doc/NorScirKjorefil.R
In Rapporteket/norscir: R-pakke for å generere resultater fra NordicScir
#Lage eksempeldatasett
rm(list=ls())
NorScirEksData <- read.table('E:/Registre/NorScir/data/NorScirEksempeldata.csv', header=T, sep=';')
#perm.sammen:
permA <- c('InjuryDt', 'AdmitDt', 'DischgDt', 'ANeuExmDt', 'FNeuExmDt', 'QolDt',
'AdmitRehDt', 'CNeuExmDt', 'InjuryDateUnknown')
permB <- c('ReshId', 'ShNavn')
N <- dim(NorScirEksData)[1]
NorScirEksData[ ,permA] <- NorScirEksData[sample(N, N),permA]
NorScirEksData[ ,permB] <- NorScirEksData[sample(N, N),permB]
NorScirEksData$PasientId <- NorScirEksData$PasientId[sample(N,N)]
NorScirEksData$isMale <- NorScirEksData$isMale[sample(N,N)]
NorScirEksData$AlderAar <- NorScirEksData$AlderAar[sample(N,N)]
save(NorScirEksData, file='E:/Registre/NorScir/data/NorScirEksData.Rdata')
#write.table(NorScirEksData, file='E:/Registre/NorScir/data/NorScirEksData.csv', sep=';')
#--------------------------------------SAMLERAPPORT-----------------------------------
rm(list=ls())
library(knitr)
setwd('C:/Registre/NorScir/trunk/RSamleDok')
libkat <- 'C:/Registre/Rlib/trunk/'
reshID <- 106896 #0 - alle #105593-Haukeland, 106896-Sunnaas, 107627-St.Olavs
source("C:/Registre/NorScir/trunk/RFordeling/NSFigFordeling.R", encoding="UTF-8")
source("C:/Registre/NorScir/trunk/RAndelStabel/NSFigAndelStabel.R", encoding="UTF-8")
source("C:/Registre/NorScir/trunk/RMeanMed/NSFigMeanMed.R", encoding="UTF-8")
source("C:/Registre/NorScir/trunk/lib/r/NSLibUtvalg.R", encoding="UTF-8")
opts_chunk$set(fig.align='center', fig.show='hold', out.width='.3\\textwidth', cache=FALSE)
NSdata <- read.table('C:/Registre/NorScir/data/NorScir2014-06-20.csv', sep=';', header=T)
#knit('NSsamleDokLand.Rnw')
knit('NSsamleDok.Rnw')
#knit(input, output = NULL, tangle = FALSE, text = NULL, envir = parent.frame())
#------------------------------ Fordelinger --------------------------
Fra jrxml:
<defaultValueExpression><![CDATA["NSFigAndeler(RegData=0, outfile=outfile, valgtVar=valgtVar, datoFra=datoFra, datoTil=datoTil, AIS=AIS, minald=minald, maxald=maxald, erMann=erMann, traume=traume, enhetsUtvalg=enhetsUtvalg, reshID=" + $P{LoggedInUserAVD_RESH} + ")"]]></defaultValueExpression>
rm(list=ls())
NSdata <- read.table('C:/Registre/NorScir/data/MainFormDataContract2016-06-08.csv', sep=';', header=T)
RegData <- NSdata
setwd("C:/ResultattjenesteGIT/norscir/")
reshID <- 107627 ##105593-Haukeland, 106896-Sunnaas, 107627-St.Olavs, standard i funksj: 0 dvs. 'Alle'. Standard i rapporten skal v?re at man f?r opp eget sykehus.
enhetsUtvalg <- 1
minald <- 0
maxald <- 130
traume <- '' #'ja','nei', standard: ikke valgt
AIS <- '' #c('A','B','U') #AISgrad ved innleggelse alle(''), velge en eller flere fra A,B,C,D,E,U
datoFra <- '2011-01-01' #Standard: b?r v?re minste registrerte verdi ? min og max dato i utvalget vises alltid i figuren.
