R/modul_indikatorfig.R

In Rapporteket/nra: Resultattjenester for Nasjonalt register for analinkontinens

#' Modul for indikatorfigurer i NRA sin shiny-app på Rapporteket
#'
#' Kun til bruk i Shiny
#'
#' @return UI-del av indikatorfane
#' @export
#'
indikatorfig_ui <- function(id){
  ns <- shiny::NS(id)

  shiny::sidebarLayout(
    sidebarPanel(
      selectInput(
        inputId = ns("valgtVar"),
        label = "Velg variabel",
        choices =
          c("Andel operert etter standardisert metode" =
              "Indikator_standardisert",
            "Andel skjema levert innen 4mnd postoperativt" =
              "Indikator_aktualitet",
            "Andel skjema levert innen 4mnd postoperativt - SNM" =
              "Indikator_aktualitet_snm",
            "Andel skjema levert innen 4mnd postoperativt - Sfinkterplastikk" =
              "Indikator_aktualitet_sfinkt",
            "Prosentvis reduksjon i lekkasjeepisoder >= 50%" =
              "Indikator1_lekk_red50",
            "Utført ultralyd" = "Ultralyd",
            "Utført ultralyd - SNM" = "Ultralyd_snm",
            "Utført ultralyd - Sfinkterplastikk" =
              "Ultralyd_sfinkt",
            "Tidligere konservativ behandling" = "tidl_konservativ",
            "Tidligere konservativ behandling - SNM" = "tidl_konservativ_snm",
            "Tidligere konservativ behandling - Sfinkterplastikk" =
              "tidl_konservativ_sfinkt",
            "Bekreftet sårinfeksjon innen 30 dager etter implantasjon" =
              "saarinfeksjon",
            "St. Mark’s Inkontinensskår <=9 1 år etter operasjon med SNM" =
              "stmarks_9_1aar_snm",
            "St. Mark’s Inkontinensskår <=9 5 år etter operasjon med SNM" =
              "stmarks_9_5aar_snm",
            "St. Mark’s Inkontinensskår <=12 1 år etter operasjon med SNM" =
              "stmarks_12_1aar_snm",
            "St. Mark’s Inkontinensskår <=12 5 år etter operasjon med SNM" =
              "stmarks_12_5aar_snm",
            "St. Mark’s Inkontinensskår <=9 1 år etter sfinkterplastikk" =
              "stmarks_9_1aar_sfinkt",
            "St. Mark’s Inkontinensskår <=9 5 år etter sfinkterplastikk" =
              "stmarks_9_5aar_sfinkt",
            "St. Mark’s Inkontinensskår <=12 1 år etter sfinkterplastikk" =
              "stmarks_12_1aar_sfinkt",
            "St. Mark’s Inkontinensskår <=12 5 år etter sfinkterplastikk" =
              "stmarks_12_5aar_sfinkt",
            "Wexnerskår <=9 1 år etter operasjon med SNM" =
              "wexner_9_1aar_snm",
            "Wexnerskår <=12 1 år etter operasjon med SNM" =
              "wexner_12_1aar_snm",
            "Wexnerskår <=9 5 år etter operasjon med SNM" =
              "wexner_9_5aar_snm",
            "Wexnerskår <=12 5 år etter operasjon med SNM" =
              "wexner_12_5aar_snm",
            "Wexnerskår <=9 1 år etter sfinkterplastikk" =
              "wexner_9_1aar_sfinkt",
            "Wexnerskår <=12 1 år etter sfinkterplastikk" =
              "wexner_12_1aar_sfinkt",
            "Inkontinensskår <=9 1 år etter operasjon med SNM" =
              "nra_inkontinensscore_9_1aar_snm",
            "Inkontinensskår <=12 1 år etter operasjon med SNM" =
              "nra_inkontinensscore_12_1aar_snm",
            "Inkontinensskår <=9 1 år etter sfinkterplastikk" =
              "nra_inkontinensscore_9_1aar_sfinkt",
            "Inkontinensskår <=12 1 år etter sfinkterplastikk" =
              "nra_inkontinensscore_12_1aar_sfinkt",
            "Inkontinensskår <=9 5 år etter operasjon med SNM" =
              "nra_inkontinensscore_9_5aar_snm",
            "Inkontinensskår <=12 5 år etter operasjon med SNM" =
              "nra_inkontinensscore_12_5aar_snm",
            "Inkontinensskår <=9 5 år etter sfinkterplastikk" =
              "nra_inkontinensscore_9_5aar_sfinkt",
            "Inkontinensskår <=12 5 år etter sfinkterplastikk" =
              "nra_inkontinensscore_12_5aar_sfinkt",
            "Andel informert om ett års oppfølging" = "andel_inform_oppf",
            "Andel informert om ett års oppfølging - SNM" =
              "andel_inform_oppf_snm",
            "Andel informert om ett års oppfølging - Sfinkterplastikk" =
