R/NSVarTilrettelegg.R
In Rapporteket/nordicscir: R-pakke for å generere resultater fra NordicScir
Defines functions
NSVarTilrettelegg
Documented in
NSVarTilrettelegg
#' Funksjon for å tilrettelegge variable for beregning.
#'
#' Denne funksjonen gjør utvalg og tilrettelegger variable (gitt ved valgtVar) til videre bruk.
#' Videre bruk kan eksempelvis være beregning av AggVerdier eller gjennomsnitt.
#' Funksjonen gjør også filtreringer som å fjerne ugyldige verdier for den valgte variabelen, samt ta høyde for avhengigheter med
#' andre variable. Det er også her man angir aksetekster og titler for den valgte variabelen.
#' Her kan mye hentes til analysebok
#'
#' Argumentet \emph{valgtVar} har følgende valgmuligheter:
#' \itemize{
#' \item Alder: Aldersfordeling, 10-årige grupper
#' }
#'
#' NB: valgtVar må komponeres slik at den henspeiler på hvilken
#' tabell variabelen kommer fra. Dette for å senere kunne hente og koble dataene riktig.
#' valgtSkjema <- substr(valgtVar,1,4)
#' Prefixet til \emph{valgtVar} skal være følgende:
#' \itemize{
#' \item Livs - LifeQuality,
#' \item Urin - UrinaryTractFunction
#' \item Tarm - BowelFunction
#' \item Kont - Control
#' \item Funk - ActivityAndParticipationPerformance
#' \item Tilf - ActivityAndParticipationSatisfaction
#' }
#' Argumentet \emph{enhetsUtvalg} har følgende valgmuligheter:
#' \itemize{
#' \item 0: Hele landet
#' \item 1: Egen enhet mot resten av landet (Standard)
#' \item 2: Egen enhet
#' }
#'
#' @inheritParams NSFigAndeler
#' @inheritParams NSUtvalgEnh
#'
#' @return Definisjon av valgt variabel.
#'
#' @export
#'
NSVarTilrettelegg <- function(RegData, valgtVar, grVar='', figurtype='andeler'){
"%i%" <- intersect
#----------- Figurparametre ------------------------------
cexgr <- 1.1 #Kan endres for enkeltvariable
retn <- 'V' #Vertikal som standard. 'H' angis evt. for enkeltvariable
grtxt <- '' #Spesifiseres for hver enkelt variabel
grtxt2 <- '' #Spesifiseres evt. for hver enkelt variabel
xAkseTxt <- '' #Benevning
flerevar <- 0
grNavn <- ''
grPP <- ''
xAkseTxt <- ''
yAkseTxt <- ''
pktTxt <- '' #(evt. søyletekst)
txtEtiketter <- '' #legend
verdier <- '' #AggVerdier, gjennomsnitt, ...
verdiTxt <- '' #pstTxt, ...
strIfig <- '' #cex
sortAvtagende <- FALSE #Sortering av resultater
KImaal <- NA
#Fra NordicScir
txtretn <- 1
# Nutv <- N
RegData$VariabelGr <- 0
variable <- ''
#--------------- Definere variable ------------------------------
#Variabeltyper: Numeriske, kategoriske, indikator
# For hver valgtVar:
# Definer og gjør utvalg for variabelen
# tittel, xAkseTxt, sortAvtagende (standard: TRUE)
tittel <- '' #I AndelerGrVar genereres tittel i beregningsfunksjonen
if (valgtVar=='Alder') { #Fordeling, gjsn
tittel <- ifelse(figurtype == 'andeler',
'Alder ved innleggelse',
'alder ved innleggelse')
gr <- c(0,15,30,45,60,75,200) #c(seq(0, 90, 15), 120)
RegData$Variabel <- RegData$Alder #til gjsnGrVar
RegData$VariabelGr <- cut(RegData$Alder, breaks=gr, include.lowest=TRUE, right=FALSE)
grtxt <- c('0-14','15-29','30-44','45-59','60-74','75+')
cexgr <- 0.9
xAkseTxt <- switch(figurtype,
andeler= 'Aldersgrupper (år)',
gjsn = 'alder (år)')
}
if (valgtVar %in% c('AAis', 'FAis', 'AAisFAis', 'KontFAis')) {
'H'
#-1: Velg verdi, 1:A Komplett skade, 2:B Inkomplett, 3:C Inkomplett, 4:D Inkomplett, 5:E Normal,
#9: U Ukjent eller ikke anvendbar
#Fra 01.01.2015
#Aais == 9 & ANeuNoMeasure = FALSE: Ukjent/Ikke klassifiserbar
#Aais == -1 & ANeuNoMeasure = TRUE: Ikke utført. Tilsv. F
RegData <- RegData[RegData$InnDato >= as.Date('2015-01-01'), ]
retn <- ifelse(figurtype == 'antGr', 'V', 'H')
tittel <- switch(valgtVar,
AAis = 'AIS ved innleggelse',
FAis = 'AIS ved utskriving',
AAisFAis = 'AIS ved innleggelse og utskriving',
KontFAis = 'AIS ved utskriving og kontroll')
grtxt <- c('A: Komplett', 'B: Inkomplett', 'C: Inkomplett', 'D: Inkomplett', 'E: Normal',
'Ukjent/Ikke klassifiserbar', 'Ikke utført')
xAkseTxt <- 'AIS-kategori'
if (valgtVar == 'AAis') {
RegData$VariabelGr <- RegData[,valgtVar]
RegData$VariabelGr[which((RegData$AAis == 9) & (RegData$ANeuNoMeasure == FALSE))] <- 6
RegData$VariabelGr[which((RegData$AAis == -1) & (RegData$ANeuNoMeasure == TRUE))] <- 7
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$VariabelGr, levels = 1:7, labels = grtxt)
}
if (valgtVar == 'FAis') {
RegData$VariabelGr <- RegData$FAis
RegData$VariabelGr[which((RegData$FAis == 9) & (RegData$FNeuNoMeasure == FALSE))] <- 6
RegData$VariabelGr[which((RegData$FAis == -1) & (RegData$FNeuNoMeasure == TRUE))] <- 7
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$VariabelGr, levels = 1:7, labels = grtxt)
}
if (valgtVar == 'AAisFAis') {
grtxt <- grtxt[1:5]
RegData <- RegData[which(RegData$AAis %in% 1:5 &
RegData$FAis %in% 1:5), ]
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$AAis, levels = 1:5, labels = grtxt)
RegData$VariabelGrPost <- factor(RegData$FAis, levels = 1:5, labels = LETTERS[1:5])
xAkseTxt <- 'AIS ved innleggelse'
grPP <- c('Innleggelse', 'Utskriving')
}
if (valgtVar == 'KontFAis') {
grtxt <- grtxt[1:5]
RegData <- RegData[which(RegData$FAis %in% 1:5 &
RegData$CAis %in% 1:5 &
RegData$CNum ==1), ]
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$FAis, levels = 1:5, labels = grtxt)
RegData$VariabelGrPost <- factor(RegData$CAis, levels = 1:5, labels = LETTERS[1:5])
xAkseTxt <- 'AIS ved utskriving'
grPP <- c('Utskriving', '1.kontroll')
}
}
if (valgtVar == 'AnbefTidKtr') {
tittel <- 'Anbefalt tid til kontroll'
retn <- 'H'
gr <- 1:8 #8:1
#1:5 Innen 1:5 år, 6 = Ikke aktuelt, 7 = Ikke avtalt kontroll, -1 = Velg verdi
#grtxt <- c(paste0('Innen ', 1:5, ' år'),'Ikke aktuelt', 'Ikke avtalt kontroll')
grtxt <- c(paste0(c('Innen: 1', 2:5), ' år'),'Ikke aktuelt', 'Ikke avtalt', 'Ikke relevant')
RegData <- RegData[RegData$RecCtrl %in% gr,]
RegData$VariabelGr <- factor(as.numeric(RegData$RecCtrl), levels=gr, labels = grtxt)
}
if (valgtVar %in% c('DagerRehab', 'DagerTilRehab', 'OpphTot')) { #andeler, gjsn
dato <- switch(valgtVar,
DagerRehab = '2015-01-01',
DagerTilRehab = '2015-01-01',
OpphTot = '2011-01-01')
RegData <- RegData[RegData$InnDato >= as.Date(dato), ]
grmax <- switch(valgtVar,
DagerRehab= '180+',
DagerTilRehab = '100+',
OpphTot = '240+')
gr <- switch(valgtVar,
DagerRehab = c(seq(0, 160, 20), 180, 1000),
DagerTilRehab = c(seq(0, 100, 10), 1000),
OpphTot = c(seq(0, 240, 30), 1000))
RegData$VariabelGr <- cut(RegData[ ,valgtVar], breaks=gr, include.lowest=TRUE, right=FALSE)
RegData$Variabel <- RegData[,valgtVar]
grtxt <- c(levels(RegData$VariabelGr)[1:(length(gr)-2)], grmax)
tittel <- switch(valgtVar,
DagerRehab=ifelse(figurtype == 'gjsn',
'antall dager med rehabilitering',
'Tid innlagt på ryggmargsskadeavdeling'),
DagerTilRehab = ifelse(figurtype == 'gjsn',
'antall dager før rehabilitering',
'Tid fra akuttinnleggelse til innl. på ryggmargsskadeavd.'),
OpphTot = ifelse(figurtype == 'gjsn',
'totalt opphold',
'Total tid innlagt på sykehus')
)
cexgr <- 0.9
txtretn <- 2
xAkseTxt <- 'Antall dager'
} #Variable med antall dager
if (valgtVar == 'NivaaInn') {
tittel <- 'Nivå ved innleggelse'
#gr <- (1:6,9) - Kodene som registereres
grtxt <- c('Paraplegi','Tetraplegi','Ukjent')
#xAkseTxt <- ''
RegData$VariabelGr <- factor(as.numeric(RegData$TetraplegiInn), levels=c(0:1,9), labels = grtxt)
