doc/nraKjorefil.R
In Rapporteket/nra: Resultattjenester for Nasjonalt register for analinkontinens
rm(list = ls())
library(nra)
library(tidyverse)
RegData <- nra::nraHentRegData()
Skjemaoversikt <- nra::nraHentTabell("SkjemaOversikt")
RegData <- nra::nraPreprosess(RegData=RegData)
allevar <- nraHentTabell("alleVarNum")
basisdata <- allevar[allevar$ForlopsType1Num %in% 1:2, ]
basisdata <- basisdata[, colSums(is.na(basisdata)) != dim(basisdata)[1]]
oppfdata <- allevar[allevar$ForlopsType1Num %in% 3:4, ]
oppfdata <- oppfdata[, colSums(is.na(oppfdata)) != dim(oppfdata)[1]]
oppf1 <- oppfdata[oppfdata$ForlopsType1Num==3, ]
oppf5 <- oppfdata[oppfdata$ForlopsType1Num==4, ]
names(oppf1) <- paste0(names(oppf1), "_oppf1")
names(oppf5) <- paste0(names(oppf5), "_oppf5")
RegData_flat <- basisdata %>%
merge(oppf1, by.x = "ForlopsID", by.y = "KobletForlopsID_oppf1", all.x = T) %>%
merge(oppf5, by.x = "ForlopsID", by.y = "KobletForlopsID_oppf5", all.x = T)
dim(RegData[which(RegData$HovedDato < "2020-11-16" & !is.na(RegData$EQ5DSkore)), ])
RegData[which(RegData$HovedDato < "2020-11-16" & !is.na(RegData$EQ5DSkore)), "EQ5DSkore"]
RegData[which(RegData$HovedDato < "2020-11-16" & !is.na(RegData$EQ5DSkore)), "PasientID"]
RegData[which(RegData$HovedDato < "2020-11-16" & !is.na(RegData$EQ5DSkore)), "ForlopsType1"]
RegData[which(RegData$HovedDato < "2020-11-16" & !is.na(RegData$EQ5DSkore)), "SenterKortNavn"]
tmp <- RegData[which(RegData$HovedDato < "2020-11-16" & !is.na(RegData$EQ5DSkore)), ]
RegData$PasientID[which(!is.na(RegData$EQ5DSmerte[RegData$HovedDato < "2020-11-16"]))]
RegData$ForlopsType1[which(!is.na(RegData$EQ5DSmerte[RegData$HovedDato < "2020-11-16"]))]
RegData$EQ5DSkore[which(!is.na(RegData$EQ5DSkore[RegData$HovedDato < "2020-11-16"]))]
setwd('c:/GIT/nra/doc')
rm(list = ls())
library(shiny)
library(nra)
library(tidyverse)
library(kableExtra)
library(DT)
library(lubridate)
RegData <- read.table('I:/nra/alleVarNum2021-02-12 11-10-47.txt', header=TRUE, sep=";", encoding = 'UTF-8', stringsAsFactors = F)
RegData <- RegData[, c('ForlopsID', 'Ukjent', 'AnnenBekkenKirurgi', 'AnnetTraume', 'Hemoroidereksjon', 'NevrologiskSykdom', 'ObsteriskSkade',
'PeriferNervskade', 'PerinealAbscess', 'Rectumreseksjon', 'Sfinkterotomi', 'AnnetEtiologi', 'Konservativ',
'Irrigasjon', 'Tibialisstimulering', 'AnalInjection', 'SNM', 'Sfinkterplastikk', 'Rectopexi',
'KirurgiForRectumprolaps', 'Gracilisplastikk', 'Stomi', 'AnnetTidligereBeh', "SenterKortNavn", "Symtomvarighet",
"Ultralyd", "PartiellDefekt", "FullveggsdefektYtreSfinkter", "FullveggsdefektIndreSfinkter", "GenQol",
"StMarksTotalScore", "QolSexualitet", "KobletForlopsID", "Tilfredshet", "Urinlekkasje", "Komplikasjon",
"KomplikasjonT2", "PostopKomplikasjoner", "Bloedning", "Saarinfeksjon", "Saardehisens", "InkontinensFoerTest",
"UrgencyFoerTest", "AvfoeringerFoerTest", "LekkasjedagerFoer", "InkontinensUnderTest", "UrgencyUnderTest",
"AvfoeringerUnderTest", "LekkasjedagerUnder", 'OppfoelgingMulig',
'ABD65', 'ABD652AT2','ABD60', "WexFastAvfoering", "WexBind", "WexFlytendeAvfoering", "WexLuft",
"WexLivsstilsendring", "WexnerTotalScore", "Testprosedyre")]
ForlopData <- read.table('I:/nra/ForlopsOversikt2021-02-12 11-10-47.txt', header=TRUE, sep=";", encoding = 'UTF-8', stringsAsFactors = F)
ForlopData <- ForlopData[, c('ForlopsID', 'HovedDato','PasientAlder', 'PasientID', 'AvdRESH', 'Sykehusnavn', 'ForlopsType1Num',
'ForlopsType2Num', 'ErMann', 'ForlopsType1', 'ForlopsType2', "OppflgRegStatus")]
