R/funcao_teste_hip_F.R
In Zibetti/Plothtests: Plot Parametric Hypothesis Tests (Z, T, Chi-squared and F)
Defines functions
plot_F_test
Documented in
plot_F_test
#' Plot F Test to Compare Two Variances
#'
#' Plot F Test to Compare Two Variance, the larger sample variance is always placed in the numerator.
#'
#'
#' @param alpha significance level for the critical limits
#' @param alternative a character string specifying the alternative hypothesis, must be one of "two.sided" (default), "greater" or "less".
#' @param df1 degrees of freedom for the sample 1 (default = 10)
#' @param df2 degrees of freedom for the sample 2 (default = 10)
#' @param v1 sample 1 variance (default = 1.5)
#' @param v2 sample 2 variance (default = 2.5)
#' @param ratio the ratio of population variances under the null hypoyhesis (default = 1)
#' @param annotations logical, show annotations in plot figure, TRUE ou FALSE (default = TRUE)
#' @param color integer, color theme for plot, from 1 to 7 so far (default = 3)
#'
#' @export
#'
#' @importFrom utils getFromNamespace
#'
#' @examples
#' plot_F_test(alpha = 0.05, alternative = "two.sided",
#' df1 = 10, df2 = 10,
#' v1 = 1.5, v2 = 2.5,
#' ratio = 1,
#' annotations = TRUE,
#' color = 3)
#'
plot_F_test = function(alpha = 0.05, alternative = "two.sided", df1, df2, v1, v2, ratio = 1, annotations = TRUE, color = 3){
## color function
tema = color_theme(color)
corCurva = tema$corCurva
corPValue = tema$corPValue
corET = tema$corET
corLinhaLimCrit = tema$corLinhaLimCrit
corAreaLimCrit = tema$corAreaLimCrit
# set function to arrow
#iArrows <- igraph:::igraph.Arrows
iArrows = getFromNamespace("igraph.Arrows", "igraph")
#browser()
# Dados - Eixo x:
if (df1 < 2 | df2 < 2) {
x = seq(0,300,by=0.01)
} else {
x = seq(0,30,by=0.01)
}
# Variâncias numerador e denominador
if(v1 > v2){
gl_num = df1
v_num = v1
gl_den = df2
v_den = v2
} else {
gl_num = df2
v_num = v2
gl_den = df1
v_den = v1
}
# Estatistica do Teste - ET
ET = (v_num/v_den)*ratio
# Valores das densidades
DenF = df(x,gl_num,gl_den)
DenET = df(ET,gl_num,gl_den) # Densidade na estatistica amostral
## Bilateral - two.sided ======================================================================================================
if(alternative == "two.sided"){
lic = qf(alpha/2,gl_num, gl_den) # Limite inferior crítico
lsc = qf(1-alpha/2,gl_num, gl_den) # Limite superior crítico
dlic = df(lic,gl_num, gl_den) # Densidade no Limite inferior crítico
dlsc = df(lsc,gl_num, gl_den) # Densidade no Limite superior crítico
# Plot da distribuicao H0
if(ET > lsc){
plot(x, DenF, type="l", xlab = "Statistic values", xlim = c(0,ET+1),ylab = "Density", lwd = 3, col = corCurva, xaxt='n',
main = bquote("Null Distribution :" ~ sigma[A]^2/sigma[B]^2 == 1 ~ ", " ~ df[A] == ~ .(gl_num) ~~~ df[B] == ~ .(gl_den)))
}else{
plot(x, DenF, type="l", xlab = "Statistic values", xlim = c(0,lsc+1),ylab = "Density", lwd = 3, col = corCurva, xaxt='n',
main = bquote("Null Distribution :" ~ sigma[A]^2/sigma[B]^2 == 1 ~ ", " ~ df[A] == ~ .(gl_num) ~~~ df[B] == ~ .(gl_den)))
}
# limites criticos alpha/2
polygon(x = c(lsc, lsc , x[x>lsc] , tail(x, n=1)), # X = conjunto dos valores de lsc até o final
y = c(0 , dlsc , DenF[x>lsc], 0), # Y = conjunto das densidades de lsc até o final
col = corAreaLimCrit, # cor do preenchimento
border = corAreaLimCrit) # cor da borda
polygon(x = c(0 ,0 , x[x<lic] ,lic ,lic), # X = conjunto dos valores de lsc até o final