}
if (valgtVar == 'NivaaUt') {
tittel <- 'Nivå ved utreise'
#gr <- (1:6,9) - Kodene som registereres
grtxt <- c('Paraplegi','Tetraplegi','Ukjent')
#xAkseTxt <- ''
RegData$VariabelGr <- factor(as.numeric(RegData$TetraplegiUt), levels=c(0:1,9), labels = grtxt)
}
if (valgtVar == 'Ntsci') {
tittel <- 'Ikke-traumatisk skadeårsak (NTSCI)'
#gr <- (1:6, 8:9) - Kodene som registereres
RegData <- RegData[which(RegData$Ntsci %in% 1:9) %i%
which(RegData$InnDato >= as.Date('2018-01-01')), ]
grtxt <- c('Medfødt/genetisk etiologi', 'Degenerativ etiologi', 'Tumor, godartet',
'Tumor, ondartet', 'Vaskulær etiologi', 'Infeksjon',
'Annen ryggmargsdysfunksjon', 'Ikke spesifisert/ukjent')
#xAkseTxt <- ''
RegData$VariabelGr <- factor(as.numeric(RegData$Ntsci), levels=c(1:6,8:9), labels = grtxt)
retn <- 'H'
}
if (valgtVar == 'SkadeArsak') { #Andeler
tittel <- 'Skadeårsaker'
#gr <- (1:6,9) - Kodene som registereres
RegData$SkadeArsak[which(RegData$SkadeArsak==9)] <- 7
grtxtAlle <- c('Idrett', 'Vold', 'Transport', 'Fall', 'Andre traumer',
'Ikke-traumatisk', 'Uspesifisert')
grtxt <- grtxtAlle
xAkseTxt <- 'Utskrevet til'
RegData$VariabelGr <- factor(as.numeric(RegData$SkadeArsak), levels=1:7, labels = grtxtAlle)
retn <- 'H'
}
if (valgtVar %in% c('UtTil', 'KontUtTil')) {
tittel <- 'Utskrevet til'
#gr <- (1:10,99) - Kodene som registereres
grtxt <- c('Hjem', 'Sykehus', 'Sykehjem', 'Omsorgsbolig', 'Bofellesskap',
'Kriminalomsorg', 'Hotell', 'Bostedsløs', 'Avdød', 'Annet', 'Planlagt hjem', 'Ukjent')
xAkseTxt <- 'Utskrevet til'
RegData$PlaceDis[which(RegData$PlaceDis==99)] <- 12
RegData <- RegData[RegData$PlaceDis %in% 1:12, ]
RegData$VariabelGr <- factor(as.numeric(RegData$PlaceDis), levels=1:12, labels = grtxt)
if (valgtVar=='KontUtTil'){
RegData <- RegData[RegData$CNum ==1, ]
RegData$CPlaceDis[which(RegData$CPlaceDis==99)] <- 12
RegData <- RegData[RegData$CPlaceDis %in% 1:12, ]
RegData$VariabelGrPost <- factor(as.numeric(RegData$CPlaceDis), levels=1:12, labels = grtxt)
}
retn <- 'H'
}
if (valgtVar == 'PPlaceDis') {
tittel <- 'Planlagt midlertidig utskrevet til '
RegData$PPlacedis[RegData$PPlacedis==8] <- 5
RegData <- RegData[which(RegData$PPlacedis %in% 1:5) %i%
which(RegData$InnDato >= as.Date('2018-01-01')), ]
grtxt <- c('Pleiehjem/ \n avlastningsplass', 'Insitusjon \n m/trening',
'Sykehus', 'Familie/slekt \n /venner', 'Annet')
xAkseTxt <- 'Utskrevet til'
RegData$VariabelGr <- factor(as.numeric(RegData$PPlacedis), levels=1:5, labels = grtxt)
retn <- 'H'
}
if (valgtVar == 'RegForsinkelse') { #Andeler, gjsn
#Verdier: 0-3402
RegData$Diff <- as.numeric(as.Date(RegData$FirstTimeClosed) - RegData$DischgDt)
# RegData$Diff <- as.numeric(as.Date(as.POSIXct(RegData$FirstTimeClosed, format="%Y-%m-%d")) -
# as.Date(as.POSIXct(RegData$DischgDt, format="%Y-%m-%d")))
RegData <- RegData[which(RegData$Diff > -1), ]
tittel <- switch(figurtype,
andeler='Tid fra utskriving til ferdigstilt registrering',
andelGrVar = 'Mer enn 30 dager fra utskriving til ferdig registrering',
gjsn = 'registreringsforsinkelse') #
#RegData$Variabel[RegData$Diff > 2*7] <- 1
RegData$Variabel <- RegData$Diff
subtxt <- 'døgn'
gr <- c(0,1,7,14,30,90,365,5000) #gr <- c(seq(0, 90, 10), 1000)
RegData$VariabelGr <- cut(RegData$Diff, breaks = gr, include.lowest = TRUE, right = TRUE)
grtxt <- c('1', '(1-7]', '(7-14]', '(14-30]', '(30-90]', '(90-365]', '>365')
cexgr <- 0.9
xAkseTxt <- 'dager'
sortAvtagende <- FALSE
}
#----------------Livskvalitet-skjema (start 01.01.2015):
#For flerevar=1 må vi omdefinere variablene slik at alle gyldige registreringer
#(dvs. alle registreringer som skal telles med) er 0 eller 1. De som har oppfylt spørsmålet
# er 1, mens ugyldige registreringer er NA. Det betyr at hvis vi skal ta bort registreringer
# som i kategorier av typen "Ukjent" kodes disse som NA, mens hvis de skal være med kodes de
# som 0.
#Vi kan velge å sende tilbake alle variable som indikatorvariable, dvs. med 0,1,NA
#Eller vi kan gjøre beregninga her og sende tilbake teller og nevner for den sammensatte variabelen
if (substr(valgtVar,1,4)=='Livs') {
indDato <- which(RegData$InnDato >= as.Date('2015-01-01')) #Ikke filtrer på startdato
indTidspkt <- which(as.Date(RegData$QolDt) <= RegData$DischgDt)
indAlder <- which(RegData$Alder >= 16)
RegData <- RegData[indTidspkt %i% indAlder, ]
xAkseTxt <- 'Skåring: 0-10. Høyest er best.'
}
if (valgtVar == 'LivsGen') {
tittel <- ifelse(figurtype == 'andeler',
'Tilfredshet med livet',
'tilfredshet med livet')
RegData <- RegData[RegData$SatGenrl %in% 0:10, ]
grtxt <- 0:10
RegData$VariabelGr <- factor(as.numeric(RegData$SatGenrl), levels=0:10, labels = grtxt)
RegData$Variabel <- as.numeric(RegData$SatGenrl)
sortAvtagende <- TRUE
}
if (valgtVar == 'LivsFys') {
tittel <- ifelse(figurtype == 'andeler',
'Tilfredshet med fysisk helse',
'tilfredshet med fysisk helse')
RegData <- RegData[RegData$SatPhys %in% 0:10, ]
grtxt <- 0:10
RegData$VariabelGr <- factor(as.numeric(RegData$SatPhys), levels=0:10, labels = grtxt)
RegData$Variabel <- as.numeric(RegData$SatPhys)
sortAvtagende <- TRUE
}
if (valgtVar == 'LivsPsyk') {
tittel <- ifelse(figurtype == 'andeler',
'Tilfredshet med psykisk helse',
'tilfredshet med psykisk helse')
RegData <- RegData[RegData$SatPsych %in% 0:10, ]
grtxt <- 0:10
RegData$VariabelGr <- factor(as.numeric(RegData$SatPsych), levels=0:10, labels = grtxt)
RegData$Variabel <- as.numeric(RegData$SatPsych)
sortAvtagende <- TRUE
}
#----------------URIN-skjema (start 01.01.2015)--------------
if (substr(valgtVar,1,4)=='Urin') {
RegData <- RegData[which(RegData$InnDato >= as.Date('2015-01-01') &
as.Date(RegData$LutfxnDt) <= RegData$DischgDt), ]}
if (valgtVar=='UrinInkontinensTom2018') {
#0:4,9: Nei, Ja daglig, Ja ukentlig, Ja månedlig, Ikke relevant, Ukjent
tittel <- 'Ufrivillig urinlekkasje'
gr <- c(0:4,9)
RegData <- RegData[RegData$Incontnc %in% gr,]
grtxt <- c('Nei', 'Ja, daglig', 'Ja, ukentlig', 'Ja, månedlig', 'Ikke relevant', 'Ukjent')
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Incontnc, levels = gr, labels = grtxt)
}
if (valgtVar=='UrinInkontinens') {
# -1 = Velg verdi
# 1 = 1 Daglig
# 2 = 2 En eller flere ganger per uke (men ikke daglig)
# 3 = 3 Sjeldnere enn en gang per uke
# 7 = 7 Aldri
# 8 = 8 Ikke relevant
# 9 = 9 Ukjent
tittel <- 'Ufrivillig urinlekkasje'
gr <- c(1:3,7:9)
RegData <- RegData[RegData$Incontnc2 %in% gr,]
grtxt <- c('Daglig', 'Ukentlig', 'Sjeldnere enn ukentlig', 'Aldri', 'Ikke relevant', 'Ukjent')
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Incontnc2, levels = gr, labels = grtxt)
}
if (valgtVar=='UrinKirInngr') {
flerevar <- 1
retn <- 'H'
tittel <- 'Kirurgiske inngrep i urinveiene'
RegData <- RegData[which((RegData$Surgicalpr==1) & (RegData$InnDato >= as.Date('2015-01-01'))), ]
#For Surgicalpr=='ja' Ta med egen kolonne for nei? Nei, for mange
variable <- c('Spcath', 'Bstnrm', 'Ustnrm', 'Bladag', 'Ustent', 'Botox', 'Artsph','Ilvscs',
'Ilurts', 'Ccathv', 'Othsrg') #'Sarstm',
grtxt <- c('Innsatt suprapubiskateter', 'Fjernet blærestein', 'Fjernet andre stein', 'Blæreforstørrelse',
'Sfinkterotomi', 'Botulinumtoksininjeksjon', 'Kunstig sfinkter', 'Ilovesikostomi', 'Ileoureterostomi',
'Kateteriserbar urostomi', #'Sakralnervestimulator', - Fjernet fra 01.01.2020