datoTil <- '2016-12-31'
erMann <- '' #1-menn, 0-kvinner, Standard: '', dvs. begge
valgtVar <- 'AAis' #M? velge... AAis, FAis, Alder, DagerRehab, DagerTilRehab,
#OpphTot[HosptlDy], Permisjon[OutOfHosptlDy], UtTil[PlaceDis], SkadeArsak[Scietiol]
#Pustehjelp[VentAssi]
outfile <- paste(valgtVar, '.png', sep='') #Navn angis av Jasper
NSFigAndeler(RegData, outfile=outfile, valgtVar=valgtVar, datoFra=datoFra, datoTil=datoTil,
AIS=AIS, minald=minald, maxald=maxald, erMann=erMann, traume=traume, reshID=reshID,
enhetsUtvalg=enhetsUtvalg, hentData=0) #, preprosess=1
#egenavd=egenavd, sml=sml)
for (valgtVar in c('AAis', 'FAis', 'Alder', 'DagerRehab', 'DagerTilRehab',
'OpphTot', 'UtTil', 'SkadeArsak', 'Pustehjelp')) {
outfile <- paste0(valgtVar, '.png')
NSFigAndeler(RegData=RegData, outfile=outfile, valgtVar=valgtVar, datoFra=datoFra, datoTil=datoTil,
AIS=AIS, minald=minald, maxald=maxald, erMann=erMann, traume=traume, reshID=reshID,
enhetsUtvalg=enhetsUtvalg, hentData=0)
}
I_ABC <- which(RegData$AAis %in% c('A','B','C'))
#------------------------------ Sentralm?l --------------------------
rm(list=ls())
#load('C:/Registre/NorScir/data/NSdata.Rdata')
NSdata <- read.table('C:/Registre/NorScir/data//NorScir2014-09-30.csv', sep=';', header=T)
#RegData <- NSdata
# Inndata til funksjon:
#egenReshID <- #105593-Haukeland, 106896-Sunnaas sykehus, 107627-St.Olavs #M? sendes med til funksjon
#egenavd <- 1
#Parameter som spesifiserer sammenligning?
##105593-Haukeland, 106896-Sunnaas, 107627-St.Olavs
minald <- 0
maxald <- 100
traume <- '' #'ja','nei', standard: ikke valgt
datoFra <- '2010-01-01' #Standard: b?r v?re minste registrerte verdi ? min og max dato i utvalget vises alltid i figuren.
datoTil <- '2013-05-25'
erMann <- '' #1-menn, 0-kvinner, Standard: '', dvs. begge
valgtVar <- 'OpphTot' #M? velge... Alder, DagerRehab, DagerTilRehab, OpphTot[HosptlDy],
#Permisjon[OutOfHosptlDy],
valgtMaal='Med' #'Med'-median, ellers gjennomsnitt
outfile <- paste(valgtVar, '.png', sep='') #Navn angis av Jasper
setwd("C:/Registre/NorScir/trunk/RMeanMed")
NSFigGjsnGrVar(RegData=NSdata, outfile=outfile, valgtVar=valgtVar, datoFra=datoFra, datoTil=datoTil,
valgtMaal=valgtMaal, minald=minald, maxald=maxald, erMann=erMann, traume=traume)
RegData <- NSdata
for (valgtVar in c('Alder', 'DagerRehab', 'DagerTilRehab', 'OpphTot', 'Permisjon')) {
outfile <- paste(valgtVar, '.png', sep='')
FigMeanMed(RegData, outfile, libkat=libkat, valgtVar=valgtVar, datoFra=datoFra, datoTil=datoTil,
valgtMaal=valgtMaal, minald=minald, maxald=maxald, erMann=erMann, traume=traume)
}
#------------------------------ Nevrologisk kategori --------------------------
rm(list=ls())
#load('C:/Registre/NorScir/data/NSdata.Rdata')
NSdata <- read.table('C:/Registre/NorScir/data/NorScir2014-09-30.csv', sep=';', header=T)
RegData <- NSdata
# Inndata til funksjon:
reshID <- 107627 ##105593-Haukeland, 106896-Sunnaas sykehus, 107627-St.Olavs
#egenavd <- 1 #1:eget sykehus, 0:hele landet (standard) Kun for valgtVar=='NevrNivaaInnUt'
erMann <- 0 #kj?nn, 1-menn, 0-kvinner, standard: '' (alt annet enn 0 og 1), dvs. begge
minald <- 0 #alder, fra og med
maxald <- 130 #alder, til og med
traume <- 'ja' #'ja','nei', standard: ikke valgt
datoFra <- '2010-01-01' # min og max dato i utvalget vises alltid i figuren.