RegData <- merge(RegData, ForlopData, by = "ForlopsID", suffixes = c('', '_2'))
Skjemaoversikt <- read.table('I:/nra/SkjemaOversikt2021-02-12 11-10-47.txt', header=TRUE, sep=";", encoding = 'UTF-8', stringsAsFactors = F)
RegData <- nra::nraPreprosess(RegData=RegData)
tmp <- merge(Skjemaoversikt[Skjemaoversikt$Skjemanavn == '1A Anamnese', ], Skjemaoversikt[Skjemaoversikt$Skjemanavn == '1B Symptom', ],
by = 'ForlopsID', suffixes = c('', '1B'))
tmp <- merge(tmp, RegData[, c("ForlopsID", "PasientID")], by='ForlopsID', all.x = T)
tmp <- merge(tmp, Skjemaoversikt[Skjemaoversikt$Skjemanavn %in% c('2A SNM-1'), ], suffixes = c('','SNM1'), by = 'ForlopsID', all.x = T)
tmp <- merge(tmp, Skjemaoversikt[Skjemaoversikt$Skjemanavn %in% c('2A SNM-2'), ], suffixes = c('','SNM2'), by = 'ForlopsID', all.x = T)
tmp <- merge(tmp, Skjemaoversikt[Skjemaoversikt$Skjemanavn %in% c('2B Sfinkter'), ], suffixes = c('','Sfinkter'), by = 'ForlopsID', all.x = T)
tmp2 <- merge(Skjemaoversikt[Skjemaoversikt$Skjemanavn %in% c('1B Oppfølging 1 år'),], RegData[, c("ForlopsID", "KobletForlopsID")], by='ForlopsID')
tmp <- merge(tmp, tmp2, suffixes = c('','Oppf1'), by.x = 'ForlopsID', by.y = "KobletForlopsID", all.x = T)
tmp2 <- merge(Skjemaoversikt[Skjemaoversikt$Skjemanavn %in% c('1B Oppfølging 5 år'),], RegData[, c("ForlopsID", "KobletForlopsID")], by='ForlopsID')
skjema_utflatet <- merge(tmp, tmp2, suffixes = c('','Oppf5'), by.x = 'ForlopsID', by.y = "KobletForlopsID", all.x = T)
write.csv2(skjema_utflatet, "I:/nra/skjema_utflatet.csv", row.names = F, fileEncoding = "Latin1")
table(skjema_utflatet[, c("SkjemaStatus", "SkjemaStatus1B")], useNA = "ifany")
library(nra)
rm(list = ls())
RegData <- read.table('I:/nra/alleVarNum2019-09-23 09-00-05.txt', header=TRUE, sep=";", encoding = 'UTF-8')
RegData <- RegData[, c('ForlopsID', 'Ukjent', 'AnnenBekkenKirurgi', 'AnnetTraume', 'Hemoroidereksjon', 'NevrologiskSykdom', 'ObsteriskSkade',
'PeriferNervskade', 'PerinealAbscess', 'Rectumreseksjon', 'Sfinkterotomi', 'AnnetEtiologi', 'Konservativ',
'Irrigasjon', 'Tibialisstimulering', 'AnalInjection', 'SNM', 'Sfinkterplastikk', 'Rectopexi',
'KirurgiForRectumprolaps', 'Gracilisplastikk', 'Stomi', 'AnnetTidligereBeh', "SenterKortNavn", "Symtomvarighet",
"Ultralyd", "PartiellDefekt", "FullveggsdefektYtreSfinkter", "FullveggsdefektIndreSfinkter", "GenQol",
"StMarksTotalScore", "QolSexualitet", "KobletForlopsID", "Tilfredshet", "Urinlekkasje", "Komplikasjon",
"KomplikasjonT2", "PostopKomplikasjoner", "Bloedning", "Saarinfeksjon", "Saardehisens", "InkontinensFoerTest",
"UrgencyFoerTest", "AvfoeringerFoerTest", "LekkasjedagerFoer", "InkontinensUnderTest", "UrgencyUnderTest",
"AvfoeringerUnderTest", "LekkasjedagerUnder", 'OppfoelgingMulig',
'ABD65', 'ABD652AT2','ABD60')]
ForlopData <- read.table('I:/nra/ForlopsOversikt2019-09-23 09-00-04.txt', header=TRUE, sep=";", encoding = 'UTF-8')
ForlopData <- ForlopData[, c('ForlopsID', 'HovedDato','PasientAlder', 'PasientID', 'AvdRESH', 'Sykehusnavn', 'ForlopsType1Num',
'ForlopsType2Num', 'ErMann', 'ForlopsType1', 'ForlopsType2', "OppflgRegStatus")]
RegData <- merge(RegData, ForlopData, by = "ForlopsID", suffixes = c('', '_2'))
RegData <- nraPreprosess(RegData=RegData)
reshID <- 601225 # #Må sendes med til funksjon
minald <- 0 #alder, fra og med
maxald <- 130 #alder, til og med
erMann <- 99
datoFra <- '2012-01-01' # min og max dato i utvalget vises alltid i figuren.