'Annet')
# indDato <- cbind(Spcath = as.Date(RegData$SpcathDt, format="%Y-%m-%d") >= RegData$InnDato,
# Bstnrm = as.Date(RegData$BstnrmDt, format="%Y-%m-%d") >= RegData$InnDato,
# Ustnrm = as.Date(RegData$UstnrmDt, format="%Y-%m-%d") >= RegData$InnDato,
# Bladag = as.Date(RegData$BladagDt, format="%Y-%m-%d") >= RegData$InnDato,
# Ustent = as.Date(RegData$UstentDt, format="%Y-%m-%d") >= RegData$InnDato,
# Botox = as.Date(RegData$BotoxDt, format="%Y-%m-%d") >= RegData$InnDato,
# Artsph = as.Date(RegData$ArtsphDt, format="%Y-%m-%d") >= RegData$InnDato,
# Ilvscs = as.Date(RegData$IlvscsDt, format="%Y-%m-%d") >= RegData$InnDato,
# Ilurts = as.Date(RegData$IlurtsDt, format="%Y-%m-%d") >= RegData$InnDato,
# Ccathv = as.Date(RegData$CcathvDt, format="%Y-%m-%d") >= RegData$InnDato,
# #Sarstm = as.Date(RegData$SarstmDt, format="%Y-%m-%d") >= RegData$InnDato,
# Othsrg = as.Date(RegData$OthsrgDt, format="%Y-%m-%d") >= RegData$InnDato)
ind1 <- which(RegData[,variable]==TRUE, arr.ind=T) #& indDato==TRUE
RegData[ ,variable] <- 0
RegData[ ,variable][ind1] <- 1
}
if (valgtVar=='UrinLegemidlerTom2018') {
RegData <- RegData[which(RegData$InnDato >= as.Date('2015-01-01')), ]
#0:1,9: Nei, Ja, Ukjent
tittel <- 'Bruk av legemidler som påvirker urinveiene (siste år)'
gr <- c(0:1,9)
RegData <- RegData[RegData$AnyDrugs %in% gr,]
grtxt <- c('Nei', 'Ja', 'Ukjent')
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$AnyDrugs, levels = gr, labels = grtxt)
}
if (valgtVar=='UrinLegemidler') {
RegData <- RegData[which(RegData$InnDato >= as.Date('2019-01-01')), ]
#0:1,9: Nei, Ja, Ukjent
tittel <- 'Bruk av legemidler som påvirker urinveiene (siste 4 uker) '
gr <- c(0:1,9)
RegData <- RegData[RegData$AnyDrugs2 %in% gr,]
grtxt <- c('Nei', 'Ja', 'Ukjent')
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$AnyDrugs2, levels = gr, labels = grtxt)
}
if (valgtVar=='UrinLegemidlerHvilke') {
flerevar <- 1
retn <- 'H'
tittel <- 'Legemidler som påvirker urinveiene'
#AnyDrugs: "siste året" (t.o.m. 2018), AnyDrugs2 "siste 4 uker"
#RegData <- RegData[which((RegData$AnyDrugs %in% 0:1) & (RegData$InnDato >= as.Date('2015-01-01'))), ]
RegData <- RegData[which((RegData$AnyDrugs2 == 1) & (RegData$InnDato >= as.Date('2019-01-01'))), ]
variable <- c('Bladrelx', 'Spncrelx', 'DrugsAnti', 'Antiuti', 'Antiprop', 'Othdrg')
grtxt <- c('Blæreavslappende legemidler', 'Avslappende, sfinkter/blærehals', 'Antibiotika/antiseptika',
'...behandling av UVI', '...forebyggende', 'Annet')
cexgr <- 1
Dum <- RegData
ind1 <- which(RegData[,variable]==1 , arr.ind=T) #==TRUE
indIkkeAnti <- which(Dum$DrugsAnti==0) #==FALSE De som ikke fått antibiotika. Kan ikke være med i variabelens undergruppe.
RegData[ ,variable] <- 0
RegData[indIkkeAnti ,c('Antiuti', 'Antiprop')] <- NA #Disse ser ut til å være tomme fra før
RegData[ ,variable][ind1] <- 1
}
#RegData[,variable]
if (valgtVar %in% c('UrinTomBlareHoved','UrinTomBlareTillegg')) {
flerevar <- 1
retn <- 'H'
tittel <- switch(valgtVar,
UrinTomBlareHoved = 'Blæretømming, hovedmetode',
UrinTomBlareTillegg = 'Blæretømming, tilleggsmetode')
RegData <- RegData[RegData$InnDato >= as.Date('2015-01-01'), ]
variable <- switch(valgtVar,
UrinTomBlareHoved = c('EmbladUn', 'EmbladM1', 'EmbladM2', 'EmbladM3', 'EmbladM4', 'EmbladM5', 'EmbladM6',
'EmbladM7', 'EmbladM8', 'EmbladM9', 'EmbladM11', 'EmbladM12'),
UrinTomBlareTillegg =c('EmbladS1', 'EmbladS2', 'EmbladS3', 'EmbladS4', 'EmbladS5', 'EmbladS6',
'EmbladS7', 'EmbladS8', 'EmbladS9', 'EmbladS11', 'EmbladS12'))
grtxt <- c('Ukjent', 'Normal vannlating', 'Trigge tømmerefleks, viljestyrt',
'Trigge tømmerefleks, ufrivillig', 'Blæretømming pressing', 'Tømming ekstern kompresjon',
'Selvkateterisering', 'Kateterisering m/hjelp', 'Transuretralt', 'Suprapubisk',
'Stomi', 'Annen metode')
if (valgtVar == 'UrinTomBlareTillegg'){grtxt <- grtxt[-1]}
#Ikke nødvendig å gjøre om til 01 når har boolske variable
ind1 <- which(RegData[,variable]==TRUE, arr.ind=T)
RegData[ ,variable] <- 0
RegData[ ,variable][ind1] <- 1
}
#----------------TARM-skjema (start 01.01.2015):
#BfxnbaDt <= DischgDt
if (substr(valgtVar,1,4)=='Tarm') {
RegData <- RegData[which(RegData$InnDato >= as.Date('2016-01-01') &
as.Date(RegData$BfxnbaDt) <= RegData$DischgDt), ]}
if (valgtVar=='TarmAvfmiddel') {
tittel <- 'Bruk av perorale avføringsmidler'
gr <- c(0:1,9)
RegData <- RegData[RegData$OralLaxatives %in% gr,]
grtxt <- c('Nei', 'Ja', 'Ukjent')
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$OralLaxatives, levels = gr, labels = grtxt)
}
if (valgtVar=='TarmAvfmiddelHvilke') {
RegData <- RegData[which(RegData$OralLaxatives==1), ] #Andel av de som har fått avføringsmidler
flerevar <- 1
retn <- 'H'
tittel <- 'Perorale avføringsmidler'
variable <- c('Osmodrp', 'Osmotab', 'Irrtdrp', 'Irrttab', 'Prokinet', 'Othorlax')
grtxt <- c('Osmotisk, flytende', 'Osmotisk, fast form', 'Tarmirriterende, flytende',
'Tarmirriterende, fast form', 'Prokinetiske', 'Annet')
cexgr <- 1
ind1 <- which(RegData[,variable]==TRUE , arr.ind=T)
RegData[ ,variable] <- 0
RegData[ ,variable][ind1] <- 1
}
if (valgtVar=='TarmInkontinensTom2018') { #Utgår
retn <- 'H'
tittel <- 'Hyppighet av fekal inkontinens'
gr <- c(1:7,9)
RegData <- RegData[RegData$Fcincfrq %in% gr,]
grtxt <- c('Mer enn daglig', 'Daglig', 'Ukentlig', 'Mer enn månedlig',
'Månedlig', 'Mindre enn månedlig', 'Aldri', 'Ukjent')
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Fcincfrq, levels = gr, labels = grtxt)
}
if (valgtVar=='TarmInkontinensFra2019') {
retn <- 'H'
tittel <- 'Hyppighet av fekal inkontinens'
# gr <- c(1:4,7:9)
# grtxt <- c('Daglig', '1-6 ganger/uke', '1-4 ganger/måned',
# 'Sjeldnere enn månedlig', 'Aldri', 'Ikke relevant', 'Ukjent' )
# RegData <- RegData[RegData$Fcincfrq2 %in% gr,]
#RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Fcincfrq2, levels = gr, labels = grtxt)
RegData$Fcincfrq2[RegData$Fcincfrq2 %in% c(4,7)] <- 4
RegData$Fcincfrq3[RegData$Fcincfrq2 != -1] <- RegData$Fcincfrq2[RegData$Fcincfrq2 != -1]
gr <- c(1:4,8:9)
RegData <- RegData[RegData$Fcincfrq3 %in% gr,]
grtxt <- c('Daglig', '1-6 ganger/uke', '1-4 ganger/måned',
'Sjeldnere enn månedlig / Aldri', 'Ikke relevant', 'Ukjent' )
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Fcincfrq3, levels = gr, labels = grtxt)
}
if (valgtVar=='TarmKirInngrep') {
tittel <- 'Kirurgisk inngrep i mage/–tarm kanalen'
gr <- c(0:1,9)
RegData <- RegData[RegData$SurgicalIntervention %in% gr,]
grtxt <- c('Nei', 'Ja', 'Ukjent')
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$SurgicalIntervention, levels = gr, labels = grtxt)
}
if (valgtVar=='TarmKirInngrepHvilke') {
RegData <- RegData[which(RegData$SurgicalIntervention==1), ]
flerevar <- 1
retn <- 'H'
tittel <- 'Kirurgiske inngrep i mage/–tarm kanalen'
variable <- c('Apndec', 'Chcyec', 'Colost', 'Ileost',
'Hemec', 'Apndic', 'Otgisurg') #
grtxt <- c('Appendektomi','Fjerning av galleblæren', 'Kolostomi', 'Ileostomi',
'Hemoroidektomi (fra 1/1-19)', 'Appendikostomi (fra 1/1-19)', 'Annet') #
cexgr <- 1
ind1 <- which(RegData[,variable]==1 , arr.ind=T) #which(RegData[,variable]==TRUE , arr.ind=T)
RegData[ ,variable] <- 0
RegData[ ,variable][ind1] <- 1
}
if (valgtVar=='TarmNBD') {