datoTil <- '2015-05-25'
enhetsUtvalg <- 0 #1:eget sykehus mot resten(standard), 0:hele landet, 2: eget
valgtVar <- 'NevrNivaaInn' #M? velge... NevrNivaaInnUt, NevrNivaaInn, NevrNivaaUt,
outfile <- paste(valgtVar, '.png', sep='') #navn p? fil figuren skrives ned til
setwd("C:/Registre/NorScir/trunk/RAndelStabel")
NSFigAndelStabel(RegData=NSdata, outfile=outfile, valgtVar=valgtVar, datoFra=datoFra,
datoTil=datoTil, traume=traume,
minald=minald, maxald=maxald, erMann=erMann, enhetsUtvalg=enhetsUtvalg, reshID=reshID) #egenavd=egenavd
for (valgtVar in c('NevrNivaaInnUt', 'NevrNivaaInn', 'NevrNivaaUt' )) {
outfile <- paste(valgtVar, '.pdf', sep='')
FigAndelStabel(RegData, libkat=libkat, outfile=outfile, valgtVar=valgtVar, datoFra=datoFra, datoTil=datoTil,
minald=minald, maxald=maxald, erMann=erMann, traume=traume, reshID=reshID) #, sml=sml)
}
I_ABC <- which(RegData$AAis %in% c('A','B','C'))
#-----------------------------Nevrologiske kategorier----------------------------
#Motoriske variable:
MotVar <- c('AMtrLvlAreaL', 'AMtrLvlLC', 'AMtrLvlLT', 'AMtrLvlLL', 'AMtrLvlLS', 'FMtrLvlAreaL', 'FMtrLvlLC', 'FMtrLvlLT', 'FMtrLvlLL', 'FMtrLvlLS', 'AMtrLvlAreaR', 'AMtrLvlRC', 'AMtrLvlRT', 'AMtrLvlRL', 'AMtrLvlRS', 'FMtrLvlAreaR', 'FMtrLvlRC', 'FMtrLvlRT', 'FMtrLvlRL', 'FMtrLvlRS')
#Sensoriske variable:
SensVar <- c('ASensLvlAreaL', 'ASensLvlLC', 'ASensLvlLT', 'ASensLvlLL', 'ASensLvlLS', 'FSensLvlAreaL', 'FSensLvlLC', 'FSensLvlLT', 'FSensLvlLL', 'FSensLvlLS', 'ASensLvlAreaR', 'ASensLvlRC', 'ASensLvlRT', 'ASensLvlRL', 'ASensLvlRS', 'FSensLvlAreaR', 'FSensLvlRC', 'FSensLvlRT', 'FSensLvlRL', 'FSensLvlRS')
#Innleggelse variable:
InnVar <- c('AAis', 'ASensLvlAreaL', 'ASensLvlAreaR', 'AMtrLvlAreaR', 'AMtrLvlAreaL', 'ASensLvlLC', 'ASensLvlLT', 'ASensLvlLL', 'ASensLvlLS', 'ASensLvlRC', 'ASensLvlRT', 'ASensLvlRL', 'ASensLvlRS', 'AMtrLvlLC', 'AMtrLvlLT', 'AMtrLvlLL', 'AMtrLvlLS', 'AMtrLvlRC', 'AMtrLvlRT', 'AMtrLvlRL', 'AMtrLvlRS')
#Utskriving variable:
UtVar <- c('FAis', 'FSensLvlAreaL', 'FSensLvlAreaR', 'FMtrLvlAreaL', 'FMtrLvlAreaR', 'FSensLvlLC', 'FSensLvlLT', 'FSensLvlLL', 'FSensLvlLS', 'FSensLvlRC', 'FSensLvlRT', 'FSensLvlRL', 'FSensLvlRS', 'FMtrLvlLC', 'FMtrLvlLT', 'FMtrLvlLL', 'FMtrLvlLS', 'FMtrLvlRC', 'FMtrLvlRT', 'FMtrLvlRL', 'FMtrLvlRS')
#Venstre variable:
VVar <- c('ASensLvlAreaL', 'AMtrLvlAreaL', 'ASensLvlLC', 'ASensLvlLT', 'ASensLvlLL', 'ASensLvlLS', 'AMtrLvlLC', 'AMtrLvlLT', 'AMtrLvlLL', 'AMtrLvlLS', 'FSensLvlAreaL', 'FMtrLvlAreaL', 'FSensLvlLC', 'FSensLvlLT', 'FSensLvlLL', 'FSensLvlLS', 'FMtrLvlLC', 'FMtrLvlLT', 'FMtrLvlLL', 'FMtrLvlLS')
#H?yre variable:
HVar <- c('ASensLvlAreaR', 'AMtrLvlAreaR', 'ASensLvlRC', 'ASensLvlRT', 'ASensLvlRL', 'ASensLvlRS', 'AMtrLvlRC', 'AMtrLvlRT', 'AMtrLvlRL', 'AMtrLvlRS', 'FSensLvlAreaR', 'FMtrLvlAreaR', 'FSensLvlRC', 'FSensLvlRT', 'FSensLvlRL', 'FSensLvlRS', 'FMtrLvlRC', 'FMtrLvlRT', 'FMtrLvlRL', 'FMtrLvlRS')
#Inn, Motorisk, V
c('AAis','AMtrLvlAreaL', 'AMtrLvlLC', 'AMtrLvlLT', 'AMtrLvlLL', 'AMtrLvlLS')
#Inn, Motorisk, H
c('AAis','AMtrLvlAreaR', 'AMtrLvlRC', 'AMtrLvlRT', 'AMtrLvlRL', 'AMtrLvlRS')
#Inn, Sensorisk, V
c('AAis','ASensLvlAreaL', 'ASensLvlLC', 'ASensLvlLT', 'ASensLvlLL', 'ASensLvlLS')
#Inn, Sensorisk, H
c('AAis','ASensLvlAreaR', 'ASensLvlRC', 'ASensLvlRT', 'ASensLvlRL', 'ASensLvlRS')
#Ut, Motorisk, V
c('FAis','FMtrLvlAreaL', 'FMtrLvlLC', 'FMtrLvlLT', 'FMtrLvlLL', 'FMtrLvlLS')
#Ut, Motorisk, H
c('FAis','FMtrLvlAreaR', 'FMtrLvlRC', 'FMtrLvlRT', 'FMtrLvlRL', 'FMtrLvlRS')
#Ut, Sensorisk, V
c('FAis','FSensLvlAreaL', 'FSensLvlLC', 'FSensLvlLT', 'FSensLvlLL', 'FSensLvlLS')
#Ut, Sensorisk, H
c('FAis','FSensLvlAreaR', 'FSensLvlRC', 'FSensLvlRT', 'FSensLvlRL', 'FSensLvlRS')
#Inn,
I_ABC <- which(RegData$AAis %in% c('A','B','C'))
I_D <- which(RegData$AAis == 'D')
#Motorisk, Venstre
#A,B,C+C1-4
IMV_ABC_C0104 <- length(intersect(I_ABC, which(RegData$AMtrLvlLC %in% c('C01','C02','C03','C04'))))/N
#A,B,C+C5-8
IMV_ABC_C0104 <- length(intersect(I_ABC, which(RegData$AMtrLvlLC %in% c('C01','C02','C03','C04')) ))/N
#A,B,C+T,L,S
IMV_ABC_TLS <- length(intersect(I_ABC, union(which(RegData$AMtrLvlAreaL %in% c('Lumbal', 'Sacral', 'Thoracic')))/N
D
#Pustehjelp VentAssi (0-3,9)- andel 1-3 av 0-3
Pustehjelp <- length(which(RegData$VentAssi %in% 1:3))/length(which(RegData$VentAssi %in% 0:3)
105593 - Haukeland, Nevrologisk avdeling "Nevro post 4 / spinalenheten"
106896 - Sunnaas sykehus "Seksjon for Poliklinikk, Vurdering og Oppf?lging"
107627 - St.Olavs hospital "Avdeling for spinalskader"
Rapporteket/norscir documentation built on Nov. 2, 2023, 11:53 a.m.
R Package Documentation
Browse R Packages
We want your feedback!