y = c(0 ,DenF[1] , DenF[x<lic] ,dlic,0), # Y = conjunto das densidades de lsc até o final
col = corAreaLimCrit, # cor do preenchimento
border = corAreaLimCrit) # cor da borda
abline(v = lsc, lty = "dashed", lwd = 2, col = "darkgray")
abline(v = lic, lty = "dashed", lwd = 2, col = "darkgray")
abline(h = 0 , col = "gray" , lwd = 0.5)
points(ET, 0 , col = corET , pch = 16 , cex=1.4)
if(ET > ratio){
area_ET_cum = 1 - pf(ET, gl_num, gl_den) # 1 - (area de 0 até estatistica amostral)
ponto_ET = qf(area_ET_cum, gl_num, gl_den) # ponto de ET na H0 - extremidade oposta
Den_ponto_ET= df(ponto_ET, gl_num, gl_den) # Densidade da ET estatistica amostral bilateral - extremidade oposta
# area do P-value superior
polygon(x = c(ET, ET , x[x>ET] , tail(x, n=1)), # X = conjunto dos valores de lsc até o final
y = c(0 , DenET , DenF[x>ET], 0), # Y = conjunto das densidades de lsc até o final
col = corPValue , density = c(30), angle = c(-45))
# area do P-value inferior
polygon(x = c(0 ,0 , x[x<ponto_ET] ,ponto_ET ,ponto_ET), # X = conjunto dos valores de lsc até o final
y = c(0 ,DenF[1] , DenF[x<ponto_ET] ,Den_ponto_ET ,0), # Y = conjunto das densidades de lsc até o final
col = corPValue , density = c(30), angle = c(-45))
}
if(ET <= ratio){
area_ET_cum = pf(ET, gl_num, gl_den) # (area de 0 até estatistica amostral)
ponto_ET = qf(area_ET_cum, gl_num, gl_den) # Ponto de ET na H0
Den_ponto_ET= df(ponto_ET, gl_num, gl_den) # Densidade da ET estatistica amostral bilateral
ponto_ET_2 = qf(1-area_ET_cum, gl_num, gl_den) # Ponto de ET na H0 - extremidade oposta
Den_ponto_ET_2= df(ponto_ET_2, gl_num, gl_den) # Densidade da ET estatistica amostral bilateral - extremidade oposta
# area do P-value superior
polygon(x = c(ponto_ET , ponto_ET , x[x>ponto_ET] , tail(x, n=1)), # X = conjunto dos valores de lsc até o final
y = c(0 , Den_ponto_ET, DenF[x>ponto_ET], 0), # Y = conjunto das densidades de lsc até o final
col = corPValue , density = c(30), angle = c(-45))
# area do P-value inferior
polygon(x = c(0 ,0 , x[x<ponto_ET_2] ,ponto_ET_2 ,ponto_ET_2), # X = conjunto dos valores de lsc até o final
y = c(0 ,DenF[1] , DenF[x<ponto_ET_2] ,Den_ponto_ET_2 ,0), # Y = conjunto das densidades de lsc até o final
col = corPValue , density = c(30), angle = c(-45))
}
Map(axis, side=1, at = round(c(lic,ET, lsc),2),
col.axis = c("gray" , corET, "gray"),
col.ticks = c("gray", corET, "gray"),
lwd=0, las=1,
lwd.ticks = 2)
# plotar novamente a curva por cima
lines(x, DenF, type="l", xlab = "Statistic values", ylab = "Density", lwd = 3, col = corCurva)
## Anotações - escolha
if(annotations == TRUE){
# posição da legenda relativa ao Plot()
## obtendo os limites do plot
plot_limits = par("usr") # [1]-xini [2]-xfim [3]-yini [4]-yfim
## obtendo o centro do plot
xcent = (plot_limits[2] + plot_limits[1])/2
ycent = (plot_limits[3] + plot_limits[4])/2
# Valor de P arrow -------------------------------------
# arrow direita
iArrows(xcent , ycent, # de (x1,y1)
1.025*abs(ET), plot_limits[4]/100 , # até (x2,y2)
h.lwd = 2,
sh.lwd = 1,
sh.col = corPValue,
sh.lty = 2,
h.lty = 1,
curved = 1/(20*abs(ET)),#0.085,
width = 1,
size = 0.7)
# arrow esquerda
iArrows(xcent , ycent, # de (x1,y1)
0.975*abs(ponto_ET), plot_limits[4]/100, # até (x2,y2)
h.lwd = 2,
sh.lwd = 1,
sh.col = corPValue,
sh.lty = 2,
h.lty = 1,
curved = -1/(20*abs(ET)), #-0.085,
width = 1,
size = 0.7)
text(xcent , ycent,
label = paste("P-value =",round(2*area_ET_cum,2)),