# Verdi fra 0 - 47 er oppnåelig. Benyttes til å vurdere graden av nevrogen tarmdysfunksjon
#0-6: svært liten, 7-9: liten, 10-13: moderat, >=14: alvorlig, -1:Ikke beregnet
tittel <- 'NBD-skår'
RegData <- RegData[RegData$NBD %in% 0:47,]
gr <- c(0,7,10,14,48) #c(seq(0, 90, 15), 120)
RegData$VariabelGr <- cut(as.numeric(RegData$NBD), breaks=gr, include.lowest=TRUE, right=FALSE)
grtxt <- c('svært liten (0-6)', 'liten (7-9)', 'moderat (10-13)', 'alvorlig (\u2265 14)')
#RegData$VariabelGr <- factor(RegData$NBD, levels = gr, labels = grtxt)
}
if (valgtVar %in% c('TarmAvfHoved','TarmAvfTillegg')) {
flerevar <- 1
retn <- 'H'
tittel <- switch(valgtVar,
TarmAvfHoved = 'Avføring, hovedmetode',
TarmAvfTillegg = 'Avføring, tilleggsmetode')
RegData <- RegData[RegData$InnDato >= as.Date('2016-01-01'), ]
variable <- switch(valgtVar,
TarmAvfHoved = c('DefcmthUn', 'DefcmthM1', 'DefcmthM2', 'DefcmthM3', 'DefcmthM4',
'DefcmthM5', 'DefcmthM6', 'DefcmthM7', 'DefcmthM8', 'DefcmthM9',
'DefcmthM10', 'DefcmthNa'),
TarmAvfTillegg =c('OthdefS1', 'OthdefS2', 'OthdefS3', 'OthdefS4', 'OthdefS5',
'OthdefS6', 'OthdefS7', 'OthdefS9', 'OthdefS10'))
grtxt <- switch(valgtVar,
TarmAvfHoved = c('Ukjent', 'Normal avføring', 'Pressing/trykking', 'Digital stimulering',
'Stikkpiller', 'Manuell fjerning', 'Miniklyster', 'Klyster (>150ml)',
'Kolostomi', 'Sakralstimulering', 'Annen', 'Ikke relevant'),
TarmAvfTillegg = c('Ukjent', 'Normal avføring', 'Pressing/trykking', 'Digital stimulering',
'Stikkpiller', 'Manuell fjerning', 'Miniklyster', 'Klyster (>150ml)',
'Sakralstimulering', 'Annen')
)
if (valgtVar == 'TarmAvfTillegg'){grtxt <- grtxt[-1]}
#Ikke nødvendig å gjøre om til 01 når har boolske variable
ind1 <- which(RegData[,variable]==TRUE, arr.ind=T)
RegData[ ,variable] <- 0
RegData[ ,variable][ind1] <- 1
}
#----------- EQ5D-5L------------------------------
if (valgtVar == 'Eq5dQ5AnxietyDepression') {#fordeling
tittel <- 'Angst/depresjon'
grtxt <- c('Ingen', 'Litt','Middels', 'Svært','Ekstremt')
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Eq5dQ5AnxietyDepression, levels = 1:5)
subtxt <- 'Grad av engstelighet/deprimerthet' #Tilstand i forhold til angst'
}
if (valgtVar == 'Eq5dQ1Mobility') { #fordeling
tittel <- 'Problemer med gangfunksjon'
grtxt <- c('Ingen', 'Litt','Middels', 'Store', 'Ute av stand')
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Eq5dQ1Mobility, levels = 1:5)
subtxt <- 'problemer med gange'
}
if (valgtVar == 'Eq5dQ4PainDiscomfort') { #fordeling
tittel <- 'Smerter/ubehag'
grtxt <- c('Ingen', 'Litt','Middels', 'Sterke', 'Svært mye')
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Eq5dQ4PainDiscomfort, levels = 1:5)
subtxt <- 'problemer med gange'
}
if (valgtVar == 'Eq5dQ2Selfcare') {#fordeling
tittel <- 'Problemer med personlig stell'
grtxt <- c('Ingen', 'Litt','Middels', 'Store', 'Ute av stand')
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Eq5dQ2Selfcare, levels = 1:5)
subtxt <- 'Grad av problemer'
}
if (valgtVar == 'Eq5dQ3UsualActivities') {#fordeling
tittel <- 'Problemer med vanlige gjøremål'
grtxt <- c('Ingen', 'Litt','Middels', 'Store', 'Ute av stand')
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Eq5dQ3UsualActivities, levels = 1:5)
subtxt <- 'Grad av problemer'
}
if (valgtVar == 'Eq5dQ6HealthToday') {
tittel <- 'Egenvurdert helse'
gr <- seq(0,100,10) #c(seq(0,90,10), 101)
RegData$VariabelGr <- cut(as.numeric(RegData$Eq5dQ6HealthToday), breaks=gr, include.lowest=TRUE, right=FALSE)
grtxt <- levels(RegData$VariabelGr)
}
#---------------- ActivityAndParticipationPerformance (start 01.01.2017)------------------
if (substr(valgtVar,1,4)=='Funk') {
RegData <- RegData[which(RegData$InnDato >= as.Date('2017-01-01') &
as.Date(RegData$DataClDt) <= RegData$DischgDt), ]}
#Mobilitet «Mobilmod», Av/Påkledning, «Dreslbdy», Spising «Feeding», Toalettbesøk «Toiletin»
if (valgtVar=='FunkDo') {
retn <- 'H'
tittel <- 'Toalettbesøk'
gr <- c(0:4,99)
grtxt <- c('Totalt hjelpetrengende',
'Hjelp til enkelte oppgaver (tørker \n seg ikke selv)',
'Hjelp til enkelte oppgaver (tørker \n seg selv)',
'Selvstendig med hjelpemidler/ \ntilrettelegging',
'Selvstendig ved toalettbesøk',
'Ukjent')
RegData <- RegData[RegData$Toiletin %in% gr, ]
RegData$VariabelGr <- factor(as.numeric(RegData$Toiletin), levels=gr, labels = grtxt)
}
if (valgtVar=='FunkKler') {
retn <- 'H'
tittel <- 'Av-/påkledning underkropp'
gr <- c(0:4,99)
grtxt <- c('Totalt hjelpetrengende',
'Hjelp til enkelte oppgaver ',
'Selvstendig med hjelpemidler/ \n tilrettelegging',
'Selvstendig, kun hjelp til knapper/ \nglidelås/lisser',
'Selvstendig i av-/påkledning alle \ntyper klær',
'Ukjent')
RegData <- RegData[RegData$Dreslbdy %in% gr, ]
RegData$VariabelGr <- factor(as.numeric(RegData$Dreslbdy), levels=gr, labels = grtxt)
}
if (valgtVar=='FunkMob') {
retn <- 'H'
tittel <- 'Mobilitet over kortere avstander (10-100m.)'
gr <- c(0:8,99)
grtxt <- c('Totalt hjelpetrengende',
'El. rullestol/hjelp til \n manuell rullestol',
'Selvstendig i manuell \n rullestol',
'Går med tilsyn',
'Rullator/krykker',
'Krykker/to stokker',
'En stokk',
'Leggortose',
'Går u/hjelpemiddel',
'Ukjent')
RegData <- RegData[RegData$Mobilmod %in% gr, ]
RegData$VariabelGr <- factor(as.numeric(RegData$Mobilmod), levels=gr, labels = grtxt)
}
if (valgtVar=='FunkSpis') {
retn <- 'H'
tittel <- 'Spisesituasjon'
gr <- c(0:3,99)
grtxt <- c('Totalt hjelpetrengende',
'Hjelp til enkelte oppgaver',
'Selvstendig med hjelpemidler/ \n tilrettelegging',
'Selvstendig i spisesituasjon',
'Ukjent')
RegData <- RegData[RegData$Feeding %in% gr, ]
RegData$VariabelGr <- factor(as.numeric(RegData$Feeding), levels=gr, labels = grtxt)
}
#---------------- ActivityAndParticipationPerformance (start 01.01.2017)------------
if (substr(valgtVar,1,4)=='Tilf') {
RegData <- RegData[which((RegData$InnDato >= as.Date('2017-01-01')) &
as.Date(RegData$DataClDtS) <= RegData$DischgDt), ]
gr <- c(0:2,99)
grtxt <- c('Ikke tilfreds', 'Ganske tilfreds','Svært tilfreds','Ukjent')
}
#Mobilitet «Mobilmod», Av/Påkledning, «Dreslbdy», Spising «Feeding», Toalettbesøk «Toiletin»
if (valgtVar=='TilfDo') {
retn <- 'H'
tittel <- 'Toalettbesøk'
RegData <- RegData[RegData$ToiletinS %in% gr, ]
RegData$VariabelGr <- factor(as.numeric(RegData$ToiletinS), levels=gr, labels = grtxt)
}
if (valgtVar=='TilfKler') {
retn <- 'H'
tittel <- 'Av-/påkledning underkropp'
RegData <- RegData[RegData$DreslbdyS %in% gr, ]
RegData$VariabelGr <- factor(as.numeric(RegData$DreslbdyS), levels=gr, labels = grtxt)
}
if (valgtVar=='TilfMob') {
retn <- 'H'
tittel <- 'Mobilitet over kortere avstander (10-100m.)'
RegData <- RegData[RegData$MobilmodS %in% gr, ]
RegData$VariabelGr <- factor(as.numeric(RegData$MobilmodS), levels=gr, labels = grtxt)
}
if (valgtVar=='TilfSpis') {
retn <- 'H'
tittel <- 'Spisesituasjon'
RegData <- RegData[RegData$FeedingS %in% gr, ]
RegData$VariabelGr <- factor(as.numeric(RegData$FeedingS), levels=gr, labels = grtxt)
}
UtData <- list(RegData=RegData, grtxt=grtxt, xAkseTxt=xAkseTxt, cexgr=cexgr, KImaal=KImaal, retn=retn,
tittel=tittel, flerevar=flerevar, variable=variable, sortAvtagende=sortAvtagende,
grPP=grPP)
return(invisible(UtData))
}
Rapporteket/nordicscir documentation built on March 26, 2024, 9:29 a.m.
R Package Documentation
Browse R Packages
We want your feedback!