Note that we can't provide technical support on individual packages. You should contact the package authors for that.
#Lage eksempeldatasett
rm(list=ls())
NorScirEksData <- read.table('E:/Registre/NorScir/data/NorScirEksempeldata.csv', header=T, sep=';')
#perm.sammen:
permA <- c('InjuryDt', 'AdmitDt', 'DischgDt', 'ANeuExmDt', 'FNeuExmDt', 'QolDt',
'AdmitRehDt', 'CNeuExmDt', 'InjuryDateUnknown')
permB <- c('ReshId', 'ShNavn')
N <- dim(NorScirEksData)[1]
NorScirEksData[ ,permA] <- NorScirEksData[sample(N, N),permA]
NorScirEksData[ ,permB] <- NorScirEksData[sample(N, N),permB]
NorScirEksData$PasientId <- NorScirEksData$PasientId[sample(N,N)]
NorScirEksData$isMale <- NorScirEksData$isMale[sample(N,N)]
NorScirEksData$AlderAar <- NorScirEksData$AlderAar[sample(N,N)]
save(NorScirEksData, file='E:/Registre/NorScir/data/NorScirEksData.Rdata')
#write.table(NorScirEksData, file='E:/Registre/NorScir/data/NorScirEksData.csv', sep=';')
#--------------------------------------SAMLERAPPORT-----------------------------------
rm(list=ls())
library(knitr)
setwd('C:/Registre/NorScir/trunk/RSamleDok')
libkat <- 'C:/Registre/Rlib/trunk/'
reshID <- 106896 #0 - alle #105593-Haukeland, 106896-Sunnaas, 107627-St.Olavs
source("C:/Registre/NorScir/trunk/RFordeling/NSFigFordeling.R", encoding="UTF-8")
source("C:/Registre/NorScir/trunk/RAndelStabel/NSFigAndelStabel.R", encoding="UTF-8")
source("C:/Registre/NorScir/trunk/RMeanMed/NSFigMeanMed.R", encoding="UTF-8")
source("C:/Registre/NorScir/trunk/lib/r/NSLibUtvalg.R", encoding="UTF-8")
opts_chunk$set(fig.align='center', fig.show='hold', out.width='.3\\textwidth', cache=FALSE)
NSdata <- read.table('C:/Registre/NorScir/data/NorScir2014-06-20.csv', sep=';', header=T)
#knit('NSsamleDokLand.Rnw')
knit('NSsamleDok.Rnw')
#knit(input, output = NULL, tangle = FALSE, text = NULL, envir = parent.frame())
#------------------------------ Fordelinger --------------------------
Fra jrxml:
<defaultValueExpression><![CDATA["NSFigAndeler(RegData=0, outfile=outfile, valgtVar=valgtVar, datoFra=datoFra, datoTil=datoTil, AIS=AIS, minald=minald, maxald=maxald, erMann=erMann, traume=traume, enhetsUtvalg=enhetsUtvalg, reshID=" + $P{LoggedInUserAVD_RESH} + ")"]]></defaultValueExpression>
rm(list=ls())
NSdata <- read.table('C:/Registre/NorScir/data/MainFormDataContract2016-06-08.csv', sep=';', header=T)
RegData <- NSdata
setwd("C:/ResultattjenesteGIT/norscir/")
reshID <- 107627 ##105593-Haukeland, 106896-Sunnaas, 107627-St.Olavs, standard i funksj: 0 dvs. 'Alle'. Standard i rapporten skal v?re at man f?r opp eget sykehus.
enhetsUtvalg <- 1
minald <- 0
maxald <- 130
traume <- '' #'ja','nei', standard: ikke valgt
AIS <- '' #c('A','B','U') #AISgrad ved innleggelse alle(''), velge en eller flere fra A,B,C,D,E,U
datoFra <- '2011-01-01' #Standard: b?r v?re minste registrerte verdi ? min og max dato i utvalget vises alltid i figuren.