datoTil <- '2019-12-31'
enhetsUtvalg <- 1 #0-hele landet, 1-egen enhet mot resten av landet, 2-egen enhet
# valgtVar <- 'Etiologi'
# valgtVar <- 'TidlBeh'
# valgtVar <- 'Tilfredshet'
# valgtVar <- 'Sfinktervurdering'
valgtVar <- 'PasientAlder'
# valgtVar <- 'Komplikasjon'
# valgtVar <- 'KomplikasjonT2'
# valgtVar <- 'KomplSNMtot'
# valgtVar <- 'KomplSfinkter'
# valgtVar <- 'Etiologi'
# valgtVar <- 'SNMdagbok'
# valgtVar <- 'Symtomvarighet'
outfile <- ''
# outfile <- paste0(valgtVar, '.pdf')
preprosess<-F
hentData <- F
forlopstype1=99
forlopstype2=99
valgtShus <- '' #c('601225', '700116')
if (outfile == '') {x11()}
tallgrunnlag <- nraFigAndeler(RegData=RegData, valgtVar=valgtVar, datoFra=datoFra, datoTil=datoTil,
minald=minald, maxald=maxald, erMann=erMann, outfile=outfile,
reshID=reshID, enhetsUtvalg=enhetsUtvalg, preprosess=preprosess, hentData=hentData,
valgtShus = valgtShus, forlopstype1=forlopstype1, forlopstype2=forlopstype2)
############### St. Marks osv... ########################
##########
valgtVar <- 'StMarksTotalScore'
# valgtVar <- 'GenQol'
# valgtVar <- 'QolSexualitet'
# valgtVar <- 'Urinlekkasje'
sammenlign <- 2
if (outfile == '') {x11()}
utdata2 <- nraGjsnPrePost(RegData=RegData, valgtVar=valgtVar, datoFra=datoFra, datoTil=datoTil,
minald=minald, maxald=maxald, erMann=erMann, outfile=outfile,
reshID=reshID, preprosess=preprosess, hentData=hentData,
forlopstype1=forlopstype1, forlopstype2=forlopstype2, sammenlign=sammenlign)
tibble(Sykehus = utdata0$grtxt, gj.sn = as.numeric(utdata0$PlotMatrise), KI_nedre = as.numeric(utdata0$KIned),
KI_ovre = as.numeric(utdata0$KIopp), N = utdata0$Ngr) %>%
knitr::kable("html", digits = c(0,1,1,1,0)) %>%
kable_styling("hover", full_width = F)
tibble(Sykehus = utdata0$grtxt, gj.sn. = as.numeric(utdata0$PlotMatrise),
KI = paste0(sprintf("%.1f", as.numeric(utdata0$KIned)), '-', sprintf("%.1f", as.numeric(utdata0$KIopp))), N = utdata0$Ngr)%>%
knitr::kable("html", digits = c(0,1,0,0)) %>%
kable_styling("hover", full_width = F)
tibble(Sykehus = utdata1$grtxt, gj.sn. = as.numeric(utdata1$PlotMatrise[1,]),
KI = paste0(sprintf("%.1f", as.numeric(utdata1$KIned[1,])), '-', sprintf("%.1f", as.numeric(utdata1$KIopp[1,]))),
gj.sn. = as.numeric(utdata1$PlotMatrise[2,]),
KI = paste0(sprintf("%.1f", as.numeric(utdata1$KIned[2,])), '-', sprintf("%.1f", as.numeric(utdata1$KIopp[2,]))),
N = utdata1$Ngr, .name_repair = "minimal") %>% knitr::kable("html", digits = c(0,1,0,1,0,0)) %>%
kable_styling("hover", full_width = F) %>%
add_header_above(c(" ", "Før intervensjon" = 2, "1. årskontroll" = 2, " "))
tibble(Sykehus = utdata2$grtxt, gj.sn. = as.numeric(utdata2$PlotMatrise[1,]),
KI = paste0(sprintf("%.1f", as.numeric(utdata2$KIned[1,])), '-', sprintf("%.1f", as.numeric(utdata2$KIopp[1,]))),
gj.sn. = as.numeric(utdata2$PlotMatrise[2,]),