Note that we can't provide technical support on individual packages. You should contact the package authors for that.
Defines functions NSVarTilrettelegg
Documented in NSVarTilrettelegg
#' Funksjon for å tilrettelegge variable for beregning.
#'
#' Denne funksjonen gjør utvalg og tilrettelegger variable (gitt ved valgtVar) til videre bruk.
#' Videre bruk kan eksempelvis være beregning av AggVerdier eller gjennomsnitt.
#' Funksjonen gjør også filtreringer som å fjerne ugyldige verdier for den valgte variabelen, samt ta høyde for avhengigheter med
#' andre variable. Det er også her man angir aksetekster og titler for den valgte variabelen.
#' Her kan mye hentes til analysebok
#'
#' Argumentet \emph{valgtVar} har følgende valgmuligheter:
#' \itemize{
#' \item Alder: Aldersfordeling, 10-årige grupper
#' }
#'
#' NB: valgtVar må komponeres slik at den henspeiler på hvilken
#' tabell variabelen kommer fra. Dette for å senere kunne hente og koble dataene riktig.
#' valgtSkjema <- substr(valgtVar,1,4)
#' Prefixet til \emph{valgtVar} skal være følgende:
#' \itemize{
#' \item Livs - LifeQuality,
#' \item Urin - UrinaryTractFunction
#' \item Tarm - BowelFunction
#' \item Kont - Control
#' \item Funk - ActivityAndParticipationPerformance
#' \item Tilf - ActivityAndParticipationSatisfaction
#' }
#' Argumentet \emph{enhetsUtvalg} har følgende valgmuligheter:
#' \itemize{
#' \item 0: Hele landet
#' \item 1: Egen enhet mot resten av landet (Standard)
#' \item 2: Egen enhet
#' }
#'
#' @inheritParams NSFigAndeler
#' @inheritParams NSUtvalgEnh
#'
#' @return Definisjon av valgt variabel.
#'
#' @export
#'
NSVarTilrettelegg <- function(RegData, valgtVar, grVar='', figurtype='andeler'){
"%i%" <- intersect
#----------- Figurparametre ------------------------------
cexgr <- 1.1 #Kan endres for enkeltvariable
retn <- 'V' #Vertikal som standard. 'H' angis evt. for enkeltvariable
grtxt <- '' #Spesifiseres for hver enkelt variabel
grtxt2 <- '' #Spesifiseres evt. for hver enkelt variabel
xAkseTxt <- '' #Benevning
flerevar <- 0
grNavn <- ''
grPP <- ''
xAkseTxt <- ''
yAkseTxt <- ''
pktTxt <- '' #(evt. søyletekst)
txtEtiketter <- '' #legend
verdier <- '' #AggVerdier, gjennomsnitt, ...
verdiTxt <- '' #pstTxt, ...
strIfig <- '' #cex
sortAvtagende <- FALSE #Sortering av resultater
KImaal <- NA
#Fra NordicScir
txtretn <- 1
# Nutv <- N
RegData$VariabelGr <- 0
variable <- ''
#--------------- Definere variable ------------------------------
#Variabeltyper: Numeriske, kategoriske, indikator
# For hver valgtVar:
# Definer og gjør utvalg for variabelen
# tittel, xAkseTxt, sortAvtagende (standard: TRUE)
tittel <- '' #I AndelerGrVar genereres tittel i beregningsfunksjonen
if (valgtVar=='Alder') { #Fordeling, gjsn
tittel <- ifelse(figurtype == 'andeler',
'Alder ved innleggelse',
'alder ved innleggelse')
gr <- c(0,15,30,45,60,75,200) #c(seq(0, 90, 15), 120)
RegData$Variabel <- RegData$Alder #til gjsnGrVar
RegData$VariabelGr <- cut(RegData$Alder, breaks=gr, include.lowest=TRUE, right=FALSE)
grtxt <- c('0-14','15-29','30-44','45-59','60-74','75+')
cexgr <- 0.9
xAkseTxt <- switch(figurtype,
andeler= 'Aldersgrupper (år)',
gjsn = 'alder (år)')
}
if (valgtVar %in% c('AAis', 'FAis', 'AAisFAis', 'KontFAis')) {
'H'
#-1: Velg verdi, 1:A Komplett skade, 2:B Inkomplett, 3:C Inkomplett, 4:D Inkomplett, 5:E Normal,
#9: U Ukjent eller ikke anvendbar
#Fra 01.01.2015
#Aais == 9 & ANeuNoMeasure = FALSE: Ukjent/Ikke klassifiserbar
#Aais == -1 & ANeuNoMeasure = TRUE: Ikke utført. Tilsv. F
RegData <- RegData[RegData$InnDato >= as.Date('2015-01-01'), ]
retn <- ifelse(figurtype == 'antGr', 'V', 'H')
tittel <- switch(valgtVar,
AAis = 'AIS ved innleggelse',
FAis = 'AIS ved utskriving',
AAisFAis = 'AIS ved innleggelse og utskriving',
KontFAis = 'AIS ved utskriving og kontroll')
grtxt <- c('A: Komplett', 'B: Inkomplett', 'C: Inkomplett', 'D: Inkomplett', 'E: Normal',
'Ukjent/Ikke klassifiserbar', 'Ikke utført')
xAkseTxt <- 'AIS-kategori'
if (valgtVar == 'AAis') {
RegData$VariabelGr <- RegData[,valgtVar]
RegData$VariabelGr[which((RegData$AAis == 9) & (RegData$ANeuNoMeasure == FALSE))] <- 6
RegData$VariabelGr[which((RegData$AAis == -1) & (RegData$ANeuNoMeasure == TRUE))] <- 7
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$VariabelGr, levels = 1:7, labels = grtxt)
}
if (valgtVar == 'FAis') {
RegData$VariabelGr <- RegData$FAis
RegData$VariabelGr[which((RegData$FAis == 9) & (RegData$FNeuNoMeasure == FALSE))] <- 6
RegData$VariabelGr[which((RegData$FAis == -1) & (RegData$FNeuNoMeasure == TRUE))] <- 7
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$VariabelGr, levels = 1:7, labels = grtxt)
}
if (valgtVar == 'AAisFAis') {
grtxt <- grtxt[1:5]
RegData <- RegData[which(RegData$AAis %in% 1:5 &
RegData$FAis %in% 1:5), ]
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$AAis, levels = 1:5, labels = grtxt)
RegData$VariabelGrPost <- factor(RegData$FAis, levels = 1:5, labels = LETTERS[1:5])
xAkseTxt <- 'AIS ved innleggelse'
grPP <- c('Innleggelse', 'Utskriving')
}
if (valgtVar == 'KontFAis') {
grtxt <- grtxt[1:5]
RegData <- RegData[which(RegData$FAis %in% 1:5 &
RegData$CAis %in% 1:5 &
RegData$CNum ==1), ]
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$FAis, levels = 1:5, labels = grtxt)
RegData$VariabelGrPost <- factor(RegData$CAis, levels = 1:5, labels = LETTERS[1:5])
xAkseTxt <- 'AIS ved utskriving'
grPP <- c('Utskriving', '1.kontroll')
}
}
if (valgtVar == 'AnbefTidKtr') {
tittel <- 'Anbefalt tid til kontroll'
retn <- 'H'
gr <- 1:8 #8:1
#1:5 Innen 1:5 år, 6 = Ikke aktuelt, 7 = Ikke avtalt kontroll, -1 = Velg verdi
#grtxt <- c(paste0('Innen ', 1:5, ' år'),'Ikke aktuelt', 'Ikke avtalt kontroll')
grtxt <- c(paste0(c('Innen: 1', 2:5), ' år'),'Ikke aktuelt', 'Ikke avtalt', 'Ikke relevant')
RegData <- RegData[RegData$RecCtrl %in% gr,]
RegData$VariabelGr <- factor(as.numeric(RegData$RecCtrl), levels=gr, labels = grtxt)
}
if (valgtVar %in% c('DagerRehab', 'DagerTilRehab', 'OpphTot')) { #andeler, gjsn
dato <- switch(valgtVar,
DagerRehab = '2015-01-01',
DagerTilRehab = '2015-01-01',
OpphTot = '2011-01-01')
RegData <- RegData[RegData$InnDato >= as.Date(dato), ]
grmax <- switch(valgtVar,
DagerRehab= '180+',
DagerTilRehab = '100+',
OpphTot = '240+')
gr <- switch(valgtVar,
DagerRehab = c(seq(0, 160, 20), 180, 1000),
DagerTilRehab = c(seq(0, 100, 10), 1000),
OpphTot = c(seq(0, 240, 30), 1000))
RegData$VariabelGr <- cut(RegData[ ,valgtVar], breaks=gr, include.lowest=TRUE, right=FALSE)
RegData$Variabel <- RegData[,valgtVar]
grtxt <- c(levels(RegData$VariabelGr)[1:(length(gr)-2)], grmax)
tittel <- switch(valgtVar,
DagerRehab=ifelse(figurtype == 'gjsn',
'antall dager med rehabilitering',
'Tid innlagt på ryggmargsskadeavdeling'),
DagerTilRehab = ifelse(figurtype == 'gjsn',
'antall dager før rehabilitering',
'Tid fra akuttinnleggelse til innl. på ryggmargsskadeavd.'),
OpphTot = ifelse(figurtype == 'gjsn',
'totalt opphold',
'Total tid innlagt på sykehus')
)
cexgr <- 0.9
txtretn <- 2
xAkseTxt <- 'Antall dager'
} #Variable med antall dager
if (valgtVar == 'NivaaInn') {
tittel <- 'Nivå ved innleggelse'
#gr <- (1:6,9) - Kodene som registereres
grtxt <- c('Paraplegi','Tetraplegi','Ukjent')
#xAkseTxt <- ''
RegData$VariabelGr <- factor(as.numeric(RegData$TetraplegiInn), levels=c(0:1,9), labels = grtxt)
}
