R/PC.lac.profil.R

In jbfagotfede39/aquatools: Tools for freshwater managers

#' Création de profils verticaux lacustres
#'
#' Cette fonction permet de créer des profils graphiques de paramètres physico-chimiques
#' @name PC.lac.profil
#' @param param Paramètre physico-chimique à représenter (O2mg, O2pourc, cond, ph, temp, redox, chlorophylles, phycocyanines, secchi)
#' @param couleurs Choix des couleurs annuelles : \code{stratifie} par défault, \code{regulier} ou \code{aleatoire}
#' @keywords physico-chimie
#' @export
#' @import tibble
#' @import tidyverse
#' @examples
#' PC.lac.profil(PC, param = "O2mg")
#' PC %>% PC.lac.profil(param = "redox")

##### -------------- A FAIRE -------------- #####
# Il faudra affiner la présentation
# Ré-écrire en ajoutant une paramétrisation des paramètres PC au début du traitement
# Supprimer le filtrage ?
# Il faudra rajouter un paramètre save=T, en sous option if dans chaque bloc
##### -------------- A FAIRE -------------- #####

PC.lac.profil <- function(
  PC,
  param = c("O2mg", "O2pourc", "cond", "ph", "temp", "redox", "chlorophylles", "phycocyanines", "secchi"),
  couleurs = c("stratifie", "regulier", "aleatoire")
  )
  {
  
  #### Évaluation des choix ####
  param <- match.arg(param)
  
  #### Données de référence ####
  if(couleurs == "stratifie") palette_annees_temporaire <- palette_annees_stratifie
  if(couleurs == "regulier") palette_annees_temporaire <- PaletteAnnees
  if(couleurs == "aleatoire") palette_annees_temporaire <- palette_annees_aleatoire
  palette_annees_temporaire_2 <- palette_annees_temporaire %>% enframe(name = "annee", value = "couleur")
  
  palette_annees <-
    pc_brut %>% 
    distinct(pcmes_date) %>% 
    mutate(annee = as.character(year(pcmes_date))) %>% 
    left_join(palette_annees_temporaire_2, by = join_by(annee)) %>% 
    select(-annee) %>% 
    deframe()
  
  #### Traitement ####
  if(param=="temp"){
  gg <- ggplot(subset(PC, (pcmes_parametresandre == 1301)), aes(-1*pcmes_profondeurlacustre, pcmes_valeur, colour = as.character(pcmes_date)))
  gg <- gg + geom_point(stat="identity") 
  gg <- gg + geom_line(linetype="dashed")
  # if(subset(PC, (pcmes_parametresandre == 1301)) %>% distinct(pcmes_date) %>% nrow() <= 8) gg <- gg + scale_color_manual(
  #   values = c("#D55E00", "#E69F00", "#56B4E9", "#009E73", "#F0E442", "#CC79A7", "#999999", "#0072B2"))
  gg <- gg + scale_color_manual(values = palette_annees)
  gg <- gg + labs(x = "Profondeur (m)", y = expression(Temperature~(degree*C)), color = "Date") # Pour changer le titre
  }
  
  else if(param=="O2mg"){
  gg <- ggplot(subset(PC, (pcmes_parametresandre == 1311)), aes(-1*pcmes_profondeurlacustre, pcmes_valeur, colour = as.character(pcmes_date)))
  gg <- gg + geom_point(stat="identity") 
  gg <- gg + geom_line(linetype="dashed")
  # if(subset(PC, (pcmes_parametresandre == 1311)) %>% distinct(pcmes_date) %>% nrow() <= 8) gg <- gg + scale_color_manual(
  #   values = c("#D55E00", "#E69F00", "#56B4E9", "#009E73", "#F0E442", "#CC79A7", "#999999", "#0072B2"))
  gg <- gg + scale_color_manual(values = palette_annees)
  gg <- gg + labs(x = "Profondeur (m)", y = expression(Oxygène~dissous~(mg~O[2]/L)), color = "Date") # Pour changer le titre
  }

  else if(param=="O2pourc"){
  gg <- ggplot(subset(PC, (pcmes_parametresandre == 1312)), aes(-1*pcmes_profondeurlacustre, pcmes_valeur, colour = as.character(pcmes_date)))
  gg <- gg + geom_point(stat="identity")
  gg <- gg + geom_line(linetype="dashed")
  # if(subset(PC, (pcmes_parametresandre == 1312)) %>% distinct(pcmes_date) %>% nrow() <= 8) gg <- gg + scale_color_manual(
    # values = c("#D55E00", "#E69F00", "#56B4E9", "#009E73", "#F0E442", "#CC79A7", "#999999", "#0072B2"))
  gg <- gg + scale_color_manual(values = palette_annees)
  gg <- gg + labs(x = "Profondeur (m)", y = expression(Oxygène~dissous~("%"~saturation~O[2]/L)), color = "Date") # Pour changer le titre
  }
  