KI = paste0(sprintf("%.1f", as.numeric(utdata2$KIned[2,])), '-', sprintf("%.1f", as.numeric(utdata2$KIopp[2,]))),
gj.sn. = as.numeric(utdata2$PlotMatrise[3,]),
KI = paste0(sprintf("%.1f", as.numeric(utdata2$KIned[3,])), '-', sprintf("%.1f", as.numeric(utdata2$KIopp[3,]))),
N = utdata2$Ngr, .name_repair = "minimal") %>% knitr::kable("html", digits = c(0,1,0,1,0,1,0,0)) %>%
kable_styling("hover", full_width = F) %>%
add_header_above(c(" ", "Før intervensjon" = 2, "1-årskontroll" = 2, "5-årskontroll" = 2, " "))
############# SNM-dagbok ################################
enhetsUtvalg <- 2
valgtShus <- c('601225', '700116')
if (outfile == '') {x11()}
nraSNMdagbok(RegData=RegData, datoFra=datoFra, datoTil=datoTil, enhetsUtvalg=enhetsUtvalg, valgtShus = valgtShus,
outfile = outfile, preprosess=preprosess, minald=minald, maxald=maxald,
erMann=erMann, reshID=reshID, hentData=hentData, forlopstype1=forlopstype1, forlopstype2=forlopstype2)
###########
table(RegData$KomplikasjonT2[RegData$ForlopsType1Num==2 & RegData$ForlopsType2Num == 2], useNA = 'ifany')
# RegData[which(RegData$QolSexualitet==99), c('ForlopsID', 'PasientID', 'ForlopsType1', 'ForlopsType1Num', "HovedDato")]
tmp <- RegData[RegData$PatientID %in% as.numeric(names(sort(table(RegData$PatientID[!is.na(RegData$Symtomvarighet)], useNA = 'ifany'),
decreasing = T))[1:15]) & RegData$ForlopsType1Num %in% 1:2, c("PatientID", "HovedDato", "TestSluttDato", "FyllDato1A", "FyllDato1B", "ForlopsType1", "ForlopsType2")]
tmp[order(tmp$PatientID), ]
tmp2 <- RegData[, c("Ultralyd", "PartiellDefekt", "FullveggsdefektYtreSfinkter", "FullveggsdefektIndreSfinkter")]
#
# utforsk <- RegData[which(RegData$KobletForlopsID.x %in% RegData$ForlopsID), ]
# RegData[RegData$PasientID==24, c("PasientID", 'AnnenBekkenKirurgi', 'AnnetTraume', "Hemoroidereksjon",
# "NevrologiskSykdom", "ObsteriskSkade", "PeriferNervskade", "PerinealAbscess", "Rectumreseksjon",
# "Sfinkterotomi")]
# Etiologi <- read.table('C:/SVN/jasper/nra/data/Etiologi2016-04-18 08-37-06.txt', header=TRUE, sep=";", encoding = 'UFT-8')
# SkjemaOversikt <- read.table('C:/SVN/jasper/nra/data/SkjemaOversikt2016-04-18 08-37-06.txt', header=TRUE, sep=";", encoding = 'UFT-8')
# Sykehuskoder <- read.table('C:/SVN/jasper/nra/data/Sykehuskoder2016-04-18 08-37-06.txt', header=TRUE, sep=";", encoding = 'UFT-8')
# TidligereBeh <- read.table('C:/SVN/jasper/nra/data/TidligereBeh2016-04-18 08-37-06.txt', header=TRUE, sep=";", encoding = 'UFT-8')
# GammelData <- read.table('C:/SVN/jasper/nra/data/all_variables2015-10-27 14-38-35.txt', header=TRUE, sep=";", encoding = 'UFT-8')
# write.csv2(RegData, file='nradataforviewing.csv', row.names = FALSE)
Rapporteket/nra documentation built on Sept. 15, 2024, 2:10 p.m.
R Package Documentation
Browse R Packages
We want your feedback!