if (valgtVar == 'NivaaUt') {
tittel <- 'Nivå ved utreise'
#gr <- (1:6,9) - Kodene som registereres
grtxt <- c('Paraplegi','Tetraplegi','Ukjent')
#xAkseTxt <- ''
RegData$VariabelGr <- factor(as.numeric(RegData$TetraplegiUt), levels=c(0:1,9), labels = grtxt)
}
if (valgtVar == 'Ntsci') {
tittel <- 'Ikke-traumatisk skadeårsak (NTSCI)'
#gr <- (1:6, 8:9) - Kodene som registereres
RegData <- RegData[which(RegData$Ntsci %in% 1:9) %i%
which(RegData$InnDato >= as.Date('2018-01-01')), ]
grtxt <- c('Medfødt/genetisk etiologi', 'Degenerativ etiologi', 'Tumor, godartet',
'Tumor, ondartet', 'Vaskulær etiologi', 'Infeksjon',
'Annen ryggmargsdysfunksjon', 'Ikke spesifisert/ukjent')
#xAkseTxt <- ''
RegData$VariabelGr <- factor(as.numeric(RegData$Ntsci), levels=c(1:6,8:9), labels = grtxt)
retn <- 'H'
}
if (valgtVar == 'SkadeArsak') { #Andeler
tittel <- 'Skadeårsaker'
#gr <- (1:6,9) - Kodene som registereres
RegData$SkadeArsak[which(RegData$SkadeArsak==9)] <- 7
grtxtAlle <- c('Idrett', 'Vold', 'Transport', 'Fall', 'Andre traumer',
'Ikke-traumatisk', 'Uspesifisert')
grtxt <- grtxtAlle
xAkseTxt <- 'Utskrevet til'
RegData$VariabelGr <- factor(as.numeric(RegData$SkadeArsak), levels=1:7, labels = grtxtAlle)
retn <- 'H'
}
if (valgtVar %in% c('UtTil', 'KontUtTil')) {
tittel <- 'Utskrevet til'
#gr <- (1:10,99) - Kodene som registereres
grtxt <- c('Hjem', 'Sykehus', 'Sykehjem', 'Omsorgsbolig', 'Bofellesskap',
'Kriminalomsorg', 'Hotell', 'Bostedsløs', 'Avdød', 'Annet', 'Planlagt hjem', 'Ukjent')
xAkseTxt <- 'Utskrevet til'
RegData$PlaceDis[which(RegData$PlaceDis==99)] <- 12
RegData <- RegData[RegData$PlaceDis %in% 1:12, ]
RegData$VariabelGr <- factor(as.numeric(RegData$PlaceDis), levels=1:12, labels = grtxt)
if (valgtVar=='KontUtTil'){
RegData <- RegData[RegData$CNum ==1, ]
RegData$CPlaceDis[which(RegData$CPlaceDis==99)] <- 12
RegData <- RegData[RegData$CPlaceDis %in% 1:12, ]
RegData$VariabelGrPost <- factor(as.numeric(RegData$CPlaceDis), levels=1:12, labels = grtxt)
}
retn <- 'H'
}
if (valgtVar == 'PPlaceDis') {
tittel <- 'Planlagt midlertidig utskrevet til '
RegData$PPlacedis[RegData$PPlacedis==8] <- 5
RegData <- RegData[which(RegData$PPlacedis %in% 1:5) %i%
which(RegData$InnDato >= as.Date('2018-01-01')), ]
grtxt <- c('Pleiehjem/ \n avlastningsplass', 'Insitusjon \n m/trening',
'Sykehus', 'Familie/slekt \n /venner', 'Annet')
xAkseTxt <- 'Utskrevet til'
RegData$VariabelGr <- factor(as.numeric(RegData$PPlacedis), levels=1:5, labels = grtxt)
retn <- 'H'
}
if (valgtVar == 'RegForsinkelse') { #Andeler, gjsn
#Verdier: 0-3402
RegData$Diff <- as.numeric(as.Date(RegData$FirstTimeClosed) - RegData$DischgDt)
# RegData$Diff <- as.numeric(as.Date(as.POSIXct(RegData$FirstTimeClosed, format="%Y-%m-%d")) -
# as.Date(as.POSIXct(RegData$DischgDt, format="%Y-%m-%d")))
RegData <- RegData[which(RegData$Diff > -1), ]
tittel <- switch(figurtype,
andeler='Tid fra utskriving til ferdigstilt registrering',
andelGrVar = 'Mer enn 30 dager fra utskriving til ferdig registrering',
gjsn = 'registreringsforsinkelse') #
#RegData$Variabel[RegData$Diff > 2*7] <- 1
RegData$Variabel <- RegData$Diff
subtxt <- 'døgn'
gr <- c(0,1,7,14,30,90,365,5000) #gr <- c(seq(0, 90, 10), 1000)
RegData$VariabelGr <- cut(RegData$Diff, breaks = gr, include.lowest = TRUE, right = TRUE)
grtxt <- c('1', '(1-7]', '(7-14]', '(14-30]', '(30-90]', '(90-365]', '>365')
cexgr <- 0.9
xAkseTxt <- 'dager'
sortAvtagende <- FALSE
}
#----------------Livskvalitet-skjema (start 01.01.2015):
#For flerevar=1 må vi omdefinere variablene slik at alle gyldige registreringer
#(dvs. alle registreringer som skal telles med) er 0 eller 1. De som har oppfylt spørsmålet
# er 1, mens ugyldige registreringer er NA. Det betyr at hvis vi skal ta bort registreringer
# som i kategorier av typen "Ukjent" kodes disse som NA, mens hvis de skal være med kodes de
# som 0.
#Vi kan velge å sende tilbake alle variable som indikatorvariable, dvs. med 0,1,NA
#Eller vi kan gjøre beregninga her og sende tilbake teller og nevner for den sammensatte variabelen
if (substr(valgtVar,1,4)=='Livs') {
indDato <- which(RegData$InnDato >= as.Date('2015-01-01')) #Ikke filtrer på startdato
indTidspkt <- which(as.Date(RegData$QolDt) <= RegData$DischgDt)
indAlder <- which(RegData$Alder >= 16)
RegData <- RegData[indTidspkt %i% indAlder, ]
xAkseTxt <- 'Skåring: 0-10. Høyest er best.'
}
if (valgtVar == 'LivsGen') {
tittel <- ifelse(figurtype == 'andeler',
'Tilfredshet med livet',
'tilfredshet med livet')
RegData <- RegData[RegData$SatGenrl %in% 0:10, ]
grtxt <- 0:10
RegData$VariabelGr <- factor(as.numeric(RegData$SatGenrl), levels=0:10, labels = grtxt)
RegData$Variabel <- as.numeric(RegData$SatGenrl)
sortAvtagende <- TRUE
}
if (valgtVar == 'LivsFys') {
tittel <- ifelse(figurtype == 'andeler',
'Tilfredshet med fysisk helse',
'tilfredshet med fysisk helse')
RegData <- RegData[RegData$SatPhys %in% 0:10, ]
grtxt <- 0:10
RegData$VariabelGr <- factor(as.numeric(RegData$SatPhys), levels=0:10, labels = grtxt)
RegData$Variabel <- as.numeric(RegData$SatPhys)
sortAvtagende <- TRUE
}
if (valgtVar == 'LivsPsyk') {
tittel <- ifelse(figurtype == 'andeler',
'Tilfredshet med psykisk helse',
'tilfredshet med psykisk helse')
RegData <- RegData[RegData$SatPsych %in% 0:10, ]
grtxt <- 0:10
RegData$VariabelGr <- factor(as.numeric(RegData$SatPsych), levels=0:10, labels = grtxt)
RegData$Variabel <- as.numeric(RegData$SatPsych)
sortAvtagende <- TRUE
}
#----------------URIN-skjema (start 01.01.2015)--------------
if (substr(valgtVar,1,4)=='Urin') {
RegData <- RegData[which(RegData$InnDato >= as.Date('2015-01-01') &
as.Date(RegData$LutfxnDt) <= RegData$DischgDt), ]}
if (valgtVar=='UrinInkontinensTom2018') {
#0:4,9: Nei, Ja daglig, Ja ukentlig, Ja månedlig, Ikke relevant, Ukjent
tittel <- 'Ufrivillig urinlekkasje'
gr <- c(0:4,9)
RegData <- RegData[RegData$Incontnc %in% gr,]
grtxt <- c('Nei', 'Ja, daglig', 'Ja, ukentlig', 'Ja, månedlig', 'Ikke relevant', 'Ukjent')
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Incontnc, levels = gr, labels = grtxt)
}
if (valgtVar=='UrinInkontinens') {
# -1 = Velg verdi
# 1 = 1 Daglig
# 2 = 2 En eller flere ganger per uke (men ikke daglig)
# 3 = 3 Sjeldnere enn en gang per uke
# 7 = 7 Aldri
# 8 = 8 Ikke relevant
# 9 = 9 Ukjent
tittel <- 'Ufrivillig urinlekkasje'
gr <- c(1:3,7:9)
RegData <- RegData[RegData$Incontnc2 %in% gr,]
grtxt <- c('Daglig', 'Ukentlig', 'Sjeldnere enn ukentlig', 'Aldri', 'Ikke relevant', 'Ukjent')
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Incontnc2, levels = gr, labels = grtxt)
}
if (valgtVar=='UrinKirInngr') {
flerevar <- 1
retn <- 'H'
tittel <- 'Kirurgiske inngrep i urinveiene'
RegData <- RegData[which((RegData$Surgicalpr==1) & (RegData$InnDato >= as.Date('2015-01-01'))), ]
#For Surgicalpr=='ja' Ta med egen kolonne for nei? Nei, for mange
variable <- c('Spcath', 'Bstnrm', 'Ustnrm', 'Bladag', 'Ustent', 'Botox', 'Artsph','Ilvscs',
'Ilurts', 'Ccathv', 'Othsrg') #'Sarstm',
grtxt <- c('Innsatt suprapubiskateter', 'Fjernet blærestein', 'Fjernet andre stein', 'Blæreforstørrelse',
'Sfinkterotomi', 'Botulinumtoksininjeksjon', 'Kunstig sfinkter', 'Ilovesikostomi', 'Ileoureterostomi',
'Kateteriserbar urostomi', #'Sakralnervestimulator', - Fjernet fra 01.01.2020
'Annet')