col = corPValue,
pos = 3)
# fim Valor de P arrow ------------------------------------
# Legendas
legenda <- list( bquote( "Test Statistic = F = "~ .(round(ET,2)) ) ,
bquote( alpha == ~.(alpha) ),
bquote( "Critical limits" ~~ "[" ~ .(round(lic,2)) ~ ";" ~ .(round(lsc,2)) ~"]") )
mtext(side = 3, do.call(expression, legenda), line=-1:-3, adj=1, col=c(corET,corAreaLimCrit, "gray"))
}
}
## Superior - greater ======================================================================================================
if(alternative == "greater"){
lsc = qf(1-alpha,gl_num, gl_den) # Limite superior crítico
dlsc = df(lsc,gl_num, gl_den) # Densidade no Limite superior crítico
area_ET_cum = 1-pf(ET, gl_num, gl_den) # 1 - (area de 0 até estatistica amostral)
ponto_ET = qf(area_ET_cum, gl_num, gl_den) # Ponto de ET na H0
Den_ponto_ET= df(ponto_ET, gl_num, gl_den) # Densidade da ET estatistica amostral bilateral
# Plot da distribuicao H0
if(ET > lsc){
plot(x, DenF, type="l", xlab = "Statistic values", xlim = c(0,ET+1),ylab = "Density", lwd = 3, col = corCurva, xaxt='n',
main = bquote("Null Distribution :" ~ sigma[A]^2/sigma[B]^2 == 1 ~ ", " ~ df[A] == ~ .(gl_num) ~~~ df[B] == ~ .(gl_den)))
}else{
plot(x, DenF, type="l", xlab = "Statistic values", xlim = c(0,lsc+1),ylab = "Density", lwd = 3, col = corCurva, xaxt='n',
main = bquote("Null Distribution :" ~ sigma[A]^2/sigma[B]^2 == 1 ~ ", " ~ df[A] == ~ .(gl_num) ~~~ df[B] == ~ .(gl_den)))
}
# limite critico alpha
polygon(x = c(lsc, lsc , x[x>lsc] , tail(x, n=1)), # X = conjunto dos valores de lsc até o final
y = c(0 , dlsc , DenF[x>lsc], 0), # Y = conjunto das densidades de lsc até o final
col = corAreaLimCrit, # cor do preenchimento
border = corAreaLimCrit) # cor da borda
# area do P-value superior
polygon(x = c(ET, ET , x[x>ET] , tail(x, n=1)), # X = conjunto dos valores de lsc até o final
y = c(0 , DenET , DenF[x>ET], 0), # Y = conjunto das densidades de lsc até o final
col = corPValue, density = c(30), angle = c(-45))
abline(v = lsc, lty = "dashed", lwd = 2, col = "darkgray")
abline(h = 0 , col = "gray" , lwd = 0.5)
points(ET, 0 , col = corET , pch = 16 , cex=1.4)
Map(axis, side=1, at = round(c(ET, lsc),2),
col.axis = c(corET, "gray"),
col.ticks = c(corET, "gray"),
lwd=0, las=1,
lwd.ticks = 2)
# plotar novamente a curva por cima
lines(x, DenF, type="l", xlab = "Statistic values", ylab = "Density", lwd = 3, col = corCurva)
## Anotações - escolha
if(annotations == TRUE){
# posição da legenda relativa ao Plot()
## obtendo os limites do plot
plot_limits = par("usr") # [1]-xini [2]-xfim [3]-yini [4]-yfim
## obtendo o centro do plot
xcent = (plot_limits[2] + plot_limits[1])/2
ycent = (plot_limits[3] + plot_limits[4])/2
# Valor de P arrow -------------------------------------
# arrow direita
iArrows(xcent , ycent, # de (x1,y1)
1.025*abs(ET), plot_limits[4]/100 , # até (x2,y2)
h.lwd = 2,
sh.lwd = 1,
sh.col = corPValue,
sh.lty = 2,
h.lty = 1,
curved = 1/(20*abs(ET)),#0.085,
width = 1,
size = 0.7)
text(xcent , ycent,
label = paste("P-value =",round(area_ET_cum,2)),
col = corPValue,
pos = 3)
# fim Valor de P arrow ------------------------------------
# Legendas
legenda <- list( bquote( "Test Statistic = F = "~ .(round(ET,2)) ) ,
bquote( alpha == ~.(alpha) ),
bquote( "Critical limits" ~~ "[ -Inf ;" ~ .(round(lsc,2)) ~"]") )
mtext(side = 3, do.call(expression, legenda), line=-1:-3, adj=1, col=c(corET,corAreaLimCrit, "gray"))
}
}
