nordicscir: R-pakke for å generere resultater fra NordicScir

Documented in NSRegDataSQL

#' Henter data for NorScir eller NordicScir fra database
#'
#' Spørring som henter og kobler sammen data fra ulike skjema i valgt register
#'
#' Aktuelle skjema:
#' MainFormDataContract: HOVEDSKJEMA
#' BowelFunctionFormDataContract: Tarmfunksjon (?)
#' LifeQualityFormDataContract: Livskvalitet
#' UrinaryTractFunctionFormDataContract: Urinfunksjon
#' ActivityAndParticipationPerformanceFormDataContract: Aktivitetsfunksjon.
#'      Skjema kun i det norske registeret
#' ActivityAndParticipationSatisfactionFormDataContract: Aktivitetsfornøydhet.
#'      Skjema kun i det norske registeret
#' ControlFormDataContract: Kontroll. Noen variable er oppfølging av målinger i hovedskjema.
#'      Skjema kun i det norske registeret
#' @param valgtVar Valg av variabel angir hvilket skjema som skal knyttes til hovedskjema
#'        siden de fire første bokstavene i variabelnavnet utgjør et prefiks for
#'        å identifisere hvilken tabell variabelen skal hentes fraaktuell tabell. Eks LivsAlder
#'        Variabler uten prefiks hentes fra hovedtabellen (Main...)
#' @param register Hvilket register det skal hentes data for: 'norscir' (standard) eller 'nordicscir'
#' @param koblSkjema Hvilket skjema skal regnes som "hovedskjema". Standard: 'Hoved' (MainFormDataContract),
#'  'Kont' (ControlFormDataContract). Bare NorScir har kontrollskjema
#' @return RegData data frame
#' @export

NSRegDataSQL <- function(valgtVar='Alder', register='norscir', koblSkjema = 'Hoved', ...) {

   #HovedSkjema: MainFormDataContract
   #Livs: LifeQualityFormDataContract
   #Urin: UrinaryTractFunctionFormDataContract
   #Tarm: BowelFunctionFormDataContract
   #Sati: ActivityAndParticipationSatisfactionFormDataContract (bare NorScir)
   #Perf: ActivityAndParticipationPerformanceFormDataContract (bare NorScir)
   #Kont: ControlFormDataContract (bare NorScir)
   #Eq5d: Eq5dlFormDataContract (bare NorScir)

   if ("session" %in% names(list(...))) {
      raplog::repLogger(session = list(...)[["session"]],
                        msg = "Starter SQL-funksjon")
   }

  valgtSkjema <- substr(valgtVar,1,4)

try(if(register == 'nordicscir' & koblSkjema == 'Kont') stop("NordicScir har ikke koblingsskjema"))
  try(if(koblSkjema == 'Kont' & valgtSkjema=='Kont') stop("Ingen vits i å koble kontrollskjema til kontrollskjema!"))

   varHoved <- c("
      Hoved.AAis,
      Hoved.AdmitDt,
      Hoved.AdmitRehDt,
      Hoved.AMtrLvlAreaL,
      Hoved.AMtrLvlAreaR,
      Hoved.ANeuExmDt,
      Hoved.ANeuNoMeasure,
      Hoved.ASensLvlAreaL,
      Hoved.ASensLvlAreaR,
      Hoved.ASensLvlLC,
      Hoved.BeforeRehDy,
      Hoved.DischgDt,
      Hoved.FAis,
      Hoved.FirstTimeClosed,
      Hoved.FMtrLvlAreaL,
      Hoved.FMtrLvlAreaR,
      Hoved.FNeuExmDt,
      Hoved.FNeuNoMeasure,
      Hoved.FSensLvlAreaL,
      Hoved.FSensLvlAreaR,
      Hoved.HealthUnitShortName,
      Hoved.HosptlDy,
      Hoved.InjuryDateUnknown,
      Hoved.InjuryDt,
      Hoved.Ntsci,
      Hoved.OutOfHosptlDy,
      Hoved.OutOfHosptlDy2,
      Hoved.OutOfRehabDy,
      Hoved.PatientAge,
      Hoved.PatientGender,
      Hoved.PlaceDis,
      Hoved.PPlacedis,
      Hoved.RehabDy,
      Hoved.RecCtrl,
      Hoved.Scietiol,
      Hoved.SkjemaGUID AS SkjemaGUIDHoved,
      Hoved.UnitId,
      Hoved.VentAssi
")
   #Hoved.SkjemaGUID,
   #Hoved.PasientGUID,
   #Hoved.UnitId AS ReshId,

