQRHele$conf
#Hvis vil bruke vanlige konf.int:
#j <- ceiling(N/2 - 1.96*sqrt(N/4))
#k <- ceiling(N/2 + 1.96*sqrt(N/4))
#KIHele <- sort(RegData$Variabel)[c(j,k)]
#The notches (if requested) extend to +/-1.58 IQR/sqrt(n). (Chambers et al. (1983, p. 62), given in McGill et al. (1978, p. 16).)
#They are based on asymptotic normality of the median and roughly equal sample sizes for the two medians being compared,
#and are said to be rather insensitive to the underlying distributions of the samples. The idea appears to be to give
#roughly a 95% confidence interval for the difference in two medians.
}
if (valgtMaal=='gjsn') { #Gjennomsnitt er standard, men må velges.
Gjsn <- tapply(RegData$Variabel, RegData[ ,grVar], mean, na.rm=T)
SE <- tapply(RegData$Variabel, RegData[ ,grVar], sd, na.rm=T)/sqrt(Ngr)
MidtHele <- mean(RegData$Variabel) #mean(RegData$Variabel)
KIHele <- MidtHele + sd(RegData$Variabel)/sqrt(N)*c(-2,2)
Gjsn[indGrUt] <- dummy0
SE[indGrUt] <- 0
sortInd <- order(Gjsn, decreasing=NSVarSpes$sortAvtagende, na.last = FALSE)
Midt <- Gjsn[sortInd] #as.numeric(gjsn[sortInd])
KIned <- Midt - 2*SE[sortInd]
KIopp <- Midt + 2*SE[sortInd]
}
Ngr <- Ngr[sortInd] #list(Hoved=Ngr[sortInd], Rest=0)
GrNavnSort <- paste0(names(Ngr), Ngrtxt[sortInd])
soyletxt <- sprintf('%.1f', Midt) #sprintf(paste0('%.', AntDes,'f'), Midt)
indUT <- which(is.na(Midt)) #Rydd slik at bare benytter indGrUt
soyletxt[indUT] <- ''
KIned[indUT] <- NA
KIopp[indUT] <- NA
AggVerdier <- list(Hoved=Midt, Rest=0, KIned=KIned, KIopp=KIopp, KIHele=KIHele)
#indGrOK <- which(Midt>0)
xmax <- min(1.1*max(c(Midt, KIned, KIopp), na.rm=T), 1.5*max(Midt, na.rm = T))
xlabt <- switch(valgtVar, Alder='alder (år)',
DagerRehab='dager',
DagerTilRehab='dager',
OpphTot= 'dager',
RegForsinkelse = 'dager')
#Se NSFigSoyler for forklaring av innhold i lista gjsnGrVarData
SentralmaalTxt <- switch(valgtMaal,
med = 'Median',
gjsn = 'Gjennomsnitt')
GjsnGrVarData <- list(AggVerdier=AggVerdier, #Endres til Soyleverdi? Evt. AggVerdier
AggTot=MidtHele, #Til AggVerdiTot?
N=list(Hoved=N),
Ngr=Ngr,
grtxt2='',
medKI=1,
KImaal = NSVarSpes$KImaal,
soyletxt=soyletxt,
grtxt=GrNavnSort,
valgtMaal=valgtMaal,
tittel=tittel, #NSVarSpes$tittel,
SentralmaalTxt = SentralmaalTxt,
#yAkseTxt=yAkseTxt,
retn='H',
xAkseTxt=NSVarSpes$xAkseTxt,
grTypeTxt='sykehus', #NSUtvalg$grTypeTxt,
utvalgTxt=Utvalg$utvalgTxt,
fargepalett=Utvalg$fargepalett,
medSml=Utvalg$medSml,
smltxt=Utvalg$smltxt)
#--------------------------FIGUR---------------------------------------------------
if ( max(Ngr) < Ngrense) {#Dvs. hvis ALLE er mindre enn grensa.