## Inferior - less ==========================================================================================================
if(alternative == "less"){
lic = qf(alpha,gl_num, gl_den) # Limite inferior crítico
dlic = df(lic,gl_num, gl_den) # Densidade no Limite inferior crítico
area_ET_cum = pf(ET, gl_num, gl_den) # (area de 0 até estatistica amostral)
ponto_ET = qf(area_ET_cum, gl_num, gl_den) # Ponto de ET na H0
Den_ponto_ET= df(ponto_ET, gl_num, gl_den) # Densidade da ET estatistica amostral bilateral
lsc = qf(1-alpha,gl_num, gl_den) # Limite superior crítico
# Plot da distribuicao H0
if(ET > lsc){
plot(x, DenF, type="l", xlab = "Statistic values", xlim = c(0,ET+1),ylab = "Density", lwd = 3, col = corCurva, xaxt='n',
main = bquote("Null Distribution :" ~ sigma[A]^2/sigma[B]^2 == 1 ~ ", " ~ df[A] == ~ .(gl_num) ~~~ df[B] == ~ .(gl_den)))
}else{
plot(x, DenF, type="l", xlab = "Statistic values", xlim = c(0,lsc+1),ylab = "Density", lwd = 3, col = corCurva, xaxt='n',
main = bquote("Null Distribution :" ~ sigma[A]^2/sigma[B]^2 == 1 ~ ", " ~ df[A] == ~ .(gl_num) ~~~ df[B] == ~ .(gl_den)))
}
# limite critico alpha
polygon(x = c(0 ,0 , x[x<lic] ,lic ,lic), # X = conjunto dos valores de lsc até o final
y = c(0 ,DenF[1] , DenF[x<lic] ,dlic,0), # Y = conjunto das densidades de lsc até o final
col = corAreaLimCrit, # cor do preenchimento
border = corAreaLimCrit) # cor da borda
# area do P-value inferior
polygon(x = c(0 ,0 , x[x<ponto_ET] ,ponto_ET ,ponto_ET), # X = conjunto dos valores de lsc até o final
y = c(0 ,DenF[1] , DenF[x<ponto_ET] ,Den_ponto_ET ,0), # Y = conjunto das densidades de lsc até o final
col = corPValue, density = c(30), angle = c(-45))
abline(v = lic, lty = "dashed", lwd = 2, col = "darkgray")
abline(h = 0 , col = "gray" , lwd = 0.5)
points(ET, 0 , col =corET , pch = 16 , cex=1.4)
Map(axis, side=1, at = round(c(lic, ET),2),
col.axis = c("gray" , corET),
col.ticks = c("gray" , corET),
lwd=0, las=1,
lwd.ticks = 2)
# plotar novamente a curva por cima
lines(x, DenF, type="l", xlab = "Statistic values", ylab = "Density", lwd = 3, col = corCurva)
## Anotações - escolha
if(annotations == TRUE){
# posição da legenda relativa ao Plot()
## obtendo os limites do plot
plot_limits = par("usr") # [1]-xini [2]-xfim [3]-yini [4]-yfim
## obtendo o centro do plot
xcent = (plot_limits[2] + plot_limits[1])/2
ycent = (plot_limits[3] + plot_limits[4])/2
# Valor de P arrow -------------------------------------
# arrow esquerda
iArrows(xcent , ycent, # de (x1,y1)
0.975*abs(ET), plot_limits[4]/100, # até (x2,y2)
h.lwd = 2,
sh.lwd = 1,
sh.col = corPValue,
sh.lty = 2,
h.lty = 1,
curved = -min( c(1/3000 , 1/(gl_num*ceiling(ET))) ), #-0.085, curvatura diminui conforme muda a escala - graus de liberdade e ET
width = 1,
size = 0.7)
text(xcent , ycent,
label = paste("P-value =",round(area_ET_cum,2)),
col = corPValue,
pos = 3)
# fim Valor de P arrow ------------------------------------
# Legendas
legenda <- list( bquote( "Test Statistic = F = "~ .(round(ET,2)) ) ,
bquote( alpha == ~.(alpha) ),
bquote( "Critical limits" ~~ "[" ~ .(round(lic,2)) ~"; +Inf]") )
mtext(side = 3, do.call(expression, legenda), line=-1:-3, adj=1, col=c(corET,corAreaLimCrit, "gray"))
}
}
PVAL = switch(alternative,
two.sided = 2*area_ET_cum,
less = area_ET_cum,
greater = area_ET_cum)
return(list(test.statistic = ET, df.num = gl_num, df.den = gl_den, p.value = PVAL))
}
Zibetti/Plothtests documentation built on Feb. 5, 2021, 8:32 p.m.