datoTil <- '2016-12-31'
erMann <- '' #1-menn, 0-kvinner, Standard: '', dvs. begge
valgtVar <- 'AAis' #M? velge... AAis, FAis, Alder, DagerRehab, DagerTilRehab,
#OpphTot[HosptlDy], Permisjon[OutOfHosptlDy], UtTil[PlaceDis], SkadeArsak[Scietiol]
#Pustehjelp[VentAssi]
outfile <- paste(valgtVar, '.png', sep='') #Navn angis av Jasper
NSFigAndeler(RegData, outfile=outfile, valgtVar=valgtVar, datoFra=datoFra, datoTil=datoTil,
AIS=AIS, minald=minald, maxald=maxald, erMann=erMann, traume=traume, reshID=reshID,
enhetsUtvalg=enhetsUtvalg, hentData=0) #, preprosess=1
#egenavd=egenavd, sml=sml)
for (valgtVar in c('AAis', 'FAis', 'Alder', 'DagerRehab', 'DagerTilRehab',
'OpphTot', 'UtTil', 'SkadeArsak', 'Pustehjelp')) {
outfile <- paste0(valgtVar, '.png')
NSFigAndeler(RegData=RegData, outfile=outfile, valgtVar=valgtVar, datoFra=datoFra, datoTil=datoTil,
AIS=AIS, minald=minald, maxald=maxald, erMann=erMann, traume=traume, reshID=reshID,
enhetsUtvalg=enhetsUtvalg, hentData=0)
}
I_ABC <- which(RegData$AAis %in% c('A','B','C'))
#------------------------------ Sentralm?l --------------------------
rm(list=ls())
#load('C:/Registre/NorScir/data/NSdata.Rdata')
NSdata <- read.table('C:/Registre/NorScir/data//NorScir2014-09-30.csv', sep=';', header=T)
#RegData <- NSdata
# Inndata til funksjon:
#egenReshID <- #105593-Haukeland, 106896-Sunnaas sykehus, 107627-St.Olavs #M? sendes med til funksjon
#egenavd <- 1
#Parameter som spesifiserer sammenligning?
##105593-Haukeland, 106896-Sunnaas, 107627-St.Olavs
minald <- 0
maxald <- 100
traume <- '' #'ja','nei', standard: ikke valgt
datoFra <- '2010-01-01' #Standard: b?r v?re minste registrerte verdi ? min og max dato i utvalget vises alltid i figuren.
datoTil <- '2013-05-25'
erMann <- '' #1-menn, 0-kvinner, Standard: '', dvs. begge
valgtVar <- 'OpphTot' #M? velge... Alder, DagerRehab, DagerTilRehab, OpphTot[HosptlDy],
#Permisjon[OutOfHosptlDy],
valgtMaal='Med' #'Med'-median, ellers gjennomsnitt
outfile <- paste(valgtVar, '.png', sep='') #Navn angis av Jasper
setwd("C:/Registre/NorScir/trunk/RMeanMed")
NSFigGjsnGrVar(RegData=NSdata, outfile=outfile, valgtVar=valgtVar, datoFra=datoFra, datoTil=datoTil,
valgtMaal=valgtMaal, minald=minald, maxald=maxald, erMann=erMann, traume=traume)
RegData <- NSdata
for (valgtVar in c('Alder', 'DagerRehab', 'DagerTilRehab', 'OpphTot', 'Permisjon')) {
outfile <- paste(valgtVar, '.png', sep='')
FigMeanMed(RegData, outfile, libkat=libkat, valgtVar=valgtVar, datoFra=datoFra, datoTil=datoTil,
valgtMaal=valgtMaal, minald=minald, maxald=maxald, erMann=erMann, traume=traume)
}
#------------------------------ Nevrologisk kategori --------------------------
rm(list=ls())
#load('C:/Registre/NorScir/data/NSdata.Rdata')
NSdata <- read.table('C:/Registre/NorScir/data/NorScir2014-09-30.csv', sep=';', header=T)
RegData <- NSdata
# Inndata til funksjon:
reshID <- 107627 ##105593-Haukeland, 106896-Sunnaas sykehus, 107627-St.Olavs
#egenavd <- 1 #1:eget sykehus, 0:hele landet (standard) Kun for valgtVar=='NevrNivaaInnUt'
erMann <- 0 #kj?nn, 1-menn, 0-kvinner, standard: '' (alt annet enn 0 og 1), dvs. begge
minald <- 0 #alder, fra og med
maxald <- 130 #alder, til og med
traume <- 'ja' #'ja','nei', standard: ikke valgt
datoFra <- '2010-01-01' # min og max dato i utvalget vises alltid i figuren.