rapFigurer::figtype(outfile)
plot.new()
if (dim(RegData)[1]>0) {
tekst <- paste0('Færre enn ', Ngrense, ' registreringer ved hvert av sykehusene')
title(main=tittel, cex=0.95)
legend('topleft',utvalgTxt, bty='n', cex=0.9)
} else {
tekst <- 'Ingen registrerte data for dette utvalget' }
text(0.5, 0.5, tekst,cex=1) #, family="sans")
if ( outfile != '') {dev.off()}
} else {
#--------------------------------------------------------
#Plottspesifikke parametre:
FigTypUt <- rapFigurer::figtype(outfile, fargepalett=Utvalg$fargepalett)
farger <- FigTypUt$farger
cexleg <- 1.1 #Størrelse på legendtekst
cexgr <- 1.1
#Tilpasse marger for å kunne skrive utvalgsteksten
NutvTxt <- length(utvalgTxt)
vmarg <- max(0, strwidth(GrNavnSort, units='figure', cex=cexgr)*0.9)
par('fig'=c(vmarg, 1, 0, 1-0.02*(NutvTxt-1))) #Har alltid datoutvalg med
#Må def. pos først for å få strek for hele gruppa bak søylene
### reverserer for å slippe å gjøre det på konf.int
pos <- rev(barplot(rev(as.numeric(Midt)), horiz=T, border=NA, col=farger[3], axes = FALSE, las=1,
xlim=c(0,xmax), xlab='', ylim=c(0.3, 0.4+1.3*length(AggVerdier$Hoved))))
ybunn <- 0.1
ytopp <- max(pos)+min(pos)
posOver <- max(pos)+0.35*log(max(pos))
polygon( c(rep(KIHele[1],2), rep(KIHele[2],2)), c(ybunn, ytopp, ytopp, ybunn),
col=farger[4], border=farger[4])
lines(x=rep(MidtHele, 2), y=c(ybunn, ytopp), col=farger[2], lwd=3)
legend('topright', fill=c('white', farger[4]), border='white', lwd=2, cex=cexleg,
col=c(farger[2], farger[4]), seg.len=0.6, merge=TRUE, bty='n',
c(paste0('Alle sykehus: ', sprintf('%.1f', MidtHele), ', N=', N),
paste0('95% konf.int., alle (',
sprintf('%.1f', KIHele[1]), '-', sprintf('%.1f', KIHele[2]), ')')))
# legend(xmax/4, posOver, 'TXT', yjust=0, xpd=TRUE, fill=c(NA, farger[3]), border=NA, lwd=2.5,
# col=c(farger[1], farger[3]), cex=cexleg, seg.len=0.6, merge=TRUE, bty='n') #+2*posDiff
barplot(rev(as.numeric(Midt)), horiz=T, border=NA, col=farger[3], xlim=c(0, xmax), add=TRUE,
xlab=NSVarSpes$xAkseTxt, cex.lab=cexleg+0.1, cex.sub=cexleg+0.1, cex.axis=cexleg, las=1)
title(tittel, line=1, font.main=1, cex.main=1.3)
#title('med 95% konfidensintervall', font.main=1, line=0)
soyleXpos <- 1.3*xmax*max(strwidth(soyletxt, units='figure', cex = cexgr)) # cex=cexgr
text(x=soyleXpos, y=pos+0.1, soyletxt, las=1, cex=cexgr, adj=1, col=farger[1]) #AggVerdier, hvert sykehus
mtext(at=pos+0.15, GrNavnSort, side=2, las=1, cex=cexgr+0.1, adj=1, line=0.25) #Hvis vil legge på navn som eget steg
options(warn = -1) #Unngå melding om KI med lengde 0. Fungerer av en eller annen grunn ikke i pdf.
arrows(x0=Midt*0.999, y0=pos, x1=KIopp, y1=pos,
length=0.5/max(pos), code=2, angle=90, lwd=2, col=farger[1])
arrows(x0=Midt*1.001, y0=pos, x1=KIned, y1=pos,
length=0.5/max(pos), code=2, angle=90, lwd=2, col=farger[1])
#Tekst som angir hvilket utvalg som er gjort
mtext(utvalgTxt, side=3, las=1, cex=cexleg, adj=0, col=farger[1], line=c(3+0.9*((NutvTxt-1):0)))
par('fig'=c(0, 1, 0, 1))
if ( outfile != '') {dev.off()}
#----------------------------------------------------------------------------------
}
return(invisible(GjsnGrVarData))
}
Add the following code to your website.
For more information on customizing the embed code, read Embedding Snippets.