   varLivs <- c('
Livs.FormDate
,UPPER(Livs.HovedskjemaGUID) AS HovedskjemaGUID
,Livs.QolDt
,Livs.SatGenrl
,Livs.SatPhys
,Livs.SatPsych
-- ,Livs.SkjemaGUID AS SkjemaGUID
-- ,Livs.SkjemaGUID AS SkjemaGUIDLivs
')
   #,Livs.PasientGUID

   varFunk <- c('
UPPER(Funk.HovedskjemaGUID) AS HovedskjemaGUID
,Funk.DataClDt
,Funk.Dreslbdy
,Funk.Feeding
,Funk.FirstTimeClosed
,Funk.Mobilmod
-- ,Funk.SkjemaGUID
-- ,Funk.SkjemaGUID AS SkjemaGUIDFunk
,Funk.Toiletin
')

   varUrin <- c("
UPPER(Urin.HovedskjemaGUID) AS HovedskjemaGUID
,Urin.Antiprop
,Urin.Antiuti
,Urin.AnyDrugs
,Urin.AnyDrugs2
,Urin.Artsph
,Urin.ArtsphDt
,Urin.Avbladem
,Urin.Awarblad
,Urin.Bladag
,Urin.BladagDt
,Urin.Bladrelx
,Urin.Botox
,Urin.BotoxDt
,Urin.Bstnrm
,Urin.BstnrmDt
,Urin.Ccathv
,Urin.CcathvDt
,Urin.Collect
,Urin.Condcath
,Urin.Diaperpd
,Urin.DrugsAnti
,Urin.EmbladM1
,Urin.EmbladM10
,Urin.EmbladM11
,Urin.EmbladM12
,Urin.EmbladM2
,Urin.EmbladM3
,Urin.EmbladM4
,Urin.EmbladM5
,Urin.EmbladM6
,Urin.EmbladM7
,Urin.EmbladM8
,Urin.EmbladM9
,Urin.EmbladS1
,Urin.EmbladS10
,Urin.EmbladS11
,Urin.EmbladS12
,Urin.EmbladS2
,Urin.EmbladS3
,Urin.EmbladS4
,Urin.EmbladS5
,Urin.EmbladS6
,Urin.EmbladS7
,Urin.EmbladS8
,Urin.EmbladS9
,Urin.EmbladUn
,Urin.FormDate
,Urin.HealthUnitId
,Urin.HealthUnitName
,Urin.Ilurts
,Urin.IlurtsDt
,Urin.Ilvscs
,Urin.IlvscsDt
,Urin.Incontnc
,Urin.Incontnc2
,Urin.LastUpdate
,Urin.LutfxnDt
-- ,Urin.MajorVersion #Fjernet nov. 2021?
-- ,Urin.MinorVersion #Fjernet nov. 2021?
,Urin.Ostmybag
,Urin.Othcolap
,Urin.Othdrg
,Urin.Othsrg
,Urin.OthsrgDt
,Urin.Sarstm
,Urin.SarstmDt
-- ,Urin.SkjemaGUID
-- ,Urin.SkjemaGUID AS SkjemaGUIDUrin
,Urin.Spcath
,Urin.SpcathDt
,Urin.Spncrelx
,Urin.Surgicalpr
,Urin.UnitId
,Urin.Ursxchly
,Urin.Ustent
,Urin.UstentDt
,Urin.Ustnrm
,Urin.UstnrmDt
,Urin.Utimprun
")
   #,Urin.PasientGUID