              "andel_inform_oppf_sfinkt",
            "nra_reduksjon_4_stmarks_1aar_sfinkt" =
              "nra_reduksjon_4_stmarks_1aar_sfinkt",
            "nra_reduksjon_4_stmarks_5aar_sfinkt" =
              "nra_reduksjon_4_stmarks_5aar_sfinkt",
            "nra_reduksjon_4_stmarks_1aar_snm" =
              "nra_reduksjon_4_stmarks_1aar_snm",
            "nra_reduksjon_4_stmarks_5aar_snm" =
              "nra_reduksjon_4_stmarks_5aar_snm",
            "nra_reduksjon_40pst_stmarks_1aar_sfinkt" =
              "nra_reduksjon_40pst_stmarks_1aar_sfinkt",
            "nra_reduksjon_40pst_stmarks_5aar_sfinkt" =
              "nra_reduksjon_40pst_stmarks_5aar_sfinkt",
            "nra_reduksjon_40pst_stmarks_1aar_snm" =
              "nra_reduksjon_40pst_stmarks_1aar_snm",
            "nra_reduksjon_40pst_stmarks_5aar_snm" =
              "nra_reduksjon_40pst_stmarks_5aar_snm",
            "St. Mark’s Inkontinensskår <=9 1 år etter operasjon med SNM - alle" =
              "stmarks_9_1aar_snm_v2",
            "St. Mark’s Inkontinensskår <=9 5 år etter operasjon med SNM - alle" =
              "stmarks_9_5aar_snm_v2",
            "St. Mark’s Inkontinensskår <=12 1 år etter operasjon med SNM - alle" =
              "stmarks_12_1aar_snm_v2",
            "St. Mark’s Inkontinensskår <=12 5 år etter operasjon med SNM - alle" =
              "stmarks_12_5aar_snm_v2",
            "St. Mark’s Inkontinensskår <=9 1 år etter sfinkterplastikk - alle" =
              "stmarks_9_1aar_sfinkt_v2",
            "St. Mark’s Inkontinensskår <=9 5 år etter sfinkterplastikk - alle" =
              "stmarks_9_5aar_sfinkt_v2",
            "St. Mark’s Inkontinensskår <=12 1 år etter sfinkterplastikk - alle" =
              "stmarks_12_1aar_sfinkt_v2",
            "St. Mark’s Inkontinensskår <=12 5 år etter sfinkterplastikk - alle" =
              "stmarks_12_5aar_sfinkt_v2",
            "Wexnerskår <=9 1 år etter operasjon med SNM - alle" =
              "wexner_9_1aar_snm_v2",
            "Wexnerskår <=12 1 år etter operasjon med SNM - alle" =
              "wexner_12_1aar_snm_v2",
            "Wexnerskår <=9 5 år etter operasjon med SNM - alle" =
              "wexner_9_5aar_snm_v2",
            "Wexnerskår <=12 5 år etter operasjon med SNM - alle" =
              "wexner_12_5aar_snm_v2",
            "Wexnerskår <=9 1 år etter sfinkterplastikk - alle" =
              "wexner_9_1aar_sfinkt_v2",
            "Wexnerskår <=12 1 år etter sfinkterplastikk - alle" =
              "wexner_12_1aar_sfinkt_v2",
            "Inkontinensskår <=9 1 år etter operasjon med SNM - alle" =
              "nra_inkontinensscore_9_1aar_snm_v2",
            "Inkontinensskår <=12 1 år etter operasjon med SNM - alle" =
              "nra_inkontinensscore_12_1aar_snm_v2",
            "Inkontinensskår <=9 1 år etter sfinkterplastikk - alle" =
              "nra_inkontinensscore_9_1aar_sfinkt_v2",
            "Inkontinensskår <=12 1 år etter sfinkterplastikk - alle" =
              "nra_inkontinensscore_12_1aar_sfinkt_v2",
            "Inkontinensskår <=9 5 år etter operasjon med SNM - alle" =
              "nra_inkontinensscore_9_5aar_snm_v2",
            "Inkontinensskår <=12 5 år etter operasjon med SNM - alle" =
              "nra_inkontinensscore_12_5aar_snm_v2",
            "Inkontinensskår <=9 5 år etter sfinkterplastikk - alle" =
              "nra_inkontinensscore_9_5aar_sfinkt_v2",
            "Inkontinensskår <=12 5 år etter sfinkterplastikk - alle" =
              "nra_inkontinensscore_12_5aar_sfinkt_v2"),
        selected = 1
      ),
      uiOutput(outputId = ns('tilAar')),
      selectInput(inputId = ns("bildeformat"),
                  label = "Velg bildeformat",
                  choices = c('pdf', 'svg'))
    ),
    # Show a plot of the generated distribution
    mainPanel(
      tabsetPanel(
        id = ns("tab"),
        tabPanel("Figur", value = "fig",
                 plotOutput(ns("Figur1"), height="auto"),
                 downloadButton(ns("lastNedBilde"), "Last ned figur")),
        tabPanel("Tabell", value = "tab",
                 tableOutput(ns("Tabell1")),
                 downloadButton(ns("lastNed_tab"), "Last ned tabell")
        )
      )
    )
  )
}