R Package Documentation
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Defines functions plot_F_test
Documented in plot_F_test
#' Plot F Test to Compare Two Variances
#'
#' Plot F Test to Compare Two Variance, the larger sample variance is always placed in the numerator.
#'
#'
#' @param alpha significance level for the critical limits
#' @param alternative a character string specifying the alternative hypothesis, must be one of "two.sided" (default), "greater" or "less".
#' @param df1 degrees of freedom for the sample 1 (default = 10)
#' @param df2 degrees of freedom for the sample 2 (default = 10)
#' @param v1 sample 1 variance (default = 1.5)
#' @param v2 sample 2 variance (default = 2.5)
#' @param ratio the ratio of population variances under the null hypoyhesis (default = 1)
#' @param annotations logical, show annotations in plot figure, TRUE ou FALSE (default = TRUE)
#' @param color integer, color theme for plot, from 1 to 7 so far (default = 3)
#'
#' @export
#'
#' @importFrom utils getFromNamespace
#'
#' @examples
#' plot_F_test(alpha = 0.05, alternative = "two.sided",
#' df1 = 10, df2 = 10,
#' v1 = 1.5, v2 = 2.5,
#' ratio = 1,
#' annotations = TRUE,
#' color = 3)
#'
plot_F_test = function(alpha = 0.05, alternative = "two.sided", df1, df2, v1, v2, ratio = 1, annotations = TRUE, color = 3){
## color function
tema = color_theme(color)
corCurva = tema$corCurva
corPValue = tema$corPValue
corET = tema$corET
corLinhaLimCrit = tema$corLinhaLimCrit
corAreaLimCrit = tema$corAreaLimCrit
# set function to arrow
#iArrows <- igraph:::igraph.Arrows
iArrows = getFromNamespace("igraph.Arrows", "igraph")
#browser()
# Dados - Eixo x:
if (df1 < 2 | df2 < 2) {
x = seq(0,300,by=0.01)
} else {
x = seq(0,30,by=0.01)
}
# Variâncias numerador e denominador
if(v1 > v2){
gl_num = df1
v_num = v1
gl_den = df2
v_den = v2
} else {
gl_num = df2
v_num = v2
gl_den = df1
v_den = v1
}
# Estatistica do Teste - ET
ET = (v_num/v_den)*ratio
# Valores das densidades
DenF = df(x,gl_num,gl_den)
DenET = df(ET,gl_num,gl_den) # Densidade na estatistica amostral
## Bilateral - two.sided ======================================================================================================
if(alternative == "two.sided"){
lic = qf(alpha/2,gl_num, gl_den) # Limite inferior crítico
lsc = qf(1-alpha/2,gl_num, gl_den) # Limite superior crítico
dlic = df(lic,gl_num, gl_den) # Densidade no Limite inferior crítico
dlsc = df(lsc,gl_num, gl_den) # Densidade no Limite superior crítico
# Plot da distribuicao H0
if(ET > lsc){
plot(x, DenF, type="l", xlab = "Statistic values", xlim = c(0,ET+1),ylab = "Density", lwd = 3, col = corCurva, xaxt='n',
main = bquote("Null Distribution :" ~ sigma[A]^2/sigma[B]^2 == 1 ~ ", " ~ df[A] == ~ .(gl_num) ~~~ df[B] == ~ .(gl_den)))
}else{
plot(x, DenF, type="l", xlab = "Statistic values", xlim = c(0,lsc+1),ylab = "Density", lwd = 3, col = corCurva, xaxt='n',
main = bquote("Null Distribution :" ~ sigma[A]^2/sigma[B]^2 == 1 ~ ", " ~ df[A] == ~ .(gl_num) ~~~ df[B] == ~ .(gl_den)))
}
# limites criticos alpha/2
polygon(x = c(lsc, lsc , x[x>lsc] , tail(x, n=1)), # X = conjunto dos valores de lsc até o final
y = c(0 , dlsc , DenF[x>lsc], 0), # Y = conjunto das densidades de lsc até o final
col = corAreaLimCrit, # cor do preenchimento
border = corAreaLimCrit) # cor da borda
polygon(x = c(0 ,0 , x[x<lic] ,lic ,lic), # X = conjunto dos valores de lsc até o final