Note that we can't provide technical support on individual packages. You should contact the package authors for that.
rm(list = ls())
library(nra)
library(tidyverse)
RegData <- nra::nraHentRegData()
Skjemaoversikt <- nra::nraHentTabell("SkjemaOversikt")
RegData <- nra::nraPreprosess(RegData=RegData)
allevar <- nraHentTabell("alleVarNum")
basisdata <- allevar[allevar$ForlopsType1Num %in% 1:2, ]
basisdata <- basisdata[, colSums(is.na(basisdata)) != dim(basisdata)[1]]
oppfdata <- allevar[allevar$ForlopsType1Num %in% 3:4, ]
oppfdata <- oppfdata[, colSums(is.na(oppfdata)) != dim(oppfdata)[1]]
oppf1 <- oppfdata[oppfdata$ForlopsType1Num==3, ]
oppf5 <- oppfdata[oppfdata$ForlopsType1Num==4, ]
names(oppf1) <- paste0(names(oppf1), "_oppf1")
names(oppf5) <- paste0(names(oppf5), "_oppf5")
RegData_flat <- basisdata %>%
merge(oppf1, by.x = "ForlopsID", by.y = "KobletForlopsID_oppf1", all.x = T) %>%
merge(oppf5, by.x = "ForlopsID", by.y = "KobletForlopsID_oppf5", all.x = T)
dim(RegData[which(RegData$HovedDato < "2020-11-16" & !is.na(RegData$EQ5DSkore)), ])
RegData[which(RegData$HovedDato < "2020-11-16" & !is.na(RegData$EQ5DSkore)), "EQ5DSkore"]
RegData[which(RegData$HovedDato < "2020-11-16" & !is.na(RegData$EQ5DSkore)), "PasientID"]
RegData[which(RegData$HovedDato < "2020-11-16" & !is.na(RegData$EQ5DSkore)), "ForlopsType1"]
RegData[which(RegData$HovedDato < "2020-11-16" & !is.na(RegData$EQ5DSkore)), "SenterKortNavn"]
tmp <- RegData[which(RegData$HovedDato < "2020-11-16" & !is.na(RegData$EQ5DSkore)), ]
RegData$PasientID[which(!is.na(RegData$EQ5DSmerte[RegData$HovedDato < "2020-11-16"]))]
RegData$ForlopsType1[which(!is.na(RegData$EQ5DSmerte[RegData$HovedDato < "2020-11-16"]))]
RegData$EQ5DSkore[which(!is.na(RegData$EQ5DSkore[RegData$HovedDato < "2020-11-16"]))]
setwd('c:/GIT/nra/doc')
rm(list = ls())
library(shiny)
library(nra)
library(tidyverse)
library(kableExtra)
library(DT)
library(lubridate)
RegData <- read.table('I:/nra/alleVarNum2021-02-12 11-10-47.txt', header=TRUE, sep=";", encoding = 'UTF-8', stringsAsFactors = F)
RegData <- RegData[, c('ForlopsID', 'Ukjent', 'AnnenBekkenKirurgi', 'AnnetTraume', 'Hemoroidereksjon', 'NevrologiskSykdom', 'ObsteriskSkade',
'PeriferNervskade', 'PerinealAbscess', 'Rectumreseksjon', 'Sfinkterotomi', 'AnnetEtiologi', 'Konservativ',
'Irrigasjon', 'Tibialisstimulering', 'AnalInjection', 'SNM', 'Sfinkterplastikk', 'Rectopexi',
'KirurgiForRectumprolaps', 'Gracilisplastikk', 'Stomi', 'AnnetTidligereBeh', "SenterKortNavn", "Symtomvarighet",
"Ultralyd", "PartiellDefekt", "FullveggsdefektYtreSfinkter", "FullveggsdefektIndreSfinkter", "GenQol",
"StMarksTotalScore", "QolSexualitet", "KobletForlopsID", "Tilfredshet", "Urinlekkasje", "Komplikasjon",
"KomplikasjonT2", "PostopKomplikasjoner", "Bloedning", "Saarinfeksjon", "Saardehisens", "InkontinensFoerTest",
"UrgencyFoerTest", "AvfoeringerFoerTest", "LekkasjedagerFoer", "InkontinensUnderTest", "UrgencyUnderTest",
"AvfoeringerUnderTest", "LekkasjedagerUnder", 'OppfoelgingMulig',
'ABD65', 'ABD652AT2','ABD60', "WexFastAvfoering", "WexBind", "WexFlytendeAvfoering", "WexLuft",
"WexLivsstilsendring", "WexnerTotalScore", "Testprosedyre")]
ForlopData <- read.table('I:/nra/ForlopsOversikt2021-02-12 11-10-47.txt', header=TRUE, sep=";", encoding = 'UTF-8', stringsAsFactors = F)
ForlopData <- ForlopData[, c('ForlopsID', 'HovedDato','PasientAlder', 'PasientID', 'AvdRESH', 'Sykehusnavn', 'ForlopsType1Num',