   varTarm <- c('
 UPPER(Tarm.HovedskjemaGUID) AS HovedskjemaGUID
 ,Tarm.Antichol
 ,Tarm.Apndec
 ,Tarm.Apndic
 ,Tarm.ApndecDt
 ,Tarm.ApndecDtUnknown
 ,Tarm.Avdeftm
 ,Tarm.BfxnbaDt
 ,Tarm.Chcyec
 ,Tarm.ChcyecDt
 ,Tarm.ChcyecDtUnknown
 ,Tarm.Colost
 ,Tarm.ColostDt
 ,Tarm.ColostDtUnknown
 ,Tarm.Defawrns
 ,Tarm.DefcmthM1
 ,Tarm.DefcmthM10
 ,Tarm.DefcmthM2
 ,Tarm.DefcmthM3
 ,Tarm.DefcmthM4
 ,Tarm.DefcmthM5
 ,Tarm.DefcmthM6
 ,Tarm.DefcmthM7
 ,Tarm.DefcmthM8
 ,Tarm.DefcmthM9
 ,Tarm.DefcmthNa
 ,Tarm.DefcmthUn
 ,Tarm.Deffrq
 ,Tarm.DrugUse
 ,Tarm.Fcincfrq
 ,Tarm.Fcincfrq2
 ,Tarm.Fcincfrq3
 ,Tarm.Fissures
 ,Tarm.FormDate
 ,Tarm.FormTypeId
 ,Tarm.Gifxnun
 ,Tarm.Hemec
 ,Tarm.Hemrhoid
 ,Tarm.Ileost
 ,Tarm.IleostDt
 ,Tarm.IleostDtUnknown
 ,Tarm.Irrtdrp
 ,Tarm.Irrttab
 ,Tarm.Narcotic
 ,Tarm.NBD
 ,Tarm.OralLaxatives
 ,Tarm.Osmodrp
 ,Tarm.Osmotab
 ,Tarm.Otgisurg
 ,Tarm.OtgisurgDt
 ,Tarm.OtgisurgDtUnknown
 ,Tarm.Othbfmed
 ,Tarm.OthdefS1
 ,Tarm.OthdefS10
 ,Tarm.OthdefS2
 ,Tarm.OthdefS3
 ,Tarm.OthdefS4
 ,Tarm.OthdefS5
 ,Tarm.OthdefS6
 ,Tarm.OthdefS7
 ,Tarm.OthdefS8
 ,Tarm.OthdefS9
 ,Tarm.Othorlax
 ,Tarm.Panloth
 ,Tarm.Panlsore
 ,Tarm.PerianalProblems
 ,Tarm.Prokinet
 ,Tarm.Recprlps
-- ,Tarm.SkjemaGUID
-- ,Tarm.SkjemaGUID AS SkjemaGUIDTarm
 ,Tarm.SurgicalIntervention
 ,Tarm.Wrpadplg
 ')
   # ,Tarm.PasientGUID

   varEQ5D <- c('
Eq5d.FormDate
,Eq5d.SkjemaGUID
,Eq5d.Eq5dQ1Mobility
,Eq5d.Eq5dQ2Selfcare
,Eq5d.Eq5dQ3UsualActivities
,Eq5d.Eq5dQ4PainDiscomfort
,Eq5d.Eq5dQ5AnxietyDepression
,Eq5d.Eq5dQ6HealthToday
,Eq5d.Eq5d5lDt
,Eq5d.ProceedingID
,Eq5d.ParentCNum
,UPPER(Eq5d.HovedskjemaGUID) AS HovedskjemaGUID
')

   varKont <- c('
# UPPER(Kont.HovedskjemaGUID) AS HovedskjemaGUID
Kont.CAis
,Kont.CMtrLvlAreaL
,Kont.CMtrLvlAreaR
,Kont.CMtrLvlLC
,Kont.CMtrLvlLL
,Kont.CMtrLvlLS
,Kont.CMtrLvlLT
,Kont.CMtrLvlRC
,Kont.CMtrLvlRL
,Kont.CMtrLvlRS
,Kont.CMtrLvlRT
,Kont.CNeuExmDt
,Kont.CNeuNoMeasure
,Kont.CNum
,Kont.ControlStatus
,Kont.CPlaceDis
,Kont.CSensLvlAreaL
,Kont.CSensLvlAreaR
,Kont.CSensLvlLC
,Kont.CSensLvlLL
,Kont.CSensLvlLS
,Kont.CSensLvlLT
,Kont.CSensLvlRC
,Kont.CSensLvlRL
,Kont.CSensLvlRS
,Kont.CSensLvlRT
,Kont.CVentAssi
,Kont.FirstTimeClosed
,Kont.FormDate
,Kont.FormStatus
,Kont.FormTypeId
,Kont.LastUpdate
,Kont.NoControl
,Kont.NoControlReason
,Kont.ProceedingID
-- ,Kont.SkjemaGUID
,Kont.SkjemaGUID AS SkjemaGUIDKont
,Kont.UnitId
')
   #"HealthUnitId","HealthUnitName","HealthUnitShortName","HF" ,"Hospital","RHF"


