compare_eq_stat: F一定の場合で平衡状態になったときの統計量をx軸、y軸にプロットして比較する

In ichimomo/frasyr: Fisheries Research Agency (FRA) provides the method for calculating sustainable yield (SY) with R

F一定の場合で平衡状態になったときの統計量をx軸、y軸にプロットして比較する

Description

例えば、横軸を平均親魚量(ssb.mean)、縦軸を平均漁獲量(catch.mean)にすると漁獲量曲線が得られる。どの統計量がプロットできるかはest.MSYの返り値res_MSYの$trace以下の名前を参照(names(res_MSY$trace))。

Usage

compare_eq_stat(
  MSYlist,
  x_axis_name = "fmulti",
  y_axis_name = "catch.mean",
  legend.position = "top",
  is_MSY_line = TRUE,
  is.scale = FALSE,
  MSYname = NULL,
  plot_CI80 = FALSE
)

Arguments

MSYlist	est.MSYの返り値をリストにしたもの; 単独でも可
x_axis_name	x軸になにをとるか？("ssb.mean": 親魚の平均資源量, "fmulti": current Fに対する乗数、など)
y_axis_name	y軸になにをとるか？("ssb.mean": 親魚の平均資源量, "catch.mean": 平均漁獲量、"rec.mean": 加入量の平均値など） get.statの返り値として出される値（またはMSYの推定結果のtrace内の表）に対応
MSYname	凡例につけるMSYのケースの名前。MSYlistと同じ長さにしないとエラーとなる
plot_CI80	TRUE or FALSE, 平衡状態における信頼区間も追記する(現状では、縦軸が親魚量・漁獲量・加入尾数のときのみ対応)

Examples

## Not run: 
data(res_MSY_HSL1)
data(res_MSY_HSL2)
MSY_list <- tibble::lst(res_MSY_HSL1, res_MSY_HSL2)
# 邵ｦ霆ｸ繧呈ｼ∫佐驥上€∵ｨｪ霆ｸ繧巽縺ｮ螟ｧ縺阪＆
g1 <- compare_eq_stat(MSY_list,x_axis_name="fmulti",y_axis_name="catch.mean")
# 邵ｦ霆ｸ繧定ｦｪ鬲夐㍼縺ｫ縺吶ｋ
g2 <- compare_eq_stat(MSY_list,x_axis_name="fmulti",y_axis_name="ssb.mean")
# 邵ｦ霆ｸ繧貞刈蜈･驥<8f>
g3 <- compare_eq_stat(MSY_list,x_axis_name="fmulti",y_axis_name="rec.mean")
gridExtra::grid.arrange(g1,g2,g3,ncol=1)

g3.withCI <- compare_eq_stat(MSY_list,x_axis_name="fmulti",y_axis_name="rec.mean",plot_CI80=TRUE)


## End(Not run)

ichimomo/frasyr documentation built on Dec. 11, 2023, 12:50 a.m.