'ForlopsType2Num', 'ErMann', 'ForlopsType1', 'ForlopsType2', "OppflgRegStatus")]
RegData <- merge(RegData, ForlopData, by = "ForlopsID", suffixes = c('', '_2'))
Skjemaoversikt <- read.table('I:/nra/SkjemaOversikt2021-02-12 11-10-47.txt', header=TRUE, sep=";", encoding = 'UTF-8', stringsAsFactors = F)
RegData <- nra::nraPreprosess(RegData=RegData)
tmp <- merge(Skjemaoversikt[Skjemaoversikt$Skjemanavn == '1A Anamnese', ], Skjemaoversikt[Skjemaoversikt$Skjemanavn == '1B Symptom', ],
by = 'ForlopsID', suffixes = c('', '1B'))
tmp <- merge(tmp, RegData[, c("ForlopsID", "PasientID")], by='ForlopsID', all.x = T)
tmp <- merge(tmp, Skjemaoversikt[Skjemaoversikt$Skjemanavn %in% c('2A SNM-1'), ], suffixes = c('','SNM1'), by = 'ForlopsID', all.x = T)
tmp <- merge(tmp, Skjemaoversikt[Skjemaoversikt$Skjemanavn %in% c('2A SNM-2'), ], suffixes = c('','SNM2'), by = 'ForlopsID', all.x = T)
tmp <- merge(tmp, Skjemaoversikt[Skjemaoversikt$Skjemanavn %in% c('2B Sfinkter'), ], suffixes = c('','Sfinkter'), by = 'ForlopsID', all.x = T)
tmp2 <- merge(Skjemaoversikt[Skjemaoversikt$Skjemanavn %in% c('1B Oppfølging 1 år'),], RegData[, c("ForlopsID", "KobletForlopsID")], by='ForlopsID')
tmp <- merge(tmp, tmp2, suffixes = c('','Oppf1'), by.x = 'ForlopsID', by.y = "KobletForlopsID", all.x = T)
tmp2 <- merge(Skjemaoversikt[Skjemaoversikt$Skjemanavn %in% c('1B Oppfølging 5 år'),], RegData[, c("ForlopsID", "KobletForlopsID")], by='ForlopsID')
skjema_utflatet <- merge(tmp, tmp2, suffixes = c('','Oppf5'), by.x = 'ForlopsID', by.y = "KobletForlopsID", all.x = T)
write.csv2(skjema_utflatet, "I:/nra/skjema_utflatet.csv", row.names = F, fileEncoding = "Latin1")
table(skjema_utflatet[, c("SkjemaStatus", "SkjemaStatus1B")], useNA = "ifany")
library(nra)
rm(list = ls())
RegData <- read.table('I:/nra/alleVarNum2019-09-23 09-00-05.txt', header=TRUE, sep=";", encoding = 'UTF-8')
RegData <- RegData[, c('ForlopsID', 'Ukjent', 'AnnenBekkenKirurgi', 'AnnetTraume', 'Hemoroidereksjon', 'NevrologiskSykdom', 'ObsteriskSkade',
'PeriferNervskade', 'PerinealAbscess', 'Rectumreseksjon', 'Sfinkterotomi', 'AnnetEtiologi', 'Konservativ',
'Irrigasjon', 'Tibialisstimulering', 'AnalInjection', 'SNM', 'Sfinkterplastikk', 'Rectopexi',
'KirurgiForRectumprolaps', 'Gracilisplastikk', 'Stomi', 'AnnetTidligereBeh', "SenterKortNavn", "Symtomvarighet",
"Ultralyd", "PartiellDefekt", "FullveggsdefektYtreSfinkter", "FullveggsdefektIndreSfinkter", "GenQol",
"StMarksTotalScore", "QolSexualitet", "KobletForlopsID", "Tilfredshet", "Urinlekkasje", "Komplikasjon",
"KomplikasjonT2", "PostopKomplikasjoner", "Bloedning", "Saarinfeksjon", "Saardehisens", "InkontinensFoerTest",
"UrgencyFoerTest", "AvfoeringerFoerTest", "LekkasjedagerFoer", "InkontinensUnderTest", "UrgencyUnderTest",
"AvfoeringerUnderTest", "LekkasjedagerUnder", 'OppfoelgingMulig',
'ABD65', 'ABD652AT2','ABD60')]
ForlopData <- read.table('I:/nra/ForlopsOversikt2019-09-23 09-00-04.txt', header=TRUE, sep=";", encoding = 'UTF-8')
ForlopData <- ForlopData[, c('ForlopsID', 'HovedDato','PasientAlder', 'PasientID', 'AvdRESH', 'Sykehusnavn', 'ForlopsType1Num',
'ForlopsType2Num', 'ErMann', 'ForlopsType1', 'ForlopsType2', "OppflgRegStatus")]
RegData <- merge(RegData, ForlopData, by = "ForlopsID", suffixes = c('', '_2'))
RegData <- nraPreprosess(RegData=RegData)
reshID <- 601225 # #Må sendes med til funksjon
minald <- 0 #alder, fra og med
maxald <- 130 #alder, til og med
erMann <- 99
datoFra <- '2012-01-01' # min og max dato i utvalget vises alltid i figuren.