  else if(param=="cond"){
  gg <- ggplot(subset(PC, (pcmes_parametresandre == 1303)), aes(-1*pcmes_profondeurlacustre, pcmes_valeur, colour = as.character(pcmes_date)))
  gg <- gg + geom_point(stat="identity")
  gg <- gg + geom_line(linetype="dashed")
  # if(subset(PC, (pcmes_parametresandre == 1303)) %>% distinct(pcmes_date) %>% nrow() <= 8) gg <- gg + scale_color_manual(
    # values = c("#D55E00", "#E69F00", "#56B4E9", "#009E73", "#F0E442", "#CC79A7", "#999999", "#0072B2"))
  gg <- gg + scale_color_manual(values = palette_annees)
  gg <- gg + labs(x = "Profondeur (m)", y = expression(Conductivite~corrigee~à~25~degree*C~(paste(mu,S))), color = "Date") # Pour changer le titre
  }
  
  else if(param=="ph"){
    gg <- ggplot(subset(PC, (pcmes_parametresandre == 1302)), aes(-1*pcmes_profondeurlacustre, pcmes_valeur, colour = as.character(pcmes_date)))
    gg <- gg + geom_point(stat="identity")
    gg <- gg + geom_line(linetype="dashed")
    # if(subset(PC, (pcmes_parametresandre == 1302)) %>% distinct(pcmes_date) %>% nrow() <= 8) gg <- gg + scale_color_manual(
      # values = c("#D55E00", "#E69F00", "#56B4E9", "#009E73", "#F0E442", "#CC79A7", "#999999", "#0072B2"))
    gg <- gg + scale_color_manual(values = palette_annees)
    gg <- gg + labs(x = "Profondeur (m)", y = expression(pH~(unite~pH)), color = "Date") # Pour changer le titre
  }
  
  else if(param=="redox"){
    gg <- ggplot(subset(PC, (pcmes_parametresandre == 1330)), aes(-1*pcmes_profondeurlacustre, pcmes_valeur, colour = as.character(pcmes_date)))
    gg <- gg + geom_point(stat="identity") 
    gg <- gg + geom_line(linetype="dashed")
    # if(subset(PC, (pcmes_parametresandre == 1330)) %>% distinct(pcmes_date) %>% nrow() <= 8) gg <- gg + scale_color_manual(
      # values = c("#D55E00", "#E69F00", "#56B4E9", "#009E73", "#F0E442", "#CC79A7", "#999999", "#0072B2"))
    gg <- gg + scale_color_manual(values = palette_annees)
    gg <- gg + labs(x = "Profondeur (m)", y = expression(paste("Potentiel d'oxydo-réduction (mV)")), color = "Date") # Pour changer le titre
  }  
  
  else if(param=="chlorophylles"){
    gg <- ggplot(subset(PC, (pcmes_parametrenom == "Chlorophylle")), aes(-1*pcmes_profondeurlacustre, pcmes_valeur, colour = as.character(pcmes_date)))
    gg <- gg + geom_point(stat="identity") 
    gg <- gg + geom_line(linetype="dashed")
    # if(subset(PC, (pcmes_parametrenom == "Chlorophylle")) %>% distinct(pcmes_date) %>% nrow() <= 8) gg <- gg + scale_color_manual(
      # values = c("#D55E00", "#E69F00", "#56B4E9", "#009E73", "#F0E442", "#CC79A7", "#999999", "#0072B2"))
    gg <- gg + scale_color_manual(values = palette_annees)
    gg <- gg + labs(x = "Profondeur (m)", y = expression(Chlorophylles~(paste(mu,g/L))), color = "Date") # Pour changer le titre
  }
  
  else if(param=="phycocyanines"){
    gg <- ggplot(subset(PC, (pcmes_parametresandre == 7844)), aes(-1*pcmes_profondeurlacustre, pcmes_valeur, colour = as.character(pcmes_date)))
    gg <- gg + geom_point(stat="identity") 
    gg <- gg + geom_line(linetype="dashed")
    # if(subset(PC, (pcmes_parametresandre == 7844)) %>% distinct(pcmes_date) %>% nrow() <= 8) gg <- gg + scale_color_manual(
      # values = c("#D55E00", "#E69F00", "#56B4E9", "#009E73", "#F0E442", "#CC79A7", "#999999", "#0072B2"))
    gg <- gg + scale_color_manual(values = palette_annees)
    gg <- gg + labs(x = "Profondeur (m)", y = expression(Phycocyanines~(paste(mu,g/L))), color = "Date") # Pour changer le titre
  }
  
  else if(param=="secchi"){
    gg <- ggplot(subset(PC, (pcmes_parametresandre == 1332)), aes(-1*pcmes_valeur, as.character(pcmes_date)))
    gg <- gg + geom_point(stat="identity") 
    gg <- gg + labs(x = "Profondeur du disque de Secchi (m)", y = "Date") # Pour changer le titre
    gg <- gg + xlim(-15, 0)
    gg <- gg + theme(axis.text.x  = element_text(angle=315))
  }
  
  gg <- gg + coord_flip() # pour inverser l'affichage des X et des Y
  gg <- gg + theme_bw()
  return(gg)

} # Fin de la fonction