# indDato <- cbind(Spcath = as.Date(RegData$SpcathDt, format="%Y-%m-%d") >= RegData$InnDato,
# Bstnrm = as.Date(RegData$BstnrmDt, format="%Y-%m-%d") >= RegData$InnDato,
# Ustnrm = as.Date(RegData$UstnrmDt, format="%Y-%m-%d") >= RegData$InnDato,
# Bladag = as.Date(RegData$BladagDt, format="%Y-%m-%d") >= RegData$InnDato,
# Ustent = as.Date(RegData$UstentDt, format="%Y-%m-%d") >= RegData$InnDato,
# Botox = as.Date(RegData$BotoxDt, format="%Y-%m-%d") >= RegData$InnDato,
# Artsph = as.Date(RegData$ArtsphDt, format="%Y-%m-%d") >= RegData$InnDato,
# Ilvscs = as.Date(RegData$IlvscsDt, format="%Y-%m-%d") >= RegData$InnDato,
# Ilurts = as.Date(RegData$IlurtsDt, format="%Y-%m-%d") >= RegData$InnDato,
# Ccathv = as.Date(RegData$CcathvDt, format="%Y-%m-%d") >= RegData$InnDato,
# #Sarstm = as.Date(RegData$SarstmDt, format="%Y-%m-%d") >= RegData$InnDato,
# Othsrg = as.Date(RegData$OthsrgDt, format="%Y-%m-%d") >= RegData$InnDato)
ind1 <- which(RegData[,variable]==TRUE, arr.ind=T) #& indDato==TRUE
RegData[ ,variable] <- 0
RegData[ ,variable][ind1] <- 1
}
if (valgtVar=='UrinLegemidlerTom2018') {
RegData <- RegData[which(RegData$InnDato >= as.Date('2015-01-01')), ]
#0:1,9: Nei, Ja, Ukjent
tittel <- 'Bruk av legemidler som påvirker urinveiene (siste år)'
gr <- c(0:1,9)
RegData <- RegData[RegData$AnyDrugs %in% gr,]
grtxt <- c('Nei', 'Ja', 'Ukjent')
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$AnyDrugs, levels = gr, labels = grtxt)
}
if (valgtVar=='UrinLegemidler') {
RegData <- RegData[which(RegData$InnDato >= as.Date('2019-01-01')), ]
#0:1,9: Nei, Ja, Ukjent
tittel <- 'Bruk av legemidler som påvirker urinveiene (siste 4 uker) '
gr <- c(0:1,9)
RegData <- RegData[RegData$AnyDrugs2 %in% gr,]
grtxt <- c('Nei', 'Ja', 'Ukjent')
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$AnyDrugs2, levels = gr, labels = grtxt)
}
if (valgtVar=='UrinLegemidlerHvilke') {
flerevar <- 1
retn <- 'H'
tittel <- 'Legemidler som påvirker urinveiene'
#AnyDrugs: "siste året" (t.o.m. 2018), AnyDrugs2 "siste 4 uker"
#RegData <- RegData[which((RegData$AnyDrugs %in% 0:1) & (RegData$InnDato >= as.Date('2015-01-01'))), ]
RegData <- RegData[which((RegData$AnyDrugs2 == 1) & (RegData$InnDato >= as.Date('2019-01-01'))), ]
variable <- c('Bladrelx', 'Spncrelx', 'DrugsAnti', 'Antiuti', 'Antiprop', 'Othdrg')
grtxt <- c('Blæreavslappende legemidler', 'Avslappende, sfinkter/blærehals', 'Antibiotika/antiseptika',
'...behandling av UVI', '...forebyggende', 'Annet')
cexgr <- 1
Dum <- RegData
ind1 <- which(RegData[,variable]==1 , arr.ind=T) #==TRUE
indIkkeAnti <- which(Dum$DrugsAnti==0) #==FALSE De som ikke fått antibiotika. Kan ikke være med i variabelens undergruppe.
RegData[ ,variable] <- 0
RegData[indIkkeAnti ,c('Antiuti', 'Antiprop')] <- NA #Disse ser ut til å være tomme fra før
RegData[ ,variable][ind1] <- 1
}
#RegData[,variable]
if (valgtVar %in% c('UrinTomBlareHoved','UrinTomBlareTillegg')) {
flerevar <- 1
retn <- 'H'
tittel <- switch(valgtVar,
UrinTomBlareHoved = 'Blæretømming, hovedmetode',
UrinTomBlareTillegg = 'Blæretømming, tilleggsmetode')
RegData <- RegData[RegData$InnDato >= as.Date('2015-01-01'), ]
variable <- switch(valgtVar,
UrinTomBlareHoved = c('EmbladUn', 'EmbladM1', 'EmbladM2', 'EmbladM3', 'EmbladM4', 'EmbladM5', 'EmbladM6',
'EmbladM7', 'EmbladM8', 'EmbladM9', 'EmbladM11', 'EmbladM12'),
UrinTomBlareTillegg =c('EmbladS1', 'EmbladS2', 'EmbladS3', 'EmbladS4', 'EmbladS5', 'EmbladS6',
'EmbladS7', 'EmbladS8', 'EmbladS9', 'EmbladS11', 'EmbladS12'))
grtxt <- c('Ukjent', 'Normal vannlating', 'Trigge tømmerefleks, viljestyrt',
'Trigge tømmerefleks, ufrivillig', 'Blæretømming pressing', 'Tømming ekstern kompresjon',
'Selvkateterisering', 'Kateterisering m/hjelp', 'Transuretralt', 'Suprapubisk',
'Stomi', 'Annen metode')
if (valgtVar == 'UrinTomBlareTillegg'){grtxt <- grtxt[-1]}
#Ikke nødvendig å gjøre om til 01 når har boolske variable
ind1 <- which(RegData[,variable]==TRUE, arr.ind=T)
RegData[ ,variable] <- 0
RegData[ ,variable][ind1] <- 1
}
#----------------TARM-skjema (start 01.01.2015):
#BfxnbaDt <= DischgDt
if (substr(valgtVar,1,4)=='Tarm') {
RegData <- RegData[which(RegData$InnDato >= as.Date('2016-01-01') &
as.Date(RegData$BfxnbaDt) <= RegData$DischgDt), ]}
if (valgtVar=='TarmAvfmiddel') {
tittel <- 'Bruk av perorale avføringsmidler'
gr <- c(0:1,9)
RegData <- RegData[RegData$OralLaxatives %in% gr,]
grtxt <- c('Nei', 'Ja', 'Ukjent')
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$OralLaxatives, levels = gr, labels = grtxt)
}
if (valgtVar=='TarmAvfmiddelHvilke') {
RegData <- RegData[which(RegData$OralLaxatives==1), ] #Andel av de som har fått avføringsmidler
flerevar <- 1
retn <- 'H'
tittel <- 'Perorale avføringsmidler'
variable <- c('Osmodrp', 'Osmotab', 'Irrtdrp', 'Irrttab', 'Prokinet', 'Othorlax')
grtxt <- c('Osmotisk, flytende', 'Osmotisk, fast form', 'Tarmirriterende, flytende',
'Tarmirriterende, fast form', 'Prokinetiske', 'Annet')
cexgr <- 1
ind1 <- which(RegData[,variable]==TRUE , arr.ind=T)
RegData[ ,variable] <- 0
RegData[ ,variable][ind1] <- 1
}
if (valgtVar=='TarmInkontinensTom2018') { #Utgår
retn <- 'H'
tittel <- 'Hyppighet av fekal inkontinens'
gr <- c(1:7,9)
RegData <- RegData[RegData$Fcincfrq %in% gr,]
grtxt <- c('Mer enn daglig', 'Daglig', 'Ukentlig', 'Mer enn månedlig',
'Månedlig', 'Mindre enn månedlig', 'Aldri', 'Ukjent')
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Fcincfrq, levels = gr, labels = grtxt)
}
if (valgtVar=='TarmInkontinensFra2019') {
retn <- 'H'
tittel <- 'Hyppighet av fekal inkontinens'
# gr <- c(1:4,7:9)
# grtxt <- c('Daglig', '1-6 ganger/uke', '1-4 ganger/måned',
# 'Sjeldnere enn månedlig', 'Aldri', 'Ikke relevant', 'Ukjent' )
# RegData <- RegData[RegData$Fcincfrq2 %in% gr,]
#RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Fcincfrq2, levels = gr, labels = grtxt)
RegData$Fcincfrq2[RegData$Fcincfrq2 %in% c(4,7)] <- 4
RegData$Fcincfrq3[RegData$Fcincfrq2 != -1] <- RegData$Fcincfrq2[RegData$Fcincfrq2 != -1]
gr <- c(1:4,8:9)
RegData <- RegData[RegData$Fcincfrq3 %in% gr,]
grtxt <- c('Daglig', '1-6 ganger/uke', '1-4 ganger/måned',
'Sjeldnere enn månedlig / Aldri', 'Ikke relevant', 'Ukjent' )
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Fcincfrq3, levels = gr, labels = grtxt)
}
if (valgtVar=='TarmKirInngrep') {
tittel <- 'Kirurgisk inngrep i mage/–tarm kanalen'
gr <- c(0:1,9)
RegData <- RegData[RegData$SurgicalIntervention %in% gr,]
grtxt <- c('Nei', 'Ja', 'Ukjent')
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$SurgicalIntervention, levels = gr, labels = grtxt)
}
if (valgtVar=='TarmKirInngrepHvilke') {
RegData <- RegData[which(RegData$SurgicalIntervention==1), ]
flerevar <- 1
retn <- 'H'
tittel <- 'Kirurgiske inngrep i mage/–tarm kanalen'
variable <- c('Apndec', 'Chcyec', 'Colost', 'Ileost',
'Hemec', 'Apndic', 'Otgisurg') #
grtxt <- c('Appendektomi','Fjerning av galleblæren', 'Kolostomi', 'Ileostomi',
'Hemoroidektomi (fra 1/1-19)', 'Appendikostomi (fra 1/1-19)', 'Annet') #
cexgr <- 1
ind1 <- which(RegData[,variable]==1 , arr.ind=T) #which(RegData[,variable]==TRUE , arr.ind=T)
RegData[ ,variable] <- 0
RegData[ ,variable][ind1] <- 1
}
if (valgtVar=='TarmNBD') {
# Verdi fra 0 - 47 er oppnåelig. Benyttes til å vurdere graden av nevrogen tarmdysfunksjon
#0-6: svært liten, 7-9: liten, 10-13: moderat, >=14: alvorlig, -1:Ikke beregnet
tittel <- 'NBD-skår'