datoTil <- '2019-12-31'
enhetsUtvalg <- 1 #0-hele landet, 1-egen enhet mot resten av landet, 2-egen enhet
# valgtVar <- 'Etiologi'
# valgtVar <- 'TidlBeh'
# valgtVar <- 'Tilfredshet'
# valgtVar <- 'Sfinktervurdering'
valgtVar <- 'PasientAlder'
# valgtVar <- 'Komplikasjon'
# valgtVar <- 'KomplikasjonT2'
# valgtVar <- 'KomplSNMtot'
# valgtVar <- 'KomplSfinkter'
# valgtVar <- 'Etiologi'
# valgtVar <- 'SNMdagbok'
# valgtVar <- 'Symtomvarighet'
outfile <- ''
# outfile <- paste0(valgtVar, '.pdf')
preprosess<-F
hentData <- F
forlopstype1=99
forlopstype2=99
valgtShus <- '' #c('601225', '700116')
if (outfile == '') {x11()}
tallgrunnlag <- nraFigAndeler(RegData=RegData, valgtVar=valgtVar, datoFra=datoFra, datoTil=datoTil,
minald=minald, maxald=maxald, erMann=erMann, outfile=outfile,
reshID=reshID, enhetsUtvalg=enhetsUtvalg, preprosess=preprosess, hentData=hentData,
valgtShus = valgtShus, forlopstype1=forlopstype1, forlopstype2=forlopstype2)
############### St. Marks osv... ########################
##########
valgtVar <- 'StMarksTotalScore'
# valgtVar <- 'GenQol'
# valgtVar <- 'QolSexualitet'
# valgtVar <- 'Urinlekkasje'
sammenlign <- 2
if (outfile == '') {x11()}
utdata2 <- nraGjsnPrePost(RegData=RegData, valgtVar=valgtVar, datoFra=datoFra, datoTil=datoTil,
minald=minald, maxald=maxald, erMann=erMann, outfile=outfile,
reshID=reshID, preprosess=preprosess, hentData=hentData,
forlopstype1=forlopstype1, forlopstype2=forlopstype2, sammenlign=sammenlign)
tibble(Sykehus = utdata0$grtxt, gj.sn = as.numeric(utdata0$PlotMatrise), KI_nedre = as.numeric(utdata0$KIned),
KI_ovre = as.numeric(utdata0$KIopp), N = utdata0$Ngr) %>%
knitr::kable("html", digits = c(0,1,1,1,0)) %>%
kable_styling("hover", full_width = F)
tibble(Sykehus = utdata0$grtxt, gj.sn. = as.numeric(utdata0$PlotMatrise),
KI = paste0(sprintf("%.1f", as.numeric(utdata0$KIned)), '-', sprintf("%.1f", as.numeric(utdata0$KIopp))), N = utdata0$Ngr)%>%
knitr::kable("html", digits = c(0,1,0,0)) %>%
kable_styling("hover", full_width = F)
tibble(Sykehus = utdata1$grtxt, gj.sn. = as.numeric(utdata1$PlotMatrise[1,]),
KI = paste0(sprintf("%.1f", as.numeric(utdata1$KIned[1,])), '-', sprintf("%.1f", as.numeric(utdata1$KIopp[1,]))),
gj.sn. = as.numeric(utdata1$PlotMatrise[2,]),
KI = paste0(sprintf("%.1f", as.numeric(utdata1$KIned[2,])), '-', sprintf("%.1f", as.numeric(utdata1$KIopp[2,]))),
N = utdata1$Ngr, .name_repair = "minimal") %>% knitr::kable("html", digits = c(0,1,0,1,0,0)) %>%
kable_styling("hover", full_width = F) %>%
add_header_above(c(" ", "Før intervensjon" = 2, "1. årskontroll" = 2, " "))
tibble(Sykehus = utdata2$grtxt, gj.sn. = as.numeric(utdata2$PlotMatrise[1,]),
KI = paste0(sprintf("%.1f", as.numeric(utdata2$KIned[1,])), '-', sprintf("%.1f", as.numeric(utdata2$KIopp[1,]))),
gj.sn. = as.numeric(utdata2$PlotMatrise[2,]),
KI = paste0(sprintf("%.1f", as.numeric(utdata2$KIned[2,])), '-', sprintf("%.1f", as.numeric(utdata2$KIopp[2,]))),