   variable <- ''
   qSkjema <- ''

   if (valgtSkjema %in% c('Livs', 'Urin', 'Tarm', 'Funk', 'Eq5d', 'Kont')) { # 'Tilf'
      variable <- switch(valgtSkjema,
                         Livs = varLivs,
                         Urin = varUrin,
                         Tarm = varTarm,
                         Funk = varFunk,
                         #Tilf = varTilf,
                         Eq5d = varEQ5D,
                         Kont = varKont)
    variable <- paste0(', ', variable)
      qSkjema <- paste0(switch(valgtSkjema, #Dette vil bare fungere hvis konsekvent med navngiving i valgtVar
                               Livs = 'INNER JOIN LifeQualityFormDataContract Livs ',
                               Urin = 'INNER JOIN UrinaryTractFunctionFormDataContract Urin ',
                               Tarm = 'INNER JOIN BowelFunctionFormDataContract Tarm ',
                               Funk = 'INNER JOIN ActivityAndParticipationPerformanceFormDataContract Funk ',
                               Eq5d = 'INNER JOIN Eq5dlFormDataContract Eq5d ',
                               Kont = 'INNER JOIN ControlFormDataContract Kont '
      ),
       'ON UPPER(',koblSkjema ,'.SkjemaGUID) = UPPER(',valgtSkjema , '.HovedskjemaGUID) ')
      #'ON UPPER(',koblSkjema ,'.SkjemaGUID', koblSkjema,') = UPPER(',valgtSkjema , '.HovedskjemaGUID) ')
      }
#KontData <- rapbase::loadRegData(registryName = register, query='select * from ControlFormDataContract', dbType="mysql")
#TilfData <-  rapbase::loadRegData(registryName = register, query='select * from ActivityAndParticipationSatisfactionFormDataContract', dbType="mysql")
#HovedSkjema <- rapbase::loadRegData(registryName = register, query='select * from MainFormDataContract', dbType="mysql")
#LivsSkjema <- rapbase::loadRegData(registryName = register, query='select * from LifeQualityFormDataContract', dbType="mysql")

if (koblSkjema=='Hoved'){
   query <- paste0('SELECT ',
                   varHoved,
                   variable,
                   ' FROM MainFormDataContract Hoved ',
                   qSkjema)
   }
if (koblSkjema=='Kont'){
  query <- paste0('SELECT ',
                  varKont,
                  variable,
                  ' FROM ControlFormDataContract Kont ',
                  qSkjema
  )
  }

   RegData <- rapbase::loadRegData(registryName = register, query=query, dbType="mysql")

   if (valgtSkjema=='Kont' | koblSkjema=='Kont'){
     RegData <- RegData[RegData$ControlStatus==0, ] #Bare de med gjennomført kontroll
   }

   if (valgtSkjema=='Tilf') {
     #RegData er nå Hovedskjema eller Kontrollskjema
     qTilf <- 'SELECT UPPER(HovedskjemaGUID) AS FunkskjemaGUID,
                    DataClDtS, DreslbdyS, FeedingS, FirstTimeClosed, MobilmodS, ToiletinS
              FROM ActivityAndParticipationSatisfactionFormDataContract'
     TilfData <- rapbase::loadRegData(registryName = 'norscir', query=qTilf, dbType="mysql")

     qFunkTilf <- 'SELECT UPPER(HovedskjemaGUID) AS HovedskjemaGUID,
                          SkjemaGUID AS FunkskjemaGUID FROM
                          ActivityAndParticipationPerformanceFormDataContract'
     FunkVarKobl <- rapbase::loadRegData(registryName = 'norscir', query=qFunkTilf, dbType="mysql")

     FunkTilf <- FunkVarKobl %>%
       dplyr::inner_join(TilfData, by = dplyr::join_by(FunkskjemaGUID))

     RegData$SkjemaGUID <- RegData[ , paste0('SkjemaGUID', koblSkjema)]
     RegData <- RegData %>%
       dplyr::inner_join(FunkTilf, by = dplyr::join_by(SkjemaGUID == HovedskjemaGUID))
   }

   if ("session" %in% names(list(...))) {
      raplog::repLogger(session = list(...)[["session"]],
                        msg = paste0('Har hentet skjema ', valgtSkjema, 'fra database'))
   }

   return(RegData)
}