RegData <- RegData[RegData$NBD %in% 0:47,]
gr <- c(0,7,10,14,48) #c(seq(0, 90, 15), 120)
RegData$VariabelGr <- cut(as.numeric(RegData$NBD), breaks=gr, include.lowest=TRUE, right=FALSE)
grtxt <- c('svært liten (0-6)', 'liten (7-9)', 'moderat (10-13)', 'alvorlig (\u2265 14)')
#RegData$VariabelGr <- factor(RegData$NBD, levels = gr, labels = grtxt)
}
if (valgtVar %in% c('TarmAvfHoved','TarmAvfTillegg')) {
flerevar <- 1
retn <- 'H'
tittel <- switch(valgtVar,
TarmAvfHoved = 'Avføring, hovedmetode',
TarmAvfTillegg = 'Avføring, tilleggsmetode')
RegData <- RegData[RegData$InnDato >= as.Date('2016-01-01'), ]
variable <- switch(valgtVar,
TarmAvfHoved = c('DefcmthUn', 'DefcmthM1', 'DefcmthM2', 'DefcmthM3', 'DefcmthM4',
'DefcmthM5', 'DefcmthM6', 'DefcmthM7', 'DefcmthM8', 'DefcmthM9',
'DefcmthM10', 'DefcmthNa'),
TarmAvfTillegg =c('OthdefS1', 'OthdefS2', 'OthdefS3', 'OthdefS4', 'OthdefS5',
'OthdefS6', 'OthdefS7', 'OthdefS9', 'OthdefS10'))
grtxt <- switch(valgtVar,
TarmAvfHoved = c('Ukjent', 'Normal avføring', 'Pressing/trykking', 'Digital stimulering',
'Stikkpiller', 'Manuell fjerning', 'Miniklyster', 'Klyster (>150ml)',
'Kolostomi', 'Sakralstimulering', 'Annen', 'Ikke relevant'),
TarmAvfTillegg = c('Ukjent', 'Normal avføring', 'Pressing/trykking', 'Digital stimulering',
'Stikkpiller', 'Manuell fjerning', 'Miniklyster', 'Klyster (>150ml)',
'Sakralstimulering', 'Annen')
)
if (valgtVar == 'TarmAvfTillegg'){grtxt <- grtxt[-1]}
#Ikke nødvendig å gjøre om til 01 når har boolske variable
ind1 <- which(RegData[,variable]==TRUE, arr.ind=T)
RegData[ ,variable] <- 0
RegData[ ,variable][ind1] <- 1
}
#----------- EQ5D-5L------------------------------
if (valgtVar == 'Eq5dQ5AnxietyDepression') {#fordeling
tittel <- 'Angst/depresjon'
grtxt <- c('Ingen', 'Litt','Middels', 'Svært','Ekstremt')
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Eq5dQ5AnxietyDepression, levels = 1:5)
subtxt <- 'Grad av engstelighet/deprimerthet' #Tilstand i forhold til angst'
}
if (valgtVar == 'Eq5dQ1Mobility') { #fordeling
tittel <- 'Problemer med gangfunksjon'
grtxt <- c('Ingen', 'Litt','Middels', 'Store', 'Ute av stand')
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Eq5dQ1Mobility, levels = 1:5)
subtxt <- 'problemer med gange'
}
if (valgtVar == 'Eq5dQ4PainDiscomfort') { #fordeling
tittel <- 'Smerter/ubehag'
grtxt <- c('Ingen', 'Litt','Middels', 'Sterke', 'Svært mye')
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Eq5dQ4PainDiscomfort, levels = 1:5)
subtxt <- 'problemer med gange'
}
if (valgtVar == 'Eq5dQ2Selfcare') {#fordeling
tittel <- 'Problemer med personlig stell'
grtxt <- c('Ingen', 'Litt','Middels', 'Store', 'Ute av stand')
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Eq5dQ2Selfcare, levels = 1:5)
subtxt <- 'Grad av problemer'
}
if (valgtVar == 'Eq5dQ3UsualActivities') {#fordeling
tittel <- 'Problemer med vanlige gjøremål'
grtxt <- c('Ingen', 'Litt','Middels', 'Store', 'Ute av stand')
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Eq5dQ3UsualActivities, levels = 1:5)
subtxt <- 'Grad av problemer'
}
if (valgtVar == 'Eq5dQ6HealthToday') {
tittel <- 'Egenvurdert helse'
gr <- seq(0,100,10) #c(seq(0,90,10), 101)
RegData$VariabelGr <- cut(as.numeric(RegData$Eq5dQ6HealthToday), breaks=gr, include.lowest=TRUE, right=FALSE)
grtxt <- levels(RegData$VariabelGr)
}
#---------------- ActivityAndParticipationPerformance (start 01.01.2017)------------------
if (substr(valgtVar,1,4)=='Funk') {
RegData <- RegData[which(RegData$InnDato >= as.Date('2017-01-01') &
as.Date(RegData$DataClDt) <= RegData$DischgDt), ]}
#Mobilitet «Mobilmod», Av/Påkledning, «Dreslbdy», Spising «Feeding», Toalettbesøk «Toiletin»
if (valgtVar=='FunkDo') {
retn <- 'H'
tittel <- 'Toalettbesøk'
gr <- c(0:4,99)
grtxt <- c('Totalt hjelpetrengende',
'Hjelp til enkelte oppgaver (tørker \n seg ikke selv)',
'Hjelp til enkelte oppgaver (tørker \n seg selv)',
'Selvstendig med hjelpemidler/ \ntilrettelegging',
'Selvstendig ved toalettbesøk',
'Ukjent')
RegData <- RegData[RegData$Toiletin %in% gr, ]
RegData$VariabelGr <- factor(as.numeric(RegData$Toiletin), levels=gr, labels = grtxt)
}
if (valgtVar=='FunkKler') {
retn <- 'H'
tittel <- 'Av-/påkledning underkropp'
gr <- c(0:4,99)
grtxt <- c('Totalt hjelpetrengende',
'Hjelp til enkelte oppgaver ',
'Selvstendig med hjelpemidler/ \n tilrettelegging',
'Selvstendig, kun hjelp til knapper/ \nglidelås/lisser',
'Selvstendig i av-/påkledning alle \ntyper klær',
'Ukjent')
RegData <- RegData[RegData$Dreslbdy %in% gr, ]
RegData$VariabelGr <- factor(as.numeric(RegData$Dreslbdy), levels=gr, labels = grtxt)
}
if (valgtVar=='FunkMob') {
retn <- 'H'
tittel <- 'Mobilitet over kortere avstander (10-100m.)'
gr <- c(0:8,99)
grtxt <- c('Totalt hjelpetrengende',
'El. rullestol/hjelp til \n manuell rullestol',
'Selvstendig i manuell \n rullestol',
'Går med tilsyn',
'Rullator/krykker',
'Krykker/to stokker',
'En stokk',
'Leggortose',
'Går u/hjelpemiddel',
'Ukjent')
RegData <- RegData[RegData$Mobilmod %in% gr, ]
RegData$VariabelGr <- factor(as.numeric(RegData$Mobilmod), levels=gr, labels = grtxt)
}
if (valgtVar=='FunkSpis') {
retn <- 'H'
tittel <- 'Spisesituasjon'
gr <- c(0:3,99)
grtxt <- c('Totalt hjelpetrengende',
'Hjelp til enkelte oppgaver',
'Selvstendig med hjelpemidler/ \n tilrettelegging',
'Selvstendig i spisesituasjon',
'Ukjent')
RegData <- RegData[RegData$Feeding %in% gr, ]
RegData$VariabelGr <- factor(as.numeric(RegData$Feeding), levels=gr, labels = grtxt)
}
#---------------- ActivityAndParticipationPerformance (start 01.01.2017)------------
if (substr(valgtVar,1,4)=='Tilf') {
RegData <- RegData[which((RegData$InnDato >= as.Date('2017-01-01')) &
as.Date(RegData$DataClDtS) <= RegData$DischgDt), ]
gr <- c(0:2,99)
grtxt <- c('Ikke tilfreds', 'Ganske tilfreds','Svært tilfreds','Ukjent')
}
#Mobilitet «Mobilmod», Av/Påkledning, «Dreslbdy», Spising «Feeding», Toalettbesøk «Toiletin»
if (valgtVar=='TilfDo') {
retn <- 'H'
tittel <- 'Toalettbesøk'
RegData <- RegData[RegData$ToiletinS %in% gr, ]
RegData$VariabelGr <- factor(as.numeric(RegData$ToiletinS), levels=gr, labels = grtxt)
}
if (valgtVar=='TilfKler') {
retn <- 'H'
tittel <- 'Av-/påkledning underkropp'
RegData <- RegData[RegData$DreslbdyS %in% gr, ]
RegData$VariabelGr <- factor(as.numeric(RegData$DreslbdyS), levels=gr, labels = grtxt)
}
if (valgtVar=='TilfMob') {
retn <- 'H'
tittel <- 'Mobilitet over kortere avstander (10-100m.)'
RegData <- RegData[RegData$MobilmodS %in% gr, ]
RegData$VariabelGr <- factor(as.numeric(RegData$MobilmodS), levels=gr, labels = grtxt)
}
if (valgtVar=='TilfSpis') {
retn <- 'H'
tittel <- 'Spisesituasjon'
RegData <- RegData[RegData$FeedingS %in% gr, ]
RegData$VariabelGr <- factor(as.numeric(RegData$FeedingS), levels=gr, labels = grtxt)
}
UtData <- list(RegData=RegData, grtxt=grtxt, xAkseTxt=xAkseTxt, cexgr=cexgr, KImaal=KImaal, retn=retn,
tittel=tittel, flerevar=flerevar, variable=variable, sortAvtagende=sortAvtagende,
grPP=grPP)
return(invisible(UtData))
}
R Package Documentation
Browse R Packages
We want your feedback!
Note that we can't provide technical support on individual packages. You should contact the package authors for that.
Embedding an R snippet on your website
Add the following code to your website.
For more information on customizing the embed code, read Embedding Snippets.