#' Modul for indikatorfigurer i NRA sin shiny-app på Rapporteket
#'
#' Kun til bruk i Shiny
#'
#' @return Serverdel av indikatorfane
#' @export
#'
indikatorfig_server <- function(id, RegData, hvd_session){
  moduleServer(
    id,
    function(input, output, session) {

      output$tilAar <- renderUI({
        ns <- session$ns
        selectInput(
          inputId = ns("tilAar_verdi"), label = "T.o.m. år",
          choices =
            rev((min(RegData$Aar, na.rm = T)+2):max(RegData$Aar, na.rm = T)))
      })



      indikatorData <- reactive({
        indikatordata <- nra::nraBeregnIndikator(RegData=RegData,
                                                 valgtVar=input$valgtVar)
        TabellData <- indikatordata$indikator
        TabellData <- TabellData[which(TabellData$year <=
                                         as.numeric(req(input$tilAar_verdi))), ]
        indikatordata$indikator <- TabellData
        indikatordata
      })

      output$Figur1 <- renderPlot({
        indikator <- req(indikatorData()$indikator)
        plotdata <- indikator[, c('AvdRESH', 'year', 'var', "SenterKortNavn")]
        nra::nraFigIndikator_v4(
          plotdata, tittel = indikatorData()$tittel,
          terskel = indikatorData()$terskel, maal = indikatorData()$maal,
          minstekrav = indikatorData()$minstekrav,
          maalretn = indikatorData()$maalRetn, xmax = indikatorData()$xmax,
          decreasing =indikatorData()$decreasing, outfile='')
      }, width = 700, height = 700)


      output$lastNedBilde <- downloadHandler(
        filename = function(){
          paste0('fig_', input$valgtVar, Sys.time(), '.', input$bildeformat)
        },

        content = function(file){
          indikator <- req(indikatorData()$indikator)
          plotdata <- indikator[, c('AvdRESH', 'year', 'var', "SenterKortNavn")]
          nra::nraFigIndikator_v4(
            plotdata, tittel = indikatorData()$tittel,
            terskel = indikatorData()$terskel, maal = indikatorData()$maal,
            minstekrav = indikatorData()$minstekrav,
            maalretn = indikatorData()$maalRetn, xmax = indikatorData()$xmax,
            decreasing =indikatorData()$decreasing, outfile=file)
        }
      )



      indikatortab <- function(indikatordata) {
        Tabell <- req(indikatordata) %>%
          dplyr::filter(year <= as.numeric(input$tilAar_verdi)) %>%
          dplyr::filter(year >= (as.numeric(input$tilAar_verdi)-2)) %>%
          dplyr::group_by(SenterKortNavn, year) %>%
          dplyr::summarise(Antall = as.integer(sum(var)),
                           N = dplyr::n(),
                           Andel = Antall/N*100)
        Tabell$Antall[Tabell$N < 5] <- NA
        Tabell$Andel[Tabell$N < 5] <- NA
        Tabell
      }

      output$Tabell1 <- renderTable({
        indikatortab(indikatorData()$indikator)
      }, digits = 0, na = "")


      output$lastNed_tab <- downloadHandler(
        filename = function(){
          paste0('indikator_', input$valgtVar, Sys.time(), '.csv')
        },
        content = function(file){
          TabellData <- indikatortab(indikatorData()$indikator)
          write.csv2(TabellData, file, row.names = F, na = "",
                     fileEncoding = "Latin1")
        }
      )


      shiny::observe({
        if (rapbase::isRapContext()) {
          if (req(input$tab) == "fig") {
            mld_fordeling <- paste0(
              "NRA: indikatorfig. variabel - ",
              input$valgtVar)
          }
          if (req(input$tab) == "tab") {
            mld_fordeling <- paste(
              "NRA: indikatortab. variabel - ",
              input$valgtVar)
          }
          rapbase::repLogger(
            session = hvd_session,
            msg = mld_fordeling
          )
          mldLastNedFig <- paste(
            "NRA: nedlasting indikatorfig. variabel -",
            input$valgtVar
          )
          mldLastNedTab <- paste(
            "NRA: nedlasting indikatortab. variabel -",
            input$valgtVar
          )
          shinyjs::onclick(
            "lastNedBilde",
            rapbase::repLogger(
              session = hvd_session,
              msg = mldLastNedFig
            )
          )
          shinyjs::onclick(
            "lastNed_tab",
            rapbase::repLogger(
              session = hvd_session,
              msg = mldLastNedTab
            )
          )
        }
      })
    }
  )
}