#' Calculate number of fish behind (not in) each food sample.
#'
#' @param flokkur xxx
#' @param teg xxx
#' @param option xxx
#' @param lengdir xxx
#' @param numer xxx
#' @param lenfl xxx
#' @param oracle xxx
#'
#' @export
fjoldi.i.flokkum <- function(flokkur,
teg,
option=1,
lengdir,
numer,
lenfl = old.stomach.breaks$breaks,
oracle = fjolstOracle) {
synis.id <- unique(flokkur$synis.id)
if(missing(lengdir)) lengdir <- lesa.lengdir(synis.id,teg,oracle=fjolstOracle)
if(length(lengdir)==0) return(flokkur)
if(missing(numer)) numer <- lesa.numer(synis.id,teg,oracle=fjolstOracle)
numer$rat <- (numer$fj.maelt+numer$fj.talid)/numer$fj.maelt
numer$rat[is.na(numer$rat)] <- 0
lengdir <- join(lengdir,numer,"synis.id")
lengdir$fjoldi <- lengdir$fjoldi*lengdir$rat
flokkur$fjoldi <- rep(-999999,nrow(flokkur)) # var na en vandræði
if(option==1) {
lengdir$fjoldi[is.na(lengdir$fjoldi)] <- 0
ind <- cut(lengdir$lengd,lenfl)
lengdir <- lengdir[!is.na(ind),]
lengdir <- tapply(lengdir$fjoldi, list(lengdir$synis.id, cut(lengdir$lengd, lenfl)), sum)
}
else lengdir <- tapply(lengdir$fjoldi, list(lengdir$synis.id, lengdir$lengd), sum)
cn <- dimnames(lengdir)[[2]]
rn<- dimnames(lengdir)[[1]]
ind <- match(rn,synis.id)
rn <- synis.id[ind]
lr <- length(rn);lc <- length(cn)
rn <- c(matrix(rn,lr,lc))
cn <- c(t(matrix(cn,lc,lr)))
rn <- paste(rn,cn,sep="")
lengdir <- c(lengdir)
if(option==1) l <- paste(flokkur$synis.id,flokkur$lenfl,sep="")
else l <- paste(flokkur$synis.id,flokkur$lengd,sep="")
ind <- match(l,rn)
ind1 <- c(1:length(ind));ind1 <- ind1[!is.na(ind)]
ind <- ind[!is.na(ind)]
flokkur$fjoldi[ind1] <- lengdir[ind]
i <- flokkur$fjoldi==-999999;flokkur$fjoldi[i] <- NA
return(flokkur)
}
Add the following code to your website.
For more information on customizing the embed code, read Embedding Snippets.