y = c(0 ,DenF[1] , DenF[x<lic] ,dlic,0), # Y = conjunto das densidades de lsc até o final
col = corAreaLimCrit, # cor do preenchimento
border = corAreaLimCrit) # cor da borda
abline(v = lsc, lty = "dashed", lwd = 2, col = "darkgray")
abline(v = lic, lty = "dashed", lwd = 2, col = "darkgray")
abline(h = 0 , col = "gray" , lwd = 0.5)
points(ET, 0 , col = corET , pch = 16 , cex=1.4)
if(ET > ratio){
area_ET_cum = 1 - pf(ET, gl_num, gl_den) # 1 - (area de 0 até estatistica amostral)
ponto_ET = qf(area_ET_cum, gl_num, gl_den) # ponto de ET na H0 - extremidade oposta
Den_ponto_ET= df(ponto_ET, gl_num, gl_den) # Densidade da ET estatistica amostral bilateral - extremidade oposta
# area do P-value superior
polygon(x = c(ET, ET , x[x>ET] , tail(x, n=1)), # X = conjunto dos valores de lsc até o final
y = c(0 , DenET , DenF[x>ET], 0), # Y = conjunto das densidades de lsc até o final
col = corPValue , density = c(30), angle = c(-45))
# area do P-value inferior
polygon(x = c(0 ,0 , x[x<ponto_ET] ,ponto_ET ,ponto_ET), # X = conjunto dos valores de lsc até o final
y = c(0 ,DenF[1] , DenF[x<ponto_ET] ,Den_ponto_ET ,0), # Y = conjunto das densidades de lsc até o final
col = corPValue , density = c(30), angle = c(-45))
}
if(ET <= ratio){
area_ET_cum = pf(ET, gl_num, gl_den) # (area de 0 até estatistica amostral)
ponto_ET = qf(area_ET_cum, gl_num, gl_den) # Ponto de ET na H0
Den_ponto_ET= df(ponto_ET, gl_num, gl_den) # Densidade da ET estatistica amostral bilateral
ponto_ET_2 = qf(1-area_ET_cum, gl_num, gl_den) # Ponto de ET na H0 - extremidade oposta
Den_ponto_ET_2= df(ponto_ET_2, gl_num, gl_den) # Densidade da ET estatistica amostral bilateral - extremidade oposta
# area do P-value superior
polygon(x = c(ponto_ET , ponto_ET , x[x>ponto_ET] , tail(x, n=1)), # X = conjunto dos valores de lsc até o final
y = c(0 , Den_ponto_ET, DenF[x>ponto_ET], 0), # Y = conjunto das densidades de lsc até o final
col = corPValue , density = c(30), angle = c(-45))
# area do P-value inferior
polygon(x = c(0 ,0 , x[x<ponto_ET_2] ,ponto_ET_2 ,ponto_ET_2), # X = conjunto dos valores de lsc até o final
y = c(0 ,DenF[1] , DenF[x<ponto_ET_2] ,Den_ponto_ET_2 ,0), # Y = conjunto das densidades de lsc até o final
col = corPValue , density = c(30), angle = c(-45))
}
Map(axis, side=1, at = round(c(lic,ET, lsc),2),
col.axis = c("gray" , corET, "gray"),
col.ticks = c("gray", corET, "gray"),
lwd=0, las=1,
lwd.ticks = 2)
# plotar novamente a curva por cima
lines(x, DenF, type="l", xlab = "Statistic values", ylab = "Density", lwd = 3, col = corCurva)
## Anotações - escolha
if(annotations == TRUE){
# posição da legenda relativa ao Plot()
## obtendo os limites do plot
plot_limits = par("usr") # [1]-xini [2]-xfim [3]-yini [4]-yfim
## obtendo o centro do plot
xcent = (plot_limits[2] + plot_limits[1])/2
ycent = (plot_limits[3] + plot_limits[4])/2
# Valor de P arrow -------------------------------------
# arrow direita
iArrows(xcent , ycent, # de (x1,y1)
1.025*abs(ET), plot_limits[4]/100 , # até (x2,y2)
h.lwd = 2,
sh.lwd = 1,
sh.col = corPValue,
sh.lty = 2,
h.lty = 1,
curved = 1/(20*abs(ET)),#0.085,
width = 1,
size = 0.7)
# arrow esquerda
iArrows(xcent , ycent, # de (x1,y1)
0.975*abs(ponto_ET), plot_limits[4]/100, # até (x2,y2)
h.lwd = 2,
sh.lwd = 1,
sh.col = corPValue,
sh.lty = 2,
h.lty = 1,
curved = -1/(20*abs(ET)), #-0.085,
width = 1,
size = 0.7)
text(xcent , ycent,
label = paste("P-value =",round(2*area_ET_cum,2)),
col = corPValue,