gj.sn. = as.numeric(utdata2$PlotMatrise[3,]),
KI = paste0(sprintf("%.1f", as.numeric(utdata2$KIned[3,])), '-', sprintf("%.1f", as.numeric(utdata2$KIopp[3,]))),
N = utdata2$Ngr, .name_repair = "minimal") %>% knitr::kable("html", digits = c(0,1,0,1,0,1,0,0)) %>%
kable_styling("hover", full_width = F) %>%
add_header_above(c(" ", "Før intervensjon" = 2, "1-årskontroll" = 2, "5-årskontroll" = 2, " "))
############# SNM-dagbok ################################
enhetsUtvalg <- 2
valgtShus <- c('601225', '700116')
if (outfile == '') {x11()}
nraSNMdagbok(RegData=RegData, datoFra=datoFra, datoTil=datoTil, enhetsUtvalg=enhetsUtvalg, valgtShus = valgtShus,
outfile = outfile, preprosess=preprosess, minald=minald, maxald=maxald,
erMann=erMann, reshID=reshID, hentData=hentData, forlopstype1=forlopstype1, forlopstype2=forlopstype2)
###########
table(RegData$KomplikasjonT2[RegData$ForlopsType1Num==2 & RegData$ForlopsType2Num == 2], useNA = 'ifany')
# RegData[which(RegData$QolSexualitet==99), c('ForlopsID', 'PasientID', 'ForlopsType1', 'ForlopsType1Num', "HovedDato")]
tmp <- RegData[RegData$PatientID %in% as.numeric(names(sort(table(RegData$PatientID[!is.na(RegData$Symtomvarighet)], useNA = 'ifany'),
decreasing = T))[1:15]) & RegData$ForlopsType1Num %in% 1:2, c("PatientID", "HovedDato", "TestSluttDato", "FyllDato1A", "FyllDato1B", "ForlopsType1", "ForlopsType2")]
tmp[order(tmp$PatientID), ]
tmp2 <- RegData[, c("Ultralyd", "PartiellDefekt", "FullveggsdefektYtreSfinkter", "FullveggsdefektIndreSfinkter")]
#
# utforsk <- RegData[which(RegData$KobletForlopsID.x %in% RegData$ForlopsID), ]
# RegData[RegData$PasientID==24, c("PasientID", 'AnnenBekkenKirurgi', 'AnnetTraume', "Hemoroidereksjon",
# "NevrologiskSykdom", "ObsteriskSkade", "PeriferNervskade", "PerinealAbscess", "Rectumreseksjon",
# "Sfinkterotomi")]
# Etiologi <- read.table('C:/SVN/jasper/nra/data/Etiologi2016-04-18 08-37-06.txt', header=TRUE, sep=";", encoding = 'UFT-8')
# SkjemaOversikt <- read.table('C:/SVN/jasper/nra/data/SkjemaOversikt2016-04-18 08-37-06.txt', header=TRUE, sep=";", encoding = 'UFT-8')
# Sykehuskoder <- read.table('C:/SVN/jasper/nra/data/Sykehuskoder2016-04-18 08-37-06.txt', header=TRUE, sep=";", encoding = 'UFT-8')
# TidligereBeh <- read.table('C:/SVN/jasper/nra/data/TidligereBeh2016-04-18 08-37-06.txt', header=TRUE, sep=";", encoding = 'UFT-8')
# GammelData <- read.table('C:/SVN/jasper/nra/data/all_variables2015-10-27 14-38-35.txt', header=TRUE, sep=";", encoding = 'UFT-8')
# write.csv2(RegData, file='nradataforviewing.csv', row.names = FALSE)
R Package Documentation
Browse R Packages
We want your feedback!
Note that we can't provide technical support on individual packages. You should contact the package authors for that.
Embedding an R snippet on your website
Add the following code to your website.
For more information on customizing the embed code, read Embedding Snippets.