check.SRfit: 再生産関係推定が収束しているかや最適解を得られているかを診断する関数

In ichimomo/frasyr: Fisheries Research Agency (FRA) provides the method for calculating sustainable yield (SY) with R

再生産関係推定が収束しているかや最適解を得られているかを診断する関数

Description

再生産関係推定が収束しているかや最適解を得られているかを診断する関数

Usage

check.SRfit(
  resSR,
  n = 100,
  sigma = 5,
  seed = 1,
  output = FALSE,
  filename = "checkSRfit",
  fun_when_check5_replace = median
)

Arguments

resSR	fit.SRかfit.SRregimeのオブジェクト
n	初期値を変えてパラメータ推定する回数
sigma	初期値を変えるときの生起乱数の標準偏差
seed	set.seedで使用するseed
output	テキストファイルに結果を出力するか
filename	ファイル名('.txt')がつく
fun_when_check5_replace	check5にひっかかったとき、候補となるパラメータの中からどのパラメータを代表としてとってくるか。median, max, minなどの関数を入れる。デフォルト（今までの実装）はmedian。保守的な結果を出すならmaxのほうがよいかも（エクセルではmaxに近い値が出力されるみたい）

ichimomo/frasyr documentation built on Dec. 11, 2023, 12:50 a.m.