pos = 3)
# fim Valor de P arrow ------------------------------------
# Legendas
legenda <- list( bquote( "Test Statistic = F = "~ .(round(ET,2)) ) ,
bquote( alpha == ~.(alpha) ),
bquote( "Critical limits" ~~ "[" ~ .(round(lic,2)) ~ ";" ~ .(round(lsc,2)) ~"]") )
mtext(side = 3, do.call(expression, legenda), line=-1:-3, adj=1, col=c(corET,corAreaLimCrit, "gray"))
}
}
## Superior - greater ======================================================================================================
if(alternative == "greater"){
lsc = qf(1-alpha,gl_num, gl_den) # Limite superior crítico
dlsc = df(lsc,gl_num, gl_den) # Densidade no Limite superior crítico
area_ET_cum = 1-pf(ET, gl_num, gl_den) # 1 - (area de 0 até estatistica amostral)
ponto_ET = qf(area_ET_cum, gl_num, gl_den) # Ponto de ET na H0
Den_ponto_ET= df(ponto_ET, gl_num, gl_den) # Densidade da ET estatistica amostral bilateral
# Plot da distribuicao H0
if(ET > lsc){
plot(x, DenF, type="l", xlab = "Statistic values", xlim = c(0,ET+1),ylab = "Density", lwd = 3, col = corCurva, xaxt='n',
main = bquote("Null Distribution :" ~ sigma[A]^2/sigma[B]^2 == 1 ~ ", " ~ df[A] == ~ .(gl_num) ~~~ df[B] == ~ .(gl_den)))
}else{
plot(x, DenF, type="l", xlab = "Statistic values", xlim = c(0,lsc+1),ylab = "Density", lwd = 3, col = corCurva, xaxt='n',
main = bquote("Null Distribution :" ~ sigma[A]^2/sigma[B]^2 == 1 ~ ", " ~ df[A] == ~ .(gl_num) ~~~ df[B] == ~ .(gl_den)))
}
# limite critico alpha
polygon(x = c(lsc, lsc , x[x>lsc] , tail(x, n=1)), # X = conjunto dos valores de lsc até o final
y = c(0 , dlsc , DenF[x>lsc], 0), # Y = conjunto das densidades de lsc até o final
col = corAreaLimCrit, # cor do preenchimento
border = corAreaLimCrit) # cor da borda
# area do P-value superior
polygon(x = c(ET, ET , x[x>ET] , tail(x, n=1)), # X = conjunto dos valores de lsc até o final
y = c(0 , DenET , DenF[x>ET], 0), # Y = conjunto das densidades de lsc até o final
col = corPValue, density = c(30), angle = c(-45))
abline(v = lsc, lty = "dashed", lwd = 2, col = "darkgray")
abline(h = 0 , col = "gray" , lwd = 0.5)
points(ET, 0 , col = corET , pch = 16 , cex=1.4)
Map(axis, side=1, at = round(c(ET, lsc),2),
col.axis = c(corET, "gray"),
col.ticks = c(corET, "gray"),
lwd=0, las=1,
lwd.ticks = 2)
# plotar novamente a curva por cima
lines(x, DenF, type="l", xlab = "Statistic values", ylab = "Density", lwd = 3, col = corCurva)
## Anotações - escolha
if(annotations == TRUE){
# posição da legenda relativa ao Plot()
## obtendo os limites do plot
plot_limits = par("usr") # [1]-xini [2]-xfim [3]-yini [4]-yfim
## obtendo o centro do plot
xcent = (plot_limits[2] + plot_limits[1])/2
ycent = (plot_limits[3] + plot_limits[4])/2
# Valor de P arrow -------------------------------------
# arrow direita
iArrows(xcent , ycent, # de (x1,y1)
1.025*abs(ET), plot_limits[4]/100 , # até (x2,y2)
h.lwd = 2,
sh.lwd = 1,
sh.col = corPValue,
sh.lty = 2,
h.lty = 1,
curved = 1/(20*abs(ET)),#0.085,
width = 1,
size = 0.7)
text(xcent , ycent,
label = paste("P-value =",round(area_ET_cum,2)),
col = corPValue,
pos = 3)
# fim Valor de P arrow ------------------------------------
# Legendas
legenda <- list( bquote( "Test Statistic = F = "~ .(round(ET,2)) ) ,
bquote( alpha == ~.(alpha) ),
bquote( "Critical limits" ~~ "[ -Inf ;" ~ .(round(lsc,2)) ~"]") )
mtext(side = 3, do.call(expression, legenda), line=-1:-3, adj=1, col=c(corET,corAreaLimCrit, "gray"))
}
}