datoTil <- '2015-05-25'
enhetsUtvalg <- 0 #1:eget sykehus mot resten(standard), 0:hele landet, 2: eget
valgtVar <- 'NevrNivaaInn' #M? velge... NevrNivaaInnUt, NevrNivaaInn, NevrNivaaUt,
outfile <- paste(valgtVar, '.png', sep='') #navn p? fil figuren skrives ned til
setwd("C:/Registre/NorScir/trunk/RAndelStabel")
NSFigAndelStabel(RegData=NSdata, outfile=outfile, valgtVar=valgtVar, datoFra=datoFra,
datoTil=datoTil, traume=traume,
minald=minald, maxald=maxald, erMann=erMann, enhetsUtvalg=enhetsUtvalg, reshID=reshID) #egenavd=egenavd
for (valgtVar in c('NevrNivaaInnUt', 'NevrNivaaInn', 'NevrNivaaUt' )) {
outfile <- paste(valgtVar, '.pdf', sep='')
FigAndelStabel(RegData, libkat=libkat, outfile=outfile, valgtVar=valgtVar, datoFra=datoFra, datoTil=datoTil,
minald=minald, maxald=maxald, erMann=erMann, traume=traume, reshID=reshID) #, sml=sml)
}
I_ABC <- which(RegData$AAis %in% c('A','B','C'))
#-----------------------------Nevrologiske kategorier----------------------------
#Motoriske variable:
MotVar <- c('AMtrLvlAreaL', 'AMtrLvlLC', 'AMtrLvlLT', 'AMtrLvlLL', 'AMtrLvlLS', 'FMtrLvlAreaL', 'FMtrLvlLC', 'FMtrLvlLT', 'FMtrLvlLL', 'FMtrLvlLS', 'AMtrLvlAreaR', 'AMtrLvlRC', 'AMtrLvlRT', 'AMtrLvlRL', 'AMtrLvlRS', 'FMtrLvlAreaR', 'FMtrLvlRC', 'FMtrLvlRT', 'FMtrLvlRL', 'FMtrLvlRS')
#Sensoriske variable:
SensVar <- c('ASensLvlAreaL', 'ASensLvlLC', 'ASensLvlLT', 'ASensLvlLL', 'ASensLvlLS', 'FSensLvlAreaL', 'FSensLvlLC', 'FSensLvlLT', 'FSensLvlLL', 'FSensLvlLS', 'ASensLvlAreaR', 'ASensLvlRC', 'ASensLvlRT', 'ASensLvlRL', 'ASensLvlRS', 'FSensLvlAreaR', 'FSensLvlRC', 'FSensLvlRT', 'FSensLvlRL', 'FSensLvlRS')
#Innleggelse variable:
InnVar <- c('AAis', 'ASensLvlAreaL', 'ASensLvlAreaR', 'AMtrLvlAreaR', 'AMtrLvlAreaL', 'ASensLvlLC', 'ASensLvlLT', 'ASensLvlLL', 'ASensLvlLS', 'ASensLvlRC', 'ASensLvlRT', 'ASensLvlRL', 'ASensLvlRS', 'AMtrLvlLC', 'AMtrLvlLT', 'AMtrLvlLL', 'AMtrLvlLS', 'AMtrLvlRC', 'AMtrLvlRT', 'AMtrLvlRL', 'AMtrLvlRS')
#Utskriving variable:
UtVar <- c('FAis', 'FSensLvlAreaL', 'FSensLvlAreaR', 'FMtrLvlAreaL', 'FMtrLvlAreaR', 'FSensLvlLC', 'FSensLvlLT', 'FSensLvlLL', 'FSensLvlLS', 'FSensLvlRC', 'FSensLvlRT', 'FSensLvlRL', 'FSensLvlRS', 'FMtrLvlLC', 'FMtrLvlLT', 'FMtrLvlLL', 'FMtrLvlLS', 'FMtrLvlRC', 'FMtrLvlRT', 'FMtrLvlRL', 'FMtrLvlRS')
#Venstre variable:
VVar <- c('ASensLvlAreaL', 'AMtrLvlAreaL', 'ASensLvlLC', 'ASensLvlLT', 'ASensLvlLL', 'ASensLvlLS', 'AMtrLvlLC', 'AMtrLvlLT', 'AMtrLvlLL', 'AMtrLvlLS', 'FSensLvlAreaL', 'FMtrLvlAreaL', 'FSensLvlLC', 'FSensLvlLT', 'FSensLvlLL', 'FSensLvlLS', 'FMtrLvlLC', 'FMtrLvlLT', 'FMtrLvlLL', 'FMtrLvlLS')
#H?yre variable:
HVar <- c('ASensLvlAreaR', 'AMtrLvlAreaR', 'ASensLvlRC', 'ASensLvlRT', 'ASensLvlRL', 'ASensLvlRS', 'AMtrLvlRC', 'AMtrLvlRT', 'AMtrLvlRL', 'AMtrLvlRS', 'FSensLvlAreaR', 'FMtrLvlAreaR', 'FSensLvlRC', 'FSensLvlRT', 'FSensLvlRL', 'FSensLvlRS', 'FMtrLvlRC', 'FMtrLvlRT', 'FMtrLvlRL', 'FMtrLvlRS')
#Inn, Motorisk, V
c('AAis','AMtrLvlAreaL', 'AMtrLvlLC', 'AMtrLvlLT', 'AMtrLvlLL', 'AMtrLvlLS')
#Inn, Motorisk, H
c('AAis','AMtrLvlAreaR', 'AMtrLvlRC', 'AMtrLvlRT', 'AMtrLvlRL', 'AMtrLvlRS')
#Inn, Sensorisk, V
c('AAis','ASensLvlAreaL', 'ASensLvlLC', 'ASensLvlLT', 'ASensLvlLL', 'ASensLvlLS')
#Inn, Sensorisk, H
c('AAis','ASensLvlAreaR', 'ASensLvlRC', 'ASensLvlRT', 'ASensLvlRL', 'ASensLvlRS')
#Ut, Motorisk, V
c('FAis','FMtrLvlAreaL', 'FMtrLvlLC', 'FMtrLvlLT', 'FMtrLvlLL', 'FMtrLvlLS')
#Ut, Motorisk, H
c('FAis','FMtrLvlAreaR', 'FMtrLvlRC', 'FMtrLvlRT', 'FMtrLvlRL', 'FMtrLvlRS')
#Ut, Sensorisk, V
c('FAis','FSensLvlAreaL', 'FSensLvlLC', 'FSensLvlLT', 'FSensLvlLL', 'FSensLvlLS')
#Ut, Sensorisk, H
c('FAis','FSensLvlAreaR', 'FSensLvlRC', 'FSensLvlRT', 'FSensLvlRL', 'FSensLvlRS')
#Inn,
I_ABC <- which(RegData$AAis %in% c('A','B','C'))
I_D <- which(RegData$AAis == 'D')
#Motorisk, Venstre
#A,B,C+C1-4
IMV_ABC_C0104 <- length(intersect(I_ABC, which(RegData$AMtrLvlLC %in% c('C01','C02','C03','C04'))))/N
#A,B,C+C5-8
IMV_ABC_C0104 <- length(intersect(I_ABC, which(RegData$AMtrLvlLC %in% c('C01','C02','C03','C04')) ))/N
#A,B,C+T,L,S
IMV_ABC_TLS <- length(intersect(I_ABC, union(which(RegData$AMtrLvlAreaL %in% c('Lumbal', 'Sacral', 'Thoracic')))/N
D
#Pustehjelp VentAssi (0-3,9)- andel 1-3 av 0-3
Pustehjelp <- length(which(RegData$VentAssi %in% 1:3))/length(which(RegData$VentAssi %in% 0:3)
105593 - Haukeland, Nevrologisk avdeling "Nevro post 4 / spinalenheten"
106896 - Sunnaas sykehus "Seksjon for Poliklinikk, Vurdering og Oppf?lging"
107627 - St.Olavs hospital "Avdeling for spinalskader"
R Package Documentation
Browse R Packages
We want your feedback!
Note that we can't provide technical support on individual packages. You should contact the package authors for that.
Embedding an R snippet on your website
Add the following code to your website.
For more information on customizing the embed code, read Embedding Snippets.