calc.residAR: 再生産関係の残差から事後的に1次の自己相関係数を推定する関数

In ichimomo/frasyr: Fisheries Research Agency (FRA) provides the method for calculating sustainable yield (SY) with R

再生産関係の残差から事後的に1次の自己相関係数を推定する関数

Description

計算はfit.SRのout.ARと同じであるが、AICcも見れるほか、fit.SRregimeにも対応している fit.SRregimeの場合、各レジームの最初の年は初期値となる（つまり前のレジームの最後の年からの残差を引きずらない）

Usage

calc.residAR(
  resSR,
  per_regime = TRUE,
  output = TRUE,
  filename = "residARouter"
)

Arguments

resSR	fit.SRかfit.SRregimeのオブジェクト
per_regime	自己相関係数をレジームごとに推定するか (TRUE) 否か

Examples

## Not run: 
data(res_vpa)
SRdata <- get.SRdata(res_vpa)
data(res_vpa)
SRdata <- get.SRdata(res_vpa)
resSR <- fit.SR(SRdata, SR = c("HS","BH","RI")[1],
                method = c("L1","L2")[1], AR = 0,
                out.AR = FALSE)
resSR_post = calc.residAR(resSR)
resSR_post$AICc
resSR_post$pars
resSRregime <- fit.SRregime(SRdata, SR="HS", method="L2",
                            regime.year=c(1995,2005), regime.key=c(0,1,0),
                            regime.par = c("a","b","sd")[2:3])
resSRregime_post = calc.residAR(resSRregime, per_regime = TRUE)
resSRregime_post$AICc
resSRregime_post$regime$pars

## End(Not run)

ichimomo/frasyr documentation built on Dec. 11, 2023, 12:50 a.m.