## Inferior - less ==========================================================================================================
if(alternative == "less"){
lic = qf(alpha,gl_num, gl_den) # Limite inferior crítico
dlic = df(lic,gl_num, gl_den) # Densidade no Limite inferior crítico
area_ET_cum = pf(ET, gl_num, gl_den) # (area de 0 até estatistica amostral)
ponto_ET = qf(area_ET_cum, gl_num, gl_den) # Ponto de ET na H0
Den_ponto_ET= df(ponto_ET, gl_num, gl_den) # Densidade da ET estatistica amostral bilateral
lsc = qf(1-alpha,gl_num, gl_den) # Limite superior crítico
# Plot da distribuicao H0
if(ET > lsc){
plot(x, DenF, type="l", xlab = "Statistic values", xlim = c(0,ET+1),ylab = "Density", lwd = 3, col = corCurva, xaxt='n',
main = bquote("Null Distribution :" ~ sigma[A]^2/sigma[B]^2 == 1 ~ ", " ~ df[A] == ~ .(gl_num) ~~~ df[B] == ~ .(gl_den)))
}else{
plot(x, DenF, type="l", xlab = "Statistic values", xlim = c(0,lsc+1),ylab = "Density", lwd = 3, col = corCurva, xaxt='n',
main = bquote("Null Distribution :" ~ sigma[A]^2/sigma[B]^2 == 1 ~ ", " ~ df[A] == ~ .(gl_num) ~~~ df[B] == ~ .(gl_den)))
}
# limite critico alpha
polygon(x = c(0 ,0 , x[x<lic] ,lic ,lic), # X = conjunto dos valores de lsc até o final
y = c(0 ,DenF[1] , DenF[x<lic] ,dlic,0), # Y = conjunto das densidades de lsc até o final
col = corAreaLimCrit, # cor do preenchimento
border = corAreaLimCrit) # cor da borda
# area do P-value inferior
polygon(x = c(0 ,0 , x[x<ponto_ET] ,ponto_ET ,ponto_ET), # X = conjunto dos valores de lsc até o final
y = c(0 ,DenF[1] , DenF[x<ponto_ET] ,Den_ponto_ET ,0), # Y = conjunto das densidades de lsc até o final
col = corPValue, density = c(30), angle = c(-45))
abline(v = lic, lty = "dashed", lwd = 2, col = "darkgray")
abline(h = 0 , col = "gray" , lwd = 0.5)
points(ET, 0 , col =corET , pch = 16 , cex=1.4)
Map(axis, side=1, at = round(c(lic, ET),2),
col.axis = c("gray" , corET),
col.ticks = c("gray" , corET),
lwd=0, las=1,
lwd.ticks = 2)
# plotar novamente a curva por cima
lines(x, DenF, type="l", xlab = "Statistic values", ylab = "Density", lwd = 3, col = corCurva)
## Anotações - escolha
if(annotations == TRUE){
# posição da legenda relativa ao Plot()
## obtendo os limites do plot
plot_limits = par("usr") # [1]-xini [2]-xfim [3]-yini [4]-yfim
## obtendo o centro do plot
xcent = (plot_limits[2] + plot_limits[1])/2
ycent = (plot_limits[3] + plot_limits[4])/2
# Valor de P arrow -------------------------------------
# arrow esquerda
iArrows(xcent , ycent, # de (x1,y1)
0.975*abs(ET), plot_limits[4]/100, # até (x2,y2)
h.lwd = 2,
sh.lwd = 1,
sh.col = corPValue,
sh.lty = 2,
h.lty = 1,
curved = -min( c(1/3000 , 1/(gl_num*ceiling(ET))) ), #-0.085, curvatura diminui conforme muda a escala - graus de liberdade e ET
width = 1,
size = 0.7)
text(xcent , ycent,
label = paste("P-value =",round(area_ET_cum,2)),
col = corPValue,
pos = 3)
# fim Valor de P arrow ------------------------------------
# Legendas
legenda <- list( bquote( "Test Statistic = F = "~ .(round(ET,2)) ) ,
bquote( alpha == ~.(alpha) ),
bquote( "Critical limits" ~~ "[" ~ .(round(lic,2)) ~"; +Inf]") )
mtext(side = 3, do.call(expression, legenda), line=-1:-3, adj=1, col=c(corET,corAreaLimCrit, "gray"))
}
}
PVAL = switch(alternative,
two.sided = 2*area_ET_cum,
less = area_ET_cum,
greater = area_ET_cum)
return(list(test.statistic = ET, df.num = gl_num, df.den = gl_den, p.value = PVAL))
}
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